清兵滅了吳三桂的後代以後，陸續班師。到了北京，聽說尚之信、耿精忠也都已經逮到並治了罪。

原來，尚之信投降以後，清政府多次讓他出兵，他總是磨蹭著不去。等到吳三桂死了，他這才跟著去了廣西，駐紮在宣武。恰好尚之信的弟弟尚之孝想當藩王，就讓手下的張士選到京城告密。清政府就派侍郎宜昌阿等人去那裡查問，讓都統王國棟出面作證。

尚之信聽說以後，立刻從廣西趕回去，把王國棟給殺了。宜昌阿就下令讓廣東軍去抓回尚之信，下令處死。尚之孝也被罷官了。

耿精忠也因為各個弟弟的舉報，被召到京城，等著有關部門審查罪名。大學士明珠建議對耿精忠施以極刑，於是就把耿精忠凌遲處死了。

只有孫延齡的老婆孔四貞，因為是太后的乾女兒，並且勸說丈夫自首，事先已經到京城說了，所以正式封她為郡主，一輩子享受公職待遇。

接著又大赦天下，讓戶部還清所欠的債務，並且減免用兵的各省份的賦稅，特地下了一份通知：

當初吳三桂造反，大家都說是因為撤藩所導致，並且想殺死提出撤藩建議的人。我小的時候，就看到三藩越來越囂張，不能不撤，豈能因吳三桂造反就把過錯推給別人？現在這幾個藩王都已經被剷平了，但人民的創傷還沒有恢復，應該讓大家修養生息。

三藩已經被剷平了，中國原來的十八個省，再加上關東的三個省，都屬於大清的版圖了，真成了浩蕩乾坤，清平世界。只有臺灣的鄭經仍然堅持抗戰，不接受清朝的命令。

先是耿精忠反清時，跟鄭經一塊兒攻打廣東，雖然耿精忠後來在福建時投降了清朝，但汀州、泉州、漳州等地卻都被鄭經佔領。耿精忠與清親王傑書，帶領部隊一塊兒攻打鄭經。

鄭經退守廈門，不久又讓部將劉國軒等人分兵入侵，攻陷海澄，圍攻漳泉，巡撫吳興祚和將軍賴塔出兵泉州，總督姚啟聖和提督楊捷出兵漳州，鄭軍這才撤回去。

只是海澄仍然被劉國軒佔領，湖南水師萬正色率領二百艘戰艦，從海上趕往福建，跟吳興祚、姚啟聖等人水陸夾攻，這才收復海澄，並且奪回了金、廈二島。鄭經和劉國軒，仍然退守臺灣。將軍賴塔打算招撫鄭經，省得他再來騷擾，於是就讓人寫了一封信給鄭經，話說得非常委婉。信上說：

足下父子，自闢荊榛，且眷懷勝國，未嘗如吳三桂之僭妄。本朝亦何惜海外一彈丸地，不聽田橫壯士，逍遙其間乎？今三藩殄滅，中外一家，豪傑失時，必不復思噓已灰之焰，毒瘡痍之民。若能保境息民，則從此不必登岸，不必薙髮，不必易衣冠，稱臣入貢可也。不稱臣，不入貢，亦可也。以臺灣為箕予之朝鮮，為徐福之日本，與世無患，與人無爭，而沿海生靈，永息塗炭，惟足下圖之！

鄭經得到信以後，又加了一條，說要把海澄縣作為公共貿易區。賴塔本來也想答應，沒想到總督姚啟聖卻說會有許多後患，堅持不同意。和議最後取消。

鄭經有好幾個兒子，大兒子鄭克臧最有本事，非常禮賢下士。鄭經常年在外，國家大事大都由鄭克臧管理，也沒什麼做的不好的地方。只是因為鄭克臧是鄭經私通乳母所生，所以家人大都看不起他，但因為鄭經比較寵愛他，又沒有什麼過錯，所以大家只能隱忍。

等到鄭經被清軍打敗，又退回臺灣，鬱郁不得志，就天天借酒消愁，玩弄美色。所謂酒是穿腸毒藥，色是刮骨鋼刀，真是一點不假。鄭經老這麼胡來，終於搞得腎虛，最後一病不起，臨死前讓鄭克臧接著當頭。

無奈，家裡人都瞧不起鄭克臧，下面的官員又忌憚他太精明，於是就合謀要害死他。侍衛馮錫範是主犯，又找了不少從犯。這時，鄭成功的老婆董老太太還活著，聽信了讒言，無緣無故地就把鄭克臧毒死了。

鄭經的二兒子鄭克塽繼承了延平郡王爵位。鄭克塽年紀還小，不能處理政務，都由馮錫範決定。馮錫範這老傢伙飛揚跋扈，搞得大家都恨他。訊息傳到內地，姚啟聖非常得意，就想趁機收復臺灣。

姚啟聖是浙江會稽人，漢族。小時候就已經什麼都敢幹，後來跟著打仗有功，所以被康親王傑書竭力推薦，竟然當了福建總督。

福建連年戰亂，十家有九家沒人了。康親王收服了耿精忠，驅逐了鄭經，看上去一切都平靜了，實際上仍然非常混亂。當時福建住著一王、一貝子、一公、一伯，還有將軍、都統等人，還都帶著護衛隊。

