十二月丙戌，光武從懷縣回洛陽。赤眉軍殺更始。隗囂佔據隴右，盧芳在安定起兵，破虜大將軍叔壽在曲梁進攻五校賊，叔壽戰死。

二年(26)春正月初一，日蝕。大司馬吳漢率九位將軍在鄴東進攻檀鄉寇賊，大敗檀鄉賊軍，迫使他們投降。十七日，把功臣都分封為列侯，大的封國四縣，其餘多少不一。詔令說：「人的慾望滿足以後，最怕的是放蕩不羈，只求一時的快樂，忘卻慎於刑罰的道理。想到各位將軍功業遠大，的確想代代相傳，應當像站臨深潭邊、在薄冰上行走一樣，戰戰兢兢，一天比一天更謹慎。有些有顯著功績，沒有得到報酬，名未揚、官未封的人，大鴻臚趕快報上，我將分別錄用。」博士丁抱提議說「：古代帝王封諸侯地不過百里，以‘利建侯’、‘雷震百里’為準則，中央強大，地方弱小，這是用來治理國家的方法。現在封諸侯大到四縣，不合法制。」光武帝說：「古代國家的滅亡，都是由於國君無道，沒有聽說過功臣封地大而遭滅亡的。」於是派謁者馬上授予列侯印綬，策書上說：「在上面不驕傲，雖高也不危險；節制謹守法度，雖滿也不漫出。敬肅戒慎，傳給你們子孫後代，永遠做漢家的藩屬。」十九日，更始復漢將軍鄧曄、輔漢將軍於匡投降，都恢復了他們原來的爵位。壬子，修高帝廟堂，建社稷壇於洛陽，立郊兆壇於城南，開始明確漢主火德，崇尚赤色。同月，赤眉燒長安宮室，挖掘帝王園陵，寇掠關中。大司徒鄧禹進長安，派府掾捧著十一帝的神主，供於高廟。真定王劉揚、臨邑侯劉讓謀反，光武派前將軍耿純把他們殺掉。

二月十六日，光武到修武。大司空王梁免職。十九日，任太中大夫宋弘為大司空。派驃騎大將軍景丹率徵虜將軍祭遵等二將軍攻打弘農寇賊，把他們打敗，趁勢又派祭遵圍攻蠻中寇賊張滿。漁陽太守彭寵反叛，在薊城攻打幽州牧朱浮。

延岑在漢中自稱武安王。辛卯，光武自修武回洛陽。三月乙未，大赦天下，詔令說「：近來獄中多有冤屈的人，用刑殘酷，我很哀憐他們。孔子說：‘刑罰不得當，老百姓就不知怎樣才好。’應當和中二千石、諸大夫、博士、議郎共同討論省免刑罰的事。」派執金吾賈復率二將軍攻打更始郾王尹遵，打敗他，迫他投降。驍騎將軍劉植攻打密地寇賊，戰死。派虎牙大將軍蓋延率四將軍討伐劉永。

夏四月，在睢陽圍攻他。更始將蘇茂殺淮陽太守潘蹇，依附劉永。四月初二，封叔父劉良為廣陽王，兄子劉章為太原王，劉章弟劉興為魯王，舂陵侯嫡子劉祉為城陽王。

五月十九日，封更始元氏王歙為泗水王，故真定王劉楊子劉得為真定王，周朝後代姬常為周承休公。二十二日，詔令說：「老百姓有不得已出嫁的妻子、賣掉的兒女，想要回歸丈夫、父母身旁的，都要聽任他們的意願，誰敢拘禁逮捕他們，依法論處。」六月初七，封貴人郭氏為皇后，子劉強為皇太子，大赦天下。增加郎官、謁者、從官俸祿各一等。十五日，封宗族子劉終為淄川王。

秋八月，光武帝親自統兵討伐五校，二十六日，帝到內黃，在戲陽大敗五校軍，使之投降。派游擊將軍鄧隆援救朱浮，與彭寵戰於潞城，鄧隆軍隊吃了大敗仗。蓋延攻克睢陽，劉永逃奔譙城。破虜將軍鄧奉佔據氵育陽反叛。

