這位公認的現代西方哲學的開創者，是從經院哲學的耶穌會傳統中走出來的哲學家，也是頗有成就的科學家和數學家。笛卡爾哲學的基本主題規定了哲學的大部分內容。這些主題包括對數學和幾何學的運用、對方法論的強調、哲學與科學的聯絡、對「常識」的懷疑、對理智謙卑的主張（「懷疑的方法」）、對確定性的尋求，以及他對通過數學和幾何學證明可以發現確定性的信心。當然，笛卡爾是傑出的數學家，也正是他，把數學和幾何學現實地相互結合，形成了一門獨立的學科——解析幾何，這才使物理學中的巨大進步成為可能。不過，人們完全可以質疑他對把數學運用於哲學的信仰，以及他為接下來的幾個世紀所確立的狹隘的哲學典範。
為了理解笛卡爾哲學，我們有必要先弄清他三個方面的寫作背景。第一，他受過宗教教育，當時的天主教會仍處於權威地位。因此，笛卡爾無論具有怎樣的革命性，他進行的革命也是在宗教權威的氛圍中展開的。第二，「新科學」的興起。笛卡爾還是小孩時，就已聽說伽利略用最新的工具望遠鏡發現了木星的衛星。這個發現很自然引發出各種問題，比如知識的性質、現象的可靠性、我們未知世界的程度，以及我們用以檢驗和擴充套件知識的方法。這種新科學既提出了關於理性相對感官的可靠性的老問題，也引發出新的激動人心的問題，比如我們的認識能達到何種程度。儘管我們在這裡不關心笛卡爾對科學的貢獻，但新科學（及其與宗教權威的潛在衝突）產生的激情，也必須被視為笛卡爾進行沉思的框架的組成部分。
笛卡爾所處的第三個方面的背景，常常為人所忽視。儘管他的著作表面上以冷靜的口吻談論方法論問題，但他深受歐洲正在發生的宗教騷亂影響。針對這個現實，蒙田提倡寬容。而笛卡爾則提倡理性。平和有力的理性證明，成為正在撕裂國家的戰爭、血腥的宗教爭端提供了受人歡迎的替代方案。
笛卡爾最重要的論點在今天幾乎已成公理，但在當時教會權威以及他自己宗教教育的背景下，實際上極為激進。這就是他對理性自主——我們獨立思考的能力——之重要性的強調。然而，他心裡的這種獨立思考，與通常所謂的常識截然相對。他語帶反諷地解釋道，常識是「世界上分配最均勻的東西，因為我們每個人都確信自己具有豐富的常識，甚至那些在其他方面極難滿足的人，通常也不會在這方面要求更多」（我們要注意的是，這句話借自蒙田）。常識就是這樣——習以為常，常常毫無意義。「僅僅有好的心靈是不夠的」，笛卡爾寫道，「還要知道如何很好地運用它。」
因此，笛卡爾的哲學始於如下要求，即我們每個人自己確定所相信的真理，這意味著通過運用數學方法建立真理的確定性。為了達到這個目的，他發明了激進的方法，即懷疑方法，他藉此懷疑自己的所有信念，在它們可以證明為正當的之前，要像早期懷疑論者那樣把它們strong懸置/strong起來。笛卡爾提醒我們，他自己常常被別人欺騙或誤導，因此堅持懸置自己對他人權威的信任。他發現，他有時會被自己的感官愚弄（比如，木棍在水中看起來是彎曲的），因此，他主張對感官獲得的所有知識都保持懷疑。事實上，他甚至提出，既然他有時確信自己在夢中獲得過某些經驗，那就無法確定自己現在不是在做夢。他是否一直在做夢，迷失在自己心靈的深淵，卻誤以為在自己之外還存在一個世界？簡言之，他的strong所有/strong經驗是否都是錯誤的？甚至在最基本、最不可辯駁的知識上，比如基本的算術真理，都出現了錯誤？
笛卡爾在其最著名的著作《第一哲學沉思集》（這是數百萬學生的標準哲學導論）中，對這些問題做了極富吸引力的探究。正如他在較早的著作《談談方法》（1637）中所做的，笛卡爾在《第一哲學沉思集》的寫作風格也取自蒙田，採取的是親切、溫和的私人談話方式。蒙田邀請我們進入他的個人思想，笛卡爾則邀請我們加入他的研究。於是，他慢慢地、體貼入微地要求我們分享他的一系列懷疑。
