在理性層面出現的宗教改革和反宗教改革，已經被文藝復興及其對個體的強調所改變。文藝復興或「新生」並非像它的某些較為激進的擁護者所認為的那樣，是「重新開始」的時代，但它無疑是充滿活力、熱情和實驗的時代。特別是，這個時期重新發現或者至少可以說重新強調了古希臘和羅馬的經典、文獻。文藝復興的口號是「人文主義」，這是自12世紀以來就已經發展出來的強調個人尊嚴的概念。18世紀的法國曆史學家儒勒·米什萊（julesmichelet）評論道，文藝復興的突出特徵是「世界的發現和人的發現」。然而，這種對新生和發現的強調，意味著對文藝復興之前整個千年的無視，人們完全可以追問，這種對古老書籍和作品的新興趣是否真的能證明抹黑中世紀的正當性（中世紀也因此被稱作黑暗時期）。
在此之前，瘟疫（黑死病）毀滅了歐洲的三分之一人口，英法之間百年戰爭殺死的人口也不相上下，隨著這些災難逐漸遠去，在當時的歷史背景下，我們可以理解當時人們感到的快樂。文藝復興時期的人文主義可以視為對這段艱難歲月的反彈和解脫。封建主義差不多已經完全崩潰，歐洲盛行著新的重商主義和探索精神。當時精緻、有教養的城市階層的世俗新理想逐漸興起。不過，正如當時和如今的福音派辯論家指責的那樣，人文主義本質上是世俗的或無神的。在許多方面，文藝復興仍具有中世紀的特點，有時還具有神秘主義的特點，重要的是要記住，個人尊嚴的重新強調是在基督教的懷抱和猶太——基督教傳統中滋生出來的。
沒有任何明顯的分界線能夠把中世紀與現代區分開來，文藝復興也無法完全歸入其中任何時期。教科書為了方便起見，把這個分割線定在1500年，但是，文藝復興的轉型至少橫跨14世紀中期直至1600年。人們也確實圍繞如何對這個時期的哲學人物加以歸類，進行了毫無意義的爭論。文藝復興首先是場文學藝術運動。它最有價值的產品是「人文學科」，它們是每個有教養的公民都會期待的學科。
不過，人文學科也包括對科學的尊重，當然，這是由技術和數學的發展所促發的科學。因此，文藝復興也可以根據當時的哥白尼革命來定義，哥白尼革命指的是：我們宇宙的中心是太陽而不是地球。與更大的神學教條相比，科學知識的追求長期以來處於較低的附屬性位置，而如今卻迅速攀升，與教會形成了持久甚至殘酷的對抗。1600年，布魯諾（giordanobruno）作為異端被燒死在火刑柱上，之後不久，伽利略又被迫公開放棄他所認同的哥白尼的觀點。（直到1992年，這個觀點才為天主教會正式接受！）
然而，科學與宗教之間向來存在衝突，但不宜過分誇大。正如自然被視為上帝的「手工作品」（這是源自古希伯來人的觀念，並得到托馬斯·阿奎那的辯護），科學作為理解上帝之奇蹟的方式，也被視為理解啟示的方式。在很多情形下，只要不與教義發生衝突，教會還是樂意容忍科學的。無論如何，儘管有對盧克萊修的再發現（以及對他的熱情），但科學尚還沒有提出純粹機械論、無神論的宇宙觀。
確實，文藝復興是向古典和古典哲學的迴歸，但是，它也表現為對古代最光輝燦爛的人物即偉大的哲學家亞里士多德的全面抨擊。在文藝復興時期，亞里士多德既是人們的核心關注點，也是最成問題的人物。一方面，文藝復興「哲學發現」的整個氣質，以及所用的基本語彙和洞見，無疑完全是亞里士多德式的。另一方面，「異教徒」亞里士多德幾乎消失不見，而且絕大多數保留下來的東西都被嵌入經院哲學的教條之中，或者通過聖托馬斯·阿奎那融入基督教教會的教義之中，或者通過伊本·魯世德融入伊斯蘭教的教義之中。某些有理解力的個人能夠區分真正的亞里士多德與經院學者筆下的亞里士多德，但是，文藝復興時期思想家基本都明確strong反對/strong亞里士多德。可以想見，與這種反應相伴隨的是對柏拉圖的戲劇性的再發現和辯護，他的作品當時被廣泛地翻譯為拉丁文。
