欽差大臣曾國藩，因為捻軍四處搗亂，決定扼守沙河、賈魯河，把捻軍逼到西南部，以便釜底抽薪。從河南周家口以下到槐店為止，屬沙河；從周家口以上到朱仙鎮為止，屬賈魯河。兩處全都設重兵扼守。從朱仙鎮以北四十里，到汴梁省城，再往北三十里，到黃河南岸，沒有河可以憑藉，就挖壕溝設防。從槐店以下到正陽關，仍是沙河的餘流，也派重兵駐紮。
從正陽關以下都屬於濱淮河，由水師與皖軍會防。各處都分派佈置好，免得捻軍四處逃竄。佈置安排好，就傳令劉銘傳、潘鼎新、周盛波各軍分防沙河，嚴守要隘，遍築牆堡。
捻首張總愚和牛老紅正渡沙河南下，任柱和賴文洸也渡過淮河向南流竄。這種到處設防的方法，正好用得上。各鎮官軍，正打算四面圍剿，沒想到突然天降大雨，水勢暴漲，南陽、微山等湖跟運河連成一片，各路所築的堤牆也大都坍塌了。又加上道路泥濘，深過馬腹，軍中的糧食子彈運送緩慢，情報的往來也經常耽誤，老百姓的房子好多都被衝跑了，饑民遍地。
捻軍更囂張了，張、牛、任、賴聯合起來，從汴梁省城附近排牆而進，直接進攻豫軍。豫軍只有撫標二營，擋不住大股的捻匪，當即潰退。捻軍越過壕溝，向東流竄。
這時劉銘傳正在朱仙鎮，遠遠看見火光靠近西北，知道豫中有情況，立刻命令烏爾圖那遜帶領馬隊向東趕去支援，唐殿魁帶領步軍往北面堵截。兩軍到了開封境內，捻軍的大部隊已經渡過了黃河，竄到了山東。只有幾個小捻匪落在後面，被滅掉了。當下山東告警，菏澤、曹縣、鄆城、鉅野一帶紛紛求援。警報接連送到清政府，這些酒囊飯袋的大臣就接連舉報誣陷曾國藩，說他年紀大了，不能再擔當重任了。
這事被曾國藩知道了，非常憤怒，竟然氣出病來，藉此請了個病假。清政府就命令李鴻章拿著大印趕往徐州，調派湘軍、淮軍，防衛徐州東面，並且和山東巡撫閻敬銘一塊兒商量山東的軍事情況，相互策應。
等到李鴻章趕到徐州後，劉銘傳、潘鼎新兩軍已經跟隨捻軍到了鄆北，跟捻軍開了一仗，大獲全勝。捻軍又折回西竄，進入河南，打算掘開黃河，阻止官軍追擊，正在挖河堤的時候，銘、鼎兩軍先後追上來了，捻軍分路逃走。
張總愚從河南竄到陝西，任柱、賴文洸從河南竄到安徽，從此張稱西捻，任、賴稱東捻。憂讒畏譏的曾國藩已經請了好幾天病假，索性又寫了份報告，請求罷免自己的官職，降成一般士兵，留在軍營效力。
兩宮太后看在他以前的功勞上，沒有答應請求，讓他留在軍營調理，並且給了他一個月的假期。命令李鴻章代理欽差大臣，曾國藩仍然請求辭職，希望另選別人擔任。李鴻章也寫報告推辭，又把分兵籌餉的兩個難點說了一下。於是朝廷就把他兩人的職務對調了一下，兩人不敢再違抗，只好答應。
就在曾、李交換職務的時候，東捻又從安徽回到河南，從河南竄到湖北。曾國藩的弟弟曾國荃這時正擔任湖北巡撫，聽說東捻竄過來，立刻出兵駐守德安，寫信通知欽差大臣李鴻章，調兵進剿。李鴻章急忙傳令劉銘傳、劉秉璋等，從周家口拔隊進駐始商城，跟周盛波、張樹珊各軍分道進入湖北。任柱、賴文洸本想從湖北進入陝西，聯合西捻，因為被曾國荃所扼守，不能前進，於是帶隊直趨德安，綿亙幾十裡。
周盛波、張樹珊軍正從河南馳趕過來，跟捻軍開了一戰，任、賴帶領部下衝突，被周、張開炮，連環轟擊。捻軍仍然不退，前赴後繼，從下午打到傍晚，打了四個小時。周、張兩軍放了無數大炮，遍地開花，殺死無數捻軍，捻軍這才轉而奔向西北。
張樹珊跟周盛波軍東西分追，相距約有二十餘里。張樹珊趕到德安府境王家灣，遠遠看見捻軍就在前面，仍然不下數萬名，當即帶兵追上去。到了新家閘，捻軍列陣以待，張樹珊分兩翼夾擊，親自率領副隊居中，用馬隊作為外護，奮勇殺入，殺死敵人無數，捻軍又回頭逃竄。
