晚期經院哲學力圖融合極為不同的傳統。煉丹術就是一種異乎尋常的融合嘗試，這種對人與宇宙層面的實在之間可能關係的研究和探索，在很多文化中都有。煉丹術的終極目標是改變人的境況，要麼讓人獲得永生，要麼讓人進入更高的精神層面，至少要提升人的現實幸福。

比如，在古代中國，自西元前4世紀以來，道家就開始試圖通過使用藥物來達到永生。印度出現的文本證據表明，煉丹術與神秘的渴望有關（後來的西方踐行者也是如此）。阿拉伯和希臘的煉丹術士特別感興趣的是從劣質材料中提煉出金子，不幸的是，這種有限的目標常常與煉丹術有關。

甚至僅僅在實際的層面上，煉丹術也為化學的發展提供了動力甚至基礎。實際上，類似於占星學與天文學的情形，化學與煉丹術之間從來就沒有明確的界限，煉丹術促進了大量重要的化學發現和藥理學發現。在煉丹術士對材料進行實驗的副產品中（這些材料我們現在稱之為「化學制劑」，他們稱之為「精神」），蒸餾的目的是為了提純人的本質。煉丹術士的意圖可能沒有實現，但他們產生了令人愉快的實際結果，這就是eaudevie（生命之水），即我們現在喝的「雞尾酒」。

在西方，煉丹術傳統的根源可以追隨到名為《翠玉錄》（citeemeraldtablet/cite）的阿拉伯文本，它被認為出自赫爾墨斯·特里斯莫吉斯特斯（hermestrismegistus）。（「trismegistus」的意思是「三倍偉大」。）這個文本最初就是對不同實在層次之間相通的肯定：「如其在上，如其在下。」煉丹術文本的術語，既可以作字面解釋，也可以作象徵解釋。提煉金子被描述為「偉大的活動」；這種能引起快速變形的實體，被稱作「哲人石」。儘管基督教的宗教權威最終明白煉丹術是威脅，但教會本身由於讓修士致力於抄寫煉丹術文本，實際上也助長了西方的煉丹術傳統。比如，托馬斯的老師大阿爾伯特，就很認真對待煉丹術，科學家布魯諾（giordanobruno，1548—1600）和牛頓也是如此。

西方傳統中最重要的煉丹術士是斐奇諾（marsilioficino，1433—1499），他是佛羅倫薩的牧師。斐奇諾把歸為特里斯莫吉斯特斯的作品以及柏拉圖的某些著作翻譯成拉丁語，他還由此提出綜合兩者以及普羅提諾的觀念的世界觀。斐奇諾把創造乃是上帝的流溢這個新柏拉圖主義觀念與煉丹術的宇宙論結合起來，後者認為宇宙是能夠相互影響的等級層次。因此，斐奇諾對占星學非常認真。斐奇諾把人類置於宇宙等級層次的中心，並把它當作其人文主義觀點的基礎，即人具有一種特殊的甚至是宇宙的尊嚴。

斐奇諾塑造的理想生活概念，模型源自柏拉圖的觀念，尤其是《會飲》中蘇格拉底的講辭。他宣稱，我們的目標就是上升到更高的真理層次，最終瞥見上帝。沉思是達到這個目標的手段；與此同時，沉思還保證了正確的道德觀點。正如柏拉圖曾講過的，沉思開始就把自身引向最美之物。愛是對美的自然反應。上帝愛這個他所創造的美麗世界；上帝的造物在遇到美時，也會被愛所觸動。特別是，愛他人有助於我們上升，因為當我們對他人之善和美報之以愛時，我們根本上愛的是上帝。斐奇諾的友愛或strong柏拉圖式的愛/strong的理論表明，我們通過與他人交流經驗到與上帝的交流。因此，甚至最世俗層面的人類關係，也反映了終極關係。

