兩江總督的職務由李鴻章暫時代理，另任命劉郇膏代理江蘇巡撫。先是任命曾國藩為毅勇侯，曾國荃為威毅伯，官文為果威伯，左宗棠為恪靖伯，李鴻章為肅毅伯。
曾國藩害怕自己的官當的太大遭人嫉恨，這時候接到管理三省的命令，就打算推辭掉。清政府不答應，只是催促他趕緊行動，曾國藩這才服從命令。這時捻軍殺了僧王，變得更加驕狂，從山東弄好木船，打算向北進攻，京城附近已經戒嚴了。兩江代理總督李鴻章害怕河北勢單力孤，就派布政使潘鼎新率領十營淮軍，從海上趕赴天津，跟河北總督劉長佑會合，負責保護京城的工作。捻軍就退回亳州一帶，窺伺雉河。
曾國藩聽說了這個訊息，立刻調派劉銘傳、周盛波等人率領本部淮軍趕去支援。劉周兩位將領，一向在李鴻章手下聽命，是淮軍中有命的戰將，這次奉命剿匪，縱橫掃蕩，所向無前。捻首任柱、賴文洸雖然竭力抗拒，終究不是他的對手，霎時間陣勢已亂，分頭逃跑，雉河這才轉危為安。
朝廷給予了一定的獎賞，並且催促曾國藩儘快平定捻軍。曾國藩老成持重，又彙報當下的情況，說很難迅速剿滅，一是因為自己的部隊已經被裁減光了，除了剩下的三千名親兵外，只剩下劉松山一軍和劉銘傳的淮軍，不夠調派，應該再在徐州招募些士兵，擴大部隊的規模，但這樣一來，最快也得幾個月。
二是因為捻軍戰馬極多，單靠步兵抵擋不住捻軍，需要派人到古北口採辦戰馬，在徐州訓練騎兵，才能進兵。
三是因為捻軍向北逃竄，全是憑藉了黃河的險峻，徐州訓練黃河水師，也要幾個月。
四是因為河北應該自己派兵防守，而不是讓河南的兵兼顧河北。
最後面幾句最重要，說魯、豫、蘇、皖四省不能處處兼顧，山東只能辦兗、沂、曹、濟四郡，河南只能辦歸、陳兩郡，江蘇只能辦徐、淮、海三郡，安徽只能辦廬、鳳、潁、泗四郡。這十三府，是捻軍出沒的地方，可以命令大臣負責，此外各省的總督、巡撫也要相應派兵防守，把責任分工明確。兩宮太后正在倚重曾國藩，自然全部批准了。
曾國藩安排了好多天，這才去駐守徐州。這時捻軍正春風得意，四處蔓延，忽而騷擾安徽，忽而逃到山東，忽而進入河南，雖然官軍四處圍剿，但總是找不到敵人。
朝廷當然會批評曾國藩，曾國藩只好回覆說：「捻軍是些流寇，官兵不能就這麼跟著他們四處亂竄，現在要選擇一些軍事要地駐守，而不是追著捻軍的屁股跑，軍餉和器械要從水路運過來。要以江南為根本，清江浦為樞紐，沿淮、潁而上，可以到達臨淮關，沿運河而上，可以到達徐州、濟寧。現在正分設四鎮重兵，安徽以臨淮為老營，歸劉松山駐紮；山東以濟寧為老營，歸潘鼎新駐紮；河南以周家口為老營，歸劉銘傳駐紮；江蘇以徐州為老營，歸張樹聲駐紮。一處有緊急情況，其他三處可以趕去救援，首尾相應，這樣就可以以笨辦法彌補緩慢，逐漸取得功效。」清政府沒辦法反駁，只好任由他慢慢佈置。
正趕上張總愚竄到南陽，兩宮太后又開始焦急起來，讓李鴻章率領楊鼎勳等部隊趕去剿滅。命令的末尾說：「可以跟曾國藩商量一下，但不用拘泥於命令，一定要保證安全。」
曾國藩回覆說：「河洛沒什麼可以剿滅的捻軍，淮軍也沒有可以調派的部隊，李鴻章如果真去了河洛，難道要撤掉東路已經佈置好的兵，趕去西部救援，看著山東、江蘇被侵犯不管嗎？」
看這份報告，可以知道曾國藩到底有多鬱悶了。接著李鴻章也上了份報告，說得也很懇切。其文說：
我朝以前的赫赫戰功完全憑藉武力，這次軍事行動也是這樣。我剛到軍營的時候，就聽周天爵、福濟、琦善、向榮、和春他們討論，都說綠旗的兵有紀律，也比較好調派。其他各省計程車兵則素質很差，只是在迫不得已的時候才就地招募一些。隨時遣散淘汰，這本來也沒什麼，但這些人要調派到千里之外的時候，肯定會因為出現逃亡潰散的情況而耽誤事。
咸豐初年，從廣西招募的兵最多，向榮、張國樑把他們帶到江南，沿路騷擾，一直到十年三月南京之變，潰敗得一發不可收拾。所以曾國藩、江忠源、胡林翼、李續賓等人，自己創辦軍事組織，而不用一名綠營兵，就是因為綠營兵靠不住的緣故。湖南官訓練的湖南兵，有感情基礎，法制嚴密，又是從湖南向北轉戰江皖，有水路可以通，因地制宜，所以時間越久就越能成功。然而李續宜、唐訓方用湖南兵剿滅淮北的捻軍，劉長佑用湖南兵剿滅河北的騎馬賊，都沒有取得什麼效果，就是因為離家太遠，水土不服，所以才消滅不了敵人。
