載垣、端華兩人被奕訢下令讓侍衛抓起來以後，載垣、端華說：「我們兩人無緣無故被抓起來，到底有什麼罪名？」奕訢說：「你們聽著，我這就唸給你們聽。」於是捧著命令朗讀說：

去年國家不太平，京城戒嚴，都是因為朝廷的親王、大臣胡亂出主意導致的。載垣等人又不能盡心議和，只是引誘英國使臣，推脫自己的責任，致使我國失信於其他國家，結果被人家攻到了京城，我皇考逃到熱河，實在有不得已的苦衷！後來經過留守京城的各位大臣把各國的問題妥善處理，這才使京城又恢復正常。我皇考多次找大臣商量回京的事，而載垣、端華、肅順朋比為奸，總說外國的情況反覆無常，一直從中作梗。

皇考內心焦慮，又加上身體不太好，竟然於本年七月十七日龍馭上賓，我悲痛萬分，五內如焚，想起載垣這些人一再矇騙，氣就不打一處來。不光我一個人痛恨，天下所有的大臣、百姓都咬牙切齒。

「我剛當上皇帝，又加上他們是顧命大臣，所以想放他們一馬，看以後的表現。沒想到八月十一日，我召見載垣等八人，因為御史董元醇提出建議，說請皇太后暫時管理朝政，等幾年之後，我年紀大了，再交給我；又說從親王裡挑選一兩個來輔佐我；從大臣裡挑選一兩個來擔任我的老師。提的這三條意見，非常符合我的心意。雖然我們這朝沒有太后垂簾聽政的先例，但我受皇考的重託，只好把國家的利益當作重中之重，哪能拘泥於以前的情況？這是沒辦法下的隨機應變，所以特別命令載垣們照說的做。

沒想到，這幾個大臣一直喋喋不休，已經沒有一點大臣的樣子。草擬命令時，也陽奉陰違，擅自改寫，當成我的命令傳達下去，這是什麼居心？而且載垣等人一直說自己不敢越權，這還不叫越權嗎？縱然因為我年紀小，皇太后也不完全瞭解國家大事，但你們這麼胡鬧，就算能瞞得了我，還能瞞得了天下人嗎？我如果再對你們心慈手軟，還怎麼對得起天下的百姓？又怎麼能讓天下人心悅誠服？

所以，特此下命令罷免載垣、端華、肅順等人！景壽、穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛等人趕出軍機處！派恭親王和大學士六部九卿翰詹科道，按照你們所犯的罪過，分輕重予以懲處。至於皇太后怎麼垂簾聽政，也一起商量好彙報上來。

載垣、端華聽完以後，就說：「恭親王！你算是成了西太后的心腹，也算是亡清的功臣。滅清朝者葉赫，這句話看來就要應驗了。罷了！罷了！罷了！我們跟你一塊兒去就是了！」這話可謂是句中有眼。恭親王奕訢就讓侍衛綁著載垣、端華到了宗人府，交給宗令看押，然後回去交差了。西太后就讓人把載垣、端華、肅順的官職罷免，接著交給宗人府嚴厲處理。又派睿親王仁壽、醇郡王奕迅速把肅順抓來審問。

睿、醇兩王接到西太后的命令，立刻帶領著上百名侍衛出了京城。兩人在半路上商量，就說是來迎接先皇的棺材，以便引誘抓獲肅順。

打定主意，走了一百多里路，正好跟棺材隊遇上，護送棺材的第一位大官，就是這位趾高氣揚的肅順。兩王下了馬，跟肅順拱手。肅順也下馬相迎，接著就引導著他們到老皇帝的棺材前，一起行了禮。

兩王又好好安慰了肅順一番，肅順正想探聽京城的訊息，就問兩宮皇太后和皇上安。睿親王仁壽說了一個「安」，醇郡王奕只是說等到了驛站再詳細談。到了驛站，大隊人馬停下來。

仁壽、奕就在招待所裡吃了晚餐。吃完以後，又過了幾個小時，大家都要睡覺了，只有肅順仍然跟二王閒談。奕立刻站起來說：「有命令捉拿已罷官的肅順！」

肅順大驚。就看見侍衛已經進來，把肅順按住，用大鎖鎖起來了。肅順嚷嚷著說：「我犯了什麼罪？」

奕道：「你的罪多得是，等到了宗人府再說吧！」

肅順說：「誰讓你來抓我的？」

奕說：「當然是奉了皇上的命令！」

肅順說：「六歲的小孩就知道抓人？肯定是那個那拉氏跟我作對。你們都是那拉氏的走狗，她要幹嗎，你們就幹嗎！呂后、武則天出世，我們這些老臣，就全都該死！」

奕也不多說，就讓侍衛押著肅順連夜到了京城。第二天上午，傳下命令：

之前因為肅順飛揚跋扈，收受賄賂，所以特派睿親王仁壽、醇郡王奕把他抓起來交給有關部門審理。沒想到他接到命令以後，咆哮狂肆，目無君上，悖逆情形，令人髮指。

而且他護送先皇的棺材，從熱河回京的路上，竟然帶著家屬，更是為法紀所不容。所有肅順的家產，除了熱河的宅子已經讓春佑嚴密查抄外，他在京城的家產，現在派西拉布去認真查抄。不許有所隱瞞！

