六年(30)春正月十六日，改舂陵鄉為章陵縣，世世代代免除徭役，比照高祖家鄉豐邑、沛縣的舊例，使章陵縣人民不再擔憂以後會再有徭役。二十一日，光武帝下詔說：「往年水旱蝗蟲為災，谷價暴漲，人們的食物缺乏。我念及百姓不能自給，心裡難過憐憫他們。現在命令存有穀物的郡國，供給高壽的老人、鰥夫、寡婦、年幼失父的孩子、老而無子的孤獨者及有絕症和無家屬照顧貧困不能自保者糧食，供給標準依照有關法律。二千石的官員要勤加撫慰，不要失職。」揚武將軍馬成等攻下舒縣，抓獲李憲。二月，大司馬吳漢攻下朐縣，抓獲董憲、龐萌，太行山以東全部平定，諸將回京師，宴飲賞賜。三月，公孫述派將軍任滿侵犯南郡。夏四月初八，光武帝到長安，始拜謁高廟，祭祀十一陵。派虎牙大將軍蓋延等七將軍從隴道討伐公孫述。五月二十一日，光武帝從長安回洛陽。隗囂反叛，蓋延等於是在隴阝氐與隗囂戰鬥，蓋延等大敗。辛丑，光武帝詔令說：「天水、隴西、安定、北地的官員，被隗囂欺騙所牽連的，還有三輔遭難赤眉時犯法不守正道的，凡判斬首以下的，都免罪不究。」六月二十四日，詔令說：「設定官吏，是為了治理人民的，現在百姓遭難，戶口減少，但國家所置官吏尚多，命令司隸校尉及各州長官，核實所轄各部，裁減官吏人員。縣和郡國不夠條件設長吏而可以合併的，上報大司徒、大司空二府。」於是司肅校尉、各州牧守條陳奏請合併減少四百餘縣，官吏職位減去十分之九。六月，代郡太守劉興在高柳攻打盧芳將領賈覽，劉興戰死。以前，樂浪人王調佔據郡地不服。這年秋天，派樂浪太守王遵去攻打，郡吏殺了王調投降。派前將軍李通率領二將軍，與公孫述將領在西城戰鬥，把他打敗。夏天，蝗災。秋九月初四，對樂浪犯罪的人，除非謀反死罪，均免罪不究。三十日，晦，日蝕。冬十月十一日，詔令說：「我德薄不英明，寇賊為害，強暴欺凌弱小，老百姓流離失所。《詩經》上說：‘日月有兇象，這是不用其道的徵兆。’我常念我的過失，內心難過。現敕令公卿推薦賢良、方正各一人，百官都要奏上密封的報告，不要隱瞞顧忌；官員履行職責務必遵守法律制度。」十一月丁卯，詔令王莽時官吏民眾籍沒為奴婢不合舊法的，都免為平民。十二月二十七日，大司空宋弘免職。二十八日，光武帝詔令說：「過去戰爭沒有結束，費用不足，所以按十分之一抽取田稅，現在軍士屯墾，糧食略有儲積。可以叫郡國收三十分之一的田稅，依景帝時制度。」十二月，隗囂派將行巡侵擾扶風，徵西大將軍馮異抵抗並打敗了他。這年，開始罷去郡國都尉官。開始派列侯進入到自己的封國。匈奴派使者來獻禮，光武帝派中郎將回訪。
七年(31)春正月初二，光武帝詔令中都官、三輔、郡、國放出在押囚犯，除死罪外，一律免除查辦，服勞役的免刑為平民，判刑二年以上而逃亡的，把他們的名字記下，以備查考。又下詔說：「世人喪葬以豐厚為德，儉薄為鄙。以致富豪過度奢侈，貧人耗盡財物，法令不能禁止，禮義不能限制，一遇亂世，才知厚葬的害處。今佈告天下，讓忠臣、孝子、慈兄、悌弟曉得薄葬送終的好處。」二月十七日，免去護漕都尉官。