半路上，又聽說桂王被殺的訊息，朝著北方大哭，嘔血數升。士兵見主帥病了，趕緊帶著他退回去。回到猛獵，他的病情一天比一天重，臨死時，仍然喊了三聲永曆帝，悠然而逝。
李定國一死，西部邊陲再無遺患，東南只剩下張煌言和鄭成功。張煌言隱居在南田島，只有幾個隨從，他也知道大勢已去，只是還有一片忠心，不願意承認事實，還經常跟鄭成功書信來往，屢次勸鄭成功進兵。
沒想到，鄭成功竟然死掉了。張煌言聽到訊息，失聲痛哭：「延平郡王死了以後，還有什麼指望？」從此就深居簡出，謝絕一切，閒暇的時候就寫寫字，或者借酒消愁。
一天，張煌言正在門外閒眺山水，忽然看見有幾個人穿著明朝的服裝。這些人走到張煌言面前，瞧了又瞧。張煌言正驚訝的時候，就聽見來人說：「你莫非就是張煌言先生？」
張煌言不敢直接說出姓名，就問來人是什麼人。來人說：「我們都是明朝的遺民，聽說先生住在這裡，所以特地來拜見。先生何必隱姓埋名，難道還疑心我們是奸細嗎？」
張煌言就把這些人邀到自己家裡，各自說了自己的名字，無非就是張三、李四一類的傢伙。這些傢伙個個打著明朝的旗號，張煌言和他們說得非常投機。並說：「島上來了幾艘船，船上的人，大約也有幾百人，就算一兵一將，也能振興祖國大業，請先生出去一會，制定盟約，共圖恢復大業。」
張煌言熱心明朝事業，便跟著來人來到了島口，果然看見海邊停著幾艘船，正要上船，船中突然站起幾個人來，都是扎辮子的清兵，張煌言這才知道中了清人的詭計。
清兵提起鐵索來綁張煌言，張煌言怒吼說：「大丈夫可殺不可辱！」話還沒說完，岸上引誘張煌言的人，就已經搖手阻攔了。當下就帶著張煌言上船，乘著風勢，到了寧波，又由寧波轉到了杭州。這些清兵上岸，僱了一頂轎子，抬著張煌言進了衙門。巡撫趙廷臣立刻過來迎接，請他上坐，坐好以後，就開始嘮嘮叨叨地勸他投降清朝。
張煌言說：「你這樣對我，我也不是不感激，但我張煌言義不事清，大不了一死。就算你像蘇秦、張儀一樣會說，我也不投降，還是早早地讓我死了吧，了卻我一番心事。」
趙廷臣一看實在沒辦法，就讓他完成心願，把他送出清波門，讓他就義，然後把張煌言的遺骸送進了鳳凰山中。迄今鳳凰山有蒼水先生墓，就是張煌言的墓。
這時，鎮守福建的耿繼茂又和福建總督李率泰、水師提督施琅，借了幾艘荷蘭人的夾板船，去攻打金門、廈門二島，再次把思明州改為廈門。
這時候，鄭成功的兒子鄭經佔據臺灣，仍然尊奉永曆正朔，堅持抗清。清政府把鄭芝龍給殺了，並把他的兒子鄭成恩、鄭世恩、鄭世蔭等人也一律都砍了腦袋。
鄭芝龍臨刑前，長嘆一口氣說：「早知落得今日這樣的下場，又何必投降。」鄭經聽說鄭芝龍被殺，悲痛不已。可惜自己在海上勢單力孤，不足以跟清朝抗衡，只好韜光養晦。
這時，八歲的清朝小皇上，坐享太平，放馬南山，偃武修文。光陰荏苒，轉眼過了四年，皇帝大婚，娶了內大臣噶布喇的女兒何舍里氏為皇后，龍鳳呈祥，免不了又是一番慶賀。太皇太后與皇太后，各自又加了尊號，雖然是本來就應該有的事，可也是錦上添花，更熱鬧了。只是范文程、洪承疇這些功績卓著的老臣，先後都逝世了。國家的日常管理，統統歸輔政四大臣了。
