促使東西方基督教教會之間分裂的因素，可能更多的是政治與文化張力，而非哲學歧見。但是，後來的strong宗教改革/strong這種更具創傷性的基督教內部分裂，情形並非如此。宗教改革的重要性在很大程度上取決於觀察者的視角。某些人仍然把它視為不幸的家庭紛爭、宗教統一體的不必要的分裂，以及失去控制的誤解或抗議。另外某些人則把它視為龐大、集權、貪婪和strong傲慢/strong的機構的不可避免的自我毀滅。絕大多數新教徒認為宗教改革是在基督教內部致力於道德改革的運動。它反映了同時期其他重要的哲學運動和社會運動，尤其是strong人文主義/strong（它拒斥中世紀世界觀中極端的超自然主義）和strong民族主義/strong（它在文化和歷史範圍內規定和鞏固大宗教團體所扮演的角色）。

宗教改革始於馬丁·路德（martinluther，1483—1546，奧古斯丁派的修士），他於1517年10月31日把「九十五條論綱」張貼在威登堡教堂的大門之上。這個舉動在路德與教會當局之間導致了一系列不斷加劇的衝突。教會命令他放棄被視為異端的觀點，而他卻再三拒絕放棄。最後，他被革除教籍，而他在被逐出羅馬天主教會之後，馬上就在自己所辯護的原則基礎上建立了新的基督教會。

路德最直接的哲學關切就是西方傳統的永恆問題，即罪與救贖的問題。自聖保羅以來，基督教最引人注目的特徵就是救贖。然而，個人不清楚如何確定自己是否得到救贖。路德確信，天主教會已經腐敗不堪，它如今甚至通過strong售賣贖罪券/strong來操控信徒的疑慮和恐懼。路德的九十五條論綱，具體針對的就是這種做法。

教會向具體的個人保證，有時通過某些特定的祈禱或儀式，但更經常的做法是給神父金錢，才能得到免除罪惡的贖罪券。根據教會的說法，贖罪券可以使人更快進入天堂，它們取消了人的罪惡。（甚至對於較為善良的個人，可供選擇的還有死後在煉獄中待段時間，為自己的罪惡受罰，與地獄不同，煉獄的情境有限，但也很難說是舒適之地。）贖罪券還可以用來取消已故親人的罪惡。最終，發放贖罪券的做法淪落為敲詐，令教士變得富有，從而更激發教士的貪婪和野心。人們擔心自己和所愛之人是否得到救贖，這種擔心實際上成了資金的可觀來源。路德認為這種做法是腐敗，從教義上來看也是荒謬的。贖罪觀念假定，人的行動（無論是默誦特定的禱辭還是進行施捨）對自己是否得到救贖有影響。在路德看來，這種觀念無異於宣稱，人可以賄賂上帝或購買救贖。

路德依據奧古斯丁的哲學，強調人類的罪性。如果讓人類自行發展，處於墮落狀態的人類不會選擇善。根據路德的說法，人類天生被肉體的慾望與精神的渴望撕扯。此外，作為有罪之人，他們完全應該受到上帝懲罰。上帝會公正地懲罰他們。與中世紀的天主教神學相比，路德甚至更強調罪的嚴肅性和上帝懲罰的主權。根據路德的說法，基督具有人形就是為了把人類的罪擔在自己身上，基督之死就是為人類贖罪。

中世紀將上帝視為最高存在，強調他作為絕對實體的永恆地位。許多經院哲學家強調上帝的神聖理智，以及對自然世界的理性設計。與之相比，路德（類似於中世紀思想家鄧斯·司各脫和奧卡姆的威廉）強調上帝的strong意志/strong。在路德看來，上帝本質上是意志的存在。因此，路德引用《舊約》強調上帝之怒。根據路德的說法，人也是意志的存在，個人是單一的意志統一體。儘管如此，人具有兩面性：有形的「肉體」和「精神」，前者是我們在自然中會朽壞，後者按照上帝的形象創造，超越了自然。我們體驗到自己的超越性，但是，我們作為有形的肉體，也想表達自己的意志，反抗上帝的意志。路德認為罪就是對我們自己有限性的否定，對自愛的誤入歧途的表達，對上帝意志的違逆。罪是敗壞了的自我崇拜。

路德描述的肉體與精神之間的戰爭，在strong絕望/strong中達到頂峰。路德主張，上帝的律法與其說是指引，不如說是擊碎罪人驕傲的「鐵錘」或「鐵砧」，愈益鞏固了絕望。然而，絕望只是手段。當罪人在絕望中崩潰，上帝就能在那罪人的內心產生救贖。strong恩典/strong在絕望之際到來，「它是比否定更深的深淵，但在它之上，有著深刻的神秘肯定。」因此，儘管有上帝之怒，上帝之愛仍會出現並且佔據主導地位，他自由地選擇寬恕人類，給予人類恩典。只要個人經由上帝的救贖而與上帝和解，他就獲得了上帝的恩典。

