川楚陝三省的教徒，頭目雖然大多被滅掉了，但是剩下的餘孽還有不少。額勒登保、德楞泰又到處去追殺，直到嘉慶七年冬天，才全部清除乾淨。嘉慶帝祭告了裕陵、高宗陵，又進行了一番廣泛的宣傳，封額勒登保為一等威勇侯，德楞泰為一等繼勇侯，都是允許接班的，此外還兼職當太子太保，御前大臣。勒保被封為一等伯，明亮被封為一等男，楊遇春這些人也都有獎賞。

從這以後，被裁掉計程車兵，有的無家可歸，有的沒錢生活。部隊發的軍餉，都被層層剋扣，所以經常有士兵搶東西的現象。又經過額勒登保和德楞泰一年的南征北討，這才平定。

從白蓮教開始作亂，到最後平定，一共用了九年時間，花費的錢財竟然超過兩億兩白銀，殺死的教徒多達幾十萬，士兵和民兵的傷亡更是無法計算。嘉慶帝軍事緊急的時候，還非常勵精圖治，思慮周詳，但等到天下太平，內外的官員都來歌功頌德，嘉慶帝也覺得自己了不起，開始驕傲自滿起來。以後過個生日，嫁個女兒，立個妃子，都搞個大陣仗，花銷很大。

還有一件賞罰倒置的事情。川楚陝平定以後，因為地理的緣故，陝西省又添了一個寧陝鎮，任命楊芳做鎮臺。寧陝地險糧貴，當時就有人建議，因為每月發的糧餉不夠花，就約定每月多給鹽米銀，每人五錢，三年遞減。

第二年屆期，應該減一錢，布政使朱勳就以沒有得到上級的命令為理由，四錢也都停發了，於是士兵開始喧鬧。恰好陝西提督楊遇春奉旨進京，寧陝總兵楊芳調任提督，副將楊之震護寧陝鎮，就把喧鬧的兵士，不問是非，全都抓來，狠揍了一頓。士兵心裡更怨恨了，裡面有兩個小頭目，都是姓陳，一個叫陳達順，一個叫陳先倫，就聚集士兵鬧事，殺死了副將游擊，搶劫了部隊倉庫的錢，放出了獄中的罪犯，趁機作亂。這時，正好楊遇春還沒有出境，朝廷就讓他帶兵去剿滅，又任命成都將軍德楞泰為欽差大臣，到陝西去當總指揮。

楊遇春剛到方柴關，叛兵已經設下埋伏，在那裡等待了。他們推選蒲大芳為首領，蒲大芳驍桀善戰，就把楊遇春給包圍了，官兵和叛軍互相都認識，竟然不聽楊遇春的命令，紛紛逃跑了。楊遇春只好帶領著幾十名親兵，跑到山上，看見蒲大芳騎馬過來，就大聲喝問：「你為什麼造反？」蒲大芳一看是楊遇春，就遠遠地跪下，說了部隊當下的情況。楊遇春說：「上級貪汙腐敗，你舉報不就完了嗎？幹嗎做這種大逆不道的事？」蒲大芳說：「現在我是騎虎難下，迫不得已，請大帥原諒我。」說完，站起來回去了。幸虧楊遇春平時對手下很不錯，所以才沒有被叛軍給抓起來。

這時，楊芳也已經趕過來救援了。楊遇春就和他商量，楊芳說：「這幫叛軍都是身經百戰的，又不是烏合之眾。要想滅了他們，可不容易。而且官兵打了九年仗，所受的創傷還沒有恢復，何況以前都是自己人。自己人打自己人，都沒有士氣。聽說叛首蒲大芳見了大帥，仍然遠遠地下跪磕頭，我的家屬也都是蒲大芳給送到石泉的。可見雖然蒲大芳反叛了，但以前的情誼並沒有失去。還是我去勸勸他，如果蒲大芳願意歸降，事情就迎刃而解了。」

