第六件事：縣長的職務是治理老百姓。都應當勤謹工作。給老百姓辦了好事，這才算有功績。賞罰應該分明，而現在在位沒有什麼才能退下來的，多授以議郎、郎中。如果才華好，不應讓其列入冗散人員，如有罪過，自然應當判罪。難道認罪怕審訊，反要求調離，互相仿效，好歹沒有個標準之理？先帝典章制度，沒有這個規定。應該查驗真偽廢除乾淨。
第七件事：以前一切以宣陵孝子為太子舍人。我聽說孝文帝帝詔，喪服三十六日，雖說是繼承皇位之君，父子至親，公卿列臣，受恩至重都要控制自己的感情，服從詔令，不敢逾越。現在虛偽小人，本不是骨肉之親，也無什麼特別的恩情，又沒有真正的祿仕，卻表現哀痛思念，這種哀情根據什麼產生的呢？他們聚集陵墓之旁，假稱奉孝，行為既掩飾不了他們的心跡，於義又沒有根據。甚至還有不法分子藏在裡面。桓思皇后庭祭和升柩的時候，東郡有盜人妻的逃在孝中，原籍追捕，才服了罪。虛偽雜亂汙穢，說也說不完。又，先到的可以授官了，後來則被遣歸；有的經年在陵地，因暫時回去漏掉了；有的用人代理，也得到寵榮。紛爭怨恨，在大路上吵吵嚷嚷，不成體統。太子的官員，應挑選有德行的人，難道只用一些墳墓醜惡的人？沒有比這還不吉祥的事。應該把他們送歸田裡，揭發他們虛偽詐騙。」奏書送上，帝於是親自迎祥氣於北郊，舉行大家的禮儀。又令宣陵孝子為舍人的，統統改為丞尉。
光和元年(178)，設定鴻都門學，在裡面畫孔子及七十二弟子像。諸生都令州郡三公推舉徵召。有的出為刺史、太守，入為尚書、侍中，有的竟有封侯賜爵的，一般有道德的知識分子都認為與他們在一起是可恥的。這時，妖異的現象常有發生。人人驚恐。
光和元年(178)七月，詔召蔡邕與光祿大夫楊賜、諫議大夫馬日石單、議郎張華、太史令單..至金商門，引入崇德殿，使中常侍曹節、王甫問他們關於災異及消除變故所應當採取的辦法。蔡邕用心答覆。記在《五行》、《天文志》中。皇上又特別詔問蔡邕：「近來災異變故的發生，不知是什麼罪咎引起的。朝廷焦急，我心裡害怕。訪問群公卿士，想聽到一些忠言，他們都守口如瓶，不肯盡心。因為你經學深，故特問你，你應該闡明得失，指出為政的要點，不要唯唯否否，或者懷疑恐懼。全按經述對答，為了保密，要用皂囊封上。」蔡邕答說「：皇上大德聰明，深念災害。我雖淺學，還鼓勵我，特別詢問我，這不是無知下賤的我所能勝任的。正是披肝瀝膽的時候，難道我可以患得患失，怕這怕那，使皇上聽不到應該切戒的話嗎？我想各種災異，都是亡國的徵兆。老天對我大漢，念念不忘。
所以一再出現妖變，表示譴責，想使人君覺悟起來，改危為安。現在災怪的發生，不在別的地方，遠在門口，近在寺署裡面，作為鑑戒，可以說是至切至要的了。婦人干預政事，是怪異發生的原因之一。以前乳母趙嬈，貴重無比，在生時，她的財產與國家的府庫相等，死後，她的墳墓超過了皇上先人的陵園，兩個兒子受封，她的兄弟都做州郡的官。加之，永樂門史霍玉，依靠權勢，更為奸邪。現在道路議論紛紛，又說有程大人這樣一個人，觀察他的動靜，可能危害國家。