湘軍去援助江西，到了南昌，長毛上來攻擊，兩下酣戰起來。湘軍畢竟是第一次上戰場，自然打不過百戰餘生的悍匪。羅澤南等人又都是文質彬彬的書生，任憑你多麼英勇，也抵擋不了這麼厲害的炮彈。幸虧江忠源帶兵殺出來，這才接應湘軍入城。檢點士兵，湘軍和營兵已經損失了一二百人，羅澤南的朋友也死了七人。當下就和江忠源商量，江忠源說：「鋼非煉不成，劍非磨不銳，湘楚的各位勇士，仗義而來，非常值得敬佩。但還沒有經過磨鍊，不能跟這幫長毛硬拼。不如先去剿滅土匪，積攢一點經驗，也算是除去了長毛的羽翼。長毛沒有了援兵，說不定就自己撤退了也說不準。」非常深謀遠慮，眾人齊聲贊成。
於是夏廷樾去攻打樟樹鎮，羅澤南攻打安福縣，江忠濟和劉長佑攻打泰和縣，留下郭嵩燾、朱孫詒兩人和江忠源一起守城。不到半個月，各路土匪就都已經掃平了，各路人馬陸續歸來。江忠源率領人馬出城，跟長毛惡鬥了一場，竟然把長毛給殺退了，追擊了十幾裡才回去。
郭嵩燾說：「這座城雖然已經解圍了，但這幫反賊行動飄忽不定，而且東南各省，大部分都被水阻擋，江裡的船都是反賊的，一旦遇到颳風，一天就可以走幾百里。解了這邊的圍，就去那邊圍住，我們如果去救那邊，他又到這邊來了。他走水路，我們走陸路；他們用的船槳，我們卻是帶著所有的東西，他們以逸待勞，我們還怎麼能贏他？現在應該訓練水師，各處防守，才能夠取勝。」江忠源也拍手稱讚。於是就讓郭嵩燾回了湖南，請曾國藩代替申請。曾國藩就把計劃詳細地報告上去了，主張造船買炮，訓練士兵，洋洋灑灑寫了幾千字。清政府批准了，讓他看著辦。
曾國藩得到命令，就從長沙挪到衡州，趕造戰船，創辦水師，經過無數週折，問過無數老手，才終於造出三種戰船：一種叫作快蟹，船式最大，用槳工二十八人，櫓工八人；一種叫作長龍，比快蟹略小，用槳工十六人，櫓工四人；一種叫作三板，船最小，用槳工十人。每船各置艙長一名，炮手三名，頭工二名，舵工一名，副舵二名。快蟹是營官的坐船，長龍作為正哨，三板作為副哨，募集了水師五千人，每天操練，一共組織了十營。
六營是從衡州募集來的，就讓成名標、諸殿元、楊載福、彭玉麟、鄒漢章、龍獻琛六人作為營官。四營是從湘潭募集來的，就讓褚汝航、夏鑾、胡嘉垣、胡作霖四人作為營官。褚汝航曾經擔任過廣東省同知，非常熟悉海上作戰，就兼任水師的總指導。
又招募了陸師五千人，分為十三營，派周鳳山、儲玫躬、林源恩、鄒世琦、鄒壽璋、楊名聲和曾國藩的堂兄弟曾國葆等人分別帶領。並特別保舉游擊塔齊布為副將，充當先鋒。水軍陸軍加起來一共有一萬多人，由曾國藩擔任總指揮，一等到船和炮都準備齊了，糧食和器械也都弄完備了，就打算沿湘江順流而下，跟長毛一決雌雄。
忽然報告說長毛攻陷了九江，分路竄到湖北。湖廣總督張亮基在田家鎮被擊潰，江忠源趕去支援，也被殺敗了，長毛已經逐漸逼近武昌了。曾國藩說：「之前就聽說湖廣總督已經由吳老先生擔任，張總督已經被調往山東，為什麼出兵打仗卻還是張總督主持呢？」
過了幾天，接到湖廣總督緊急求救信，開啟一瞧，原來是新總督吳文熔親自寫的。這吳文熔是曾國藩的老師，聽說武漢危急，急忙趕去武昌，張亮基這才得以交接工作。
這時長毛兵已經連破黃州、漢陽，武昌非常吃緊，所以才向曾國藩求救。曾國藩因為各種武器都還沒準備齊全，一時不能出發，無奈清政府也派人來催促，既有皇上的命令，又有老師的恩情，只好派了幾營去湖北支援。
正在調派人手的時候，吳總督的信又到了，還以為又是來求救的呢，開啟一看才知道，原來長毛已經被擊退了。又說衡湘水師關係到全域性，應該加倍訓練，千萬不要輕易出擊。曾國藩這才放下了心，停止派人支援。
誰知安徽的警報，又一天比一天緊了。自從石達開攻破安慶，安徽文武官員全都逃到廬州避難，勉強辦公。沒想到長毛頭秦日綱又來了，接連攻陷舒、桐二城，在籍侍郎呂賢基殉難，秦日綱直接進攻廬州。