楊遇春非常高興，就讓楊芳去招撫蒲大芳。楊芳去了蒲大芳的軍營，看到軍營防守森嚴，跟著去的隨從都嚇得戰戰兢兢，請楊芳回去。

楊芳說：「如果蒼天保佑生靈，就肯定不會讓我死。何況我是為了和平而來，就算死了，也沒什麼遺憾。你們如果害怕，我一個人去就行了。」於是，就甩了一下馬鞭子，一個人進去，到了蒲大芳的大營。蒲大芳急忙出來迎接，楊芳向著蒲大芳，失聲痛哭說：「我和你們戮力數年，同患難，共生死，就像家人一樣，現在開始對著幹，反而和敵人一樣了。我實在不願意你們就這樣被滅族，請你們先殺了我吧，免得讓我看到你們的慘禍。」

蒲大芳等人聽了這話，心裡頓生感激之情，就說：「我們這些小兵，怎麼敢冒犯鎮臺大人？大人真心相待，我蒲大芳也是有良心的人，不是感覺不到。就是怕朝廷不會放過我們，這怎麼辦？」

楊芳說：「如果你們是真心悔改，我就到欽差大人那兒全力求情，我們要生同生，要死同死，要犯罪同犯罪，肯定不會讓你們獨自承擔。」

蒲大芳到這時也忍不住感激涕零，聲淚俱下地說：「大人就是我的再生父母，我如果再不知好歹，恐怕老天爺也容不下我了。」

當下就對眾人說：「我現在已經悔改了，情願聽這位楊鎮臺大人的，楊鎮臺讓我活，我就活，楊鎮臺要我死，我也甘心死。要是兄弟們不以為然，悉聽尊便。」

眾人齊聲說：「願意跟隨楊大人。」

楊芳看見叛兵都願意投降，就說：「既然大家都願意跟隨我，這可太好了。但不知道提議作亂的人，有沒有在這裡？」

蒲大芳說：「不在這裡。」

楊芳就說：「這個就不好赦免了。他殺了官，搶了倉庫，放走了犯人，無法無天，如果不按法律制裁，還要什麼政府？」

蒲大芳就說：「這個都包在我身上，請大人放心。」楊芳就回去了。

過了兩天，蒲大芳果然帶著陳先倫、陳達順二人，獻給清營，束手歸命。這次叛亂，如果不是楊芳獨自去招撫，恐怕會釀成大的風波，也許會比那些白蓮教反賊還厲害。德楞泰把這兩個首犯給處死以後，按照和楊芳的約定，把其他人都放了，讓他們再回軍營繼續服兵役。報告上只是說，這幫士兵窮瘋了，對楊芳的功勞卻一個字也沒提。

沒想到，嘉慶帝突然下了狠命令，說德楞泰縱容手下，濫用權力，並且打算狠狠地制裁他。德楞泰急得沒辦法，就又上了份報告，竟然把所有的責任都推到了楊芳一個人身上。真是沒有永恆的朋友，只有永恆的利益啊。嘉慶帝於是就把楊芳給革職發配了，蒲大芳等二百多人也都跟隨楊芳一塊兒被髮配到了伊犁，之後又暗地裡命令伊犁將軍松筠把蒲大芳等人給誘殺了。楊遇春也因為這事兒被降為總兵，德楞泰的處罰最輕，只是革職留任。

後來德楞泰調任陝西，剿平西鄉叛兵，這才官復原職。德楞泰終於良心發現，暗地裡報告了楊芳的功勞，楊芳這才被放回來，但已經受了不少屈辱。西北一帶，經過多次剿滅，已經沒什麼事兒了，偏偏東南的海寇又開始興風作浪了。開放海關，是從康熙年間開始的，康熙帝曾任用客卿，如西洋人湯若望、南懷仁等人，都曾擔任過職務。外國的船隊，得到這幾個內援，就在中國沿海進行貿易，往來於江浙閩粵間。

乾隆末年，安南阮光平父子，篡奪了國家政權，因為國庫中很空虛，他們就想了一個盜賊的政策，招集沿海的無賴，給他們兵船，封他們官職，專門叫他們搶劫海上的商船，用來當作國家的財政收入，這種政策倒是挺新鮮的。於是海寇越來越厲害，嘉慶五年，海寇駕著一百多艘小船，圍攻台州，竟然想上岸搶劫。

