南京被圍困以後，總督陸建瀛率綠營兵守外城，將軍祥厚、副都統霍隆武率駐防兵守內城。城外的商民也都自己招募民兵出擊，守城的戰士官兵也發炮助戰。但這幫民兵都是臨時招集起來的，對於打仗一竅不通，很快就被長毛給打敗了，轉身往回逃。城上的炮聲卻還沒停下來，一陣子彈，把民兵打死很多，剩下的人四散逃跑了。長毛兵乘勢撲城，陸建瀛是個文官，不善於帶兵，勉強守了七八日，外援不來，子彈也打光了。
長毛在儀鳳門外，暗地裡挖了地道，埋了地雷，就聽轟隆一聲巨響，城被崩塌了好幾米。守城的將士急忙過來築城，連防守其他城門的官兵也過來幫忙。沒想到長毛的其他部隊偏偏從三山門爬過城牆進來了，外城淪陷了，陸建瀛自殺。洪秀全進了外城，接著進攻內城。祥厚、霍隆武拼命防禦，打了兩晝夜，都力竭身亡，內城也被攻破了。
長毛不問好歹，不管親仇，有錢就搶，逢人就砍，遇到稍微漂亮點的婦女，拖的拖，拉的拉，姦淫強暴，無所不至。城裡死去的官兵居民多達四萬多人，時間是咸豐三年四月十日。
洪秀全發了一筆橫財，立刻分賞給自己的部下，部下都稱他為萬歲，這傢伙居然真拿自己當皇上了。他又招集東王楊秀清、北王韋昌輝、翼王石達開等人和軍師錢江商量。錢江又提出其他策略，總體來說就是發兵北上，另外還有開設科舉、設立稅收、開墾礦山，以及周圍通商等。
洪秀全說：「你提的這些意見，我肯定逐步施行。但南京是個有帝王氣的好地方，我想在這裡建都，你們覺得怎麼樣？」
錢江還沒回答，東王楊秀清就說：「兄弟我正打算進攻河朔，昨天聽一些水手說，河南水少，又沒有糧食，土地平曠，也沒有險峻的地方可以把守，如果打仗的時候被困，肯定四面受敵。這裡以長江為天塹，城高池深，民富食足，正是建都的好地方，還有什麼不同意見！」
錢江因為東王勢力大，也不敢多說，只好說：「東王的話有道理，但鎮江、揚州一帶，應該儘快攻取，這樣才能阻斷南北的清軍，鞏固南京的根本。」
楊秀清說：「這話說得很對！」還沒等洪秀全下命令，他就問大家：「誰願意去攻打鎮江和揚州？」丞相林鳳祥說願意去。
楊秀清說：「林丞相有勇有謀，這次去肯定能夠大獲全勝，但一個人去還不行，還要多帶幾個人去才好。」當下羅大綱、李開芳、曾立昌等人都願意跟林鳳祥一塊兒去。
楊秀清說：「這就好！這就好！」於是就請洪秀全發命令，讓他們去了。
洪秀全又說：「我們在這裡建都，難道仍然稱這裡為南京嗎？」楊秀清說：「咱們既然是天國，何不就稱天京？」
洪秀全大喜，於是就把總督府改成了天宮，其他一些比較好的宅子就改成了王府。又招集工匠，大興土木，修建得非常華麗。又設立了官職和一些禮儀規範，建立法律制度。王位最大，統轄一切政務，其次是丞相，有天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官等名號，兼管文武。
打仗也有專門負責的武官，叫天將，有三十六檢點，七十二指揮。又設立女官，分別擔任政府機關的秘書，算是男女平等。朝廷設立了君臣的座位，免去一切拜跪的儀式。開會的時候要按照座位坐好，需要講話的要站起來。
法律還禁止納妾、禁止賣淫、禁止裹腳、禁止販賣奴隸、禁止吸鴉片，有點類似於西方的摩西十誡，稱之為天條，有違反的立刻處死。以三百六十六天為一年，有閏日無閏月，有星期制度，每到週末就讚美上帝。還專門建立了臺子，來宣傳他們的宗教，假裝成上帝的樣子。總之是不古不今不中不西的制度。
