嘉慶帝接連線到阿林保的舉報，也開始有些半信半疑，只是因為以前阮元等人極力推薦李長庚，而且海上的戰功確實屬李長庚最多，就暫時留著，沒有回覆，密令浙江巡府清安泰複查。安泰雖然比不上阮元，但畢竟不像阿林保一樣，他也發了份報告。大意是說：

李長庚熟悉海上的狀況，每次打仗都親自掌舵，就是經常掌舵的人也比不上他。而且他忠於祖國，兩年沒有回過家，把所有的錢全部捐出來製造船械，所得到的賞賜也都分給部下，所以部下才都願意為他拼命。而且每次打仗他都身先士卒，多次冒著危險。

八月份在漁山剿滅海盜，圍攻蔡牽，槍彈像雨點一樣打過來，他身上受了好幾處傷，士兵也傷了一百四十人，但仍然堅持戰鬥不撤退，所以敵人才有「不畏千萬兵，只畏李長庚」這樣的話傳出來。因為海上的船經過二三十天就要清洗一下，不然就會駕駛不靈，所以回岸也不是為了逗留。而且海上剿賊全靠風力，如果風勢不順，即使只隔著幾十裡，十幾天也到不了。

所以海上戰爭，沒有風的時候不能打，颳大風的時候不能打，下大雨的時候不能打，逆風的時候不能打，下霧的時候不能打，晚上太黑不能打，颱風快來的時候不能打，道路不熟不能打，敵人太多不能打，前面沒有停靠的地方不能打。等到真打起來，沒有什麼可指望的，全都是靠炮轟，船這麼顛簸，能打中幾個？我們順風攻打，敵人順風逃跑，又沒有什麼埋伏可以提前設好，沒有險要的地方可以憑藉。只是靠把敵人的船給打壞，等到敵人走得慢了，這才圍攻，然後敵人就會跳到海里，這時候才終於俘獲敵人幾艘船，其他的就都跑了。海盜往來於三省之間，數千裡都是海洋，因為外洋浩瀚，沒有什麼可以搶的，所以他們從不走那兒。只有被追得急了，這才跑到那裡，如果天色很晚，我們就只能回港，讓他們逃過一劫。

而且船在大海上，波浪滔天，一個不小心，就會有被淹死的危險，所以如果船上的桅杆被風颳壞了，整個船上的人都會大驚失色，就算敵人已經在眼前了，也只能放掉，等到把桅杆修好，敵人早沒影了，所以可能一個月也抓不到一個海盜。而且，船就是官兵的城堡，船如果造得結實高大，追擊敵人也方便。現在浙省的兵船，都是李長庚監督製造的，只是軍隊的船有一定的規定，而商船卻沒有。一旦商船被敵人使用，製造得越高大，敵人就越難剿滅。

現在李長庚的船隊一直跟著敵人的船，但海盜的船太堅固，炮彈也多，所以將士們明知道擒賊應先擒王，卻不能施行。部隊的慣例是三個月發一次薪，但海上路途遙遠，來回要花費很多時間。這也是一大弊病。而且岸上的某些人還幫助敵人，所以最好合兩省之力，或許才能奏效。

這篇報告，寫得非常懇切真摯，把李長庚一生的謀劃和海上的情況全都交代清楚了。

嘉慶帝看了這篇報告，才知道阿林保搞鬼。就專門下了道命令，大意說：「阿林保在不到一個月的時間裡，專門打擊報復李長庚，如果我聽信讒言，那不是自毀長城嗎？所以以後剿滅海盜的事，就全部交給李長庚辦吧。阿林保不得再牽制他，要是再敢這樣，玉德就是前車之鑑。」命令雖然嚴峻，但奸臣還在，忠臣仍然不能隨心所欲地施展自己的才華。又下令建造了三十艘大船，還沒有造好，只好先借民用的商船代替。

阿林保一看自己的誣陷沒管用，反而被臭罵了一頓，氣得暴跳如雷，獨自一個人大叫道：「不滅了李長庚，我誓不罷休。早晚弄死他，才能出了我心中的這口氣。」於是，就一再下令催戰。

