正二品：六政府尚書、左右都御史、五京留守
從二品：權將軍、各省節度、都護
正三品：六政府侍郎、各省總會、提督
從三品：制將軍、各省按察
針對明代君臣相隔的慘痛教訓。世祖的反應是恢復明以前的丞相制度（稱為平章軍國）並給與其極高的地位，當大臣警告這種設定可能威脅皇權的時候，皇帝答覆說明代張居正和嚴嵩的例子說明限制相權乃至不設丞相是一件毫無意義的事情，他決心通過唐宋的集體丞相制度來做出另一角度的嘗試：世祖設立了樞密會議，規定由正副丞相以及六部尚書在會議上對國政做出建議，皇帝只負責最後的仲裁，從而把精力主要集中在至關重要的人事任免問題上。
選舉
以策論代八股，復王安石三舍法。
食貨
銀銅並用，鑄造銀幣，兼行紙鈔。
鹽政用票法代替綱法。
夷商可以在廣州、泉州、松江、寧波四處交易，允許其在這四處及香港、澳門、舟山租賃土地，出海華商不受此項限制。
地理
分全國為五京十九省六都護。
建儲
第2代皇帝孝宗的長子由於母親的關係是一個天主教徒，而且他的主要興趣在西方几何學（翻譯了《幾何原本》的後7卷），所以太子是他的兄弟（後來的宣宗）——至此確定立儲以賢不以長原則。
宣宗在位超過40年，他選中的太子在他之前去世，而皇孫依然很小，按照世祖明確規定的不立幼主，他試圖在其他兒子中挑選，但沒有一個使他滿意，因此他把選擇範圍擴大到他的侄子（因為他對他兄長主動讓出太子位相當感激），選中了後來的哲宗——至此確立皇帝在兒子和侄子中挑選合適的繼承人的制度。
年輕的仁宗突然死亡後，他的叔伯們聚會，討論後選擇了仁宗的某位堂兄弟即位（英宗），這種情況在睿宗去世後再度重演——至此確立皇帝沒有留下遺詔情況下的遊戲規則。