宮殿建好以後，正殿叫龍鳳殿，匾額是「龍鳳朝陽」四字，旁邊有兩聯，一聯是：「虎賁三千，直掃幽燕之地；龍飛九五，重開堯舜之天。」一聯是：「撥妖霧而見青天，重整大明新氣象；掃蠻氛以光祖國，挽回漢室舊江山。」這兩聯，大概是錢軍師手筆。洪秀全把搶來的美女，選了幾十個給自己當妃子。總之是當了回皇帝。
忽然有人報告說，欽差大臣向榮帶領幾萬大軍，已經到城東孝陵衛紮營了。洪秀全大驚說：「這個向妖，怎麼就愛跟我作對？總得想法把這傢伙幹掉，才能安心！」
話還沒說完，又有人報告說，清欽差大臣琦善帶領河北、陝西、黑龍江的各路人馬，與和河北提督陳金綬、內閣學士勝保，已經從河南出發，來攻天京了。洪秀全說：「這可怎麼辦？這可怎麼辦？」
錢江站起來說：「皇上不用擔心，揚州一帶，已經由老將林鳳祥等出去進攻了，肯定能截住北軍。更何況琦善那人，以前在廣東時，就是個草包，這一路兵根本不用擔心。只有向榮非常能打，又有張國樑當幫手，聲勢浩大，需要派重兵駐紮在城外，才能保證沒事。」
就在討論的時候，鎮江揚州的捷報已經絡繹不絕地送來了，並接到林鳳祥的報告，大體是說：「二月二十一日攻陷鎮江，二十三日攻陷揚州，一路進攻，一點阻礙也沒遇上。現在已經繳獲金銀若干，子女若干，送來天京，敬求查收。只是清政府派琦善統帥各路妖兵到了這裡，大概有幾萬人，我看他們隊伍不整齊，攻城不上勁，一點也不用害怕。只要留下我指揮曾立昌，防守揚州，已經可以抵擋，我願意率兵北伐」。
洪秀全跟錢江說：「果然不出軍師所料。」
錢江說：「林丞相雖然雄才大略，但孤軍深入，避免有什麼閃失，還是請添派大兵，作為後援才好。」
楊秀清說：「就派丞相吉文元去吧！」
錢江說：「吉丞相嗎？」言下好像不是很稱心。
楊秀清說：「吉丞相是北王的親戚，應該不會有什麼異心。」
錢江說：「我不是擔心他有異心，只是為北伐考慮，一定要安排周到才行！」
楊秀清說：「滿清的精銳部隊，都已經聚集到了南方，北方肯定很空虛，有林、吉兩個人去，還怕打不贏嗎？」錢江不敢再說什麼，就任憑楊秀清派吉文元去了。
原來吉文元的妹子嫁給了北王韋昌輝，韋為北王，楊為東王，兩人勢力相當，楊想獨攬大權，害怕韋在旁邊妨礙，所以才先把吉文元調開，削掉他的羽翼，以方便以後篡位。
錢江早就看透了這點，所以才加以防範，但因為洪、楊為患難之交，疏不間親，只好默不作聲。
洪秀全就說：「江北的妖營已不足為慮，只是江南的妖營怎麼抵禦？」錢江說：「第一要增派重兵，分堵要口，只要堅守得住，就不要跟他開仗。等到他們曠日持久、軍心鬆懈的時候，自然就容易攻破了。第二是分擾安徽、江西，截斷他們的後路，切斷他們的餉道，任憑他們再怎麼驍勇，也肯定堅持不了多久，將來肯定死在我們手裡。」洪秀全拍手稱妙。
楊秀清說：「安徽、江西是江南的上流，關係很大。看來安徽一帶，需要派翼王，江西一帶，需要派北王，我願意和天王共守此城。現在我的部下，如李秀成、陳玉成等人，都是後起英雄，叫他們分堵江南，還怕什麼向、張二妖。」
洪秀全說：「好！好！」就命令北王韋昌輝出兵江西，翼王石達開出兵安徽。各位大王都被調走，楊秀清更加肆無忌憚了。兩王各自帶領了幾十位天將和幾萬長毛兵，分路而去。
楊秀清又派遣手下的各位將官分別防守雨花臺、天保城、秣陵關的各個要口，防範得像銅牆鐵壁一樣。接著，他就回去胡搞了。