這天任命恭親王奕訢為議政王，在軍機處行走。過了兩天，先皇的棺材到了得勝門，兩宮皇太后和皇上出了得勝門，跪下迎接，把棺材運進紫禁城，停放在乾清宮。

於是大學士賈楨、副都統勝保等人懇求皇太后垂簾聽政，大學士周祖培又請求改建元年號，因為原來祺祥二字意義重複，應該更正。一幫拍馬屁的傢伙，又都來了。當下兩位太后傳令，讓議政王、軍機大臣等人擬定新皇年號。

議政王等人苦思冥想，想出同治二字彙報上去。西太后瞧了這兩個字，暗指兩位太后共同執政的意思，也挺高興。就命令以明年為同治元年，頒告天下。第二天，又下了一道命令。命令中說：

載垣、端華、肅順於七月十七日我皇考去世以後，就常常以顧命大臣自居。其實我皇考彌留的時候，只是當面告訴載垣等人立我為皇太子，並沒有讓他們當什麼顧命大臣。載垣等人竟然胡編亂造出這麼個職務，所有的事也不請示，就擅作主張，就算是兩位太后的命令也敢公然反抗。御史董元醇請求太后垂簾聽政的時候，載垣等人就擅自寫回信，問他們的時候，他們還說自己是顧命大臣，不能聽命於皇太后。還說請太后看信也是多餘，甚至當面怒吼，像這樣的事說也說不完。

而且他們每次都說，不能召見親王，存心挑撥離間，這就是載垣、端華、肅順等人的罪。肅順還擅自坐皇帝的座位，出入宮裡就像在他們家一樣，一點法制觀念也沒有。宮裡的東西也是拿過來就用，還說兩位太后召見，應該分開，意思是兩位太后的地位不一樣，這是想挑起事端，這也是肅順的罪。一切罪狀都是經過我母后皇太后、聖母皇太后當面告訴議政王、軍機大臣，一條條列出來的，告知大家。

按照各位大臣討論的結果，根據法律，載垣、端華、肅順應該被凌遲處死，當下召見議政王奕訢，軍機大臣、戶部左侍郎文祥，以及右侍郎寶鋆、鴻臚寺少卿曹毓瑛、惇親王奕誴、醇郡王奕、鍾郡王弈詥、孚郡王弈、睿親王仁壽，大學士賈楨、周祖培，刑部尚書綿森等人當面詢問載垣等人的罪名還有沒有什麼可以原諒的地方。

親王、大臣都說載垣、端華、肅順飛揚跋扈，沒有一點大臣的樣子，罪大惡極，完全沒有可寬恕的餘地。我看在載垣他們都屬於自己宗族的分上，如果遭受重罪，怎麼能不失聲痛哭？但載垣等人的行為，都是危害國家的大罪，完全對不起列祖列宗，如果他們不說自己是顧命大臣，不那麼為非作歹，我肯定會原諒他們的。只是沒想到他們所說的那些，都是自己杜撰而成，如果不狠狠制裁，又怎麼對得起我皇考？怎麼維護法律的尊嚴？所以把他們凌遲處死，也確實應該。

國家是仁慈的，就讓載垣、端華自盡算了！肅順罪孽更加深重，比載垣等人都要厲害，本來應該大卸八塊，現在也格外開恩，改砍頭吧。至於景壽，身為重臣，竟然默不作聲，穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛對於載垣等人擾亂朝政也不敢反抗，都辜負了國家的信任和重託。穆廕在軍機大臣職務上待的時間最長，地位最靠前，情節最嚴重。

親王、大臣經過商量決定，將景壽、穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛免職，發配到新疆，效力贖罪，這都是罪有應得。但他們因為載垣等人氣焰高漲，受到威脅，在所難免，雖然沒啥作為，但也情有可原。因此，御前大臣景壽免職，保留公爵和等級，不發配；兵部尚書穆廕免職，改為發配軍臺效力贖罪；吏部左侍朗匡源、署禮部右侍郎杜翰、太僕寺卿焦祐瀛免職，不發配。