毛文龍在皮島，儼然是獨立為王的模樣，不接受朝廷派文官監察核數、濫殺難民冒功、侵吞軍糧、軍紀不肅，的確有罪。但袁崇煥以尚方劍斬他的方式，卻也未免太戲劇化了些。明朝賜尚方劍給主帥，用意是給主帥以絕對權威，部將如不聽指揮，立即可以誅殺。然而毛文龍的罪行都非緊急，也不是反叛作亂。何況毛文龍也是受賜尚方劍的。
毛文龍在皮島，畢竟曾屢次出兵，騷擾滿清後方，是當時海上惟一的一支機動游擊隊，滿清對他也一直頗為重視忌憚。
這十二條罪狀中，有幾條平心而論並不能成立。毛文龍說取登州、南京如反掌，只不過一時誇口，並非真的要造反，不過皇權專制時代，說這種話確是大逆不道；向外國買馬，當是軍中需要；擅自封官是得到朝廷授權的，部將喜歡姓毛，旨在拍主帥的馬屁，也沒有什麼大不了；不能恢復寸土，只能說他無能，卻非有罪，要打敗清兵，恢復失地，談何容易？在島上為魏忠賢塑像，更難以加他罪名。天啟年間，魏忠賢權勢熏天，各省督撫都為魏忠賢建生祠、塑像而向他跪拜。當時袁崇煥在寧遠也建了魏忠賢的生祠。時勢所然，人人難免。
毛文龍真正的重大過失，是不受節制，在他所控制的軍區中獨立行事，不聽上級指揮。在大戰之時，大將獨立自主，不奉命令，當然是違反軍紀的重大事件。
毛文龍死後，部將心中不服，頗有逐漸叛去的，其中重要的叛將有孔有德（後降清封定南王，鎮廣西）、耿仲明（降清封靖南王，鎮福建）、尚可喜（降清封平南王，鎮廣東）。這三人投降滿清，為清朝出了很大力氣，甚至把西洋火器帶了過去。清初四大降王，除吳三桂外，其餘孔、耿、尚三人都是毛文龍的舊部。不過這也不能說是袁崇煥的過失。
對於「殺毛事件」，當時輿論大都同情毛。一般朝臣認為，毛文龍即使有罪，他是一個大軍區司令，也只能由皇帝下旨誅殺。皇帝的統治手段，主要只是賞與罰。袁崇煥擅殺大將，是嚴重的侵犯了君權。
當時小說盛行，有人做了小說來稱譽毛文龍。一部是四十回的《遼海丹忠錄》，是杭州人陸雲龍所作，大捧同鄉毛帥。另一部是作者不署名的《鐵冠圖》（不是講李自成事蹟的那一部），以毛文龍為主角。
當時大名士陳眉公對「殺毛事件」抨擊甚烈。另一個大名士錢謙益是毛文龍的朋友，對朝野輿論當然也有影響。《明季北略》甚至說：袁崇煥捏造十二條罪名來害死了毛文龍，與秦檜以十二道金牌來害死了岳飛完全一樣。卻又是過份的批評了。
推測袁崇煥所以用這樣的斷然手段殺毛，首先是出於他剛強果決的性格。其次，文人帶兵，一定熟讀孫子兵法，對於孫武殺吳王愛姬二人、因而使得宮中美女盡皆凜遵軍法的故事，對於「將在軍，君命有所不受」的軍法觀念，一定印象十分深刻。那時候寧遠、錦州、薊州各處軍事要地都曾發生兵變，如不整飭軍紀，根本不能打仗。袁崇煥明知這樣做不對，還是忍不住要殺毛，推想起來，也有自恃崇禎奈何他不得的成份。最後，毛文龍接近魏忠賢，袁崇煥接近東林清流，其中也難免有一些黨派成見。
袁崇煥殺毛文龍一事，論者多認為大招崇禎之忌，是袁崇煥被殺的主要原因之一。到底袁殺毛一事，真是合理而必要，還是犯了錯誤？這在袁崇煥的一生，是一個重要問題。
第一：袁崇煥有沒有殺毛之權？袁崇煥於崇禎元年受任為兵部尚書、兼右副都御史、督師薊遼、兼督登萊天津軍務。明朝兵部尚書相當於現代的國防部長兼總參謀長，有軍令權，可指揮陸軍、海軍，御史略等於現代的政治委員，是皇帝的代表，在部隊中監督統帥。「督師」是帶兵的最高階文官，袁當時官職相當於國務院副總理、國防部長兼野戰軍總司令兼政委，又兼陸海軍前敵總司令。毛文龍的皮島軍區歸他管轄。臨敵之時，麾下大將如果不聽指揮，主帥將之斬首，中國歷史上事所常有。例如諸葛亮斬馬謖，臨終時遺命斬魏延。尚方劍是「皇帝誅殺臣下之權力的象徵」。袁崇煥受賜尚方劍，即是崇禎賜給他專殺之權，他用尚方劍殺毛文龍，是代表皇帝殺的。