曾國藩就是看清了這一點，所以才解散自己的湘軍，而讓我保留淮軍。就是為了以後消滅捻軍，可以因地制宜。
捻軍是由安徽、河南等地的一些無賴組成的，籍貫是安徽的，大都是蒙、亳、潁、宿人，都在淮北。我老家是廬州，屬於淮南。我率領的淮軍也是廬州、六安、安慶、揚州人居多，都是靠近河流的地方，所以在長江上下游剿滅捻軍最有利。戰士就算去其他的鄉鎮，也很給力。但如果調派到河洛地帶，因為水土不服，恐怕就沒那麼厲害了，而且軍心渙散。
朝廷對我給予厚望，想把西北的軍事工作也交給我，就是因為我在東南地區打了幾次勝仗，我的部下也都很賣命的緣故。但我如果去了，而我的兵不帶去，我又有什麼能耐呢？曾國藩籌劃設徐州、濟寧、周家口等地防軍，都是我這裡出的力最多。我如果不調去西部，就不能振奮士氣。但如果把我調走了，安徽東部就不能保全了。如果想再去招募其他馬軍、步軍，而身邊不帶親信部隊，肯定幹不成什麼事，也對全域性幫不上忙。這就是為什麼不能把部隊拆開的原因。
要想消滅反賊，就要治兵，要想強兵，就要有充足的糧食，要想有充足的糧食，就得有人和地。我從咸豐三年到八年，都在皖北軍中，看到和春、鄭魁士打仗非常勇猛，最後都是因為沒有糧食失敗的。
袁甲三、翁同書也是因為沒有糧食而遭到慘敗。就是十年江南大營的潰敗，十一年浙江的淪陷，也都是因為糧餉被切斷了。官文、胡林翼籌措湖北的糧餉供應東征，曾國藩進圖江皖，以在江西、湖南、廣東籌集銀兩作為餉源，左宗棠以浙餉消滅閩、浙的反賊，我也是從蘇、滬籌措到錢，才消滅了反賊。從古到今，只要是說打仗，沒有不先考慮籌備糧食的。
曾國藩夏天奉命剿滅捻軍，我則代理江蘇總督，一直以來，我就把籌集糧食來當成自己的首要任務，來安定他的心。幾個月來分屯豫東、蘇、皖一千多里，湘、淮士兵四萬多人，我負責糧食的供應，一直源源不斷。還兼籌蘇、松、揚州留防的各陸營，長江外海各水師，皖南、江西防剿遣撤各湘軍的軍餉，雖然經常入不敷出，調撥困難，但我仍然想方設法，沒出狀況。
我如果奉命西征，而現在負責運送糧食的人還沒找好，我一旦帶兵出去，糧食怎麼辦？誰來籌措糧食？而且要想消滅捻軍，還需要訓練馬軍來預備衝鋒，需要的糧餉就更多了，河南被蹂躪了這麼久，肯定難以供應。如果專從蘇州往那邊運送糧食，按照現在的稅收，淮軍就要捱餓，再加上道路那麼遠，馬軍步軍肯定支撐不住。我一旦離開，又不能從遠處控制這裡，所以不能這麼幹。
我的部隊一直在江南剿匪，看到洋人的洋槍非常厲害，於是就丟棄所有中國常用的鳥槍，全部換成了洋槍隊。現在一共有出省留守的陸兵五萬多人，大約有洋槍三四萬杆，銅帽每月需一千多萬顆，粗細洋火藥每個月要十萬多斤。都是按月在上海、香港各洋行提前購買，陸續供應。
這些事都是我親自料理的，還有開花炮隊四營，一隊讓潘鼎新帶往濟寧，一隊讓劉秉璋鎮守蘇州，副將羅榮光、劉玉龍兩營是我的親兵，現在分守南京城外的下關、江東橋兩處江口，以預防奸人覬覦。我如果出省帶兵，一定要帶一些過去，來壯壯聲勢。只是炮隊所用的器械子彈，全是仿照的洋人樣式，所需銅、鐵、木、煤各項材料也都來自外國，所以需要就近建廠子製造。
蘇州先設三個廠，因為丁日昌已經在上海買了一個鋼鐵廠，丁日昌、韓殿甲的兩個廠可以合併到上海鐵廠，我曾經已經報告過。然後再在南京開設一個，這是為了以後作打算。我如果去了其他省份，炮廠和鐵廠沒人管理，肯定就鬆懈了，不但技術提不上去，經費恐怕也籌措不到。那麼我軍的裝備供應恐怕就跟不上了。
這是我所考慮的一些情況，請皇上認真考慮一下，如果讓我上戰場，只要沒有掣肘的事，我一定躍馬戰場，幫助曾國藩消滅反賊，萬死不辭！
報告交上去，很快得到了批准。於是曾國藩在徐州，除了分設四鎮外，又添練馬隊一支，讓李鴻章的弟弟李昭慶率領，作為一隊游擊兵，命令他先赴河南，然後帶隊前進，駐紮在周家口，居中排程。捻軍得到訊息，竟然另闢蹊徑，竄到了湖北。任柱、賴文洸向黃岡，張總愚向襄陽。蘄黃一帶，遍地妖孽。曾國藩急忙調派劉銘傳趕去援助湖北。劉銘傳的軍隊剛到，任、張兩股捻軍又一起竄到了山東，連撲運河，被潘鼎新軍擊敗。又竄到河南，遇到劉銘傳的軍隊回援，於逃到了徐州。忽東忽西，忽分忽合，弄得官軍疲於奔命。於是從容坐鎮的曾國藩想了一個剿滅捻軍的計策。不知道曾國藩想了一個什麼計策？有沒有效？