路德對得救的說明，正如他對贖罪券的抨擊，人類行動的作用以及謀取得救的努力在他那裡有過明確的提示：人的事功和「善功」在得救上strong沒有/strong作用。路德否定了中世紀人的德性與上帝的救贖有關的中世紀觀點。人無法「掙得」救贖。根據路德的說法，人應只專注於strong信仰/strong。「信仰就是有益的」和「信仰就是幸福」，是路德思想最基本的準則。

儘管路德認為善功對於得救而言既無必要，也不足以確保得救，但他仍希望基督徒去行善。道德行為和善行必然會隨信仰而來。道德行為雖然不能保證人與上帝的關係，但是，融合在信仰中的與上帝之間的關係卻能保證個人行為道德。路德相信，上帝直接通過信仰影響人的靈魂，為人提供力量克服罪惡，使人過有德的生活。基督徒有愛他人、服務他人的義務。這種義務的完成，並不是得救的條件，但卻是個人得救的標誌。路德主張，通過愛他人，基督徒展示了對上帝的愛。《新約》中提到的「愛鄰人」特別重要，因為鄰人是上帝在現世的代表。在有信仰的人那裡，愛鄰人和服務鄰人自發「從內心」流露出來，而不是出於得救的外在慾望。

路德聲稱唯有信仰是得救的正當理由，這個主張不只駁斥了售賣贖罪券的做法。他還駁斥了整個神秘主義傳統（這在基督教和伊斯蘭教中都有），即精神實踐會使個體與上帝合一。路德認為，上帝與人類之間的鴻溝是絕對的。對於人類而言，與上帝合一是不適當的目標。人只能做到與上帝溝通。但是，這種關係也由上帝主宰，無法通過人的主動獲得。

路德也反對經院哲學，反對在宗教問題上對理性論證的強調。他不是亞里士多德的擁護者，尤其懷疑托馬斯·阿奎那的理性主義。他論證道，在人類的墮落狀態中，人的所有能力都已然敗壞，包括理性。路德認為，理性常常是傲慢的，它試圖向自身說明信仰的真理，而後者在理性的洞察能力之外。信仰的理性辯護不是真正的宗教。真正的信仰要求體驗，而非證明。此外，每個人都可以獲得這種體驗。

路德堅持認為信仰是得救唯一需要的東西，這也等於否定了天主教的strong聖禮/strong教義。聖禮即神父或主教主持的儀式，他們認為自己有權力把恩典賦予領受人。天主教教義不僅認為聖禮是領受恩典的有效手段；而且它也主張，聖禮是得救的基本要素。路德否定了天主教教義的這兩個特徵。他否認個人只要藉助儀式就能自動地得到恩典；他堅持認為，領受者要有正確的內在品性來接受恩典。在這裡，奧古斯丁對「內在」的強調，再次走到了宗教哲學的前臺。儘管路德認可聖禮在表達和加強信仰上的價值，但他仍然否定它們對於得救的必要性。唯有信仰才是得救所必需的。

同樣，路德拒斥了天主教聖禮教義的另一個特徵，即神父在懺悔中的作用。天主教認為神父是上帝與個人之間具有基本作用的中介。比如，在懺悔中，神父被認為是上帝的使者，能夠赦免信徒懺悔的罪行。路德拒斥神父是上帝的使者、能夠豁免或阻礙得救的觀念。個體靈魂的地位在人與上帝之間，神父與此無關。因此，除了受洗和聖餐，他拒斥其他任何聖禮，儘管他有時似乎也關心懺悔的作用。

根據路德的觀點，那些有信仰的人儘管有罪，但受到福佑，確保他們與上帝有正確的關係，並且確信上帝會拯救他們。根據天主教的教義，以為自己會得救是冒失之罪；但路德認為，有信仰的人能夠且應該相信上帝的仁慈。不過，他並不認為基督徒應該自以為是、得意洋洋，相反，基督徒應該始終保持謙卑和悔改的姿態。路德也認為，唯有上帝能夠充分掌握個人的動機。因此，基督徒不能相信自己的德性。相反，他應如履薄冰地維持與上帝的良好關係。這意味著少關注外在儀式，少依賴於神父和教會，少強調聖禮，少關注外部事物。與羅馬天主教華麗的教堂和聖儀相比，路德號召精簡禮拜儀式。

路德強調得救的普遍可獲得性，主張教士應該擺脫天主教中已經僵化的教會等級制度。他既否認這種等級制度的必要性，又否認其權威性。教皇和大公會議也會在宗教問題上犯錯，個人無需教士也能理解上帝的言辭。根據路德的說法，每個幫助他人的基督徒都與上帝和諧一致，扮演使徒繼承人的角色，在宗教問題上，最終的權威是經文，而非教士。因此，基督教共同體，而非作為機構的教會，才有助於培養個人與上帝的關係。

路德拒斥神父、修道院的「宗教生活」是比平信徒的「宗教生活」「更高階」的宗教生活形式。他也否認婚姻干擾宗教的天主教觀點。他譴責天主教要求教士獨身的主張；他自己就結婚了（妻子以前是修女）。他維護所有基督徒的「各種希望」，極力主張基督徒尊重上帝號召個人選擇的生活方式。