九月初二，光武帝從內黃回洛陽。驃騎大將軍景丹去世。延岑在杜陵大敗赤眉軍。關中饑荒，發生了人吃人的現象。

冬十一月，任廷尉岑彭為徵南大將軍，率八將軍在堵鄉討伐鄧奉。銅馬、青犢、尤來殘部在上郡共立孫登為天子。孫登將領樂玄殺孫登，率領部眾五萬餘人投降。派偏將軍馮異代理鄧禹討伐赤眉。派太中大夫伏隆拿著符節安撫青、徐二州，招降了張步。十二月三十日，詔令說：「想到宗室列侯被王莽所廢，先人神靈無所歸宿，我非常哀憐他們，一併恢復他們的封國。若列侯本人已去世，由列侯子孫所屬的郡縣記錄列侯子孫的現名上交尚書，封爵授官。」這年，蓋延等在沛西大敗劉永。以前，王莽末年，國家旱災蝗災，五斗粟要賣一斤黃金，到現在野生的穀子不播而長，麻、豆長得尤其茂盛，野蠶結繭，散佈在山崗上，人們便去收取其利。

三年(27)春正月初六，任偏將軍馮異為徵西大將軍，杜茂為驃騎大將軍。大司徒鄧禹及馮異與赤眉軍在回溪交戰，鄧禹、馮異大敗。徵虜將軍祭遵打敗蠻中寇賊，殺張滿。二十三日，立亡父南頓君上四廟。二十四日，大赦天下。

閏月初一，大司徒鄧禹免職。馮異與赤眉軍在崤底交戰，將赤眉軍打得大敗，殘部南逃宜陽，光武親自領兵征伐。己亥，光武帝到宜陽。甲辰，帝親統六軍，大擺兵陣，大司馬吳漢的精銳排列在前面，中軍排列第二，驍騎、武衛分列左右。赤眉軍望而生畏，派人求降。丙午，赤眉君臣反綁雙手，奉獻高祖劉邦傳下的璽綬投降，詔令城門校尉辦理受降事宜。戊申，光武從宜陽回洛陽。己酉，詔令說：「群盜橫衝直闖，殘害人民，劉盆子竊取皇帝尊號，惑亂天下。我領兵奮起討伐，頃刻土崩瓦解，十多萬部眾束手降附，先帝璽綬歸還王府。這都是靠祖宗的威靈，將士的力量，我怎能夠格享此殊榮呢！應選擇吉日禱告高廟，賞給天下應當繼承父後的長子爵位，每人一級。」二月初一，祭祠高廟，光武接受傳國璽。劉永妄封董憲為海西王，張步為齊王。張步殺光祿大夫伏隆反叛。光武帝到懷縣，派吳漢率二將軍在軹西進攻青犢，大敗青犢軍，使之降服。

三月十六日，任大司徒司直伏湛為大司徒。彭寵佔領薊城，並自立為燕王。光武親自統兵征討鄧奉，到達堵陽。

夏四月，在小長安大敗鄧奉，並殺了他。馮異與延岑戰於上林，把延岑打敗。吳漢率領七將軍與劉永將蘇茂戰於廣樂，大敗蘇茂。虎牙大將軍蓋延在睢陽包圍了劉永。

五月二十四日，光武帝回洛陽。三十日，晦，日蝕。

六月初七，大赦天下。耿..與延岑在穰縣交戰，大敗延岑。

秋七月，徵南大將軍岑彭率領三將軍討伐秦豐，戰於黎丘，大敗秦豐，活捉了他的將領蔡宏。二十六日，光武帝詔令說：「俸祿不滿六百石的縣令，下至縣長，侯國之相有罪，都先請示再處治。男子八十以上，十歲以下，及婦女因親屬犯罪連坐的，只要不是犯有‘不道’罪，詔書點名逮捕的，都不得扣押。應當對證的馬上對證，女子判刑，可讓她出錢僱人伐木抵罪，放回家。」蓋延攻克睢陽，捉了劉永，但蘇茂、周建又立劉永子劉紆為梁王。

