不過，讓我們回到中世紀，這個時期被認為是基督教思想的時代。恰如「逍遙派」常常被用來指稱中世紀的伊斯蘭教哲學傳統，strong經院哲學/strong通常是用來指稱大約在1050至1350年之間的西方基督教所踐行的中世紀思想。較為特殊的是，它指的是盛行於這個時期的西方「學派」中的哲學思辨方法，這個方法的基礎是亞里士多德的邏輯學，它在探究的過程中利用了辯證法。經院派著作的這種典型樣式，體現在這個時期的絕大多數哲學著作之中，它包括了系列問題，在任何情形下都包含論證和結論。除了共享這種基本方法，經院派學者還共享以下承諾：以天主教信仰為基本前提，相信人類理性可以用來擴充套件由啟示得到的真理。他們的理性觀受到了奧古斯丁以下信念的影響：經文所揭示，上帝賦予了人類理效能力，使得人們能夠認識真理。
早期經院哲學最值得注意的人物是安瑟爾謨（anselme，1033—1109）。安瑟爾謨承認奧古斯丁是他思想的來源，但他並不認可奧古斯丁對柏拉圖的形式或新柏拉圖主義的流溢的熱情。安瑟爾謨的的哲學事業就是探究信仰的神秘。他絕對相信基督教教義關於上帝、三位一體、道成肉身、復活和自由意志的真理。儘管如此，他仍利用理性對它們進行更充分的認識。他的格言是「信仰尋求理解」。他同時也確信，個人除非接受信仰的神秘，否則就無法理解。他的最著名的原理是「信仰，才能理解」（credoutintelligam）。
因此，安瑟爾謨傾注了大量的情感和理智去處理這個主題。作為經院學者，安瑟爾謨在他的探究中利用了辯證法以及各種辯論。他確信，至少有些由啟示所斷言的真理也可以通過嚴格的邏輯論證加以證明。理性也可以確立那些真理的合理性甚至必然性。安瑟爾謨最著名的論證是（後來康德所說的）上帝存在的本體論證明。「本體論」證明指的是表明某物的概念本身必然包含了它的存在。（我們前面已經提到，伊本·西那也運用了這類證明。）儘管傳統上人們認為安瑟爾謨的證明是為上帝存在辯護的「方式」，但是，安瑟爾謨完全沒有想把他的證明當作說服非信徒的手段。他只是堅持主張，這個證明可以讓那些已經信仰的人更清楚上帝的本性。
在他的本體論證明中，安瑟爾謨表明，上帝的定義本身就包含了他的存在。根據安瑟爾謨的說法，上帝是「可設想的無與倫比的偉大之物」。甚至那些並不相信上帝的人，也明白「上帝」一詞所指的意思。上帝就其定義而言，是可設想的最完美的存在。我們從這個概念可以得出，上帝必定存在。如果上帝只是可能性，只是沒有指示物的美好觀念，上帝就不是可設想的最完美的存在。因為，人們還可以設想某種更加完美的存在，即不僅觀念上極為完美，而且還現實地存在的東西。因此，只要個人接受了上帝是可設想的最完美的存在這個概念，就在邏輯上承認了上帝的存在。
阿伯拉爾（peterabelard，1079—1144?）是經院哲學時期傑出的邏輯學家。他是辯證法大師，才華橫溢且不太謙遜，他把邏輯學非正統地應用於神學，由此遭致教會兩次譴責。他堅決認為，希臘人在他們的形而上學中已經很接近基督教了，而且，類似於他的某些基督教前輩，阿伯拉爾認為，罪更多是關於惡的意圖問題，而不是碰巧與上帝的律法相沖突的惡的行動問題。由於他特別強調意圖，阿伯拉爾認為倫理學的核心是選擇和自由意志，而不是合法性原則。
不過，在歷史上，阿伯拉爾之所以廣為人知，可能還是因為他與他學生愛洛伊斯（héloise）的愛情。這位久負盛名的學者在成為少女愛洛伊斯的家庭教師後不久，兩人陷入了愛河。愛洛伊斯試圖說服阿伯拉爾，為了他教授神學的輝煌生涯，他們不應結婚。然而，他們終究秘密舉行了婚禮，可惜，愛洛伊斯的舅舅和監護人發現了他們的私情，據說他以為愛洛伊斯報仇的名義派人追殺阿伯拉爾。他們逮住阿伯拉爾後閹割了他。阿伯拉爾後來勸說自己的妻子進入修道院，那時他自己已經成為了修士。他們之間的通訊，可以說是愛情史上最動人的情書之一。
