崇禎對袁崇煥的猜忌，從「請發內帑事件」開始。帶兵的統帥追討欠餉，本是理所當然的事情，但債戶對於債主追討欠款，不論債主的理由如何充足，債戶自然而然的會對他十分惱恨，如果債主威名震於天下而又握有武力，十幾歲的少年債戶除了痛恨之外還會恐懼。崇禎又不敢懲罰袁崇煥與皇太極談和。這「不敢」兩字之中，自然隱伏了「將來和你算帳」的心理因素。
該年閏四月，加袁崇煥太子太保的頭銜，那是從一品，比兵部尚書又高了一級。到了下個月，便發生了殺毛文龍事件，這又增加了崇禎內心對他的不滿和恐懼。
毛文龍是浙江杭州人。袁崇煥殺毛文龍是在崇禎二年（西元一六二九），那是己巳年。再早一百八十年（一四四九），同樣是己巳年，我另一位同鄉杭州人于謙為明朝立了安邦定國的大功。那一年發生土木堡之變，皇帝為蒙古人擄去，于謙擊退外敵，安定了國家。于謙和袁崇煥都是兵部尚書，於做總督，袁做督師，地位相等。兩人後來都為皇帝處死，都是明朝出名的大忠臣。
杭州人在江南雖然有「杭鐵頭」之稱，然而那是與性格柔和的蘇州人「蘇空頭」相對而言，很少去當兵打仗的。明末浙江兵赫赫有名，但戚繼光率領來平定倭寇、守禦北邊，後來在戚死後又去抗日援朝的浙江兵，都是浙東義烏一帶的人。宋朝名將宗澤也是義烏人。杭州是在浙西，一般人比較文弱。
毛文龍所以投軍，主要由於他有個舅舅在兵部做官。毛文龍喜歡下圍棋，常通宵下棋，愛說：「殺得北斗歸南。」捧他場的人，說他的棋友中有一個道人，從圍棋中傳授了他兵法。如果真有這樣的事，毛文龍的棋力一定相當低，因為他的兵法實在並不高明。又有一個傳說：他上京去投靠舅舅的前夕，睡在於廟（于謙的廟，在杭州與岳廟並稱）裡祈夢，夢到于謙寫了十六個字給他：「欲效淮陰，老了一半。好個田橫，無人作伴。」這十六個字後來果然「應驗」了：韓信二十七歲為大將，毛文龍為大將時五十二歲；田橫在島上自殺時，有五百士自刎而殉，毛文龍在島上被殺，死的只他一人。這當然是好事之徒事後捏造出來的。于謙見識何等超卓，又怎會將他這個無聊同鄉去和韓信、田橫相比？毛文龍到北京後，得他舅舅推薦，到遼東去投效總兵李成梁，後來在袁應泰、王化貞兩人手下，升到了大約相當於團長的職位。他的功績主要是造火藥超額完成任務和練兵，可見此人是能幹的後勤人員和訓練主任，傳統上，杭州人並不善於打仗，辦事能力是很強的。遼東失陷後，他帶了一批部隊，在沿海各島和遼東、朝鮮邊區混來混去，打打游擊。他的根據地是在朝鮮，招納遼東潰散下來的中國敗兵和難民，勢力漸漸擴充，終於找到了一個機會，帶領了九十八人，渡鴨綠江襲擊鎮江城，俘虜了清軍守將。這是明軍打敗清兵的罕有事件，王化貞大為高興，極力推薦，升他的官，駐在鎮江城。不久清兵大軍反攻，鎮江城就失去了。毛文龍將根據地遷到朝鮮的皮島，自己仍在遼東朝鮮邊區打游擊。
皮島在鴨綠江口之東，與朝鮮本土只一水之隔，水面距離只不過相當於過一條長江而已，北岸便是朝鮮的宣川、鐵山。當時朝鮮的義州、安州、鐵山一帶，因為鄰近中國，從遼東逃出來的漢人難民和敗兵紛紛湧到，喧賓奪主，漢人佔了居民十分之七，朝鮮人只十分之三。皮島橫約八十里，逃到島上的漢人為數不少。毛文龍作為根據地後，再招納漢人，聲勢漸盛。明朝特別為他設立一個軍區，叫作東江鎮，升毛文龍為總兵。
那時袁崇煥剛出山海關，還未建功。明朝唯一能與清兵打一下的，只有毛文龍一軍，所以他名氣相當大。當時董其昌曾上奏說：國家只要有兩個毛文龍，努爾哈赤可擒，遼地可復。他這道奏章，當然只有書法上的價值，但由此也可見到一般朝臣對毛文龍的觀感。毛文龍不斷升官，升到左都督，掛將軍印，賜尚方劍。天啟皇帝提到他時稱為「毛帥」，不叫名字。
天啟四年五月，毛文龍遣將沿鴨綠江、越長白山，攻入滿清東部，為守將擊敗，全軍覆沒；五年六月及六年五月，曾兩次派兵襲擊滿清城寨，兩次都喪師敗歸。毛文龍打仗是不行的，可是連年襲擊滿清腹地，不失為有牽制作用。那時候明軍一見清兵就望風而遁，毛文龍膽敢主動出擊，應當說勇氣可嘉。