應當高度提防，公佈禁令。好好地想一想趙嬈、霍玉的問題，以為至戒。現在皇上一片好意，要分清好壞，聽說太尉張顥是霍玉引進的；光祿勳姓璋，是有名的貪汙分子；又長水校尉趙王玄、屯騎校尉蓋升，都很吃香，榮華富貴。應當想到小人在位是罪過，更要想到引身避賢也是禍。廷尉郭禧，樸實而經驗充足；光祿大夫橋玄，聰明而守正不阿；前太尉劉寵，忠實而操守清正，他們都可以作謀主，經常詢問，自可獲益。
宰相大臣好比皇上的四體，委任而責成功。好壞已經分清楚，不應當聽信小吏中傷大臣。又尚方工技，鴻都篇賦，可以暫時停一停。以示憂患在身。《詩》雲‘：畏天之怒，不敢戲豫。’老天爺的警戒，是不能輕看的啊！宰府孝廉，要求是很高的。前不久因徵召不慎，嚴厲斥責三公，而現在卻都以小文超取選舉，大開走後門之風，違背了國家的制度。大家不滿意，只是不敢說而已。我望皇上下決心改變這種狀況，所思萬事，都為了報答老天的希望。皇上既然自己約束自己，左右的近臣，也應該接受教育。人人抑損，堵塞災怪。天道厭滿，鬼神貴謙啊！我因愚憨，感激忘身。竟敢觸犯忌諱，手書答對。
君臣不親密，君要警惕洩漏機密，臣就常有失身的危險。請把臣表好好收藏起來，不要使忠直的臣子，遭到壞人的怨恨。」奏上，帝看了嘆息。因出去上廁所，曹節在後面偷看了，就全部向左右的人說，致使事情洩漏出來。被蔡邕所奏應該廢黜的人，都恨了他，企圖打擊報復。以前，蔡邕與司徒劉..不和，叔父衛尉蔡質，又與將作大匠陽球有意見，陽球就是中常侍程璜的女婿。程璜使人寫匿名報告，誣告蔡邕、蔡質幾次因私事請託於劉..，劉..沒有答應他，於是蔡邕懷恨在心，等等。決心陷害蔡邕。因此詔下尚書，召蔡邕質問。蔡邕上書申訴說：「臣被召，問的是：大鴻臚劉..前為濟陰太守，我的屬吏張宛長休百日；劉..為司隸，又託河內郡吏李奇為州書佐；及營護前河南尹羊陟、侍御史胡母班，劉..都未辦使我懷恨等情況。我誠惶誠恐，肝膽塗地，死無葬身之所。我想，事屬張宛、李奇，與羊陟、胡母班無關。大凡休假小吏，不是結恨的根本。與羊陟是親戚，難道敢於幫助私黨？如果我們父子想陷害他，應當告到臺閣，詳細寫明我們恨他的原因。
內無寸事，誹謗之書外發，我願與劉..當面對證。我因學問特蒙獎勵。秘館工作，皇上面前奔走，姓名狀貌，皇上是心中有數的。今年七月召詣金商門，問我災異發生的原因。持詔申旨，再三啟發。我實愚憨，只知盡忠，沒有想到後害。就譏刺公卿大臣和寵幸的臣子。我是想上對皇上所問，消除災異，進而為皇上建太平盛世之計。皇上沒有想到忠臣直言，應該保密。於是誣陷突來，致生疑怪。盡心害人之吏，難道也可以容忍嗎！詔書下達，要求百官各上密奏，想改弦更張，除兇致吉。現在是進言的不但沒有受到採納的獎勵，而轉眼之間，誣陷來了。現在都閉口結舌，以我為戒。哪個還敢為皇上盡忠孝呢？我的叔父蔡質，連連提拔，職位很高；我被深恩，幾次見訪。寫匿名報告的人，想以此誣陷我們父子，破壞我的門戶，不是為了舉發奸人，補益國家啊！