然而，即使笛卡爾的風格取自蒙田，但他要實現的意圖和得出的結論卻截然不同。蒙田意圖讓我們反省自己，以他為鏡，認識到我們自己的無知，由此變得謙卑和人性化。笛卡爾堅持把我們的懷疑推到極端，甚至推到荒謬的地步，再從此出發讓我們獲得不可置疑的真理。蒙田拉著我們的手，與我們分享他的思想。笛卡爾則讓我們承受嚴格的學術爭辯，每前進一步都要花大力氣進行審查和辯護。蒙田以懷疑論者的形象出現。笛卡爾則宣稱自己戰勝了懷疑論。他斷言自己從未搞錯，實際上，他甚至從未有過真正的懷疑。
在《第一哲學沉思集》中，笛卡爾開篇便要求我們跟他共同圍坐火爐旁，他就是這樣穿著睡衣舒適地進行研究的。他平靜地要求我們考慮如下事實，有些非常「混亂」的人，他們竟瘋狂地認為自己是國王，或者認為自己的腦袋是玻璃做成的南瓜。然後，他注意到，在自己的夢中，偶爾也會有同樣不可思議的想法，他常常夢見自己坐在火爐旁學習，但實際上卻躺在床上睡覺。他此刻真是在睡覺嗎？他又是如何知道的？隨後，笛卡爾為我們提供了一些保證。甚至在夢中，也有某些事情是確定的。尤其是算術和數學。「二加二等於四」在夢中與醒著時一樣確定是真的。一切皆可疑。
於是，笛卡爾提出，假設上帝欺騙他，以至於他永遠發現不了真理。又或者，由於上帝必然是善的，而且是「真理的基礎」，那就讓我們假設有一個同樣的「邪惡精靈」，他有「至高的權力和理性，總是故意欺騙我。」這個邪惡的存在者熱衷於把各種錯誤的信念注入我們的心靈。笛卡爾又提出，假設自己錯誤地相信自己有一個身體，相信有一個「外部世界」，甚至相信有一個上帝。那麼，一個人是如何把自己所認識的東西與只是相信的東西區分開來，把真的東西與假的東西區分開來？正是從這個空無一物的出發點開始，笛卡爾再次著手重建自己對知識的信心，這種知識始於這樣一種基本知識，即自己現在不是在做夢，真的有一個世界「在那兒」。
笛卡爾運用數學方法，即strong演繹/strong法，開始對這些基本真理的證明，根據這一方法，每一個原理必須源自在先的原理，或從在先的原理「推導」出來，而在先的原理又已經基於其他原理或前提確立。最終，所有的原理都必須源自一套基本的定義和公理——也就是說，這些基本的原理完全闡明瞭所使用術語的含義，或者說，它們是「自明的」，因而顯然是真實的。因此，笛卡爾宏偉的演繹的關鍵，是作為前提而無可置疑的公理。最後表明，這個公理就是他的著名主張（出自他的《談談方法》），即「我思故我在」。
這個主張可能看起來像是論證，但它其實是一個啟示，是一種自我確證，即我在自己存在這件事上不會搞錯。即使我是被邪惡精靈愚弄了，那為了愚弄我也必須存在。即使我懷疑自己的存在，那為了懷疑我也必須存在，如此等等。笛卡爾只有擁有他的前提，他的公理，他就能進而用經院學者的方式證明上帝的存在。（「我們心中的上帝觀念不是以上帝本身作為原因，這是不可能的。」）反過來，上帝的存在可以用來確證外部世界的存在。如果笛卡爾能夠確定上帝的存在，而且上帝不是騙子，他就能確信自己「清楚明白」設想的一切都必定是真的。邪惡精靈被打敗了。
對於這些論證，對於太過簡單的「清楚明白的觀念」這個說法，對於思考要求思考者的假設，對於上帝存在的論證，對於笛卡爾宣稱邪惡精靈被打敗的自信，人們提出了許多反駁理由。人們也可以質疑，笛卡爾是否真的像他最初宣稱的那樣，進行嚴格、徹底地懷疑。他似乎從未懷疑自己使用語言的含義，也從不認為他自己所用的語言可能誤導他。他也不懷疑自己用以進行邏輯演繹的推理規則。人們還可以說，他也沒有懷疑理性本身的可靠性，或者說，即使他思考了這個問題，也是為了證明理性的可靠性而假設理性的可靠性，這就是臭名昭著的「笛卡爾迴圈」（cartesiancircle）。
儘管如此，笛卡爾仍為哲學研究確立了基本規則，即確定性和免於懷疑。理性本身必須有效，但不能認為理所當然。因此，笛卡爾的「清楚明白的觀念」是基本思想。所謂清楚明白的觀念，就是個人不得不信以為真的觀念。易言之，它不可置疑、無法駁斥。這些觀念最明顯地體現在數學和幾何學的簡單命題中：「二加二等於四。」「兩點之間最短的距離是直線。」「三角形有三條邊。」（我們應該注意，「理性的自然之光」與清楚明白的觀念中的視覺隱喻。）