天啟七年正月，清兵徵朝鮮，因為毛文龍不斷在後方騷擾，於是分兵去攻他所駐守的鐵山。毛文龍大敗，逃上了皮島。
他在中朝邊區打游擊時，雖然屢戰屢敗，卻也能屢敗屢戰。上了皮島之後，有了大海的阻隔，而清軍沒有水師，毛的安全感大增，加之又上了年紀，很快就腐化起來。
他開始發揮後勤才能，在皮島大做生意，徵收商船通行稅，那便是海上買路錢，派人去遼東和朝鮮挖人參。一方面向朝廷要糧要餉，又向朝鮮要糧食，理由是幫朝鮮抵抗清兵，要收保護費。朝鮮也只得時時運糧給他。他升官發財之後，對打仗更加沒有興趣了。當時皮島駐軍有二萬八千，戰馬三千餘匹，皮島之東的身彌島駐兵千餘，作為皮島的外圍，寧錦大戰之時，毛文龍手擁重兵在旁，竟不發一兵一卒去支援，也不攻擊清兵後方作牽制。袁崇煥當然極不滿意，但因管他不著，無可奈何。
天啟年間，毛文龍不斷以大量賄賂送給魏忠賢和其他太監、大臣。對朝中當權派的公共關係做得極好。天啟五年，御史麥之令彈劾毛文龍，認為他無用，遼東軍務不能依靠他。魏忠賢極力袒毛，說麥之令是熊廷弼的同黨，將他殺了。這樣一來，所有反對魏忠賢的東林黨清流派都恨上了毛文龍。
崇禎接位後，毛文龍作風不改。朝廷覺得皮島耗費糧餉太多（因毛文龍要的是十萬名官兵的糧餉），要派人去核數查帳。毛文龍多方推託，總之是不歡迎御用會計師駕臨。
袁崇煥的新任命，理論上是有權管到皮島東江鎮的。朝中於是有人建議皮島的糧餉經由寧遠轉運，意思是交由袁崇煥控制。甚至有人主張撤退皮島守軍，全部調去寧遠。這些主張，都遭到毛文龍的抗拒，而兵部又對毛相當支援。
袁崇煥寫信給首輔錢龍錫商量，要殺毛文龍。錢回信勸他一切慎重。袁在北京時，也曾和錢龍錫商議過殺毛的事，當時袁對錢龍錫說，要恢復遼東，必須從整肅東江鎮的軍紀開始。
袁崇煥決心要解決這件事。崇禎二年五月廿二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍會談，約定了在旅順附近的一個小島上相會，這小島叫做島山。從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大致相等，所以旅順是一箇中間地點，也可說是中立地帶。那時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。
袁崇煥除座船外，帶船三十八艘，出發前先試放西洋大炮，射程遠的五六里，近的三四里。廿六日到雙島，登州的軍官帶了兵船四十八艘來會。廿七日到島山停泊，旅順的軍官前來參見。袁崇煥帶眾將上山，到龍王廟去拜龍王，對眾將訓話：「本朝開國，中山王徐達、開平王常遇春諸將起初在鄱陽湖、採石磯大戰，後來一直打到漠北，水戰固然勝，馬步戰也勝，才能驅逐胡元，統一中國。現在你們的水師只能以紅船在水上自守，滿清韃子不下海，難道能趕他們入海打水戰麼？所以水師必須也能陸戰。」他的抱負是要將水師訓練成為海軍陸戰隊。
六月初一，毛文龍率領部屬到達島山，與袁互相交拜。毛文龍呈上禮帖三封和三桌筵席。在船中吃過，袁崇煥和他談話，說道：「遼東海外，只有我和貴鎮二人，務必同心共濟，方能成功。我歷險來此，旨在商議進取。軍國大事，在此一舉。我有一個良方，只不知生病的人肯不肯服這一帖藥。」當晚兩人直談到二更。初二袁崇煥上島，犒賞毛的部屬，和毛又密談到三更。初三日又再談，袁崇煥要求皮島設文官監軍，糧餉由寧遠轉發，改編部隊，連談三日三夜，毛文龍始終不同意，到這時談判終於破裂。袁崇煥給他最後一個機會，勸他辭職回鄉，享受西湖風物。毛文龍說：「辭職回鄉這件事，我一直是在盼望的。只不過我對遼東事務很熟悉，解決了滿洲之後，可順勢襲取朝鮮了。」袁崇煥聽他大言不慚，更是不滿。酒散後，袁傳副將汪翥上船密議，五更方畢。通宵部署，要殺毛文龍了。