這四大臣中，索尼是四朝元老，資格最老，人品也還不錯。遏必隆、蘇克薩哈功績和名望都不如他，凡事都聽索尼的主意。只有鰲拜征戰四方，自恃功高，橫行無忌，連索尼也不放在眼裡。他想把索尼這幾個人都給幹掉，趁著皇帝年幼，獨攬大權，因此暗地裡使陰謀詭計，先從蘇克薩哈下手。
蘇克薩哈是正白旗人，鰲拜是鑲黃旗人，順治初年，睿親王多爾袞曾把鑲黃旗應該得到的土地給了正白旗，另外給了鑲黃旗一些土地，旗民安居樂業，已經二十多年了。鰲拜就提議，把原來的土地再各自歸還原旗。宗人府會議批准了，就讓直隸總督朱昌祚、巡撫王登聯和國史館大學士蘇納海去辦理換地的事情。俗語說：「多一事不如少一事。」本來已經安居樂業的旗民，無緣無故要遷移，免不了要多花費錢財；況且地換了以後，房子也要換過來，因此都有損失，都有困難，自然而然地就怨恨起來。蘇納海、朱昌祚、王登聯等人根據民情，上書請求皇上中止這些事情。康熙帝召見了四大臣，把三人的信交給他們看。
鰲拜憤怒地說：「蘇納海換地遲緩，朱昌祚阻礙國家大事，都是目無君上，按照條例應該砍頭。」
康熙帝就問索尼等人說：「你們認為怎麼樣？」
遏必隆連忙說：「應該按照鰲拜所說的做。」
索尼也跟著說：「我的意見也是這樣。」
只有蘇克薩哈低著頭，不說話。鰲拜怒目而視，恨不得把蘇克薩哈吞到肚子裡。他轉過頭，對康熙帝說：「我們的意見都一樣，請皇上下旨！」
康熙帝仍然遲疑，鰲拜就跑到御座前，拿出一張紙，提起御用的紅筆，在紙上寫了「蘇納海、朱昌祚、王登聯，不遵從皇上的命令，立即處死」等字樣，就匆匆跑出去了。索尼等人也跟著出來了。
鰲拜就把這道命令交到了刑部，刑部哪裡敢怠慢，立刻把蘇納海、朱昌祚、王登聯三人抓了起來，一律砍了腦袋。
康熙帝見鰲拜這副情形，就想親自主政，暗地裡讓給事中張維赤等人聯名申請。貝勒親王大臣也都贊成，只有鰲拜一聲不吭。
康熙帝只好往後推遲，直到康熙六年秋天，才開始在乾清門親自主政。
過了幾天，索尼病逝，鰲拜更加肆無忌憚。蘇克薩哈害怕不能免禍，就給皇帝上了一份奏摺，大意說：
「我才能平庸，卻被先皇帝格外看重，得以列入輔臣的行列。七年以來，一點功勞也沒有，罪名很多。現在皇帝您已經親自主持朝政，我請求皇帝允許我去給先皇帝守陵，如有一線生機，得以保全性命，那麼我對皇帝感恩戴德。謹此以告。」
康熙帝看完奏摺，拿起御用的硃筆另一張紙批閱道：
「你們這些輔政大臣，奉先帝遺詔輔佐了朕七年，現在朕正想對你們的勤懇加以賞賜，可蘇克薩哈對朕說要去給先帝守陵墓，說是為了保全身家性命，朕不知道是什麼事逼迫他至此？在皇宮不能活，那麼守皇陵就能活嗎？立即召開議政王貝勒會議，給我詳細彙報這事。」
聖旨一齣，鰲拜就聽說了，他馬不停蹄地趕往議政王傑書那裡去活動。議政王中屬康親王傑書最有威望，然而即使是他，見到鰲拜也非常畏懼。鰲拜命令傑書按照他的意思給皇上回復，他說一句，傑書寫一句，傑書不敢有任何違抗。康熙看到傑書呈報上來的奏摺，萬分驚訝。因為傑書的奏摺裡寫著：「蘇克薩哈身為輔政大臣，不僅沒有盡心輔佐皇上，以報答先帝的託付之情，還用這些辭藻華麗的好聽話來矇蔽皇上，可見他內心有多奸詐，恐怕早已有了叛離皇上的想法。本朝的大臣中還從未有過這一罪行的人，現在應該革去蘇克薩哈的官職，將他立即凌遲處死，而且他的子孫都要正法。」