冬十月十九日，光武帝到舂陵。告祀園寢宗廟，在舊宅設定酒宴，款待眾多故舊與父老鄉親。

十一月已末，自舂陵回洛陽。涿郡太守張豐反叛。這年，李憲自稱天子。西州大將軍隗囂呈上奏書。建義大將軍朱..率領祭遵與延岑戰於東陽，殺延岑將張成。

四年(28)春正月初二，大赦天下。二月初一，光武帝到懷縣。二十一日，從懷縣回洛陽。派右將軍鄧禹率領二將軍與延岑戰於武當，打敗了延岑。

夏四月初七，光武帝到達鄴城。十九日，行進到臨平。派大司馬吳漢在箕山攻擊五校賊，賊大敗。五月，光武帝行進到元氏，初二，又行進到盧奴。派徵虜將軍祭遵率領四將軍在涿郡討伐張豐，殺掉了張豐。

六月初二，光武帝返回洛陽。

七月十四日，光武帝至譙縣。派捕虜將軍馬武、偏將軍王霸在垂惠圍攻劉紆。董憲將領賁休率蘭陵城兵馬投降光武，董憲圍攻賁休。虎牙大將軍蓋延率領平狄將軍龐萌援救賁休，沒有成功，蘭陵為董憲所攻陷。

秋八月初十，光武帝到壽春。太中大夫徐惲擅自殺臨淮太守劉度，徐惲因此犯法被誅。派揚武將軍馬成率領三將軍討伐李憲。

九月，在舒縣包圍了李憲。

冬十月初七，光武帝回到洛陽。太傅卓茂去世。十一月十九日，光武帝到宛城，派建義大將軍朱..率領二將軍在黎丘圍攻秦豐。十二月二十日，光武帝到黎丘。這年，徵西大將軍馮異與公孫述將領程焉在陳倉戰鬥，打敗程焉。

五年(29)春正月十七日，光武帝還洛陽。二月初一，大赦天下。捕虜將軍馬武、偏將軍王霸攻克垂惠。二十日，光武帝到魏郡。二十七日，封殷商後代孔安為殷紹嘉公。彭寵被奴僕所殺，漁陽平定。大司馬吳漢率領建威大將軍耿..在平原攻擊富平、獲索賊，大敗賊軍，迫使其投降。又派耿..率領二將軍討伐張步。三月初八，調廣陽王劉良為趙王，劉良始進入封國。平狄將軍龐萌反叛，殺楚郡太守孫萌而東附董憲。派徵南大將軍岑彭率領二將軍在津鄉討伐田戎，大敗田戎。

夏四月，天旱，蝗災。河西大將軍竇融開始派人進貢。五月初二，光武帝下詔令說：「久旱，麥子受害，秋播沒有下種，我十分擔憂。莫非是殘酷的官吏不稱職，獄多冤案，老百姓愁苦怨恨，觸怒了天神嗎？現命令中都官、三輔、郡國放出在押囚犯，除了非處死不可者外一律免除查辦，徒刑免為平民。務必進用溫良的人，罷免貪婪殘酷的人，各部門整頓好自己的職事。」六月，建義大將軍朱..攻克黎丘，活捉秦豐；龐萌、蘇茂圍攻桃城。這時，光武帝剛好到了蒙縣，於是親自領兵征伐龐萌、蘇茂。先在任城整頓軍隊，然後救援桃城，大敗龐萌等。

秋七月初四，光武帝到沛縣，告祭高帝廟。詔令修復長安的帝王陵墓。行進到湖陵，征討董憲，又到蕃縣，在昌慮攻打董憲，獲大勝。

八月初六，光武帝行進到郯縣，留下吳漢攻打劉紆、董憲等。光武帝轉而巡視彭城、下邳。吳漢攻下郯縣，捉到劉紆；吳漢又進軍在朐縣圍攻董憲、龐萌。冬十月，光武帝還洛陽途中，經過魯地。派大司空祭祀孔子。耿..等在臨淄和張步戰鬥，大敗張步。光武帝到臨淄，行進到劇縣。張步殺蘇茂投降，齊地平定。開始設立太學。光武帝回到洛陽，巡視太學，分別賞賜博士弟子。

十一月初一，大司徒伏湛免職，任尚書令侯霸為大司徒。

十二月，盧芳在九原自稱天子。西州大將軍隗囂派遣兒子隗恂入宮侍衛光武帝。交阝止牧鄧讓率領七郡太守派人進京進貢。詔令免除濟陽縣二年的徭役。這年，野生的穀物逐漸減少，耕種的田地越來越多了。