韓林兒是韓山童之子，在張無忌之前曾被其部屬奉為「小明王」，不過他後來很快取消了這一稱號，並對張無忌表現出無可懷疑的忠誠。他的主要將領朱元璋及徐達，常遇春等人也是張無忌寒微時期的舊友，故而張無忌對於這一集團頗為信任，令濠州成為明教在光明頂之後的實質中心，張無忌似乎也有永久性駐紮濠州的打算。在1358年的4月24日，在武當、峨嵋及明教各方面的共同主持下，舉行了張無忌與周芷若的盛大婚禮。張無忌的主要副手們也正在籌劃他的稱帝典禮，雖然他本人對此還感到猶豫。

但在當天，正在舉行的婚禮被趙敏的闖入而打斷。趙敏帶來了失蹤的謝遜的訊息，迫使張無忌中斷婚禮，跟隨她離開。鈴木清一認為，從心理史學上分析，這可能是因為一年來過大的政治壓力令這位剛剛二十歲的年輕人難以承受，攸需找一個藉口逃避。158然而張無忌在眾目睽睽下和趙敏一起離去，這一舉動在政治上無疑是愚蠢的。周芷若像美狄亞（medeia）一樣妒火中燒，矢志復仇。159峨嵋和明教的關係完全破裂，其他門派也開始懷疑明教對盟友的政治忠誠。由於和蒙古女人的曖昧關係，「明王」在其教眾中的形象大受衝擊。在領導明教一年後，張無忌的統治第一次出現了嚴重的危機。

但張無忌有理由為自己辯解說，趙敏帶來的嚴峻訊息絕不容忽視，必須緊急處理。事實也的確如此，為了發起反明教的同盟，陳友諒將謝遜送到了少林寺中。面對明教‐武當聯盟，少林正在面臨著艱難的抉擇。一邊是維護搖搖欲墜的舊秩序，另一邊是主動加入武當和明教正在締造的新秩序中。正當少林的領導人猶豫不決時，「獅子王」謝遜的被俘令他們終於倒向了前者，決心與武當和明教做最後的較量。

作為明教四個法王之一的謝遜，同時也是一個臭名昭著的殺人兇手。因此少林現在不需要直接挑戰明教的權威，只需要以公審罪犯的名義召開大會，就可以組織一個實質上的反明教聯盟，並重新樹立自己在江湖世界的至高權威。歷史上罕見的一幕就此出現：作為一向宣傳寬容和慈善的佛教寺院，少林向整個武術世界宣佈，要在當年的一個傳統節日召開大會，公開處死謝遜。這一被稱為「端午」的節日以驅除邪魔和瘟疫的象徵意義而聞名。

在會議前，張無忌和他的明教下屬們會合後趕到少林，嘗試和少林方面私下解決。但少林強硬地不肯讓步。明教提出比武，但在比拼中導致了殷天正被殺。

最終會議仍然如期於端午節，即儒略曆的6月12日召開。這次會議是1259年襄陽會議之後第一次武術世界的代表會議，也是歷史上少林寺第一次主動召開泛武術世界的大會。會議的表面議程只是如何處理謝遜及屠龍刀，但本質上則是重新決定江湖與武術世界的新秩序。與會者並非都是出於對少林的地位的承認，也有許多代表為了聲援明教而來——譬如改組後的丐幫。同時，也不乏峨嵋這樣試圖依靠暴力在會議上取得壓倒性優勢的單邊主義勢力。

會議首先決定以武術比賽的傳統形式決定謝遜的歸屬，在比賽中，周芷若宛如亞馬遜部落的女王，以其突飛猛進的武術造詣兇殘地殺戮了多名武術健兒，張無忌在歉疚中讓步，令她獲得了最終勝利。但在楊逍的指揮下，趕到少林的五行旗特種部隊展示了集體作戰的威力，這讓驕傲的武術家們認識到，在戰場上，自己的武術造詣無足輕重，面前這支訓練有素的實戰軍隊就可以將這裡所有的人全部殲滅。人們認識到，他們所面對的，不止是一個武術世界的勢力，而是另一個帝國的雛形。

