由於宗教改革，天主教會受到抨擊和破壞。從此以後，影響力和重要性越來越小。教皇和他的主教們並不是嚇壞了的旁觀者，眼睜睜看著他們的教會四分五裂。相反，他們充滿了復仇之心，積極予以回擊。

在宗教改革之前，教會已經開始了反對異端的激進運動，最著名的是西班牙宗教法庭的審判。僅僅在路德發起反抗幾年之後，教會就支援依納爵·羅耀拉（ignatiusloyola）建立耶穌會。由於堅持理性在宗教問題上具有不可削弱的權力，「耶穌會士」中出現了好幾代訓練有素，甚至很強大的哲學思想家。在西班牙，蘇亞雷斯（franciscosuárez，1548—1617）撰寫了全面、系統的經院派形而上學綱要，包括對猶太教、伊斯蘭教和文藝復興運動思想家的論述。蘇亞雷斯在很大程度上堅持了托馬斯·阿奎那的哲學觀點，但是他也有自己原創思想。特別是，他繼承融合了眾多中世紀思想家的思想，他們強調意志在律法基礎中的作用。儘管蘇亞雷斯贊同阿奎那，認為自然法與理性命令不矛盾，但他強調上帝權威在所有問題上的重要性。人類理性處於自己該有的位置之上。

從哲學上來看，反宗教改革導致經院哲學得以延續，不過，如今它表現激進，處於鬥爭的前沿。自智術師以來，這個時期的論辯和論證在哲學中比任何時代都更具有核心地位，但同時也更處於危機關頭。在接下來的六代人中，天主教徒與新教徒之間的戰爭撕裂了歐洲，現代哲學作為極具侵略性、對抗性的學科出現，或許可以追溯到那段苦難歲月。

在宗教改革和反宗教改革這兩極之間，我們很容易忽視許多具有理性的哲學家，他們身陷混亂的時代，卻拒絕為時代愚行和暴行辯護。這個時代有兩個思想家最為著名，他們不僅才華橫溢，更是哲學家可以且應該具有的理想形象的最佳典範，堪比蘇格拉底。

第一個是荷蘭人文主義者伊拉斯謨（desideriuserasmus，1466？—1536），他是虔誠且坦率的宗教改革家，與教會不和但拒不加入宗教改革運動。伊拉斯謨堅持認為，普通人也可以理解經文（因此應把經文翻譯為普通用語），他自己是第一批嚴肅的《聖經》學者之一，為後來幾代學者具體而微地探究《聖經》的形成開闢了道路。伊拉斯謨也是機智詼諧的社會批評者，自然招致了強有力的批評，也贏得了永久的欽佩。

第二個是他的好友托馬斯·莫爾爵士（sirthomasmore，1478—1535），他曾在臭名昭著的亨利八世治下擔任過英格蘭大臣。亨利八世為了離婚然後迎娶當時的情人，要與羅馬教會決裂，莫爾對此堅決抵制，結果被斬首。然而，他也留下了智慧探尋者應有的形象，堪稱令人推崇的哲學家典範。

伊拉斯謨儘管厭惡單調乏味的經院哲學，但他仍是傑出的經院學者之一。首先，他是人文主義者、教會strong精神/strong的辯護者，不過，在適當的時候他也是教會做法的嚴厲批評者。正如馬丁·路德，他批評售賣贖罪券以及教士不得體的其他商業行為。他還拒斥教皇無錯論的說法，而且，在路德的早期生涯，伊拉斯謨對他的改革熱情評價甚高。然而，與路德不同的是，他不想冒分裂教會的危險。在1524年，他展開了對路德的批評，他們之間的往來信件針鋒相對。伊拉斯謨拒斥新教嚴苛的預定論，而且與路德為普通人的解釋能力辯護不同，他對粗野無知並沒什麼興趣。

伊拉斯謨自己是神父，但他激烈地批評同行的無知。他雖然反對經院哲學，但他自己卻是熱情的學者。他編輯了《新約》的第一個希臘語本和新的拉丁文譯本，這成了後來幾乎所有《新約》研究者的基礎。不過，伊拉斯謨儘管拒斥路德和宗教改革，要求保持教會的統一性，但他仍被許多天主教徒斥責為路德孵化的「蛋」。

伊拉斯謨是具有世界視野的學者，他曾到處旅行，在牛津大學、劍橋大學待過，也到過巴黎、弗萊堡、都靈和倫敦。他的人文主義與其說是某種學說，不如說是他謙虛品格的反映，也跟他在歐洲主要城市有過廣泛體驗密切相關。他最為經久不衰和受人喜愛的作品，有些辛辣，卻不失風趣，盡顯幽默和人性。這部著作就是《愚人頌》（citeinpraiseoffolly/cite，1549)，自述性標題極為準確。據說，他只用了一週就寫完了這本書。它在中世紀晚期成了最受歡迎的哲學著作。