這幫傢伙，吃百姓的糧米，佔老百姓的房屋，還要老百姓的兒子們給他們當差，老百姓的妻女們，給他們陪睡，這些小老百姓都敢怒而不敢言。

後來康親王奉旨回京，士兵們搶的金銀珠寶多得都沒法數，還有那些嬌滴滴的婦女，這幫傢伙也捨不得留下，要把她們都帶到北京去。

姚啟聖就跟康親王懇求，讓他下令禁止，然後暗地裡設法償還老百姓的債務，共有金子二十萬兩，需要還給二萬多難民。

所以福建人對他非常感激，好多人都弄個牌子，供奉著這位姚總督。姚啟聖心想，百姓基本上已經安撫好了，但還需要建立更大的功業。恰好臺灣發生內亂，於是立即上報朝廷，說臺灣正發生內訌，機不可失，失不再來。

康熙帝立刻讓親王大臣商議這件事，內閣學士李光地請求批准，康熙帝就下令答應了。姚啟聖大力推薦了降將施琅，說他非常有本事。於是就又任命施琅為福建水師提督，兼任太子太保。

施琅本是鄭成功的老部下，對臺灣的地理情況和海上作戰都非常熟悉。他到任以後，立刻訓練士兵，練成水師二萬，用三百艘戰船裝著，打算不幾天就去攻打臺灣。

恰逢出現哈雷彗星，尚書梁清標和給事中孫蕙就說這是老天在發脾氣，這時不應該打仗。施琅卻建議出兵打仗，朝廷商量了以後又往後推遲了幾個月。

到了康熙二十二年，因為施琅老提這件事，最後終於答應他了。臺灣在福建的東北部，姚啟聖就打算等刮北風的時候再去攻打臺灣，施琅卻請求刮南風的時候可以先去攻打澎湖。並且說：「澎湖攻不下來，臺灣肯定沒戲，澎湖要是攻下來，就算不去攻打臺灣，臺灣也會自己亂了陣腳。」

於是，施琅就給政府寫信，請求讓他去征討反賊，讓總督留在廈門給他供應糧餉。康熙帝也答應了他的請求，讓他帶兵先進攻澎湖。

守將劉國軒四面築牆，周圍都安了火炮，澎湖被守得格外嚴密。施琅就派游擊藍理為先鋒，趁著漲潮的時候去進攻，自己則乘著小船繼續進攻。劉國軒讓守兵發射火炮、射箭，從白天一直打到晚上，仍然相持不下。

忽然狂風大作，波浪滔天，戰船隨著波濤起伏不定，眼看要支撐不住了。劉國軒趁機駕著船出來了，直接衝向施琅的戰船，施琅趕忙帶兵迎戰，突然一支箭射過來，正好射在施琅的眼上，施琅慘叫一聲，差點跌倒。

幸虧總兵吳英在旁邊，看見主帥受了傷，一面讓士兵保護施琅，一面帶兵抗戰，炮箭齊發，終於把劉國軒給打退了，大風也漸漸平息下來，兩邊也都收了兵。

第二天早上，施琅安排好計策，分路進攻，打算報一箭之仇，就讓總兵陳蟒率領五十艘船去攻打雞籠嶼，總兵魏明率領五十艘船去攻打牛心灣，自己則帶領五十六艘船分成八隊，直接攻打中間，仍然讓藍理當先鋒，又單獨弄了八十艘船作為後應。

劉國軒看見清兵相繼而來，正打算繼續堅守，忽然看見東南角上雲彩漸漸凝聚到一塊兒了，就立刻下令出兵。

部長曾遂說：「施琅這次過來，肯定是為了報那一箭之仇，咱們還是採取堅守的好。」

劉國軒說：「今天肯定有大風，正好可以一舉消滅敵人，為什麼不出兵呢？」

曾遂問：「您怎麼知道會有大風？」

劉國軒用手指著東南角，告訴曾遂說：「你在海上呆了多年，難道連海上的氣候也不知道，雲合風生，雷鳴風止嘛！」

曾遂立刻高興地跑出去，率領戰艦，先來迎敵。恰好有一艘戰艦開過來了，船上寫著「藍理」二字，曾遂知道是清兵的前鋒到了，立刻下令讓士兵出去迎戰。

這時，正是大夏天，藍理光著膀子，站在船頭，兩手拿著雙刀，一上來就把敵人砍倒了了幾十個，敵人一看藍理這麼兇狠，都拿著長槍過來扎他，藍理就用雙刀亂砍，把這些槍桿削斷了不少，又砍倒了好幾個敵兵。自己也中了十多槍。突然一個炮彈飛過來，正好從藍理的肚皮上擦過去，藍理一下子就摔倒了。

那邊的曾遂大聲喊道：「藍理死了！」

突然看見藍理猛地跳起來，拿著大刀大吼著說：「我藍理還活著，你才死了呢。」接著又大聲喊：「殺啊，殺啊！」