在這樣的新形勢下，少林企圖壓倒明教的企圖迅速轉變為嚮明教示好的橄欖枝。此時少林寺的親蒙古勢力試圖發起一場政變，在明教的幫助下被鎮壓下去，令少林感激而表示臣服。而帝國軍隊此時的進攻，成為江湖世界反元聯盟最終形成的催化劑。在張無忌的指揮下，明教帶領數百名武術家們取得了作戰的勝利。此時即使是最愚鈍的觀察者也能看出武術世界大勢的明顯走向：張無忌所率領的明教將成為武術世界的主宰，甚至成為中華帝國的新主人。

但是，某些敏銳的觀察家卻能夠看出這一表面趨勢下潛伏的危機和可能的變動。在濠州逃婚事件之後，明教內部已經對教主被蒙古女公爵所左右的醜聞感到不安。現在，張無忌雖然仍被視為明王的化身，但卻暴露了沉溺色慾的幼稚青年的面目。

中國的傳統史學家經常從儒家觀念出發指責「禍水」趙敏敗壞了張無忌本來蒸蒸日上的事業，將她與褒姒、楊貴妃以及後來的陳沅並列。這並不總是公正的。問題的根本原因仍然在於明教的中樞和地方、宗教核心和軍事力量自陽頂天死後以來的脫節。張無忌和趙敏的羅曼史，既可以解釋成教主對蒙古女公爵的征服，也可以解釋成被狡猾的蒙古魔女所擺佈，問題在於，是誰掌握著對軍隊及底層教眾的溝通渠道？明教手握實權的地方軍閥們不會願意粉飾這位名義上的主人。事實上，趙敏對張無忌的「敗壞」可能絕大部分只存在於明朝官方修撰的史書中。

張無忌在少林寺會議後奔赴武當與張三丰會晤，鞏固了明教與武當的聯盟。不久以後，他和趙敏又前往濠州視察。考慮到濠州明軍對趙敏的敵對情緒，張無忌對此行保持了機密，僅和朱元璋等高階將領會面。在那裡，他驚駭地發現朱元璋囚禁了他的朋友韓林兒，取得了明教東南軍團的領導權。預料到張無忌必然會調查此事，朱元璋感到不安，於是以宴請張無忌的名義用藥物將他迷暈。隨後，為了便於推卸責任，朱元璋的部將廖永忠將他和韓林兒長途運到揚子江上，在那裡將他們溺死在江中，當然他們可能在此之前已經遇害了。這次意外謀殺的細節永遠成為了謎團。在這件事情十幾年後被披露時，朱元璋已經成為了帝國的統治者，他輕描淡寫地指責廖永忠沒有保護教主周全，處死了這位唯一的知情者。160

同張無忌一起被俘虜的趙敏可能由於其特殊身份長期被秘密囚禁，朱元璋利用她做誘餌，命令詐降的田豐等人刺殺了察罕帖木兒。在明朝建立後的1371年，為了籠絡她的哥哥擴廓帖木兒，已經三十多歲的趙敏被迫嫁給了朱元璋的兒子秦王朱樉。1396年，當朱樉死後，趙敏被迫殉葬，結束了悲劇性的一生。161

不過，虔誠的明教徒們從不認為張無忌會死亡。在明朝中期的日月教典籍中，描述了張無忌發現了朱元璋陰謀後的反應：他對人類的根深蒂固的愚蠢和邪惡感到絕望，因而帶著一小部分受拯救者——包括趙敏、楊逍，甚至周芷若——離開了被黑暗所滲透的世界，回到了光明的天國，和他的父神明尊聖者團聚。162h3明教戰爭與明帝國的建立/h3為了掩蓋張無忌的死亡——由於其無與倫比的武術造詣，沒有人相信他會自然死亡或戰死——朱元璋偽造了張無忌的書信，聲稱將放棄教主之位而和趙敏隱居，並將這一職位傳給楊逍。這是遵循一位儒家學者的教誨：「高高地築起城牆，廣泛地囤積糧食，但是暫時不要競爭教主。」163朱元璋此時的聲望和實力還不足以參與教主的競爭，所以將其奉送給楊逍。楊逍自然也樂於接受，如果說對張無忌之死有什麼懷疑的話，他也並沒有調查。但事實上除了張無忌，沒有人能夠坐穩這個位置，而楊逍的無能早在14世紀30年代就已經很明顯了。