第二：毛文龍是否真的有罪？毛文龍先前抗清有功，在皮島起了一些牽制作用，但他立功升官之後，自大起來，皮島軍區只二萬多名官兵，他卻要領十萬名官兵的糧餉，不接受中央稽核，並自行設立市場做生意，派官兵去鄰國朝鮮挖人參，取貂皮。還收取海上過境稅，強迫朝鮮繳納糧米（侵犯中央的外交權）。後勤部建議皮島的糧餉由寧遠（袁的總司令部）轉發，以資核實，毛堅不接受。寧遠大戰時，局勢緊急，毛文龍部隊在清軍後方，卻不出兵應援或配合牽制。中央要求皮島餉銀由寧遠轉發，毛文龍不肯，雙方交涉得緊了，毛文龍威脅說：「我帶兵南下，攻打登州、萊州，取南京猶如反掌。」登州、萊州是袁崇煥直轄的軍區，南京是明朝的南都，明太祖的龍興之地。中央無奈，只好暫不堅持。袁崇煥受任之前，曾與首輔大學士（約相當於宰相）錢龍錫商量，要殺毛文龍以確立軍紀。錢龍錫不表反對，但勸他慎重。
第三：毛雖有罪，是否應殺？當時軍紀廢弛，兵士為了索取欠餉，常常譁變，殺害上官。軍紀不肅，無法打仗。袁崇煥曾向崇禎誇口，要五年復遼。如無一支紀律如鐵的精兵，怎能抗清復遼？要樹立軍紀，必須先整肅不守紀律、不服從命令的大將。毛文龍的軍階是總兵（還帶都督銜，約略相當於軍長、軍區司令），和祖大壽、滿桂等相同，統兵號稱十萬（實際約二萬八千名）。當時袁崇煥所指揮的部隊，全部約六萬名，如將毛部近三萬兵收過來統一指揮，對軍務有極大好處。袁與毛在島山見面，長談三日三夜，毛始終不聽指揮。袁勸他退休回去西湖享福。毛文龍誇稱熟悉朝鮮情形，滅清之後可順手取得朝鮮。在此情形下，不殺毛文龍無法抗清。打個比方，如果當年林彪統帶第四野戰軍，在東北要獨立自主，不服從中央命令，宣稱打垮國民黨部隊後要乘機攻取南北朝鮮（事實上林彪沒有這樣做，也未宣稱）。中共中央不殺林彪，這場仗就打不下去了。
第四：當時有人說，袁崇煥不應該當場殺了毛文龍，應將他逮捕，送到北京去請崇禎處理，或者先請皇帝批准而再殺他。當時大學者黃梨洲評論說：「文龍官至都督，掛平遼將軍印，索餉歲百二十萬緡（兩），不應則跋扈，恐嚇曰：‘臣當解劍歸朝鮮矣。’則其內懷異志非一日也。」梨洲又云：「參貂之賂貴近者，使者相望於道⋯⋯崇煥朝請，文龍夕知。」朝廷中的大官收受毛文龍賄賂甚多，袁崇煥一提出申請，毛文龍即刻知道，有了防備，極可能激得他起兵造反。如將他逮捕送去北京，他部下官兵很多是他義子義孫，有可能動武搶奪，引起內戰。就像《三國演義》中寫魏大將鄧艾在蜀被朝廷下令擒入囚車，鄧的部屬武力搶奪囚車。
第五：也有人說，袁崇煥去寧遠當統帥之前，決心整肅軍紀，要殺毛文龍，和首輔錢龍錫商議。其實他直接請示皇帝更好，因為崇禎先得到殺毛的訊息之後，袁再殺毛，崇禎就不會驚愕恐懼，害怕袁崇煥權太大。然而崇禎更信任宦官廠衛，而這些宦官廠衛都收受毛文龍的賄賂，袁崇煥對皇帝一說，毛文龍很快就知道了。
春秋時，《孫子兵法》的作者孫武向吳王表演治軍之法，要殺吳王的兩名愛姬，因二姬不奉軍令，嬉笑不絕。吳王大驚，派人去向孫子說：「寡人已知將軍用兵矣。寡人非此二姬，食不甘味，宜勿斬之。」孫子曰：「臣既已受命為將。將法在軍，君雖有令，臣不受之。」還是斬了兩個愛姬，部隊肅然，奉命惟謹。吳王不悅，說：「我知道你善用兵了，將軍請下去休息罷，我不想再看了。」吳王雖然心痛愛姬之死，還是接受伍子胥的勸告，重用孫子帶兵，破楚、滅越、威齊，吳國霸於天下。