就科學而言，亞里士多德幾乎支配了所有學科長達15個世紀，不妨舉幾個例子，比如物理學、宇宙學、生物學和心理學。西元前4世紀看起來像常識的理論和假設，由於未經檢測，仍在15、16世紀佔據支配地位。伽利略做了個簡單但很著名的實驗，他用兩個體積不同的石頭從比薩斜塔上拋下，檢測它們各自的加速度，結果表明它們各自的加速度相同，與亞里士多德的預測相反。這似乎突顯了新科學家們對亞里士多德不以為然的蔑視。很久以前由亞里士多德定義並規定的「常識」，不再為人們簡單接受。比如，亞里士多德（如同他的絕大多數同時代人）相信後來所謂的strong托勒密式/strong宇宙觀，認為地球是宇宙的中心。更重要的是，常識信念受到嚴重質疑，然而充滿反諷的是，文藝復興這個新興的人文主義論壇，部分是建立在如下令人震驚的啟示之上：人類以及他們所佔據的星球不再是宇宙的中心。
亞里士多德也支配著政治學領域，亞里士多德頌讚逐漸消失的希臘城邦，認為這仍然是理想的共同體組織形式，在很久之後這些社會會成為現實或變得可能。（不幸的是，亞里士多德對奴隸制的維護仍得到廣泛的認可。）然而，就積極的方面而言，類似於蘇格拉底和柏拉圖的政治學，亞里士多德的政治學的核心主張也是，國家、政府和權威的主要目的是培養有道德的人。政治與德性、政治才能與道德規範攜手並進。文藝復興受人詬病、令人震驚的重要特徵就是拒斥了這個高貴的觀點。政治即便不是完全的「骯髒交易」，最多也不過是某種妥協，它代表了人性中最糟糕的一面。
簡而言之，就文藝復興是新生而言，它常常拒斥的與其說是教會或基督教，不如說是亞里士多德。至於文藝復興時期亞里士多德最傑出的批評者，我們這裡只提及三位：培根（francisbacon，1561—1626）、霍布斯（thomashobbes，1588—1679）以及比他們幾乎早一個世紀的馬基雅維利（niccolòmachiavelli，1469—1527）。他們三人全都是亞里士多德的反對者，儘管他們也在很大程度上受惠於亞里士多德（哪怕他們並不承認）。培根通常被認為是現代科學傳統的奠基人，這也意味著他與亞里士多德的決裂，他堅持我們要以純粹經驗的實驗方法「重新開始」。霍布斯具有雙重意義，一方面作為培根的朋友和同事，他也是新科學的開拓者，徹底批判亞里士多德神學宇宙觀，另一方面，他是現代政治理論最具影響力的建構者之一，激烈反對亞里士多德的「自然人」的社會性觀點。
我們至少還應該提到馬基雅維利這個眾所周知的名字，他在文藝復興時期混亂、腐敗的義大利為現代政治奠定了基礎。他那本臭名昭著的《君主論》（citetheprince/cite）明顯在說，政治中毫無道德可言。在《兵法》（citeartofwar/cite）這本書中，他認為戰爭是國家之間關係的常態，需要持續的準備和戰略，而不能只是對突發事件的應對，臨時匆忙召來未經訓練的軍隊。實際上，亞里士多德把政治等同於倫理，馬基雅維利、霍布斯與這種做法的決裂，要比培根科學反抗重要得多。
培根本人並不是科學家，也就是說，他並不像哥白尼、伽利略、開普勒和牛頓那樣，因其理論或發現而聞名。相反，他的貢獻在於對科學和一般知識的理論化。特別是，他提出了對伽利略影響很大的實驗方法。正是培根闡述了後來成為教科書標準的「科學方法」，這包括仔細觀察和可控、有條不紊的實驗。科學方法對於古代人認為已經得到回答的所有問題，提供了新的開端。