1358年秋，楊逍在少數幾個將領的簇擁下舉行了冷清的繼位典禮。明教的另外兩個實權人物，天完政權的徐壽輝和應天政權的朱元璋，都只是派使者參加典禮而並未親自到來。在張無忌突然失蹤後，韋一笑也因為不滿楊逍的繼位而遠走波斯，明教中樞的權力被進一步削弱，這導致軍隊脫離中央教廷控制的趨勢更加無法遏制，楊逍的教主之位已被架空。

徐壽輝的地位很快被手下的軍閥陳友諒取代，徐壽輝被陳友諒所殺，彭瑩玉也在隨後的混亂中被蒙古軍殺死了。不願服從陳友諒的徐壽輝部將明玉珍宣佈向楊逍效忠，令楊逍的實力大為壯大，在明玉珍的擁戴下，楊逍率軍進入四川盆地並攻陷了重慶，在第二年佔領了整個四川。四川戰役耗盡了楊逍老邁的精力，他在1361年去世。明教由此進入了明玉珍、陳友諒和朱元璋三足鼎立的「後三頭」時期。

明玉珍接收了張無忌、楊逍時代所剩下來的中央禁衛軍，以及徐壽輝的部分兵力，更重要的是楊逍所傳給他的明教第三十六代教主之位。而陳友諒則訴諸民族主義的支援，將「天完」政權改稱為「大漢」，這不僅是對應於漢族人民的自稱，也試圖喚起人們對古代的漢帝國這一漢人最為榮耀的時代的回憶。

朱元璋不承認明玉珍的地位。但朱元璋並未提出對於教主之位的要求，這不僅是由於智囊們勸誡他要「暫時不要競爭教主」，也由於朱元璋從這一時期起，身邊已經聚攏了一批傳統的儒家知識分子，他們勸說這位大權在握的統治者儘早和靠不住的異端宗教脫離關係，而恢復儒家學說的正統地位——自從漢武帝以降的一千多年來，儒學被認為是唯一適合統治中國的意識形態。在他們的勸說下，朱元璋採用了「吳國公爵（dukeofwu）」這樣一個毫無明教色彩的平庸稱號。隨著時間的推移，朱元璋越來越淡化了他的根據地中的異端宗教色彩。

在彭瑩玉死後，其他散人們出於同楊逍和陳友諒的積怨，堅定地站在朱元璋這一邊，這一點帶來了明教暫時的勢力均衡。但朱元璋仍然缺乏來自更廣大武術世界的支援。在明教分裂後，各主要門派再次採取了觀望態度，成為明教各方面都爭取的物件。陳友諒不僅利用他在丐幫中的政治資源，挑起丐幫的內鬥，並使得淨衣派向他效忠，甚至作為漢人反抗運動象徵的峨嵋，在其根據地四川被明玉珍攻佔後，也和舉起民族主義旗幟的陳友諒結盟。周芷若則在1361年和陳友諒結婚。

但朱元璋卻找到了比婚姻更有成效的手段：共同利益。在江湖主流勢力和明教的合作關係中，所存在的共同利益只在於推翻元帝國這一消極方面，而對於未來帝國的建設卻有著不可調和的分歧。明教徒強烈的原教旨主義不僅發動了他們去推翻元帝國，也會發動他們去消滅一切不符合自己教義的宗教、政治、社會形勢。他們要締造的是一個純粹光明的世界：一個透明、同質、上下一致、政教合一的極權社會。這是江湖主流勢力無法忍受的前景。朱元璋向主流意識形態靠攏的目的之一，就是說服對方自己絕不會觸動對方的利益，而將締造一個政治秩序和江湖世界互不侵犯的社會。因此，不難理解為什麼他對於佛教和道教表現得如此虔誠。164

在張無忌失蹤後，武當和明教之間的聯盟關係也出現了危機。誠然，殷梨亭和楊不悔的婚姻仍然是聯絡二者的紐帶，但是這種外在的聯絡不足以讓武當參與到明教內部事務中，用主流的意識形態改造明教，讓它成為新帝國的基礎。在楊逍短暫的統治時期，這一聯盟關係已經日益鬆散。而向傳統意識形態靠攏的朱元璋成為了最佳選擇。