崇禎的度量，比之吳王闔閭是差得多了。見識也差得多了。
崇禎因袁崇煥殺毛文龍而殺袁，等於三國時蜀漢的劉禪因諸葛亮斬了馬謖，把諸葛亮殺了。
督師本來比總督略高，但在於謙的時候還沒有設督師，當時總督是地位最高的帶兵文官。見吳：〈明代的軍兵〉。
即今遼寧省丹東市之北的九連城，與朝鮮的義州隔鴨綠江相對。
皮島在朝鮮寫作椵島。這個「椵」字，漢文音「駕」，但朝鮮人讀作pi音，所以中國人就簡稱為皮島。有一本相當流行的講清史的通俗著作說皮島即海洋島，地理弄錯了。海洋島在皮島和大連之間，離皮島約一百海里。皮島是朝鮮地方，海洋島是中國地方。皮島在黃海中，身彌島之西，大和島之北。面積不大。
據朝鮮派去皮島的使者記載：毛文龍每天吃五餐，其中三餐有菜餚五六十品，寵妾八九人，珠翠滿身，侍女甚多。
一般書籍（包括《明史》）上記載，都說袁毛的會晤地是在雙島。《荊駝逸史》中輯有〈袁督師計斬毛文龍始末記〉一文，採用的是日記體，從五月廿二日袁崇煥出發到六月十一日回寧遠，逐日記錄海程、所經島嶼、風勢、船隻、兵員、官員姓名等等，十分詳盡，作者顯然是袁崇煥隨行的幕僚或部屬。他寫作態度異常忠實，對於袁毛密談三日三夜，因他沒有參與或聽到密談，所以只記兩人「二更後方散」、「密語三更方散」，記錄兩人密談後的神色，卻不記密語內容，全無憑空推測的言辭，合於現代要求最嚴格的報導體。該書記載袁毛相會的地點是在島山，離旅順陸路十八里，水路四十里，距雙島有半日水程，中間隔了松木島、豬島、蛇島、蝦蟆島等許多島嶼。我比較各種資料，覺得島山的說法似較可信。
〈始末記〉記載當時情形說：「酒敘至終，（袁）方有傲狀，毛帥有不悅意態。」
後來大大有名的孔有德、耿精忠、尚可喜都是毛文龍的義孫，那時叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
袁崇煥奏本：「⋯⋯臣於是悉其狼子野心終不可制，欲擒之還朝，待皇上處分。然一擒則其下必鬨然，事將不測。惟有迅雷不及掩耳之法，誅之頃刻，則眾無得為。文龍死，諸冀惡者念便斷矣⋯⋯但文龍大帥，非臣所得擅誅。便宜專殺，臣不覺身蹈之。然苟利封疆，臣死不避，實萬不得已也。謹據實奏聞，席敝待誅，惟皇上斧鉞之，天下是非之，臣臨奏，不勝戰懼惶悚之至。」
崇禎二年六月十八日，奉聖旨：「毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節制不受。近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測。且通夷有跡，犄角無資，掣肘兼礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法，事關封疆安全，閫外原不中制，不必引罪。一切處置事宜，遵照敕諭行，仍聽相機行事。」（《明清史料》第八編）
梁啟超在《袁崇煥傳》中說：「吾以為此亦存乎其人耳。毛文龍不死，安知其不執梃為諸降王長？」意思說，毛文龍如果不死，說不定他反而是投降清朝的第一大降王呢。然而這也是揣測之辭了。
陳玉樹《後樂堂集》〈袁崇煥殺毛文龍論〉：「崇煥以兵部尚書督師薊遼，兼登、萊、天津軍務，賜尚方劍，便宜從事。明制：督師賜尚方者，得斬總兵以下。是崇煥本有專殺之權者也。」
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