我們可以看到，我們自己存在的觀念與上帝存在的觀念相同，這是清楚明白的觀念。不過，以下問題依然存在：難道不會是某個邪惡的欺騙者誘使人具有或看似具有清楚明白的觀念？換言之，我們能夠完全相信自己，難道我們不會仍然搞錯了嗎？或許，具體來說，我們會有意犯錯。但是，我們會事事皆錯嗎？我們的感官證據要求世界存在，甚至這樣的自然傾向也是錯的嗎？世界存在，這就是清楚明白的觀念，我們無法對它進行合理的懷疑。
還是說，所有這些無非都是魯莽呢？懷疑方法本身會不會就是錯誤，只要採用就難免陷入僵局呢？或許，我們需要整套不可置疑的前提作為知識的「基礎」，這個觀念本身就是不合理、不可能的。或許，正如蒙田所說，所有知識最多隻是可能、合理和有效。或許，根本就沒有這樣的「基礎」以及由此建立起來的知識大廈，只有多重交織的網路。人們可能會像蒙田和懷疑論者那樣主張，我們的知識永遠不會是確定的（除非在極其微不足道的事情上或特殊的環境下）。或許，我們應該警惕：把數學確立為知識的典範，無論是對於笛卡爾及其追隨者，還是對於古希臘人而言，都有非常大的危險。
然而，關於笛卡爾，其開創性和重要性方面與其說是他對確定性的主張，不如說是他用以處理古代懷疑論問題的方式。他運用的許多論證，都是經院哲學的熟悉手法，比如安瑟爾謨的「存在論證明」和阿奎那的「宇宙論證明」。但是，笛卡爾對後來所謂的「主體性」的強調，在哲學史上具有真正的革命意義，這就是個人自己的思想和經驗就像既定教義和其他權威（包括《聖經》）那樣具有權威性。儘管由此得出的結論並不令人激動。笛卡爾最終證明了上帝的存在、維持了自己的信仰，他還確信自己確立了對每個人而言顯而易見的東西，即周遭世界的存在。但是，他對主體性的強調，以及他運用數學方法證明理所當然之物的做法，為接下來兩個世紀哲學上的諸多進步提供了基礎。
strong主體性/strong是哲學中經常以不同的方式使用的觀念，如今在我們看來，它不再是個洞見，更多是個問題。但是，當它應用於笛卡爾，我們可能注意到它包括某些重要特徵。最重要的是，它提升了內在、內省的地位，強調心靈是包括strong思想/strong的內在領域（應當寬泛地理解為包括所有「心靈」之物——情感、感受、慾望以及各種觀念）。在最早的希臘哲學家那裡，這種內在性觀念並不明顯，但是，隨著畢達哥拉斯和蘇格拉底對靈魂觀念的強調，以及早期基督教的出現，它日益變得合理，最後在奧古斯丁那裡達到頂峰。不過，這種「內在」領域仍然十分有限。在笛卡爾之前，它在整個中世紀得到了進一步發展，自那以後有了更多發展。當然，佛教甚至在畢達哥拉斯和蘇格拉底之前就發展出了這種內在性。在佛教的八正道中，就有正念和正定。此外，開悟就是這種「內在」轉變的結果。
對於笛卡爾而言，主體性觀念等同於內在性觀念。不幸的是，這不是它的唯一內涵。主體性第二種內涵指稱純粹意見、個人信念，而非客觀知識。當然，在這個意義上，這個觀念可以回溯到古代人。（柏拉圖常常在真正的知識與純粹的意見之間加以區分，哪怕這些意見被證明為正確的。）第三，主體性也可以用來指稱個人經驗（這種經驗可以設想「存在於」心靈之中），這意味著某種特定的視角及其侷限。當然，對於笛卡爾來說，這種觀念將超越這個視角及其侷限。第四，主體性只是指稱某種具體的立場，即文學中所謂的「第一人稱立場。」這種含義可能被認為只是某種體裁設計（即，撰寫的是「沉思」而非論文），但是，它與前三種含義相互交織，複雜難分。
最後，我們要指出，主體性還有一種含義，它不能應用於笛卡爾，這就是作為情緒、情感因而是偏見、成見的主體性觀念。確實，人們可以把這些偏見視為剛才提到的「侷限」，但是，在笛卡爾的敘述中，幾乎從未有過對情感的信任，甚至沒有提到情感（顯然包括宗教信仰）在知識中的作用問題。然而，無論還有別的什麼意思，笛卡爾的主體性都是強有力的個人主義，是對個人權威和自主的辯護。這種革命可能（而且必然）還不徹底，但是在笛卡爾那裡，它為哲學提供了向前發展的最重要動力。哲學的權威如今不是聖人，也不是經文，而是哲學家個人的心靈。