按照清朝的慣例，總督大多也兼任兵部尚書的職位，全省的水陸各軍也都受管制。李長庚雖然管理所有的水軍，但還是得聽從阿林保的。李長庚正想把船修好，把器械整理好，哪知道阿林保的催戰文書三天一道，五天兩道，不到一個月，就下了十道。

李長庚長嘆一聲說：「我就算不死在海盜的手裡，也早晚死在奸臣的手裡。那還是跟海盜同歸於盡吧！」

於是招集各個軍事將領，選好日子出發，又給家裡寄了封信，寫給夫人吳氏的，上面說：「已經把性命交給國家了，就不能再照顧家庭。」並將自己的幾顆牙齒，一塊兒送回家裡。這次出戰，是憑著一股怒氣駛船出港的。敵人看見李長庚的船，嚇得望風逃跑，都逃到廣東海面了。

李長庚帶人追到竿塘，這才追到幾艘海盜船，打壞了幾艘，抓住了一個頭目，是蔡牽的侄子，名叫天來。蔡牽因為李長庚到了廣東，就向北逃到浙江，李長庚又追到浙江，在溫州把他打敗。蔡牽又從浙江逃回廣東，李長庚只是緊追不捨，遇到他就首當其衝，不顧死活，弄得蔡牽走投無路，非常苦惱，接連又打敗了幾次。

嘉慶十二年，李長庚命總兵許松年等人去追擊朱。他自己則率領精兵專門剿滅蔡牽，朱被許松年擊敗，已經窮途末路。李長庚也接連打敗了蔡牽幾次，蔡牽這時已經只剩下三隻海盜船了。

李長庚想一舉殲滅敵人，就命令福建水師提督張見升一同窮追。蔡牽逃到黑水洋，李長庚也率領水師追過來。蔡牽無處可逃，只好拼命死戰。李長庚親自擊鼓，督促部隊圍攻。

大約打了四個小時，蔡牽船上的船帆被炮彈打到，裂成幾塊，李長庚趁機讓士兵放火，漸漸逼近蔡牽船的後艄，火勢猛烈，已經燒到蔡牽的船了。士兵就想趁著火勢撲過去，只聽見蔡牽的船後面，一聲炮響，炮彈飛到李長庚的船裡。士兵向後一看，自己的統帥李長庚已經摔倒在地上，喉嚨裡鮮血直冒，趕忙營救，眼看是無藥可救了。

部隊沒了主帥，自然慌亂，本來張見生跟在後面，完全可以過來繼續指揮，再有半天就可以殲滅敵人。誰知道他是阿林保的心腹，他不怕蔡牽跑掉，就怕李長庚死不了。當下就帶領著部隊撤退。蔡牽帶著自己剩下的三隻殘船，逃到了安南。

訊息傳到了京城，嘉慶帝非常震驚心痛，特地下令追封李長庚為壯烈伯，賜諡忠毅，下令讓地方官妥為保護，把屍體送回老家。可是人已經死了，這樣的特恩又有何用？

隨後將李長庚的手下王得祿、邱良功二人升任為提督，分別率領李長庚的舊部，叫他們同心敵愾，為李長庚報仇。

這時蔡牽和朱已經窮途末路了，閩督又改任方維甸，浙撫又重任阮元，軍機大臣也換了戴衢亨，這些人齊心協力，要剿滅這些跳樑小醜自然非常容易。許松年在閩海擊斃了朱，朱的弟弟朱渥帶領手下來投降。

王、邱二提督聽說許松年已經立了大功，害怕自己落到別人的後面，就帶領部隊，發誓要抓到蔡牽。這時蔡牽已經帶領自己的殘餘勢力，再次逃到了閩浙海上。直到定海的漁山，二提督才終於跟蹤過來，乘著上風開炮轟擊，接著轉戰到綠水洋。這時天色已經黑了，二提督就讓手下放火燒賊船。沒想到起了風浪，蔡牽又趁著風浪逃跑了。

二提督氣壞了，當晚就商量辦法。邱良功對王得祿說：「前天臨出發時，阮公就說，讓我們分隔敵船，專門攻打蔡牽。明天要想抓到蔡牽，看來就得用這個辦法。」王得祿說：「這個辦法不錯。」