與路德不同，法國的宗教改革家加爾文（johncalvin，1509—1564）強調變度化教會和神學體系的重要性。加爾文宗在1530年前後成為重要的宗教改革力量。那時，由於宗教改革與天主教的分裂，導致新教義不斷湧現，而且隨著對「內在」的重新強調，出現了某種野蠻的個人主義。作為對這種宗教無序和哲學無序的回應，加爾文認為有必要建立新教機構，以便為區分宗教真理與異端提供清晰明確的基礎。加爾文的鉅著《基督教要義》（citetheinstitutesofthechristianreligion/cite）大篇幅關注基督教會的組織結構，他認為教會是上帝認可的拯救途徑。

在強調人類的罪性上，加爾文甚至比路德走得更遠。他認為，人類因原罪而敗壞，甚至新生的嬰兒也足以下地獄。實際上，加爾文認為，除了用以表明上帝的恩典，人類完全也不重要。根據加爾文的說法，上帝是全能的，他以絕對的必然性統治世界。

加爾文對上帝意志之核心性的信念，提示了他對得救的理解，以及他自己對惡的問題的回答。根據加爾文的觀點，即使罪人抵抗上帝的意志，他們也無法脫離上帝的意志行動。因此，在某種意義上，上帝想要他們的罪性。加爾文用他的strong前定/strong學說闡明瞭上帝與罪的這種悖論關係。為了說明為何是這些人而不是其他人能夠聽到上帝的聲音，加爾文論證道，上帝早就揀選和預定了哪些人會得救，哪些人將受到永罰。但是，甚至會得救的較少部分人，作為罪人，也不strong值得/strong拯救。上帝只不過選擇了寬恕他們。他的寬恕是給予strong揀選者/strong的禮物，而這些揀選者早已被永恆地計劃好了。

加爾文認為，所有人的真正天職就是認識上帝。他比路德更同情經院哲學家的理性論證和方法，他的前定學說本身就是對上帝權威進行推理的結果。但是，加爾文認為經院哲學家對上帝本性的推理方式是不恰當的。上帝的本性離我們很遠，遠遠超出了我們的理解能力。我們能夠且應該關心的是上帝與我們的關係，而且這種關係在《聖經》中很明顯。因此，上帝的知識源於對經文的認識和遵從。在所有宗教問題上，《聖經》仍然是權威的唯一基礎。加爾文拒斥微妙的寓意解釋，堅持採用上帝之言的表面意思。

儘管《聖經》是上帝拯救揀選者的關鍵手段，但是加爾文也強調教會作為上帝恩典的工具的重要性。路德否定基督教共同體嚴格要求教會作為其可見的形體，儘管他看到了某些組織作為傳播福音的手段的價值。相反，加爾文認為教會是基督的可見身體（這是天主教徒也認可的觀點，只是他們心中有不同的教會）。再次，機構與象徵之間的關係成了宗教內部的關鍵哲學問題。

在許多方面，加爾文用天主教神學熟悉的術語描述教會的功能。然而，他認為揀選是教會成員的關鍵基礎。因此，無論教士在促進靈脩上可能扮演什麼樣的角色，他們都無法確定自己輔助的那些人是否是教會的真正成員，因為他們無法確定誰是揀選者、誰不是揀選者。實際上，個人自身也不清楚自己是否是揀選者。

加爾文並不認為這裡存在問題。如同路德，他也相信，被選定的基督徒應該要有確信。如果人覺得自己與基督有交情，體驗到對信仰的內在召喚，他就能確信自己是揀選者。加爾文追隨奧古斯丁，認為人不應專注於判斷他人，而應關注自己的精神信仰與安寧。儘管如此，人仍然必須承認難以認定自己是否被揀選，因此人們必然傾向於相互比較。

馬克斯·韋伯認為，揀選論導致了「新教倫理」的發展。從加爾文的觀點來看，個人可以被拯救的唯一外在證據是他的行為。因此，儘管新教不強調人的事功和善功，但許多新教徒幾近迷戀工作，因為工作如今被視為得到福佑的標誌。根據韋伯的說法，現代資本主義就是這些勞作的結果。

加爾文堅持認為較為地方性的基督教共同體應服從更大的教會。儘管如此，基督教仍繼續在分裂。在英國，亨利八世與羅馬教會斷絕關係，宣稱自己是英國教會的領袖，表明自己在宗教事務上具有民族（和個人）主權。英國的進一步分裂則是由清教徒造成的，他們要求在基督教內部進行道德改革，認為英國的教會仍然太像天主教，同樣有太多的道德敗壞。其他教派則不贊同新發展的新教教會。重浸派、教友派和門諾派教徒形成其他某些教派，他們重新強調宗教體驗的個人性。重浸派教徒也拒斥嬰兒洗禮的做法（天主教徒、路德派和加爾文派），認為這種儀式經文上沒有，也沒有人情味。其他某些團體則拒斥信奉國教，強調地方教會的宗教自由。「五旬節派」和其他「靈脩」團體組織的禮拜，認為聖靈的內在之光可以在個體靈魂內起作用。