兵法上說「窮寇莫追」，張樹珊仗著銳氣，打算一舉消滅敵人，仍然帶兵追趕，就因為這一追，犯了兵家大忌。張樹珊追出去幾十裡，忽然聽見後面喊聲大起，有大隊捻軍殺到，前面的捻軍也轉身夾擊，把張軍前後隊沖斷。張樹珊久戰無功，也漸漸窮困，打到半夜，仍然衝不出去，所帶來的部隊也都傷亡殆盡。張樹珊自知難免一死，大喊著衝進敵軍，殺了個夠本，力盡而死。
張樹珊，廬州人，是張樹聲兄弟，從咸豐四年，跟著哥哥到皖北帶兵，隸屬於李鴻章的部下，張樹聲以謀著稱，張樹珊以勇武著稱，兩人相輔相成，所向無敵。到了同治四年，張樹聲趕赴徐州上任，張樹珊也已經升為右江鎮總兵，這次奉命支援湖北，李鴻章也一直擔心他急功冒進，就讓他跟周盛波一塊兒出兵。沒想到張樹珊偏偏孤軍深入，最終墮入捻軍前後夾攻的詭計。
劉銘傳聽說張樹珊戰死，急忙趕到德安，會合周盛波軍，追蹤進攻，在下沙港打敗捻軍。捻軍東竄到棗陽，西折到安陸府屬的尹漋河。
這時提督鮑超正駐軍樊城，劉銘傳就寫信跟他商量，約定日期一起夾擊。劉銘傳軍從北向南，先到尹漋河，望見捻軍全都駐紮在對岸，就留下王德成、龔元友兩營護守輜重，親自率領大軍渡河。到了河中間，捻軍打算過來攻擊，被劉銘傳用炮彈打退。
劉銘傳的部隊上了岸，捻軍不戰而走，被劉銘傳的部隊追殺了五六里。忽然有緊急情報傳來，說是捻軍已經渡河搶劫了輜重。劉銘傳大驚，急忙分前敵步隊為三營，又令馬隊三營回顧後路，六營剛出發，任賴二捻竟然率人回撲銘軍，劉銘傳急忙分中、左、右三軍迎敵。
戰不多時，左軍統領劉盛藻敗退過河，捻軍併力攻打中、右兩軍，中軍營官李錫增中彈身亡，劉銘傳也支撐不住，只好邊打邊退。右軍統領唐殿魁被困，戰死陣中，於是捻軍乘勢掩殺，幸虧王德成、龔元友兩營沿河救應，這才保護劉銘傳過了河。
捻軍又渡過河追擊，劉銘傳正在危機萬分的時候，幸好鮑超親自率領霆軍趕來救援，兩軍一起努力，這才把捻軍殺得向安陸西路竄去。劉銘傳收拾殘餘，傷亡士兵超過五分之一，詢問王、龔兩營官，這才知道搶劫輜重是捻軍弄出來的謠言，專門為了擾亂劉銘傳的軍心。
劉銘傳後悔不已，報告給清政府，請求給予處分。朝廷下令赦免了他的罪，只是懲治劉盛藻監管不力，摘掉了官帽子，撤掉了勇字招牌，讓他戴罪立功。其餘陣亡的將士也都相應給予補貼。
同治六年，李鴻章抵達徐州，朝廷下令讓他擔任湖廣總督，仍然留在軍營率軍剿滅捻軍。李鴻章接到命令後又從徐州趕到周家口，商量決定先剿滅東捻，後剿滅西捻，又因為張樹珊戰死，劉銘傳敗退的緣故，知道窮追不是辦法，於是又改用曾國藩的老辦法，圈地運動。聽說任柱、賴文洸還在湖北四處搶劫，急忙傳令各路統領陸續趕赴湖北，圍攻捻軍。
賴文洸非常狡猾，他跟任柱商議，從湖北竄到河南，到了信陽。劉銘傳急忙率軍回防，周盛波也緊隨其後趕過來，兩路夾擊，抓住了捻黨汪老魁、陳大狗、祝老伏等十八人，殺死捻軍二千多名，只是陣亡了總兵劉啟福。
任、賴受此重創，只好折回，轉而圖謀安徽，又被劉秉璋、楊鼎勳等擊敗。任、賴急得沒法，還想下竄，被劉銘傳趕到湖北邊境迎頭痛揍了一頓。這時正是夏天，很久沒有下雨，河流都已經乾涸了。人馬轉戰疲憊，沒有水就制服不了敵人。李鴻章正在擔心的時候，聽說捻軍又進逼南陽，急忙傳令劉銘傳尾追，周盛波迎截，潘鼎新、劉士奇等分路兜剿。任、賴聞風向東逃竄，竟然從河南窺探山東，一天一夜走了幾百里，就像一陣風一樣。各路人馬來不及追趕，竟然被他衝破了運防，直接到達了濟寧。上次曾國藩帶兵時，除了在河南省的賈魯河、沙河兩岸設防外，又在山東省的運河東岸，修堤築牆，提防捻軍東竄。河南的防禦雖然被攻破，但運防仍屹然如故。