三月初四日，光武帝詔令說：「現在國家有大量軍隊，多屬精銳，應當減去輕車、騎士、材官、樓船士及軍中臨時增設的官，讓他們還鄉為民。」公孫述立隗囂為朔寧王。三十日，晦，日蝕。光武帝迴避正殿，不動干戈，五日不理國事。下詔說：「我德行菲薄，招致災害，上天譴責現於日月，我戰忄栗恐懼，有什麼話講呢！現在當反省餅失，希望消除我的過錯。官員們要盡忠職守，遵紀守法，使百姓受惠。百官各上密封奏事，不要隱諱。上書的，不要說我是聖哲。」夏四月十九日，光武帝下詔說：「近來陰陽顛倒，日月迫近相食，百姓有過，歸咎於我一人，大赦天下。公、卿、司隸、州牧推薦賢良、方正各一人，到公車門，我要去接見並考試他們。」五月初六，前將軍李通為大司空。二十二日，詔令吏人遭受災荒兵亂，及被青州、徐州賊搶為奴婢和小妻的，或去或留，聽各人意願。敢有扣押不放，以販賣人口治罪。這年夏天，雨水連綿。任漢忠將軍王常為橫野大將軍。八月二十六日，封前河間王劉邵為河間王。隗囂侵犯安定，徵西大將軍馮異、徵虜將軍祭遵把他打退。冬天，盧芳設定的朔方太守田颯、雲中太守喬扈各領全郡投降。這年，省去長水、射聲二校尉官。
八年(32)春正月，中郎將來歙襲擊略陽，殺隗囂守將並佔據此城。夏四月，司隸校尉傅抗監死獄中。隗囂攻來歙，沒有攻下。閏月，光武帝親征隗囂，河西大將軍竇融率五個郡的太守與光武帝會於高平。隗囂在隴右潰敗了，逃奔西城。光武帝派大司馬吳漢、徵南大將軍岑彭包圍西城；光武帝到上圭阝，隗囂不投降，派虎牙大將軍蓋延、建威大將軍耿..攻打他。潁川盜賊侵犯並攻陷潁川所屬各縣，河東太守及守兵也反叛，京都震驚騷動。秋天，大水氾濫。八月，光武帝從上圭阝日夜東趕，九月初一，回到洛陽。初六，光武帝親征潁川盜賊，都降附。安丘侯張步反叛後返回琅笽，琅笽太守陳俊討伐張步並活捉了他。二十四日，光武帝從潁川回京。冬十月二十二日，光武帝到懷縣。十一月十二日，從懷縣回京。公孫述派兵援救隗囂，吳漢、蓋延等領軍回長安。天水、隴西又反叛歸附隗囂。十二月，高句麗王派使者進貢。這年，大水氾濫。
九年(33)春正月，隗囂病死，他的部將王元、周宗又立隗囂子隗純為王。將雁門官吏百姓遷到太原。三月初一，開始設定青巾左校尉官。公孫述派將田戎、任滿佔據荊門。夏六月初六，光武帝到緱氏，登上..轅山。派大司馬吳漢率領四將軍在高柳攻打盧芳將賈覽，戰鬥不利。秋八月，派中郎將來歙監督徵西大將軍馮異等五將軍在天水討伐隗純。驃騎大將軍杜茂在繁..與賈覽戰鬥，杜茂大敗。這年，撤銷關都尉，恢復設定護羌校尉官。
十年(34)春正月，大司馬吳漢率領捕虜將軍王霸等五將軍在高柳攻打賈覽，匈奴派騎兵援救賈覽，諸將與之交戰，把他們打退。修理長安高廟。夏天，徵西大將軍馮異在天水打敗公孫述將領趙匡，並把他殺了。徵西大將軍馮異去世。秋八月二十五日，光武帝到長安，祀高廟，祭祀十一陵。戊戌，光武帝行進到..縣，隗囂將高峻投降。冬十月，中郎將來歙等大破隗純於落門，隗純將王元逃奔去蜀，隗純與周宗投降，隴右平定。先零羌寇擾金城、隴西，來歙率諸將在五溪進攻羌人，把羌人打個大敗。十七日，光武帝回到洛陽。這年，撤銷定襄郡，將老百姓遷到西河。泗水王劉歙、淄川王劉終去世。
