康熙帝即位以後，由四位輔政大臣盡心輔佐。他們首先是打算肅清宮禁，將內官十三衙門全部去除。

什麼叫十三衙門？就是司禮監、尚方司、御用監、御馬監、內官監、尚衣監、尚膳監、尚寶監、司設監、兵仗局、惜薪司、鐘鼓司、織染局。這十三衙門，用的都是太監，順治帝在的時候，曾經設立內十三衙門鐵牌，嚴禁太監干政，只是因為衙門沒有撤銷，所以仍然不免鬼鬼祟祟，暗裡藏奸。

康熙帝即位以後，首先就撤銷了十三衙門，宮廷內外得到這個訊息，自然都稱頌不已。

到了康熙元年三月，平西王吳三桂、定西將軍愛星阿寫信報告說：「按照命令攻打緬甸，兩路進兵，緬甸酋長害怕了，把永曆帝朱由榔獻出來，雲南徹底掃平。」這封信交上去以後，上面很快回復，提拔吳三桂當了親王，仍然鎮守雲南，讓愛星阿儘快帶兵回京。

桂王寄居在緬甸，本來就困頓萬分。李定國這時正在景線，一連寫了三十多封信，想到那兒去迎駕，都被緬甸人給攔住了。李定國就帶兵攻打緬甸城，緬甸人守不住，恰好清兵也來攻打緬甸，李定國只好又回到景線。

這時，緬甸酋長巴哇喇達姆摩殺死哥哥自立，正想借助清朝的勢力，壓制緬甸人，就暗地裡和清兵串通，願意獻出桂王。吳三桂答應了，限定時間讓他交出來。緬甸酋長就帶了三千人馬，圍住了桂王的住所，假託詛咒盟約，讓桂王的隨從喝毒水。馬吉翔先出來，被用來開張，李國泰做了第二個，接著走出來一個，殺死一個，一共死了四十二人。只有沐天波與將軍魏豹，殺死幾名緬甸人後自刎而死。馬吉翔和李國泰等人是死有餘辜，只有沐天波死得冤枉。

桂王知道難免一死，含著眼淚寫了信，派人送到清營，交給了吳三桂，信上說：

將軍是清政府的功臣，以前也是我們明朝所倚重的。我明朝世代對將軍一家優待，讓你守衛邊疆，先皇對你的獎勵可以說很優厚了。

國家遭遇戰亂，李自成造反，攻陷了我們的京城，毀了我們的祖廟，逼死了我們的先帝，殺戮我們的人民，將軍像有志恢復楚國的申包胥，去向清兵求救，把李自成殺了，給先皇報了仇，你當時的初衷一定還沒有改吧。為什麼依仗大國的勢力，狐假虎威，藉著給先皇報仇的名義，卻去做了別國的開國功臣？

李自成已經被誅殺了，但南方的土地已經不是明朝的了。這些臣子不忍心國家滅亡，在南陽迎立新皇帝，還沒坐穩，就發生戰亂，弘光往北而逃，隆武被殺，我這時痛不欲生，哪有時間想國家大事？各位大臣再三請求，我才勉強接位，從這以後，我一直居無定所，南北流竄。幸虧李定國到貴州迎接我，我才去了南方，本來以為可以與世無爭了。

沒想到將軍忘了家國之仇，一心要開國之功，帶兵攻到雲南，把我的住所給毀了。我實在沒辦法才逃到緬甸，苟延殘喘。

將軍不避艱險，請命遠來，帶領十萬部隊，窮追不捨，難道覺得天下不夠廣嗎？難道整個天下就沒有我存身的地方？你已經封王賜爵了，還要殺了我去邀功嗎？

我的家被你毀了，兒子被你殺了，讀到這樣痛徹心扉的文字，你難道沒有一絲惻隱之心？將軍也是世代受朝廷恩典，就算不可憐我，難道不想想先帝嗎？就算不想先帝，難道不想一下自己的列祖列宗嗎？就算不想自己的列祖列宗，難道就不想想自己的父親、祖父嗎？不知道清朝給了你什麼好處？我又何處得罪了將軍？