等等。按照清朝律例，凌遲處死是對大逆不道的人的處分，蘇克薩哈請求去守陵，不過是言語用詞激烈了一點兒，何至於給他加上凌遲處死，還要滅九族這樣的罪名？康熙年紀雖小但才智出眾，看到這裡哪有不驚訝的道理，便召康親王傑書、遏必隆、鰲拜等人到殿前，怒斥這份裁決蘇克薩哈死刑的奏章荒謬至極。鰲拜聽完立刻上前辯駁，康熙責問他說：「你和蘇克薩哈之間到底有什麼樣的仇恨，讓你一定要將蘇克薩哈斬草除根，不管怎樣朕的意思就是不準。」鰲拜回答道：「我和蘇克薩哈之間沒有個人的恩怨，臣只是秉公辦事。」康熙帝意味深長地說：「恐怕不是這麼簡單。」鰲拜說：「如果不這樣處置蘇克薩哈，以後會有許多大臣效仿來矇蔽皇上。」康熙回答道：「矇蔽朕的人，眼前難道就沒有嗎？朕看薩克薩哈倒是還有些規矩的人。」鰲拜仍然堅持處決蘇克薩哈，康熙同樣堅持著不允許。鰲拜禁不住勃然大怒，揮著拳頭衝向康熙，就差那麼一點兒拳頭就落在康熙的頭上了。康熙畢竟還是年幼，嚇得驚慌失色，支支吾吾道：「就是要懲辦蘇克薩哈，也不至於凌遲處死。」鰲拜抗議道：「就算不凌遲，也應該斬首。」康熙極力控制自己的恐懼，顫抖著說不出話來，最後還是傑書和遏必隆取了個折中，定了絞刑。鰲拜這才無話可說出去了。可憐蘇克薩哈，七年辛勤輔佐，最後卻被奸臣陷害，慘死在法場。
康熙帝經過這一次刺激，到慈寧宮去面見太后，忍不住哭泣著訴說鰲拜放肆妄為的行為。太后只是一個女人，也無可奈何，只能用言語來安撫康熙。不過康熙畢竟是個聖明的皇帝，從此他開始在心中暗暗謀劃，他從各王府挑選百名年紀跟他差不多大的親王子弟，讓他們一起練習武藝，研究拳法，他們都是將門之子，體格健壯，不到一年的功夫，各個都拳術精通，武藝高強，連康熙自己也學會了幾招。康熙非常有謀略，他先不動聲色地封賞鰲拜為一等公，讓鰲拜掉以輕心，隨後，他單獨召鰲拜進宮商量事情，鰲拜高興地前去，到了內廷，看見康熙端坐在殿上，兩邊站著一幫年少的貴族子弟。鰲拜昂著頭，走到康熙面前，問道：「皇上叫臣過來不知道有什麼事！」康熙睜大圓眼，向鰲拜怒喝道：「你知罪嗎？」鰲拜毫不畏懼，回問道：「臣有什麼罪？」康熙說：「你結黨營私，壓制陷害有功勞有才能的人，罪行多得數不清，你還說沒有罪！」鰲拜聽完這些話，急脾氣又上來了，他按捺不住性子，又揮著拳頭上前。康熙見他這樣，想索性再激一激他，便說道「你們將他給我拿下。」鰲拜一點兒也不害怕，怒吼道：「我看你們誰敢！」話音剛落，一個少年應聲而出，走近鰲拜，鰲拜隨即揮來一掌，那少年不慌不忙，接住了鰲拜的這一掌，大喊一聲：「去。」鰲拜沒有站穩，連連倒退。其他少年趁這個機會，將鰲拜團團圍住，你一拳我一腳，鰲拜一向對這些童子軍沒有防備，想不到他們居然這麼厲害，剛想要接招，誰知又被這些少年一下撂翻，打的頭破血流，奄奄一息。康熙帝便召傑書、遏必隆進宮，痛罵了他們一通。兩人連忙下跪，磕頭不止，連連求饒。康熙帝命令他們兩人根據實情審訊鰲拜，不得徇私。這兩人魂膽都被嚇沒了，自然遵照聖旨查實，列出鰲拜的罪狀三十條。不過在裁決書的末尾，他們說鰲拜是有功勳的舊臣，是否要正法還要看皇上的意思，至此還想袒護鰲拜。