十一年(35)春二月初八，下詔說：「天地之間的靈性以人最為寶貴。即使殺死的是奴僕婢女也不得減輕殺人罪。」三月初九，光武帝到南陽；回洛陽時途經章陵，祭祀園寢陵墓。城陽王劉祉去世。三十日，光武帝回到洛陽。閏三月，徵南大將軍岑彭率領三將軍在荊門與公孫述將田戎、任滿戰鬥，打他個大敗，活捉任滿。威虜將軍馮駿在江州圍攻田戎，岑彭率領水師討伐公孫述，平定巴郡。夏四月二十八日，撤銷大司徒直官。先零羌寇掠臨洮。六月，中郎將來歙率領揚武將軍馬成在下辯打敗公孫述將王元、環安。環安派間諜刺殺中郎將來歙。光武帝親征公孫述。秋七月，駐長安。八月，岑彭在黃石灘打敗公孫述將侯丹。輔威將軍臧宮在瀋水與公孫述將延岑戰鬥，延岑大敗。王元投降。光武帝從長安回洛陽。八月二十六日，詔令說：「敢有燒灼奴僕婢女的，照法律治罪，並將被燒灼的奴婢免為平民。」冬十月壬午，詔令廢除奴僕婢女射傷了人要被處死示眾的法律。公孫述派間諜刺殺徵南大將軍岑彭。馬成平定武都。趁隴西太守馬援打敗了先零羌，便把武都民眾遷到天水、隴西、扶風。十二月，大司馬吳漢率領水師討伐公孫述。這年，裁去朔方牧，合併幷州。開始停止州牧歲末入京報告政務的制度。
十二年(36)春正月，大司馬吳漢在武陽與公孫述將領史興戰鬥，殺史興。三月初九，詔令隴、蜀人民被搶去做奴僕婢女後到官府訴訟的，以及司法官吏沒有判決的，一律免為平民。夏天，南行唐降下及時雨。六月，東陽出現黃龍。秋七月，威虜將軍馮駿攻下江州，抓住田戎。九月，吳漢在廣都大敗公孫述將謝豐，並把他殺掉。輔威將軍臧宮攻下涪城，殺公孫恢。大司空李通免職。冬十一月十八日，吳漢、臧宮在成都與公孫述戰鬥，大敗公孫述。公孫述受重傷，當夜死去。二十一日，吳漢對成都進行屠城，將公孫述的親族及延岑等全部處死。十二月初一，揚武將軍馬成代行大司空職事。這年，九真界外蠻夷張遊率領同部族人歸附，被封為歸漢里君。撤去金城郡，歸屬隴西。參狼羌侵擾武都，隴西太守馬援討伐，迫使其投降。詔令邊塞官兵力量不夠不能打就防守，追擊敵人遠近可根據情況而定，不以「逗留法」論處。橫野大將軍王常去世，派驃騎大將軍杜茂帶領各郡解除了鐐銬赭衣的囚犯屯守北邊，築瞭望所，修烽火臺。
十三年(37)春正月初一，大司徒侯霸去世。二十九日，光武帝詔令說：「往年我曾命令各郡國，不要貢獻奇異的美味，在還沒有停止，不僅只有預先飼養和選擇的勞苦，還有轉運輸送的煩勞攪擾。增加運送所經過地區的勞累和費用。應叫管理御膳的太官不再收受。我曾敕令遠方食物是用來薦奉宗廟，現仍按原來的制度。」二月，派捕虜將軍馬武屯兵滹沱河，防備匈奴。盧芳從五原叛匈奴。二十七日，光武帝下詔說：「長沙王劉興、真定王劉得、河間王劉邵、中山王劉茂，都襲爵為王，但血統疏遠，當王不合經典義理。改封劉興為臨湘侯，劉得為真定侯，劉邵為樂成侯，劉茂為單父侯。」