斐奇諾特別強調藝術在喚醒人的靈魂向更高層次的美提升中的作用。在斐奇諾看來，藝術不像柏拉圖所講的那樣，會分散我們對於更高實在的注意力。相反，它會幫助我們認識到我們周圍事物的形式特徵，但這已然是我們走向更高層次真理的重要步驟。斐奇諾強調新柏拉圖主義者對古代文本的寓意解讀，這對文藝復興時期的藝術家產生了強烈影響。

浮士德（johannfaust，1480—1540）是煉丹術歷史上極其可疑的人物。他的名字總是與德國魔法師的故事相互聯絡，他為了知識和權力，把自己的靈魂出賣給惡魔。歷史上的這個人物是否確實訂了這類契約，這沒有人知道，但是，據說他精通巫術、占星學和煉丹術，還有雞姦行為。他的出名是因為一本書，這本書儘管在他死後多年才得以出版，但仍歸在他的名下。這本低階下流的《浮士德書》（citefaustbuch/cite，1587），講的是中世紀的智者和魔法師的故事，其中包括名為梅菲斯托菲勒斯（mephistopheles）的惡魔的故事。馬洛（christophermarlowe）、歌德（johannwolfgangvongoethe）、白遼士（hectorberlioz）、李斯特（franzliszt）、和托馬斯·曼（thomasmann）都曾在他們的藝術作品中運用浮士德及其與魔鬼的契約這個傳說。悲觀主義史學家斯賓格勒（oswaldspengler，1880—1936）也認為，浮士德的故事抓住了現代西方的歷史本質，他覺得西方處於「衰落」之中，他之所以得出這個觀點，主要是因為他看到西方人實際上為了追求知識和權力，寧願犧牲任何德性。

帕拉塞爾蘇斯（paracelsus，1493—1541）的主要興趣是醫學。他遊歷十年，從學於阿拉伯和歐洲的煉丹術大師。他把所學運用於醫學的理論化之中。帕拉塞爾蘇斯最具爭議的主張是，自然自身會「自然」痊癒（這個論題在我們當代順應自然的療養方法中又重新出現）。帕拉塞爾蘇斯對煉丹術的興趣，源自他的以下信念：自然充滿力量，可以用來造福人類，只要人類能夠明白如何開發它們。因此，帕拉塞爾蘇斯抨擊以下觀點：疾病是對罪的懲罰。他認為，疾病本身是「自然的」，並且提倡用化學方法（以及它自身的力量）加以治療。

帕拉塞爾蘇斯反對許多醫療技術，認為它們有礙於自然治癒，而且，他還發公告要求全社群的人來聆聽自己關於醫學的演講，這使他在當時精英主義的醫療建制中不受歡迎。他的醫術也招致了人們的妒忌，他過於恃才傲物導致了聲名惡化。（「帕拉塞爾蘇斯」是他給自己取的名字，意思是「勝過塞爾蘇斯」（celsus），後者是1世紀時期聲譽卓著的羅馬醫生。）帕拉塞爾蘇斯寫了本很有影響的外科著作，即《外科大全》（citethegreatsurgerybook/cite，1536），直到20世紀，他對梅毒的臨床表現及其最有效的治療方式的描述，都是最好的。帕拉塞爾蘇斯常常被拿來與他的同時代人馬丁·路德相比，並被人們驚恐地稱作「造反者」。宗教權威對他向來非常警惕，並且監視他的活動。他在人們的懷疑中死去；但是，即使不在哲學領域，至少在藥學的發展中，他在身後仍然繼續發揮著影響。

在18世紀，西方的煉丹術「踐行者」主要關注精神的轉變。在20世紀，榮格（carljung）注意到煉丹術與夢的形象之間的關聯，並且在那些關注靈魂的人中間激起了對煉丹術文本的興趣，認為這些文本可以讓我們洞見人類的集體無意識。（關於榮格心理學理論的深入論述，見第四部分的相關章節：「戰壕中的查拉圖斯特拉：理性的侷限」。）

這個文本出現在篇幅更長的著作《創造的秘密》（citethebookofthesecretofcreation/cite），它被認為出自生活於1世紀的蒂亞納的阿波羅尼烏斯（apolloniusoftyana）。儲存下來最早版本是6世紀或7世紀的版本。