但是，正如亞里士多德，培根依然相信理性高於經驗，他對亞里士多德影響（即15個世紀以來對他的理論的毫無批判地接受）持續抨擊不應掩蓋如下這個事實：培根是亞里士多德的再傳弟子，而不是他的對手。針對過去的教條，培根試圖對「為了知識」而追求知識正名。這不應該像我們今天經常看到的那樣，被誤解成在為不顧結果的探究辯護。培根明確持相反的立場，即認為知識是strong有用的/strong。實際上，他有個說法眾所周知：「strong知識就是力量！/strong」他也認為科學是人類對自然終極支配，如《創世記》中許諾的那樣，而且，作為對上帝作品的研究，科學也就像對上帝之言的研究那樣是啟示的合法來源。
培根堅持認為，只要使用正確的方法，每個人都能發現真理，由此提出了相對於科學的平等主義立場。科學不是天才的專屬領域。這後來成了極為重要的政治主張。但這並不意味著培根只是在為「常識」辯護。他哲學中最有力的方面是對人性中各種「偶像」的批判，正是它們阻礙或扭曲了正確的科學探究。這些各種各樣的偏見和錯誤觀念，是我們的長輩告訴我們且從未遭受過質疑的東西。人類信念有其惰性或保守性，要讓人們拋棄某種已然確立、舒適但卻錯誤的信念，這非常困難。一廂情願的思考常常侵蝕謹慎的知覺和「真正的經驗」。還存在以下這種危險：我們的感官並非總是值得信賴，這是培根和古代人共有的觀點，也是其繼承者笛卡爾具有的觀點。最後但同樣重要的是，培根抨擊了亞里士多德的「目的因」這種目的性或目的論解釋。自然如其所是地顯現，並不是因為物件和事件有其目的，而是因為它們有質料或「動力」因，遵循自然的「形式」或規律。這種對亞里士多德目的因的抨擊，可能是培根對亞里士多德有時不公平的抨擊中最具破壞性和持久印象的方面。
作為形而上學家而不是科學家，霍布斯提出了關於世界的純粹唯物論、機械論模型，世界只是「運動的物質」。這或許是從德謨克利特和古代的原子論者以來最不具人性、最為蒼白的宇宙論描述，但是，這種極端的做法總是有其反對力量。霍布斯也許相信機械論的宇宙觀，但它不是無神論的觀點。他大半生的精力都在為並不排除神學的宇宙論辯護（實際上，他最著名的作品《利維坦》基本都在做這件事）。
不過，霍布斯的聞名在於其對「自然狀態」下人類生活的尖刻看法，即所謂的自然狀態，即社會形成「之前」的狀態。他在《利維坦》這部著作的前幾頁就告訴我們說，自私是支配性原則，人們完全不知道什麼是正義。因此，生活就是「一切人反對一切人的戰爭」，它「孤獨、貧困、卑汙、殘忍和短壽」。在這種危險、相互爭鬥的背景下，人們為了彼此的安全和利益，相互之間共同形成「社會契約」。他們把某些適度的權力交給「主權者」，那個統治他們的國王，所依據的不是神聖的權利，而是共同的同意。由於同意，人類進而受到正義觀念的保護。正義本身是契約社會的產物，而不是它的前提。
霍布斯到底是把他的自然狀態模型看成一個表面上的假設，還是把它當作引入極端新穎的社會觀的思想實驗，這是仍在持續的爭論。人們通常認為，後面這種說法更有意義。霍布斯自己在他後期的某些著作中表明，人性絕非他在自然狀態中所描述的那樣不堪。不過，政治哲學的未來將被社會契約的觀念統治（這個觀點甚至可以追溯到古希臘）。洛克和盧梭，甚至康德，都在為各種形式的社會契約辯護，當然，它之所以能夠成為支配性的政治觀念（以「憲法」的形式），乃是接下來這個世紀種種革命的結果。