宗室及中斷了國嗣改封為侯的共一百三十七人。二十八日，降趙王劉良為趙公，太原王劉章為齊公，魯王劉興為魯公。三月十一日，封殷紹嘉公孔安為宋公，周承休公姬武為衛公。省去合併了西漢時的九個封國：廣平併入鉅鹿、真定併入常山，河間併入信都，城陽併入琅笽，泗水併入廣陵，淄川併入高密，膠東併入北海，六安併入廬江，廣陽併入上谷。三月十二日，任沛郡太守韓歆為大司徒。三月十七日，代理大司空馬成免職。夏四月，大司馬吳漢從蜀回京師，於是大擺筵席犒賞將士，頒佈各人功勞並記錄在冊。功臣增加封邑更新的爵位，共三百六十五人。外戚沾光受封的四十五人。免去左右將軍官。建威大將軍耿..免職。益州輾轉遞送公孫述瞽師、郊廟樂器、葆車、輿輦，至此皇宮舉行各種儀式的器物，才開始完備。這時戰爭已經結束，天下太平少事，公文徵發差役，務必簡單減少，以至於數量只有以前的十分之一。二十六日，任冀州牧竇融為大司空。五月，匈奴侵擾河東。秋七月，廣漢塞外白馬羌豪率領同部族人歸附。九月，日南塞外蠻夷進獻白雉、白兔。冬十二月三十日，詔告益州居民從公孫述八年來被搶奪為奴僕婢女的，一律恢復平民身份。有依附別人成妾而想離去的，聽其自願；敢有留難扣押的，比照青、徐二州的辦法，以搶掠人口法論罪。恢復設定金城郡。
十四年(37)春正月，修建南宮前殿。匈奴派使者進貢，光武帝派中郎將劉襄去匈奴回訪。夏四月二十九日，封孔子後人孔志為褒成侯。越..人任貴自稱太守，派使者送來百姓名籍。秋九月，平城人賈丹殺盧芳將尹由歸降。這年，會稽瘟疫大範圍流行。莎車國、鄯善國派使者進貢。十二月癸卯，詔令益、涼二州奴婢，八年來自己申訴在案的，一律恢復平民身份，賣主無需償還身價。
十五年(39)，春正月二十三日，大司徒韓歆免職，自殺。二十九日，彗星出現於昴宿。任汝南太守歐陽歙為大司徒。建義大將軍朱..免職。二十九日，彗星出現於營室。二月，遷移雁門、代郡、上谷三郡居民，安置在常山關、居庸關以東。當初，巴蜀已平定，大司馬吳漢上書請封皇子，光武帝不許，吳漢便幾年來不斷地為此事連續上書。三月，光武帝才詔令官員們討論。大司空竇融，國始侯李通，膠東侯賈復，高密侯鄧禹，太常登等上書說「：古時候分封諸侯，建立封國，來作為京師的屏障。周朝封諸侯八百，只要是姬姓的都建立侯國，在周圍輔助王室，恭敬地侍奉天子，因之國運長久，為後世的榜樣。所以《詩經》上說‘：大大地開放經營你所管轄的地方，作為我周家天下的輔佐。’高祖英明，廣有天下，也重視親族的關係，封立兄弟諸子，不違背過去的典章，皇上德澤充滿天地，復興祖宗傳統，表彰有品德的，獎勵有功勞的，親睦九族，功臣宗室，都受到封爵，大多得到大片土地，有的甚至連線數縣。現在皇子賴上天保佑長成，已能穿著衣冠進行拜揖，皇上卻謙讓抑制不予封爵，群臣百姓，都很失望。應當趁這盛夏良辰，確定皇子號位，以便擴大藩輔，昭示親親大義，尊重宗廟社稷，合乎古制舊章，滿足大家心願。我們請讓大司空奉上輿圖，太常擇定好日子，準備好典禮事宜。」光武帝下令說「：可以。」