浙江定海鎮總兵李長庚生長於閩海，海洋知識很豐富，而且非常忠心勇猛，這天得到警報，就帶領三鎮水師出口抵禦。正好遇到颱風，雷雨大作，海盜的船也大部分被撞沉了，有幾百個海盜到岸上來避風，都被李長庚捉住了。當場審訊，裡面有四個頭目是安南總兵，佩有安南王敕印。李長庚大怒，把四人給磔死了，並通知安南，把敕印也讓人給扔回去了。

恰好安南又有內亂，廣南王后裔阮福映從暹羅回國，得到暹羅人的援助，恢復了領土，滅了新阮，這才想到聯絡清朝，一面宣告縱容海盜的是阮光平父子，跟自己沒關係，一面讓人給清朝交貢品求清朝冊封，並請求仍然以越南為國名。嘉慶帝就封他為越南國王，讓他管好那幫海盜，阮福映都答應照辦了。無奈海盜已經非常多，雖然沒有了安南政府的保護，但依然野心勃勃，照舊在海上乾沒本錢的買賣。其中有兩個厲害的頭目，叫蔡牽、朱，兼併了群盜，號令一方。

蔡牽有一百多艘小艇，朱也有一百多艘小艇，把閩海作為根據地，不管是哪國的商船，一旦到了海上，出海的一律交買路錢四百元，進海的翻倍。就這樣，兩人成了海上的暴發戶。他們又和陸地上的土匪聯合起來，從他們那兒購買軍火，所以非常猖狂，官兵也沒有辦法剿滅。

李長庚還比較有氣魄，跟這幫海盜狠掐了幾回。嘉慶帝因為李長庚有功，就提拔他為福建提督。福建總督玉德卻偏偏跟李長庚作對，報告說李長庚是福建人，應該回避，朝廷就下令將李長庚調任浙江。

浙江巡撫阮元，江蘇儀徵縣人，是清代了不起的文學家，對軍事知識也不陌生。見了李長庚，跟他討論起怎麼剿滅海盜，對李長庚大加賞識。李長庚建議造船制炮，阮撫臺全都同意了，然後給他籌款十幾萬兩。

李長庚有了這筆鉅款，就放開膽子，造起三十艘大船，稱之為霆船，鑄造了四百尊大炮，配備在各個船上，乘風破浪，所向披靡，接連在岐頭、東霍等海域打敗蔡牽，抓住了賊頭張如茂等人，兵威大振。嘉慶八年，蔡牽到定海，去普陀山進香。李長庚得到訊息以後，就把霆船一齊放出，四面掩擊。蔡牽來不及防備，急忙跳下小船逃跑了。其他的大艇，都被李長庚一陣炮彈，打得稀巴爛。李長庚接著乘勝追擊。

這時的蔡牽就像喪家犬一樣，逃到了福建海上，又看見霆船追過來，佔住了上風，衝不過去。蔡牽急忙拿出幾萬兩銀子，派人到福建總督玉德那兒請求投降。玉德見了銀子，就像蚊子見了血一樣，立刻叮住不放，錢這東西可真是害了天下的官吏。玉德也不管蔡牽投降的事兒是真是假，立刻派興泉道慶徠到海口招撫。蔡牽就和慶徠約定，如果答應投降，就必須讓李長庚退兵回港，不能再窮追不捨。慶徠立刻報告了玉德，玉德就下令讓李長庚回兵。

李長庚明知道蔡牽是詐降，可惜自己的官職太小，還得聽上級的。無奈之下，只好帶著自己的部隊回港了。

蔡牽就暗地裡修好自己的裝備，帶上足夠的糧食，逃跑了。他又偷偷賄賂奸商，讓他們替他製造鉅艦，比霆船還要大的船，說是用來當商船，一齣了海就交給他。蔡牽得到這批鉅艦，又在海上稱王稱霸了，搶劫了臺灣幾千擔的米去接濟朱，兩人聯合起來，再次侵犯溫州。

溫州總兵胡振聲倉皇失措，帶著一幫參差不齊的水師去阻擊，沒幾下子，就全軍覆沒了，胡振聲也掉進河裡淹死了。蔡牽他們返回福建，福建那邊竟然連個抵擋的都沒有。

嘉慶帝得到訊息，就讓李長庚來率領閩浙水師。李長庚士為知己者死，感恩圖報，讓溫州海壇二鎮作為左右翼，日夕操練，於嘉慶九年仲秋，向馬跡洋出發。