左宗棠到了陝西，聽說捻軍和回族反軍勾結，就報告說先剿滅捻軍，後剿滅回族叛軍，朝廷批准了這個建議。左宗棠就命令提督劉松山和總兵郭寶昌、劉厚基等人率軍剿滅捻軍，不讓捻軍和回族叛軍會合。張總愚就從陝西進入山西，又從山西進入河南，又從河南進入河北，直接騷擾保定、深州等地，京城郊外戒嚴。盛京將軍都興阿奉命趕赴天津，嚴行防堵。並調派李鴻章率軍北上，會剿西捻。李鴻章不敢遲慢，急忙傳令各路兵馬，啟程前進。只有劉銘傳因為舊傷發作，不能乘馬，請假休養，所以沒有參與。

李鴻章到了京城郊外南部，因為河北平原曠野，沒有險峻的地方可以憑藉，就下令堅壁清野，讓捻軍沒地方掠奪食物，然後再用兜剿的辦法。於是就勸說命令當地的鄉民，讓他們建設大寨，一遇到警報，就把糧草牲畜藏到寨子裡，免得被匪徒搶走。無奈的是張總愚四處逃竄，連建大寨的時間都來不及。

第一次接仗，郭松林、潘鼎勳各軍在安平城下攻破捻軍；第二次接仗，河南陝西各軍也趕來了，跟郭松林等會合，追擊捻軍到饒陽縣內，殺死捻黨邱德才、張五孩；第三次接仗，捻軍偷渡滹沱河，郭松林、楊鼎勳兼程追到，陝軍統領劉松山，豫軍統領張曜、宋慶也先後趕過來，各路截擊，殺死渡河的各路捻軍很多，張總愚向南逃竄；第四次接仗，捻軍從河北竄到河南，又從河南竄回河北，各軍在滑縣的大伾山堵擊，又獲大勝；第五次接仗，仍然在滑縣，捻軍用誘敵深入的計策引誘官軍，記名提督陳振邦陣亡，其餘的各軍，也傷失不少。於是朝廷的政策也由寬變嚴，先是左宗棠被批評，後來李鴻章也受到官員的詰難，就連河北總督官文和河南巡撫李鶴年也都被革職留任了。

左宗棠一向脾氣大，因為這次被批評，就親自率領部隊趕到京城郊外。他跟李鴻章一起商量軍事問題，決定嚴守運防，把反賊逼到海邊。計劃好以後，張總愚已經去了天津，幸虧郭松林等人冒著雨忍著餓，日夜兼程跑了幾百里，這才跑到捻軍的前面，擊敗張捻，捻軍這才折回。

以前張捻的計策非常厲害，他從陝西趕到京城郊外，極其迅速，本想馬到成功，就立刻奪取天津塘沽，沒想到淮軍也日夜兼程地趕來了，經過對戰，沒能實現預期目標。

他又故意竄到河南，牽制淮軍南下，然後迅速回去侵犯天津塘沽，出人不意，奪下了奧區。

偏偏郭松林等人跟捻軍打了許多仗了，早就熟悉捻軍的伎倆，預防他回來偷襲，就跟著他們一塊兒向北趕，而且每次走在他們前面。一場酣鬥，竟然打了勝仗，從此捻軍的計謀已經失靈，轉而進入運東。

李鴻章於是力主防運，打算先扼守西北運河，聯築長牆，斷絕捻軍的出路。正趕上郭松林等追擊捻軍南下，道出滄州。滄州南有捷地壩，在運河東岸，正處在減河口，可以隨時開啟關閉，通過蓄水可以給運河充水，降低水位還能阻擊捻軍過河竄往天津。

李鴻章就命令郭松林騰出潘鼎新、楊鼎勳兩軍來修建減河長牆八十多里，分兵扼守，天津的防禦措施才得以鞏固。又調派淮、直、豫、陝、皖、楚各軍嚴守運河地帶，運防也終於建好了。李鴻章又親自率領周盛波軍從德州沿運河察勘形勢。他還沒有回到大本營，張捻果然就率領捻軍攻打減河長牆，看到淮軍整隊出迎，料想打不過，不戰即走。到了鹽山附近，突然遇到兩支大軍，一支是湘軍劉松山部，一支是豫軍張曜、宋慶部，由陝西總督左宗棠率領前來。兩下對壘，張捻吃了大虧，由鹽山逃走，逃到荏平、高唐境內。