夏四月初二，用牛、羊、豬三牲祭祀祖先。十一日，派大司空竇融告祀宗廟。封皇子劉輔為右翊公、劉英為楚公、劉陽為東海公、劉康為濟南公、劉蒼為東平公、劉延為淮陽公、劉荊為山陽公、劉衡為臨淮公。劉焉為左翊公、劉京為琅笽公。癸丑，追諡兄伯升為齊武公、兄劉仲為魯哀公。六月二十五日，恢復設定屯騎、長水、射聲三校尉官；改青巾左校尉為越騎校尉。下詔命州郡檢查核實開墾田畝以及戶口年齡情況及數目。又考查二千石長吏辦事枉法或偏袒不公平的。冬十一月初一，大司徒歐陽歙犯入獄，監死獄中。十二月二十七日，任關內侯戴涉為大司徒。盧芳從匈奴入居高柳。這年，驃騎大將軍杜茂免職。虎牙大將軍蓋延去世。
十六年(40)春二月，交阝止女子徵側謀反，佔領一些城鎮。三月三十日，晦，日蝕。秋九月，河南尹張亻及及諸郡守十餘人，因度量田地弄虛作假，都下獄牢死。郡國大姓、兵長、群盜到處作亂，打劫官府，殺害官員。郡縣的軍隊去討伐，兵他們就解散，兵走就又集結在一塊。青、徐、幽、冀四州更厲害。冬十月，派使者下到各郡國傳達詔令：讓匪徒們互相檢舉揭發，五人合夥殺掉一人的，可免去殺人罪。官員過去有迴避、放縱的，也不追究責任，只看他們最後擒捕討伐的結果。牧守令長因犯有對境內盜賊不收編捕捉之罪的，以及畏懼軟弱放棄所守地盤的，都不以失職論罪，只看最後消滅盜賊多少為要。只有掩護窩藏盜賊的才治罪。於是互相協同追捕，群賊因而解體。並且將他們的頭目遷移到別郡，給以耕地，並賜谷養老，使他們安居樂業。從此放牧牛馬無須看守，城門都不用關閉。盧芳派使者求降，十二月甲辰，封盧芳為代王。起初，王莽亂後，貨幣雜用布、帛、金、粟，這年，開始使用五銖錢。
十七年(41)春正月，趙公良去世。二月二十九日，晦，日蝕。夏四月乙卯，光武帝南巡。皇太子及右翊公劉輔、楚公劉英、東海公劉陽、濟南公劉康、東海公劉蒼隨行，到潁川，進而到葉縣、章陵。五月二十一日，回到洛陽。六月二十九日，臨淮公劉衡去世。秋七月，玩弄妖法巫術的李廣等群起佔據皖城，光武帝派虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段志去討伐。九月，攻克皖城，殺李廣等。冬十月十九日，廢皇后郭氏為中山太后，立貴人陰氏為皇后。晉升右翊公劉輔為中山王，以常山郡為食邑。其餘九國公就原來的封地晉爵為王。二十二日，光武帝到章陵。修理園寢宗廟，祭祀舊宅，察看田地房屋，置酒作樂，賞賜錢物。這時宗室眾多母親趁著喝得暢快，互相談論說：「文叔少年時謹慎誠實，與人相處不會殷勤應酬，一味的忠直溫和，而今天竟然當上了皇帝！」光武聽了，大笑說：「我治理天下，也要用柔道來施行政教。」於是為舂陵宗室一律修起祠堂。這時有五隻鳳凰出現於潁川的郟縣。十二月，光武從章陵還洛陽。這年，莎車國派遣使者進貢。
