14世紀出現了大量的正義，或許，社會瓦解的早期標誌在隨後的世紀裡變得日益明顯。然而，最好抓住了晚期經院哲學之命運的，或許是它對語言和邏輯的特別強調，以及對阿奎自信地加以總結的自然理性之確定性的日益懷疑。這些論證常常很費解，文本的可靠性也常常非常成問題，有大量對邏輯的艱難探索，以及對前輩和對手的論證幾近迷戀的關注。然而，晚期經院哲學清楚顯現的是宗教思想的令人困惑的複雜性，奧古斯丁和阿奎那已經呈現的理性與信仰的合作，又遭遇了新的令人不安的障礙。因此，人們有時說，哲學與宗教長期以來的聯姻在這個時期開始破碎，當然，人們最好還是把這種破碎視為緩慢的分離，而不是突然的斷裂。

鄧斯·司各脫（dunsscotus，1266？—1308）和奧卡姆的威廉（williamofockham，1285—1349？）都是英國方濟會的修士（分別是蘇格蘭和英格蘭），他們是晚期經院哲學的核心人物，而且兩人都與道明會的托馬斯·阿奎那有分歧。不過，他們與阿奎那相同，也試圖把基督教與亞里士多德相互融合。在這兩人中，司各脫較為保守，他延續了上帝存在「證明」的傳統，以安瑟爾謨的方式從無限完美的上帝觀念出發推出上帝存在。不過，在司各脫看來極為重要的是，這個著名的論證並沒有被構想為純粹的語言問題或定義問題。司各脫與阿奎那背道而馳，拒斥自然理性與神的知識之間的順暢聯絡。在早期經院學者中，司各脫強調論證，認為論證是信仰的根本基礎。

司各脫精深的形而上學分析和語言分析細節，不是我們這本書的討論範圍。事實上，正是由於司各脫，「經院哲學」這個術語才被用來指稱迷宮般的精妙學術，成了現代早期學者的笑柄，因為他們對這類邏輯細節沒有耐心。但是，簡而言之，司各脫牽涉的爭論，與自柏拉圖以來（包括柏拉圖之前）都在進行的爭論類似，追問屬、種、形式和「共相」離開具體個別事物是否存在。司各脫拒斥阿奎那的如下觀念：具體事物的個體同一性僅僅依賴它的「質料」，儘管它與其他無限多的同類事物共有形式。根據司各脫的說法，事物的個體同一性也是形式的組成部分。司各脫區分了他所謂的事物的「共同本性」（它的「本質」或「什麼」）與事物的「個體差異」。

除了古代的一與多問題，較為現代的同一與差異問題在司各脫迂迴曲折的道路上有了首次重要的露面。正如他的波斯同行，他利用本質與存在之間的差異，對上帝與人的心靈之間的關係提出了系統說明。根據司各脫的說法，接受唯一的真理即上帝的存在是不夠的。理性需要關於真理等級的知識，它始於第一原則及其後果。

但是，在信仰與理性之間的永恆爭論中，司各脫並不是完全忠於「理性」。他從自己複雜的思考中得出的最富戲劇性的結論，就是有必要重新強調信仰。實際上，他顯然強調，人類最重要的特徵不是智慧，而是愛。正如他之前的奧古斯丁（以及之後的笛卡爾），司各脫沉迷於心靈、激情和自我的研究。因此，司各脫對意志的本性，尤其是上帝的意志，特別感興趣。

在哲學中，情形常常是，強調意志之重要性的理論（「唯意志論」）過分誇大意志與理性之間的距離，從而傾向於非理性主義。然而，司各脫盡管把意志與理性區分開來，但也把它與慾望進行了區分。我們的行動並不完全由我們的理性決定，但也不是完全由我們的慾望所決定。這個看法有時被稱作司各脫的「反理性主義」，但是，它不應被當作對理性的抨擊。同樣，司各脫強調與上帝的理性相對的上帝意志，應該被理解為是對托馬斯如下的亞里士多德式論點的拒斥，即上帝通過純粹的思想創造世界。司各脫強調上帝的愛，而不是知識。司各脫質疑知識的首要性，就此而言，他似乎是經院哲學中日益滋長的懷疑主義運動的部分。不過，他自己不是懷疑主義者。事實上，他在宗教問題上經常抨擊懷疑主義。

司各脫常常被視為實在論者，他相信人類心靈能夠通過殊相理解真正的本質、共相（在我們已經論述過的意義上，他與阿伯拉爾的唯名論形成對照）。事實上，他在哲學史中的地位極為微妙。然而，奧卡姆的威廉更接近唯名論。他是反實在論者，不認可共相的存在，而且，他類似於阿伯拉爾，拒絕從語言中語詞的多樣性推斷出陌生物件（比如本質和共相）的多樣性。他說，「如無必要，勿增實體。」特別是，沒有必須接受殊相所共有但與它們不同的共相的存在。因為，只存在殊相，即個別事物。（這場爭論的「經院」性質並沒有抑制其擁護者的熱情。羅素（bertrandrussell）曾用揶揄的口吻問到，「每個人都是唯名論者，即使實在論是真的又怎樣呢，或者反之亦然，這個世界還會有什麼差別嗎？」當然，這些爭論在中世紀基督教思想家中產生了極大興趣，我們可以根據這些爭論的宗教意涵來理解它們。儘管如此，羅素這位無神論者也參與了進來。

奧卡姆是相當激進的經驗主義者，他顯然預示了後來英國的經驗主義，後者在很大程度上受惠於他。奧卡姆大規模改造了托馬斯的哲學，他有時也被稱為首位「現代人」（當然他自己並沒有這樣宣稱）。他拋棄了神學，以及亞里士多德的「目的因」概念。他還以其經濟原則聞名，即著名的奧卡姆剃刀。他主張，如果可以有簡潔的解釋，就不應去追求更復雜的解釋。對於奧卡姆而言，少勝於多。

類似於司各脫，奧卡姆也關注意志的本性，尤其是上帝的意志。此外，他也強調上帝的意志而不是上帝的理性，他堅持認為，無論多麼不可思議的事情（只要邏輯上不矛盾），上帝都能做到。因此，他申論道，哪怕自然法已經設定，上帝的權力也是絕對的，因為上帝strong可以讓/strong世界成為其他樣子。因此，自然法是偶然的（就事物實際所是的樣子而言），但上帝的意志過去和現在都是完全自由的。對於人類道德而言，這個極為抽象的概念有重要意涵，因為道德正是基於自然法。自然（包括我們的本性）可以完全不同；因此，自然並不是我們道德義務的終極基礎。神法，而不是人的自然（像在亞里士多德那裡那樣），構成我們的絕對義務。

奧卡姆的剃刀最終剃掉了許多哲學鬍鬚。但是，接下來經院哲學走向衰落，奧卡姆的原則難以為繼，儘管它在現代科學中又變得很重要。