在明朝流行的通俗小說《開國英雄傳奇》（thelegendofheroicfoundingfathers）中記載了朱元璋和他的大將們曾到武當參拜的事蹟。165這可能是以一種扭曲的形式記載了朱元璋和武當領導人在1361年左右的會面。這是很大的政治冒險：雖然張三丰並不知道是朱元璋謀殺了他最鍾愛的徒孫，但張無忌畢竟在朱元璋的轄區內失蹤，武當對此不會毫無懷疑。但朱元璋親自來到武當拜見張三丰，並謙卑地向後者請教統一和治理國家的策略，終於得到了武當方面的信任。張三丰欣慰地看到，自己的計劃，儘管經過了一系列變動，仍然可能在這位吳國公爵的身上得到實現。與此同時，朱元璋也憑藉自己昔日的佛教僧侶身份，派人到少林寺進香，通過僧人道衍（1335年—1418年）同少林建立了友好的關係。武當和少林這兩大門派的風向標令許多江湖勢力都投向朱元璋方面，讓朱元璋順利地繼承了張無忌時代的大部分政治遺產。

但是陳友諒通過控制巫山幫、鄱陽幫等揚子江上的幫派，掌握了揚子江水路這一中國內地最重要的航線，並建立了一支極其強大的內河艦隊。他在1360年率領十萬人的艦隊沿揚子江東下，直抵朱元璋的都城應天城下。這次進攻被勉強擊退了。但經過幾年的整頓，在1363年陳友諒再次捲土重來。陳友諒動員了湖北和湖南的所有壯丁，並建立了一支新水軍。他的艦隊的主力擁有三層甲板的大戰船，上有掩護弓箭手的包鐵塔樓，其船尾高得可以爬上任何城牆，每一隻這種戰船可載二三千人。它們還附有各種各樣的大小船隻。

陳友諒把他的軍隊及其家屬、馬匹和供給全都放到了船上，在春汛時他開始順流而下。兵力達到三十萬人之多。漢軍的無敵艦隊與明軍的水上部隊相比，無論噸位還是數量都大佔優勢。1363年5月的一天，漢軍艦隊出現在南昌水面上。如果南昌陷落，陳友諒就能夠得到江西這一富庶之地，並且進一步東下。166

但是朱元璋的侄子朱文正意外地守住了南昌達三個月之久，頂住了數十萬大軍的進攻，將陳友諒的龐大軍隊一直拖在江西，而不能像在1360年的軍事行動中那樣直搗應天，直到朱元璋的援軍到來為止。

8月29日，朱元璋親率二十萬人及兩千艘艦船從揚子江下游抵達湖口，隨後爆發了長達一個多月的鄱陽湖水戰。在戰鬥的最初幾天，朱元璋軍所面臨的前景十分暗淡：陳友諒的戰艦遠比他們的高大，它們並在一起，像水上的城牆一樣，將自己的戰線不斷逼迫後退。朱元璋的旗艦也受到了對方的炮擊，被炸得粉碎，周顛在最後關頭抱住朱元璋，以驚人的彈跳力跳躍到另一艘船上，他才倖免於難。最後，朱元璋決定冒險用火攻的方式摧毀漢軍的密集艦隊。這是自西元3世紀的赤壁之戰以來就為中國人所熟悉的戰術，漢軍對此並非沒有防備。但朱元璋得到了武當派的修士們的協助。他們乘坐幾艘小船，輕鬆地突破了敵軍的箭雨，而進入對方的陣地縱火，直到這座水上堡壘像所多瑪城一樣燃燒起來為止。

漢軍損失慘重，吳軍乘機封鎖了通向揚子江的湖口。在又僵持了一個月後，10月4日，陳友諒下令全力突圍，奪取通向揚子江的水道，撤回武昌。他幾乎取得了成功，但在最後關頭頭部中箭而死。周芷若帶著她和陳友諒的幼子陳理殺出重圍，逃回了武昌，在那裡她讓陳理繼位稱帝，而自己成為了攝政太后。但是她的統治只維持了大約半年。