用他自己的話說，這本書最鮮明的特徵是「諷刺辛辣」，但下筆時充滿同情，也很風趣。《愚人頌》以「愚人」的口吻敘述，可以想見，這本書最常針對的目標是自誇。伊拉斯謨也用愚人稱呼「愚蠢的哲學家」、富人、權勢者、教皇、醫生、賭徒、聖人、作家、好戰分子、神學家、基督徒，以及其他各種人。他批評斯多葛派，說他們試圖從高貴生活中刪掉情感，把他們教義的擁護者變成了「大理石雕像」。他譏諷柏拉圖的「理想國」，認為它同樣無法忍受，而且蘇格拉底本人就成了阿里斯托芬的諷刺物件。伊拉斯謨向我們保證，哲人王絕對是strong最糟糕的/strong統治者。伊拉斯謨也沒有放過自己，他以及他的「希臘癖者」同行也受到了類似譏諷。

《愚人頌》的要點容易在嬉鬧、諷刺之中遭到忽視，有意不加說明的斥責目標既是為智慧德性的辯護，又是對它的約束、限制。他說，唯有上帝擁有智慧，在這方面，他明確贊同蘇格拉底的說法。但是，人類生活中還有許多有價值的東西，這實際上就是人類生活本身，它們要歸於愚蠢，而不是智慧。如果人們真的具有預見結果和未來的智慧，誰還會結婚、生子、搞政治、戀愛、做哲學家呢？他援引索福克勒斯的說法，論證某種完全反哲學的觀點，即「最幸福的生活是一無所知的生活」。儘管如此，伊拉斯謨的著作是最好的哲學，它極其動人、有趣、深刻，堪稱自由、謙卑、正直和幽默的蘇格拉底式哲學的典範。

類似於伊拉斯謨，托馬斯·莫爾爵士是極其虔誠又極為獨立的思想家。眾所周知，他把個人信仰和正直視為高於世俗忠誠和自我利益。他成長於成功的商業家族，他自己也做生意，還有過令人羨慕的政治生涯。正如伊拉斯謨，莫爾既是虔誠的天主教徒，也是人文主義者，而且，他對於教會之名遭到隨意濫用感到震驚。但是在英國，他遭遇了完全不同於撕裂歐洲大陸的問題。無論人們如何設想路德及其宗教改革，都不會懷疑他抨擊教會的理由是出於宗教的和精神的。然而，亨利八世意欲斷絕與教會的關係，卻完全不是出於宗教和精神理由。亨利八世只是想與他的妻子凱瑟琳離婚，然後迎娶安妮·博林（anneboleyn），但是莫爾，這個長期以來為亨利八世提供明智建議的人，拒不接受國王的計劃。儘管遭受亨利的威脅和短暫入獄（莫爾自稱很享受），但他仍拒不屈服，最後，亨利八世處死了他。伊拉斯謨曾在倫敦期間與莫爾待過一段時間（並在那裡撰寫了他的《愚人頌》），他稱莫爾是「公正的人」，我們這個世紀講述莫爾生平的某部著名戲劇也以此命名，後來的同名電影還獲得過奧斯卡最佳電影。1935年，莫爾被封為聖徒。

莫爾的經典著作是《烏托邦》（citeutopia/cite，1515），它就像柏拉圖的《理想國》，提供了理想社會的詳細藍圖。莫爾杜撰了utopia這個詞，烏托邦有雙重含義，一是「不存在的地方」（u-topia），一是「好地方」（eu-topia）。值得注意的是，莫爾心中的烏托邦是沒有宗教信仰的共產主義社會，完全由理性統治。正如後來的許多社會哲學家，莫爾在理性生活與純粹的利己主義之間進行了鮮明對照，他認為後者可以追溯到人類原初本性的缺陷。在《烏托邦》的背景下，莫爾還討論瞭如今依然可以作為話題的某些問題，比如女權、安樂死、墮胎、結婚和離婚。

莫爾與伊拉斯謨共同努力統一基督教，並開啟了基督教學者吸收希臘經典的智慧之門。但是，更普遍也更為重要的是，他們共同賦予了宗教爭端以人情味，這些宗教爭端在現代世界常常充滿暴力。在接下來的兩個世紀中，宗教在歐洲人的生活中喪失了它的支配性的地位。在向現代較為世俗的人文主義轉變過程中，伊拉斯謨和莫爾是最為激動人心的範例。