十八年(42)春二月，蜀郡守將史歆反叛，派大司馬吳漢率領二將軍討伐，包圍成都。甲寅，光武帝西去巡察，到長安，三月壬午，參拜高廟，祭祀十一陵。經馮翊境地，行進到蒲坂，在後土祠祭地。夏四月初八，光武帝回到洛陽。十五日，詔令說：「現在邊境各郡偷盜五十斛穀米的，就判死刑，開殘忍官吏妄殺的先例。應取消這種苛刻的法律，定罪標準同內地各郡相同。」派伏波將軍馬援率領樓船將軍段志等攻擊，交阝止寇賊徵側等。二十五日，光武帝到河內。二十九日，從河內回洛陽。五月，天旱。盧芳又逃入匈奴。秋七月，吳漢攻下成都，殺史歆等。壬戌，對益州叛亂的罪犯，除了非處死不可的以外一律免罪。冬十月二十四日，光武帝到宜城，回洛陽時，祭祀章陵。十二月十日，光武帝回到洛陽。這年，罷去州牧，設定刺史。
十九年(43)春正月十五，追尊孝宣皇帝為中宗。開始供祠昭帝、元帝於太廟；成帝、哀帝、平帝於長安，舂陵節侯以下四世於章陵。玩弄妖法巫術的單臣、傅鎮等反叛，佔據原武，派太中大夫臧宮圍剿。夏四月，攻克原武、殺單臣、傅鎮等。伏波將軍馬援攻克交阝止，殺徵側等，趁機擊敗九真賊都陽等，使其投降。閏四月二十五日，晉升趙、齊、魯三國公爵王。六月二十六日，詔令說：「按《春秋》的義理，立太子以出身尊貴為標準。東海王劉陽，皇后之子，應當繼承帝位。皇太子劉強，推重謙讓，願意到諸侯國為王。父子的感情，使我很難長久地違揹他的意願。現以劉強為東海王，立劉陽為皇太子，改名莊。」秋九月，光武帝南巡。二十一日，到南陽，進而到汝南郡南頓縣舍，設酒宴賞賜官員，免南頓縣田租一年。父老趨前叩頭說「：皇上的父親居住這裡很久，皇上熟悉這裡的官府房舍，每次來都賞賜很多。請免南頓縣田租十年。」皇帝說：「治理天下責任重大，我經常擔心不能勝任，一天過一天還怕出問題，怎敢預期十年之久呢？」官民們又說「：皇上實際是捨不得減免，何以講得這樣謙遜呢？」光武帝大笑，又把免租的期限加了一年。光武帝行進到淮陽、梁、沛等地。西南夷侵犯益州郡，光武帝派武威將軍劉尚去討伐。越..太守任貴反叛，十二月，劉尚襲擊任貴，把他殺掉。這年，恢復設定函谷關都尉。修繕長安的宮室。
二十年(44)春二月初十，光武帝回洛陽。夏四月初三，大司徒戴涉犯罪，監死獄中。大司空竇融免職。五月初四，大司馬吳漢去世。匈奴入侵上黨、天水，直至扶風。六月十四日，廣漢太守蔡茂為大司徒，太僕朱浮為大司空。十八日，左中郎將劉隆為驃騎將軍，代行大司馬事。二十一日，調動中山王劉輔為沛王。秋天，東夷韓國人率領民眾到樂浪歸附內地。冬十月，光武帝東巡視察，二十日，到魯，並行進到東海、楚、沛國。十二月，匈奴入寇天水。二十八日，光武帝回到洛陽。這年，撤銷五原郡，遷移官民安置到河東，免除濟陽縣徭役六年。二十一年(45)春正月，武威將軍劉尚打敗益州夷人，地方平定。夏四月，安定屬國胡反叛，駐紮聚集在青山，光武帝派將兵長史陳訁斤討伐平定叛亂。秋天，鮮卑入寇遼東，遼東太守祭月彡大敗鮮卑。冬十月，派伏波將軍馬援到塞北攻打烏桓，沒有獲勝。匈奴入寇上谷、中山。這年冬，鄯善王、車師王等十六國都派遣兒子入侍王宮，貢獻禮品，請設立都護去保護他們。光武帝考慮國家剛剛平定，無暇顧及邊外的事，於是將他們派來侍奉的兒子送還，並賞賜他們很多禮品。