《開國英雄傳奇》中記載了在鄱陽湖戰後不久一位道教神靈——「武當山北極真君」——和朱元璋相見，這可能是以隱諱的形式記載了張三丰和朱元璋的第二次會面。167張三丰現在支援朱元璋向更宏大的政治目標邁進。1364年中國新年，朱元璋稱「吳王（theprinceofwu）」，並建立了相對全面的統治機構，向未來的明帝國又邁進了一步。兩個月後，朱元璋親征武昌，漢軍全軍覆沒。周芷若自盡，陳理在大臣的簇擁下投降。長江中游的大片領土被併入他的權力基地，使得朱元璋控制的人口約兩倍於任何其他對手所控制的人口。

在1365年到1367年之間，「吳王」朱元璋投身於對另一位號稱「吳王」的軍閥張士誠的戰爭中，爭奪對華南的統治權。此時，元帝國在北方的統治也正在分裂和內亂之中，從而無法對南方的叛亂分子予以打擊。

在察罕帖木兒死後，擴廓繼承了他的爵位、官職和軍隊——以及汗八里方面從未停止的猜疑。如果說朱元璋是張無忌的政治繼承者，那麼擴廓也接收了汝陽王府的武術家集團。金剛門的僧侶、西藏的喇嘛武術家，以及其餘向蒙古政府效忠的武師，現在成了擴廓的王牌。他的第一個成就就是派遣武術精英們擒拿了刺殺他父親的田豐等人，挖出了他們的心肝祭奠察罕。168這給朱元璋帶來了曠日持久的噩夢。為了預防擴廓的暗殺，他有段時間每天都和周顛睡在一張床上。

但是擴廓及其軍隊很快被捲入蒙元帝國最後的內亂。元順帝和他的太子愛猷識理答臘之間矛盾叢生，孛羅帖木兒支援順帝，而擴廓則支援太子，二者水火不容，至於開戰。擴廓在1365年率軍進入汗八里，掌控了朝政，被封為丞相，擁有了實現自己抱負的機會。此後他率大軍前往河南，準備征討南方，但是卻不幸陷入與陝西軍閥李思齊、張良弼的火併中。汗八里方面趁機大肆削減他的權力。在1368年，擴廓的一切官職都被剝奪，陷入困境。此時朱元璋卻認為時機已經成熟，可以給元朝中樞以致命的一擊。

朱元璋在1368年中國曆新年登基，宣佈自己是中國皇帝。他並沒有按照歷史上的慣例，將他的帝國命名為「吳」，卻使用了「大明」的抽象國號，間接表達了對明教功績的承認。以這個國號本身，明教就在中國歷史上留下了不可磨滅的痕跡。

在為自己戴上皇冠之前的許多年中，朱元璋在一群知識分子的協助下不遺餘力地將他控制下的明教組織改組為正統的儒家政府，將其中的異端色彩降到最低程度。為此，他甚至放棄了對教主之位的要求。這一點當然不會不引起說不得、周顛等教中元老的警覺，在驅除野蠻人、統一中國的崇高名義下，他們不得不一再做出妥協，但在國號問題上，他們停止了讓步，並威脅要舉行兵諫。朱元璋手下的將士們，儘管已經逐漸淡漠原教旨主義的信念，但仍然希望新的國號能夠反映他們的信仰寄託。最後，儒家的知識分子們也勉強同意了這個國號，因為他們在儒家經典中為之找到了依據。在最古老的儒家文獻《詩經》中，有一篇就叫做《大明》。

但除了國號之外，朱元璋不願意再保留任何明教的痕跡。在他著名的即位詔書和北伐檄文中沒有體現明教的教義。而在後來的官方歷史書寫中，朱元璋及其政權及明教組織的關係也被小心翼翼地描述為暫時的屈從和相互利用。朱元璋本人以正統的中國帝王諡號被記錄在歷史中——明太祖，而非明教教主或「明王」。更加戲劇性的是，朱元璋在即位後當年就下詔禁止一切「旁門左道」：白蓮宗、彌勒宗和天鷹教等明教支派都被當做荒誕的異端邪說遭到禁止。對於過去半個多世紀的明教運動來說，再沒有比這更為反諷的結果了。