然而，作為哲學家，阿伯拉爾的主要興趣是邏輯學，或者更確切地說，是我們今天所謂的語言哲學。類似於今天的許多哲學家，他相信神學和哲學的絕大多數混亂是語言混亂、語詞意思含混的結果。他的哲學聲譽在於他的strong唯名論/strong。他首先認為，語詞只是名稱，即strong能指/strong。語詞指明事物或「表示」事物（所意指的事物是它們的「所指」）。但是，什麼樣的語詞才是名稱呢？——因為事實上並不是所有的語詞都指示實體。特別是，阿伯拉爾注意到了爭議頗多的「共相問題」，這個問題可以回溯到柏拉圖和亞里士多德，涉及種（即沒有固定範圍的個體群組或型別——比如「貓」）、屬（它是普遍的，因為許多不同的物體都可以擁有同樣的屬性——比如，紅色）以及形式（比如「三角形」）的語詞。這些語詞是否事實上指稱真實的實體，即貓之為貓、紅這種顏色以及完美三角形（柏拉圖的三角形形式）的本質。
有些邏輯學家被稱為strong實在論者/strong，他們認為存在上述的特殊實體。另外某些邏輯學家被稱作strong概念論者/strong，他們認為共相只存在於心靈之中。與之相比，阿伯拉爾所持的是激進的觀點，認為除了殊相，什麼也不存在。他否認共相的存在，拒斥實在論者的觀點，後者認為，事物具有使這些事物是其所是的本質。他認為，並沒有柏拉圖式的strong貓/strong的形式或本質，只有許許多多具體的貓。沒有strong紅/strong這種顏色，只有數不清的紅色事物。沒有柏拉圖式的strong三角形/strong形式，只有各種不同的三角形。
阿伯拉爾進而主張，某個事物之所以是其所是，乃是因為它的strong所有/strong屬性。正如亞里士多德主張的，事物的屬性無法分為本質屬性和偶然屬性，因而對於事物而言，沒有哪個具體的屬性比其他屬性更本質。阿伯拉爾承認，事物之間的相似性可能特別有用，但這樣的相似性並不是因為它們共同分有形式或普遍範疇的結果。語詞誘騙我們用共相思考，但共相併不是真實的。它們只是我們在使用語言時假定的結構。
阿伯拉爾將他對語詞與實體的嚴格區分應用於對經文的解釋。他認為，宗教權威之間的明顯衝突，可以通過看看他們是否以不同的方式使用同樣的語詞加以解決。阿伯拉爾是首位在現代意義上使用「神學」這個詞的人，它指的是對宗教神秘的理性探究。（在阿伯拉爾之前，「神學」指的是接近宗教的獨一無二的神秘方式。）理性和啟示之爭已經延續千年，阿伯拉爾為理性用於啟示辯護，認為信仰若得不到理性的辯護就只是意見。由於他相信理性提供了對於宗教真理的洞見，他堅持認為古希臘人在促進基督教教義方面取得了令人欽佩的成就，甚至在某種程度上窺見了三位一體的性質。
托馬斯·阿奎那（thomasaquinas，1225—1274）是經院哲學的集大成者。他是道明會的牧師，被天主教會視為教會中最重要的博士之一。他最為重要、最具影響的哲學著作是卷帙浩繁的《駁異大全》（citesummacontragentiles/cite）和他（未完成）的《神學大全》（citesummatheologica/cite）。《神學大全》是為教士新人撰寫的關於神學的系統陳述，但是它也是對天主教哲學的明確概括。《駁異大全》針對的目標是他在某些阿拉伯哲學家那裡看到的自然主義傾向。不過，在某種意義上，他的著作承認了自然主義者的某些前提。托馬斯的目標是要表明，基督教信仰基於理性，以及律法就其本性而言是理性的。
托馬斯是大阿爾伯特的學生，後者試圖讓他的同時代人瞭解希臘人、阿拉伯人和猶太人的思想。托馬斯延續了這方面的努力。他是集大成者，吸收了許多思想家的著作，包括邁蒙尼德和伊本·西那。他孜孜以求地表明，理性和哲學探究與基督教的信仰並不矛盾。他主張，理性與啟示各自都有自己的領域。理性是獲得關於自然世界真理的適當工具。啟示關切的是超自然世界，而自然世界不是實在的全部。而且，自然世界的真正位置只有參照超自然世界才能為人所認識。
托馬斯特別受到亞里士多德的影響，類似於許多同時代人，認為亞里士多德的重要性理所當然，以至於他在提及亞里士多德時只是簡單地稱之為「哲學家」。儘管亞里士多德的邏輯學著作的拉丁文譯本已經早已出現，但是，某些神學家和教宗權威仍反對新近出現的亞里士多德的形而上學著作和自然哲學著作的譯本。特別是，他們反對亞里士多德的如下觀點：世界是永恆的，它獨立於上帝而持續存在。更主要的是，他們認為亞里士多德的自然主義觀點不適當，因為他筆下的「神」被設想為某種抽象的自然現象（第一推動者），而不是具有人格的、精神的存在。亞里士多德與柏拉圖的不同也被認為是神學上的差異，因為中世紀的基督徒長期以來認為，柏拉圖以許多不同的方式「預示」了基督教的觀念。