朝廷下令任命江忠源為安徽巡撫，又命令曾國藩出兵，和江忠源一塊兒去支援廬州。曾國藩打算部署成熟才出發，而江忠源已經從湖北趕往安徽了。江忠源冒雨前進，到了六安州，將士大都生了病，江忠源也疲憊不堪。六安的官民請求他們留下來，江忠源不答應，留下總兵音德布率領一千人去防守，自己則率領幾百人急速趕到廬州。
廬州城內的官員，大部分都已經逃跑了，沒有糧食也沒有器械，只有一千多名營兵和一千多名民兵，加上江忠源帶去的幾百名士兵，總共只有三千人。江忠源急忙帶人上了城樓，誓死守城。才過了一天，秦日綱已經逼近城下。江忠源仗著一片熱誠，激勵將士，日夜防禦。秦日綱倒也無法可施。
正當秦日綱打算撤圍東去的時候，忽然胡以晃從安慶趕過來了，帶來步兵騎兵十幾萬來幫助秦日綱，暗地裡和城裡的知府胡元煒勾結，作為內應，從水西門掘開地道，埋好炸藥，轟塌了十幾米城牆。
江忠源仍然拼死防禦，邊打邊築城，沒想到胡元煒已經悄悄開啟南門，把長毛放進來了。霎時間火勢熊熊，全城鼎沸。江忠源知道無力迴天了，就想拔刀自刎，被手下的僕人從後面抽走佩刀，背起江忠源就走。江忠源把僕人的耳朵給咬碎了，鮮血流到了肩膀上。僕人實在受不了，只好把他放在了地上。長毛已經追上來了，江忠源又徒手殺死了幾名長毛，身中七槍，投水自盡。
敗報傳到了衡州，曾國藩嘆息不已。正在他悲傷的時候，黃州又傳來了噩耗，報告稱湖北總督吳文熔陣亡，曾國藩大驚。原來吳文熔初到武昌時，巡撫崇綸便打算把軍營挪到城外，陰謀逃跑。吳文熔到了總督府以後，和他約定死守，崇綸卻不以為然。
吳文熔非常憤怒，拔出佩刀，扔在桌子上，憤怒地說：「誓死和城共存亡！各級官員，有敢說出城的人，我就白刀子進紅刀子出！」於是崇綸不敢再說別的。
到了武昌解圍，崇綸考慮到自己肯定不被看中，就暗想不如先發制人，於是舉報吳文熔只是待在城裡防守。朝廷竟然信了崇綸的鬼話，他們信任漢人永遠比不上他們信任滿人。
於是朝廷就命令吳文熔出省剿賊，在這之前，吳文熔已經調貴州道員胡林翼率領六百名四川兵去會剿。胡林翼還沒有到，朝廷的命令已經到了。吳文熔不得已帶了七千人出赴黃州，這時候正是臘月時節，好多將士都在路上被凍死了。崇綸又總來幫倒忙，武器糧食都不肯接應。文熔嘆氣說：「我已經年過六十，還怕一死嗎？就是可惜死得不明不白。」於是逼近黃州，休息了幾天，已經是咸豐四年正月。
吳文熔打聽到長毛張燈結綵，就派兵去襲擊，沒想到半路上卻遇到了敵人的埋伏，官兵紛紛潰逃。吳文熔率領都司劉富成往來衝突，殺死了幾十名長毛，但終究因為軍心渙散，寡不敵眾，就下馬朝北方磕了個頭，投河而死。
曾國藩聽說自己的老師死了，這才知道都是因為崇綸坑害，就咬牙切齒地說：「這個崇綸，真是太可恨了。我如果以後得志，非宰了他不可！」
忽然又有朝廷的命令到了軍營，讓他迅速率炮船士兵去救援武昌。曾國藩立刻招集水陸兵馬，從衡州起程，到長沙會齊。水師沿湘江而下，陸師分路進軍，這一隊中流擊水，那一隊揚鞭大道，正有如火如荼的聲勢。
路上聽說長毛兵已經陷嶽州，破湘陰，入寧鄉，不禁失聲說：「了不得！了不得！」急忙命令水師趕赴湘陰，陸師趕赴寧鄉。褚汝航率領幾艘船先行，湘陰城內的長毛望風退去。
曾國藩聽說打了勝仗，立刻督促戰船繼續前進。剛到洞庭湖口，突然狂風大作，白浪滔天。戰船內的船長、舵手，連忙下帆拋錨，仍然支撐不住。一陣晃盪，兩船相撞，慌亂了很久，才有些風平浪靜。檢點船隻，已經損失好幾十號，士兵和水手也淹死了幾百人。曾國藩急忙下令暫時進入內港，緩一緩再出兵。
忽然接到陸軍從寧鄉發來的報告，說是打了勝仗，長毛已經逃走了。曾國藩說：「情況還不錯！」
話還沒說完，又有人過來報告，說是儲玫躬將軍去追擊長毛陣亡了，曾國藩連說可惜。
接連又有人報告說：「鄒壽璋、楊名聲將軍殺敗長毛，追到嶽州。沒想到王錱將軍從羊樓司戰敗逃回來，衝動了我軍，長毛又乘勢殺過來，我軍被殺敗了。」
曾國藩說：「王錱這傢伙，就知道說大話，我以前勸他收斂些，他還不聽，反而跟我頂嘴。這次被人家打敗也是咎由自取，就可惜我們的隊伍也受到影響了。應該立刻接應才行！」