初四日，袁崇煥犒賞毛部兵將共三千五百七十五名，軍官每名銀子三五兩不等，兵每名數錢，又將帶來的餉銀十萬兩交卸。同時和毛劃分職權，此後旅順以東由毛指揮，旅順以西由袁指揮。毛文龍收到大筆銀子，對指揮權的區劃又十分滿意，減少了提防警惕。
初五日，袁崇煥邀毛文龍一起檢閱將士比賽射箭。相見後，袁崇煥說：「我明天要回寧遠了。貴鎮身當國家海外重寄，請受我一拜。」說著下拜，毛文龍跪下還禮。大家上山後，袁的親信參將謝尚政指揮各營士兵布成一個大圍。毛文龍和隨從官員百餘名在圍內，將毛部兵丁都隔在圍外。袁崇煥問起毛文龍手下將官的姓名，居然大多數姓毛。袁崇煥覺得奇怪。毛文龍說：「他們都是我的義孫。」
袁崇煥笑了起來，跟著對毛部眾將說道：「你們在海外辛苦，兵士每個月只有五斗米的糧，甚至家中幾口人都分食此糧，想起來令人痛心。請大家受我一拜，感謝你們為國家盡力，以後大家不必耽心沒有糧餉。」當即下拜。眾將磕頭答禮，甚是感動。
袁崇煥隨即提出幾件事來責問毛文龍，毛文龍抗辯。袁崇煥不客氣了，斥責道：「本部院披肝瀝膽，與你說了三日，只道你回頭是岸，也還不遲。那曉得你狼子野心，總是一片欺誑到底。你目中沒有本部院，那也罷了。方今聖天子英武天縱，國法豈容得你？」命人除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態度仍十分倔強，自稱無罪有功。
袁崇煥厲聲道：「你道本部院是個書生，瞧我不起。本部院卻是能管將官之人。你說沒有罪麼？你犯了十二大罪，我數給你聽：
「一、明朝的制度，大將在外，必由文臣監督，你專制一方，軍馬錢糧不肯受核。二、殺戮降人難民，謊報冒功，說殺的是清兵。三、宣稱如果南下，取登州和南京猶如反掌。公然說要造反。四、每歲餉銀數十萬，但發給兵士的糧餉每月只有三鬥半，侵盜軍糧。五、在皮島開馬市，擅自與外國貿易。六、部將數千名都冒稱姓毛，擅自封官。七、敗退時剽掠商船。八、你自己強搶良家婦女，部下效尤。九、驅策難民到遼東去偷挖人參，不肯去的就不發糧食，讓他們大批在島上餓死。十、將大量金銀送去京師賄賂，拜魏忠賢為義父，在島上替魏忠賢塑像。十一、鐵山一仗，大敗喪師，卻報稱有功。十二、設立軍區已達八年，不能恢復寸土，觀望養敵。」
這十二條罪狀數了出來，毛文龍魂不附體，只有叩頭求饒。
袁崇煥問毛的部將：「毛文龍該斬麼？」諸將都嚇得不敢作聲。有人說毛文龍這些年來雖無功勞，但也辛苦出力。袁崇煥叱道：「毛文龍本來只不過是個尋常百姓，現今官居極品，滿門封蔭，已足夠酬答他的辛勞了，為什麼他還這樣悖逆？」
於是向著北京叩頭，宣稱：「臣今天誅毛文龍以整肅軍紀，諸將中若有行為如毛文龍的，也一概處決。臣如不能成功，請皇上也像誅毛文龍一樣的處決臣！」請出尚方劍來，命旗牌官將毛文龍在帳前斬決，向毛文龍部屬諭示：「只誅毛文龍一人，其餘各人一概無罪。」毛文龍麾下將士無一敢動。袁崇煥命人收殮毛文龍，次日開弔拜奠，說：「昨日斬你，是為了朝廷大法。今日祭你，是為了僚友私情。」
隨即將毛部分為四隊，派毛文龍的兒子毛承祿、副將陳繼盛（陳的女兒是毛文龍之妾）等四人分領，犒賞軍士，盡除皮島毛文龍的虐政。回寧遠後上奏稟報，最後說：毛文龍是大將，不是臣有權可以擅自誅殺的。臣犯了死罪，謹候皇上懲處。
崇禎得訊，大吃一驚，非常不以為然。但想毛文龍已經死了，目前又正倚賴袁崇煥盡力，只得下旨嘉獎他一番，又下旨公佈毛文龍的罪狀，逮捕毛文龍的駐京辦事處主任，以安袁崇煥之心。
袁崇煥耽心毛文龍的部下生變，奏請增加餉銀。但查核部隊實數，兵員比毛文龍虛報時少得多了。崇禎見兵員少了，餉銀反增，頗為懷疑，但都一一批准。以崇禎這樣剛強的性格，這時迫於形勢而不敢得罪袁崇煥，實已深深伏下了殺機。
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