第二天，兩人繼續帶兵去追擊。蔡牽一見了就逃，駛出了黑水洋。邱良功趕忙追上，讓艦隊各自去分堵，自己的船和蔡牽的船並列，專門攻打蔡牽。王得祿的船也趕了過來，和邱良功的船並列，接應邱良功。兩下里誓死猛撲，硝煙瀰漫，突然邱良功船上的風篷和蔡牽船上的風篷結到了一塊兒，蔡牽船上的人拿著長矛把邱良功的風篷給扯毀，又用木棍攔住邱良功的船。

邱良功大吼一聲，拿著雪亮的寶刀去劈敵人的木棍，說時遲那時快，敵人的長矛已經刺到了邱良功的腳上，血流如注。邱良功的部下看到主帥受傷了，急忙毀掉木棍，把邱良功救出來。蔡牽正想逃跑，王得祿又帶人攻過來，子彈像雨點般打過來。蔡牽仍然誓死抵拒。打到傍晚，蔡牽船上的子彈都用完了，他想等待別的船來營救，無奈別的船都被閩浙二軍給擋住了，自顧不暇。

王得祿知道敵人已經到了山窮水盡的地步了，就放火燒蔡牽船尾的小樓，突覺身上中了幾顆子彈，雖然很疼，卻又覺得沒有子彈那麼猛烈。仔細一看，原來不是子彈，是外國用的銀元。

王得祿大喊說：「海盜的子彈已經用完了，打過來的都是銀元，傷不了人。戰士們，給我衝。抓住賊頭，一塊兒受獎賞。」

士兵一看，地上確實都是些銀元，這下膽子更大了，跟著力氣也來了。於是一面放火，一面用槍矛鉤斷海盜的桅杆。蔡牽知道這回肯定沒命了，於是用自己船上的炮把自己的船給炸燬了，連人連船掉進了海里。危害多年的海上巨盜，就這樣去龍王那兒避難了。剩下的人大部分投降了。王得祿、邱良功收兵而回，立刻用紅旗報捷。

朝廷下令封王得祿二等子，邱良功二等男，於是閩浙二洋的巨盜都被消滅了。廣東海上本來還有幾個江洋大盜，被廣東總督百齡用堅壁清野的辦法，弄得非常窮困，之後又被清剿，這些傢伙受不了，也都投降了。

嘉慶帝消滅了白蓮教教徒和海盜，於是下令嚴禁西洋人傳教。正好趕上粵民陳若望私自給西洋人德天賜遞送書信、地圖，事情被查出來，抓到許多傳教習教的人，於是就把德天賜發配到熱河，幽禁在額魯特營房，陳若望發配到伊犁，給額魯特人為奴，傳教習教的這些罪犯，也都發配了。過了幾年，西洋人蘭月旺潛到湖北傳教，被耒陽縣查獲，將他抓住，送到省裡，報告給刑部，又被治罪，絞死了。

這時，英吉利多次派人來請求通商，被清朝政府給拒絕了。忽然，廣東沿海的澳門島外來了十三艘英國的軍艦，艦長叫度路利，給粵督寫信，宣告願意幫助剿滅海盜，只要答應可以通商就行。粵督吳熊光以海盜已經都被消滅了為由給拒絕了。英國艦隊仍然逗留著不走，反而到澳門上岸，佔領了各個炮臺。

吳熊光按照實際情況報告了，清政府責備吳熊光辦事拖拉，做了留職檢視的處理。並說：「如果英國艦隊仍然逗留，就派人滅了他們。」吳熊光通知了英國艦隊，英國艦隊這才撤走。

英國又派使臣墨爾斯到達京城，跟政府直接交涉。清政府要他們行跪拜禮，他們不答應，就被驅逐回國了。

英國人不知道實際情況，就沒有采取其他行動，清政府還以為自己把他們給唬住了呢。嘉慶帝遂到五臺山遊玩，開展娛樂活動。到了嘉慶帝十六年，彗星出現在西北方，欽天監說這是要打仗的徵兆，希望提前準備。經過欽天監的仔細核查，時間上應該在嘉慶十八年閏八月，如果將十八年閏八月改到十九年閏二月，或許可以解除這次災難，嘉慶帝就答應了。