理性與啟示之間的區分，使托馬斯可以明確亞里士多德哲學在基督教世界觀中的獨特位置。亞里士多德的哲學只關注理性和自然世界。托馬斯相信，在這個領域中，亞里士多德的哲學充分地闡明瞭真理。托馬斯對亞里士多德哲學的認可，最大影響就是，他使在基督教思想內部較為尊重自然世界以及關於自然世界的人類知識開闢了空間。這與早期基督教思想中較多的柏拉圖影子形成了鮮明對照，後者把自然世界與真實、神聖的形式世界加以比較，強調自然世界的非實在性。
托馬斯不僅把自然世界呈現為真實可知的；而且，他還認為自然世界是上帝法則的反映。上帝賦予他的造物以特定的本性，而創造也包括各種不同本性的事物在特定秩序下的相互關係。因此，人們通過理性認識到日常經驗世界的可知結構，進而獲得關於上帝之心靈的洞見。在科學仍完全處於守勢之際，托馬斯的論述是對科學研究的極大促進。
托馬斯認為上帝的法則貫穿於自然世界，由此宣稱整個形而上學（關注全部存在）直接指向上帝的知識。托馬斯相信，理性只要沉思自然世界就會導向這個方向。托馬斯基於理性對偶然存在者的分析，提供了自己關於上帝存在的著名證明（易言之，存在者要麼依賴不同於自身的某物而存在，要麼依靠自身而存在）。總的來說，他的論證是strong宇宙論證明/strong，從事實存在推出最終解釋。比如，偶然存在者的運動因果性依賴於其他推動它的事物。類似於亞里士多德，托馬斯認為無限倒退是不可理解的，因此他相信，這個認識會使人們去尋求第一推動者。根據托馬斯的說法，這個人們認為必須存在的第一推動者，就是上帝。在他關於上帝存在的五個證明中，托馬斯都有類似的步驟，認為自然世界中偶然存在的事物依賴於超越了它們的某個事物，這個事物就是上帝。
由於理性引導人類的心靈朝向超自然之物，因此，理性與啟示在托馬斯的體系中就不是截然對立的。實際上，他相信，我們可以通過精神實在在物質世界中的顯現來認識它們。儘管如此，他仍強調理性作為洞察神聖領域的模式的侷限性。思考是意象性的，心靈產生的意象源自對世界的感官經驗。因此，在我們試圖設想上帝之際，我們若根據的是完全不適當的時間意象和空間意象，我們就搞錯了。哲學可以有助於神學，但我們再次要注意，哲學主要是幫助我們去理解上帝不是什麼，而不是去理解上帝是什麼。人類要充分感受到超自然的、天國的上帝，啟示必不可少。恩典幫助個體的意志指向這個目標，而對於這個目標，理智只有模糊的意識。
就科學和日常理性而言，托馬斯是經驗主義者，在這個意義上，他認為人類主要是通過感官知覺來認識自然世界的。托馬斯否認觀念是天生的觀點，不過，他同時也否定感官知覺具有心靈的被動性。他與奧古斯丁和伊本·西那的主要差別涉及如下觀點：他們認為，心靈不過是神聖的光照從外部提供的觀念和形式的被動接受者。而托馬斯主張，人類心靈本身就是主動的。上帝並沒有給心靈提供外部的光照。相反，上帝賦予了心靈內在的活動原則和本性。在這個方面，心靈類似於其餘的造物。上帝賦予他所創造的每類事物以本性，即它自己的自然力量。因此，根據上帝所賦予的原則，心靈並不是被動的，而是主動的。
主動的本性這個觀念激發了托馬斯哲學中很多觀念。比如，依靠人類心靈的本性，人類知識是可能的，它主動分析感官提供的意象，探尋確定它們的本性或本質。因此，人類的道德既不是簡單的自由問題，也不是自然決定論的問題。相反，它依賴於上帝賦予人類的特殊本性。道德主要依賴的不是起伏多變的人類算計、情感和慾望，而是自然法，它早已注入我們並且可以通過理性發現的道德原則。
不過，托馬斯的經驗主義不像後來休謨的經驗主義那麼激進。休謨懷疑因果關係，宣稱我們的經驗無法保證一個事件導致另一個事件的發生。在休謨看來，我們經驗到的只是連續性，而不是原因。與之相比，托馬斯則認為因果概念有其基礎，主張心靈通過其經驗感受認識到這個概念。
托馬斯的哲學雖然在天主教神學中成了主流，但他的某些觀點仍充滿爭議。關於奧古斯丁主義者對托馬斯哲學的接受的論述，見paulvignaux,citephilosophyinthemiddleages:anintroduction/cite,trans.e.c.hall(newyork:meridianbooks,1959),p.130ff.