我年四十有六，孤獨一人，幸得名列忠臣，死有餘榮。只怕皇上從此再也聽不到忠言了！我愚陋無知，罪有應得。但以前的答對，我叔父蔡質是不知道的。白髮蒼蒼，衰老餘年，橫遭逮捕，跟著我受罪，同遭坑害，冤哉！痛哉！我一入獄，當為痛楚所迫，加以匿名報告催促，我的情狀，皇上哪能再知道呢。死期快來了，魯莽自訴，願自己處死，乞蔡質不同罪。那麼，我死的一天，就是我再生之年啊！祝萬歲健康！為百姓自愛。」於是送蔡邕、蔡質入洛陽獄，定為以仇怨奉公，謀害大臣，大不敬，棄市。
事奏，中常侍呂強憐憫蔡邕無罪，請於皇上，帝也再想了想那個飛章所說，下詔減死罪，剃光頭髮，鐵圈束著頸項，與家屬遷徙朔方，不得因赦令免除。陽球打發刺客追趕刺殺蔡邕，刺客被蔡邕的正義感動了，都不為陽球所用。陽球又賄賂其部主毒害蔡邕，受賂的把訊息反而告訴了蔡邕，要他提高警惕。所以沒有遭到殺害。居五原安陽縣。蔡邕前在東觀，與盧植、韓說等撰補《後漢記》，正遭流放，沒有來得及寫成。因此上書所著十意，分別首目，附在書尾。帝愛蔡邕才高，正好第二年國家大赦，於是寬免蔡邕罪，准許他返回原籍，蔡邕自放逐至回，共九個月。
正準備啟程回郡的時候，五原太守王智送行。酒喝夠了，王智起舞勸蔡邕，蔡邕不理他。王智是中常侍王甫的弟弟，本來很驕貴，失了面子，為賓客所笑，就破口罵蔡邕說「：罪犯敢輕侮我！」蔡邕振衣而去。王智恨了他，密告蔡邕因囚放懷怨，誹謗朝廷。皇上寵幸的人也都惡了他。蔡邕考慮終不免於害死，於是逃命江海，遠走吳會，往來依靠泰山羊氏，積十二年，在吳。吳人有燒桐煮飯時，蔡邕聽了火燒的聲音，曉得桐是一種好木材，於是請製造成琴，果然聲音好極了，但琴尾是焦的，時人名之為「焦尾琴」。從前，蔡邕在陳留，鄰人請蔡邕吃飯，及去而酒已經喝完了。屏風後面有客人在彈琴，蔡邕至門悄悄一聽，說：「噢！以樂叫我而有殺心，為什麼呢？」就逕自回去了。蔡邕素為鄉里所尊敬，主人立即追趕他，並問他是什麼原因，蔡邕原原本本告訴了他，都為之奇怪。彈琴的人說：「我前鼓弦，見螳螂對著鳴蟬，蟬將去還沒起飛，螳螂忽前忽退。我心驚肉跳，惟恐螳螂捕捉不了蟬。這難道就是所謂殺心形於聲音嗎？」蔡邕笑著說「：實在是這樣啊。」
中平六年(189)，靈帝去世，董卓為司空，聞說蔡邕名氣大，徵召他，蔡邕推說有病不能去。董卓大怒，罵說：「我有殺人之權，蔡邕縱驕傲，也是不過轉足之間的事而已。」又急令州郡徵召蔡邕到府。蔡邕不得已，到，代理祭酒，很受敬重，舉高第，補侍御史，又轉持書御史，升尚書。三天之內，遍歷三臺。升巴郡太守，又留為侍中。
