在過去35年中，最具革命性的投資思想是所謂的「現代金融理論」的提出。這是一套精緻的研究理論，它可以歸結為一個簡單且誤導現實的觀點：研究股市上的個股投資機會是浪費時間。根據這個觀點，與認真分析研究各個上市公司的基本面資訊相比，隨手扔出的飛鏢所選出的投資組合可能回報更高。
現代金融理論的主要原則之一是「現代投資組合理論」。它認為，人們可以通過持有一組多元化的投資組合，來消除任何單個證券帶來的個體風險。也就是俗話說的，「不要將全部雞蛋放在一個籃子裡」，只剩下那些可以補償的風險。
這種剩下的風險可以用一個簡單的數學術語來衡量——貝塔（β），它顯示了單隻股票相對於整個市場的波動程度。對於那些能將所有資訊迅速而準確地反映到價格中的有效市場而言，貝塔可以很好地測量波動風險。在現代金融的設定裡，有效市場支配一切。
對這種觀點的推崇，不僅僅侷限於學術的象牙塔裡——學院、大學、商學院、法學院，而且成為過去35年整個美國金融界的標準教條，從華爾街到主街（mainstreet），皆是如此。很多教授堅信，股票的市場價格已經完全反映了企業的真實價值，剩下的風險就是股價波動的風險。應對股價波動風險的最好方法是投資於一組多元化的組合。
當人們的目光順著傑出投資者的歷史，回溯到格雷厄姆和多德時，會發現他們用邏輯和經驗揭穿了這種標準的教條。巴菲特認為，大多數市場並非完全有效，將市場波動等同於風險是一種曲解。由此，巴菲特擔心在市場有效的現代金融理論影響下，整整一代學子，無論是mba（工商管理碩士）或是jd（法學博士），都處於學習錯誤課程的風險之中，反倒是錯過了重要的東西。
一場代價極其高昂的現代金融理論課程，來自於組合保險的蔓延與濫用。組合保險是指在下跌市場中，一種重新調整組合的電腦程式化技術。組合保險手段的濫用導致了1987年10月和1989年10月的股市崩盤。但這也有好的一面，它打破了商學院和法學院盛行的，並且有越來越多華爾街擁躉的現代金融理論的完美說法。
隨之而來的市場波動無法用現代金融理論解釋，也無法用其他與小盤股、高分紅股、低市盈率股等相關表現的現象來解釋。市場失效的主角，是沐浴在泡沫中的科技網際網路公司的股票，泡沫在90年代末期和2000年年初破滅，這些公司的股價在興奮與沮喪之間來回忽悠，像癲癇發作一般，與企業本身的價值毫無干係。越來越多的懷疑論者指出，貝塔無法真正測量實際的投資風險，並認為貝塔在並不有效的市場中沒有意義。
在這種熱烈的討論中，人們開始關注巴菲特成功的投資記錄，並開始重新尋找格雷厄姆、多德的投資方法和企業觀念。畢竟，巴菲特在超過40年的時間長河中，創造了超過20%的年複合投資回報率，這一成績是同期股市表現的兩倍。在這之前的20年，同樣的故事發生在本·格雷厄姆的格雷厄姆-紐曼投資公司（graham-newman）身上。
無論是格雷厄姆-紐曼投資公司，還是伯克希爾公司，它們都具有一些相同的特徵：足夠大的資本規模，足夠長的歷史時間段，沒有什麼意外驚喜而導致的資料失真，也沒有大資料探勘，而且這些業績表現是歷史的結果，並非事先安排。這一切綜合在一起，正如巴菲特所強調的那樣，取得這樣的驚人業績值得眾人尊敬。
現代金融理論受到巴菲特傑出業績表現的威脅，但這個理論固執的支援者們對巴菲特的成功做出了各種奇怪的解釋。例如，說巴菲特的成功僅僅是因為運氣好，就像笑話故事中，那隻能用打字機打出莎士比亞名作《哈姆雷特》的猴子；或者他能接觸到其他投資者無法得到的內幕訊息。
在不承認巴菲特的同時，現代金融理論的熱心支援者依然堅持認為，投資者最好的策略是，基於貝塔或扔飛鏢方式的分散持股，並持續進行投資組合的重新配置。
對此，巴菲特報以諷刺和建議。他諷刺這種投資理念的支援者應該繼續留在大學院校裡，以利於永續傳承有效市場的教條。他建議投資者不用理會現代投資理論，或其他類似的市場理論，而是埋頭於投資本身的鑽研。對於大多數投資者而言，最好的方式是長期投資於指數。或者，投資者可以利用自身在某方面的所長，對於相關企業進行深入分析。按照這個思路，風險並不是什麼貝塔或波動，而是投資損失或傷害的可能性問題。
對於投資風險的評估和判斷是很不容易的，因為其中涉及的因素包括公司管理層素質、產品情況、競爭對手、負債狀況等多個方面。一項投資是否合算的衡量標準是，該項投資所取得的稅後回報，能否至少不低於最初投資本金的購買力，加上一個合適的回報率。
在投資過程中，最為主要的一些相關因素，包括企業長期的競爭優勢、管理者的能力與誠信、未來的稅率以及通貨膨脹水平等因素都是模糊的，並不十分明確，尤其與貝塔那迷人的精確度相比。但問題的關鍵在於這種判斷是必需的、無法迴避的，除了投資者的缺點之外。
巴菲特指出了貝塔方式的荒謬之處，比如貝塔認為，「如果相對於大勢，一隻股票的股價大幅下跌，……大跌之後的股價反而比先前股價高企之時，更具風險。」貝塔就是這樣來測量風險的。
同時，貝塔方式無法區分企業特性的風險，例如「一家只賣寵物石或呼啦圈這種單一產品的玩具公司，其內在風險與另一家主打大富翁遊戲或芭比娃娃的玩具公司相比，二者雖然同樣是玩具公司，但風險內涵並不相同」。但是，普通投資者可以通過消費者行為和公司之間的競爭，來分辨它們的不同。同時，股價的大跌也可能是一個上佳買入機會的訊號。
與現代金融理論相反，巴菲特的投資思想中沒有規定多元化。這種思路也可以稱為集中投資，如果沒有在投資組合中出現，至少所有者也應默識於心。談到集中投資這個問題，巴菲特以凱恩斯為例。凱恩斯不僅是傑出的經濟學家，而且是精明的投資家，他認為投資資金應該重倉於兩三家經過深入瞭解的、具有可信管理層的公司。