笛卡爾在這個過程中提出的第二個但顯然也很重要的問題，關涉的是現實中的「strong我/strong」這類存在者，即「我思故我在」。笛卡爾在審察這個著名的前提時，他發現自己不得不對「我」的不同方面加以區分，一方面是自明的、不可置疑的，另一方面則並非如此。他得出結論，就其證明而言，他只是「思考者」，或者思考的實體，而身體（以及依附於「他的」身體的東西）則是可懷疑的。這就引發了與古代亞里士多德和經院哲學的實體學說有關的問題。個體是實體即完全的存在者，還是諸多實體的結合？
笛卡爾對於這個問題沒有給出明確答案。他說，人實際上是兩種不同實體的結合，即心靈和身體。然而，根據定義，既然實體是完全獨立的東西，那就出現了心靈與身體如何相互作用的問題。根據笛卡爾的說法，人對於自己的心靈和身體都具有清楚明白的觀念，分別為思考的東西和「廣延」或自然的東西。但是，笛卡爾認為，人不是僅僅像飛行員在飛船中那樣居住在身體中。這兩個實體之間的聯結是什麼呢？思想顯然是與物質物件極為不同的東西。如果人們（像笛卡爾那樣）假設，思想與大腦有關，大腦是這兩個實體之間的聯結，那麼大腦以某種方式引發思想，或者說，大腦是思想的基礎，這樣的觀念就變得更神秘了。心靈與身體是兩個獨立的實體，這被稱為「笛卡爾的二元論」，至今仍困擾著哲學家。
人們常常指責，笛卡爾犯了極為愚蠢的錯誤，武斷地將心靈與身體表述為兩種不同的「實體」，然後發現自己不知道如何再把兩者結合起來，我們不應輕易地做這樣的假設。心靈與身體的二元論是幾個世紀以來思想發展的結果，是科學發展和新發現的對個人自主尊重的結果。心靈與身體的區分為科學提供了發展空間，它關涉的是物理世界，與宗教或道德關切並行不悖，後者關注於人類心靈、人類自由以及人類「超越」物質實在的能力，等等。這個區分也為宗教和人類自由與責任提供了發展空間，從而不受科學威脅。如果說，從亞里士多德到阿奎那的世界在很大程度上由「自然法」規定，無論這套自然法是由上帝還是由自然提供，那麼，現代的新世界不得不兼顧兩套系統，一套關涉身體，一套關涉心靈（一套為事實，一套為價值）。從笛卡爾到薩特，把這兩者結合起來遠沒有使兩者保持安全的距離重要。
我們要感謝安東尼·傅盧在其「導論」中指出了這一點，op.cit.,p.277.
《第一哲學沉思集》寫道：「如下命題：每次說‘我在’或在心靈中設想‘我在’時，它都必然是真的。」（mediationii,trans.laurencej.lafleur［indianapolis:bobbs-merrill,1960］,p.24)。如果笛卡爾的斷言被視為論證，它實際上由兩個主張構成，第一個是「我思」，它是自明的；第二個是「我在」，它從第一個主張而來，根據這個假設，「如果我思考，我就存在。」笛卡爾的前提有時被簡單地稱作「我思」。
上帝存在的「宇宙論」論證，構成了第三沉思的大部分內容。「存在論」證明則出現在第五沉思之中。
「cartesian」源自「笛卡爾」的拉丁文寫法，它的歷史非常漫長，現在應用於所有與笛卡爾有關的文獻。
這些微不足道的事情包括純粹定義問題，比如「狗是動物。」特殊環境則是那些與邏輯和學術相關的情境。然而，這些特殊環境也是充滿爭議的，而且有很多。比如，神啟（蒙田認為它是某種可接受的確定性）會被認為屬於這樣的「特殊環境」嗎？
不過，人們可能會認為，某些清楚明白的觀念，比如對於上帝的信仰，它們之所以是「不可置疑的」，恰恰是因為情感涉及這些觀念。當然，笛卡爾並沒有無視這些情感。他撰寫了論述情感的經典作品，即《靈魂的激情》（citethepassionsofthesoul/cite,1645—1646），他把情感分析為「動物精神的攪動」，以此將之明顯與理性分離開來。
個人觀念大約可以追溯到12世紀左右。
這裡沒有涉及技術性的實體觀念。人們完全可以用當代的神經學和生理學術語來重述這個問題。