初平元年(190)，拜左中郎將，從獻帝遷都長安，封高陽鄉侯。董卓的賓客部屬想尊董卓比太公，稱尚父。董卓問蔡邕，蔡邕說：「太公輔周，奉命滅商，故特號為太公。現在您的威德雖高，然比之尚父，我以為不可。等到關東平定，皇上返還舊京，然後再議。」董卓聽了他的話。初平二年(191)六月，地震，董卓問蔡邕。蔡邕對說「：地動，陰盛侵陽，臣下不遵守國家制度引起的。前春天郊祀，公奉車駕，乘金華青蓋，爪畫兩箱，遠近都認為不合適。」董卓於是改乘皂蓋車。董卓看重蔡邕的才學，對他非常客氣，一遇舉行宴會，往往令蔡邕鼓琴助興，蔡邕也有心出力。然董卓多剛愎自用，蔡邕恨自己的話很少為董卓採納，對從弟蔡谷說：「董公性剛烈而易為非，終究不能成事。我想東奔兗州，但是道路太遠，不易達到，暫時逃到山東看看，怎麼樣？」蔡谷說：「你的容貌與普通人不同，在路上走，看的人云集，這樣，想躲起來，難啊！」蔡邕乃打消了這個主意。董卓被誅，蔡邕在司徒王允家坐，不知不覺說起董卓來，併為之嘆息，臉色都變了。王允勃然大怒，罵蔡邕說：「董卓國家大賊，幾乎把漢朝都覆滅了，你為臣子的，應與大家一樣為之憤怒，只是因為他對你好，你竟然把大節也丟了，現在誅殺有罪，你反而悲傷哀痛，難道不是與他通同叛逆嗎？」就逮捕了他，交廷尉審訊。
蔡邕承認自己有罪，請求黥首斷腳，饒一條命，使他能繼續修成漢史。不少士大夫憐憫他，援救他，無結果。太尉馬日石單跑去對王允說：「伯喈有舉世無雙的才華，漢朝的事知道得多，可以使他繼續寫成後漢史，是一代重要的典籍。他忠孝素著，以莫須有獲罪，殺了他，恐怕失去了人心呢！」王允說「：從前漢武帝不殺司馬遷，使他寫謗書，流傳後世。現在國家的命運中衰，皇位不穩固，不能讓諂媚的人執筆在幼主左右。對皇上沒有好處，我們這般人也要受到他的攻擊。」馬日石單出來告訴別人說「：王公的眼光太過於短淺了吧！好人，國家的楷模，著作，國家的盛典。
滅紀廢典，能夠長久嗎？」蔡邕竟死在獄中。後來王允失悔，想不殺掉他，已經來不及了。蔡邕死時六十一歲。士大夫和諸儒生沒有不流淚的。北海鄭玄聽說蔡邕死了，嘆息說：「漢朝的事，誰來考定啊！」兗州、陳留間都畫著蔡邕的像紀念他。他收集漢朝歷史，沒有看見寫下來作後史。只有所作《靈紀》及十意，又補諸列傳四十二篇，因李催作亂散失，大多沒有儲存下來。所著詩、賦、碑、誄、銘、贊，連珠、箴、吊、論議、《獨斷》、《勸學》、《釋誨》、《敘樂》、《女訓》、《篆執》，祝文、章表、書記，共百零四篇，傳於世。史官評論說：人與人之間的意氣感應，有學識，有道德修養的人，是不會忘記的。流放的厄運，是人生極為悲痛的。當伯喈抱著罪架，貶謫邊遠地方時，抬頭看不見日月的光明，走路不得避風塵，難道他想起過平日親近的人嗎？及得赦歸本郡，又不得不遠逃。偷偷地在江裡行舟，不管遠近；在深林中飛跑，耽心樹木不密。只想回到故鄉，埋骨先人墳墓的旁邊，也不可得；董卓一旦入朝，首先下令徵召他，分清冤枉，三天內三次升遷。輔佐有功，狂悖非的事，常常得到革除，真是《易同人卦》所說的「先號口兆而後笑」。塞翁失馬，焉知非福？他對有恩的人，哪能不想念呢！正直無私的人，處決一個罪犯，尚且還吃不下飯，何況國家的刑典，出於倉卒，事前沒有想到，以至憐憫變容，哪能按奸邪同罪！當政者竟然追怨司馬遷謗書，流傳後世，根據這個要把蔡邕殺掉，沒有聽見過這樣執行刑法的。