因為捻軍沒有步軍，全靠馬軍，每個人有三四匹馬，行動迅速，一遇到敵人就逃跑，很難追上。李鴻章就命令士兵添築長牆，一層緊一層，一步緊一步，圈地越來越緊迫，捻軍的勢力也越來越危急。等捻軍到了沙河附近，被郭松林打探到了行蹤。郭松林趁著大雨趕來襲擊，走了十幾里路，渡過沙河。捻軍正打算帶兵前進，還沒排好隊，突然看見官兵來了，大吃一驚，立即想騎馬逃跑，無奈下雨下得道路泥濘，馬走不了，這時前有郭松林，後有潘鼎新，前後夾擊，馬步連環進攻，無不以一當百，子彈如雨而下，呼聲雷動。

捻軍形勢危急，官軍乘勢緊追，一直追到了商河城下。從沙河到商河三十里，沿路的屍體首尾相接，都可以連成一串了。張總愚仍然親自率領黑旗隊，回身打了幾個回合，被官軍列槍齊發，中了幾發子彈，掉下馬來。旁邊有幾十個士兵趕緊過來把他扶起來，保護著他逃跑了。這一場大戰，擊斃捻軍兩三千名，活捉了一千多名，還有五千多名向東逃跑了。

李鴻章又調派劉銘傳趕赴軍隊，聯絡各路軍團，把捻軍逼到山東省，到了濟陽境內，又殺死走在後面的二百多名捻軍，活捉了捻黨鄭文起，剩下的捻軍轉而向南逃跑，竄到了黃河沿岸的老海窪，游水狂奔。各路官軍也游水進逼，由水登陸，把捻軍裡面最驍勇的頭目程二老坎、程三老坎、張錦泗、週六等人全部殺死。

張捻輾轉到了德州，連番搶渡運河，都被炮船、民團擊潰。著名捻匪張正邦、張正位、張可師、張九臨、尹湯成、李老懷、邱麻子等人紛紛率領部下繳械投降了。張總愚再竄到商河，已經零零落落，不能組成隊伍了。

劉銘傳等人又率隊來追，把張總愚逼到黃河運河附近，八面圍攻，生擒了張總愚的愛子張葵兒、哥哥張宗道、弟弟張宗先、侄子張正江，以及捻軍著名頭目程四老坎、馬老三、樊大等人，並把他們全都當場處決了。

張總愚在亂軍隊伍裡逃跑了，向東北逃到駭河邊，再看手下的人，一共只剩下八人，忍不住淚流滿面，就下馬跟八人永訣，投水而死。等到官軍追過來，六人被殺，兩人被活捉，西捻也就此肅清。

當下把喜訊報告上去，李鴻章、左宗棠等仍然官還原職，其餘的得力干將也都按功勞給予了獎賞。軍機大臣恭親王奕訢和文祥、寶鋆、沈桂芬等人也因為協助軍事，日夜勤勞，而得到獎賞，其他的郡王、貝勒、貝子和內外文武大臣全都升官一級。又是所謂的春風化雨，四海昇平了。

只有陝西、甘肅反叛的回族還沒有平定，於是左宗棠去報告工作的時候，誇海口說，五年就能平定。

兩宮太后非常欣慰，讓他儘快趕回陝西。還有云南一帶，也有反叛的回族騷擾，雲貴總督潘鐸被反叛的回民馬榮殺死了，幸虧代理藩司岑毓英秘密安撫回族首領馬如龍，合擊馬榮，這才一舉消滅。岑毓英本來是廣東西部的諸生，帶領民兵趕赴雲南，多次建立戰功。等潘鐸死後，朝廷命令勞崇光繼任。勞崇光一見岑毓英，就大加賞識，把雲貴的軍事工作全部交給了岑毓英。正趕上苗民陶新春兄弟開始造反，岑毓英又出省剿滅，部隊出去還沒有回來，雲南西部的首領杜文秀，聚眾幾十萬，接連攻陷二十多城，直接侵犯省城。勞崇光急忙傳令岑毓英回來救援。

岑毓英兼程返回雲南，反叛的回民早就聽說了他的威名，已經怕得要死，等到交戰，岑軍果然非常勇猛，幾十個大小回營，全被岑軍一一踹破。杜文秀逃回大理府，岑毓英於是晉升為雲南巡撫。

兩宮皇太后和同治皇上猜想陝甘、雲貴一帶很快就能平定，於是就把平時擔驚受怕的心思收起來，開始逍遙自在了。慈安太后性格寬厚溫和，還沒什麼；這位花容月貌，聰明伶俐的慈禧逃回，卻開始放蕩，寵信了一個安得海，鬧出一齣招搖撞騙的笑話。