將軍自以為聰明，其實愚蠢；自以為仁厚，其實刻薄。千年之後，有史書記載，會怎麼描寫將軍呢？我現在兵窮力竭，一條小命懸於將軍之手，如非要殺死我，我也沒有辦法。要是能夠轉禍成福，容我活命，同受新朝雨露，就是有再多人也交給將軍了。請將軍想一下。

這封哀切悽婉的信到了吳三桂手裡，本想著吳三桂能網開一面，沒想到吳三桂仍然逼著緬甸交出桂王。

桂王正等著吳三桂回信呢，結果來了七八十號緬甸兵，蜂擁而入，也不問情由，抬著桂王就走。還有桂王的二十五位家眷，也哭哭啼啼地跟著。

桂王精神恍惚，任由他們抬著，不知走了多遠，到了緬甸的都城。外邊有幾座大營，旗幟飄揚，右首寫著「平西大將軍」，左首寫著「定西大將軍」。緬甸兵從平西大將軍軍營進去，放下桂王以後，就自己出去了。自然有軍兵過來接待，桂王問這是什麼地方。

軍兵說：「這是平西大將軍吳王爺的軍營。」

桂王說：「是吳三桂嗎？」

桂王感嘆了幾聲，又看見自己的家眷大都蓬頭赤足，被緬甸兵押著進來，到了桂王跟前，一個個放聲大哭。

營裡一個軍官進來，吼了一嗓子說：「王爺來了，別鬧！」這些人被一嚇，都不哭了。

不一會兒，一位雄赳赳氣昂昂的大將走了進來，身邊被幾個士兵護衛著，見了桂王，作了一揖。

桂王見他頭戴寶石頂，身穿黃馬褂，早料到是個大將軍，就故意問他是誰？這人回答說：「清平西王吳……」說到吳的時候，不說了。

桂王說：「你就是大明平西伯吳三桂嗎？」吳三桂聽到「大明」兩個字的時候，就像被雷劈到了一樣（可惜不是真劈到），頓時有點毛骨悚然，不由自主地跪下了，聲音打顫地說：「是。」

桂王說：「好一個平西伯，果然能幹！可惜就是忘本了。但事到如今，也不必多說，我正想回北京，拜謁祖宗十二陵寢，你要是能替我辦到，我死也瞑目了。」

吳三桂仍然聲音發顫地說：「是。」桂王讓他起來。

吳三桂趕緊告辭回到大營，對手下眾將說：「我自從軍以來，大小經過數百次戰役，也沒有什麼恐懼，沒想到今天見到這末代皇帝，偏偏讓我侷促難安，這可真是奇了怪了！」

於是，就讓部將護著桂王和桂王的家眷，簇擁而行，自己則邀愛星阿一起帶領人馬回到了雲南。沒幾天，就到了雲南的省城。吳三桂把桂王單獨囚禁在一個監牢裡，接著就跟愛星阿商議處置桂王的法子。愛星阿打算把俘虜帶到北京，聽從朝廷發落。

吳三桂說：「要是半路上被劫了去，怎麼辦？據我看來，不如就地處決得了。」愛星阿不便阻攔，就按照吳三桂的意思寫了信。到了四月十四日，收到了清聖祖的命令：「對於前明桂王朱由榔，不用進獻俘虜，可以就地處決。欽此。」吳三桂立即升帳，傳齊所有馬軍、步軍，把桂王及其眷屬二十多人，都弄到了篦子坡法場，立即絞死。

桂王也不多說，只有桂王十二歲的兒子大罵三桂說：「吳三桂你個臭賊！我們明朝哪點對不住你？我父子二人和你有什麼仇？你非要害死我們。蒼天有知，保證不會讓你這臭賊得善終！」

這時，李定國正聯合暹羅、古刺等國，準備大舉進攻緬甸，要回桂王，忽然聽說緬甸已經把桂王獻給了吳三桂，趕緊帶兵去追趕。