兵器研究院的慘劇，白水潭學院的哀傷，到了朝廷中，卻變成了懷疑。
雖然官制改革與兵制改革依然有條不紊的推行著，宋朝中央政府轉換成尚書省與樞密院對掌大權，御史臺、門下後省監督的架構。在兵部尚書吳充與兵部侍郎郭逵的支援下，兵制改革也開始了它的第一步……但是，對於開發火藥武器，朝中卻開始出現質疑之聲。甚至還連累到石越，有言官指責是他破壞了天地的平衡，使陰陽失調，於是降下天怒。
「已經不止一個官員上書說，兵器研究院研究的事情不祥，要求朕下詔禁止。」趙頊的眼中，也似有了疑惑。「卿說是不是兵器研究院欲奪天地之造化，所以招此大禍？此是上天之警示？」
石越沉聲道：「陛下！自古以來，凡欲求真證道，無不經歷千難萬險。便如陛下改革，也是一步一步走來，不知中間有過多少曲折艱辛。兵器研究院之事，至為不幸，然而卻不可因噎廢食，半途而廢，更使死者枉送性命。」
趙頊沉默良久，方說道：「人心疑惑，又當如何？」
「若表彰死者之功，使天下皆知他們的死重於泰山，且能得到朝廷的認可，則敬意可以取代疑惑。」章惇從容答道。
石越見他如此敏銳，也不禁感到驚訝。此人運氣極好，方除衛尉寺卿不久，兵器研究院就出事，於是責任就完全與他無關，反倒顯出他的能幹——在章惇任期內，大規模生產的霹靂投彈和震天雷，沒有出過任何差錯；而標準化改革，也推行得非常順利，已經初見成效。
趙頊目光移向石越，問道：「石卿之意如何？」
石越連忙斂神答道：「章大人所說極是。若天下人皆以為國而死為榮，那麼國家強大之日也就不遠了。」
「朕會給他們追贈官爵，厚加撫卹。」
「追贈官爵的榮譽，不足以震撼天下人的耳目！」石越決心要給死難者爭取更大榮譽。
趙頊不由面露難色，問道：「那卿以為當如何？」
「臣請陛下，在汴京建先賢祠與英烈祠。先賢祠專門供奉本朝有名的學者、於國有功的研究者的牌位，不分儒學雜學，只要才學有益後世，皆得入祠供奉；英烈祠則供奉為國戰死的將士牌位，凡為國盡忠者，都要查明其姓名籍貫，將牌位供於祠中。每年春秋二季，由朝廷舉行祭奠，宰相以下行跪拜禮……」
趙頊與章惇聽到石越這番話，都不禁吃了一驚，趙頊不禁遲疑道：「這隻怕於禮不合。」
「陛下，雖是古禮所無，但是儒家弟子，亦可配享孔廟，國家功臣則可以配享宗廟，二者之意義相近。若能讓人知道死去有意義，則人人勇於效死，遠勝於追贈官爵。這也是獎勵忠義智勇之意。」石越竭力地遊說著。
章惇看看石越，又偷眼打量一下皇帝，道：「臣以為此議可行。」
趙頊苦笑幾聲，道：「知都給事中事是前御史中丞楊繪，這還是石卿舉薦的。朕願和石越打個賭，縱然尚書省同意，門下後省也非得駁回去不可。」
同一日。開封城南朱仙鎮。皇宋講武學堂。
一千零八十二名指揮使以下，副都兵使以上的禁軍軍官，分成馬、步、器械三列整整齊齊的站在校場上。他們都是來自於汴京周圍的禁軍軍官。將臺上，站著三四十名教官，其中不少教官一臉殺氣，一看就知道是久經戰陣的悍將；還有一些則文質彬彬，倒似讀書先生，這自然是原來武學的教授。
樞密副使王韶、兵部尚書吳充、兵部侍郎郭逵都出席了這次「開學典禮」。開學典禮後，所有禁軍軍官分成了十個都。其中九個都一百零五人，包括三個騎軍都，六個步軍都，另有一個神衛軍都則是一百三十七人。田烈武和文煥分在同一個都，他們很驚喜的發現，在自己這個都中，還有一位老熟人——吳鎮卿！
但他們沒有什麼機會敘舊，傳令官剛剛分配完畢，一個可能不到三十歲的年輕軍官就走了過來，厲聲喝道：「從此時起，你們歸本官統轄，誰敢不聽號令，軍法無情！」
文煥低聲在田烈武身後說道：「這人是王韶的長子……」一句沒有說完，就聽王厚厲聲喝道：「文煥！」
「末將在。」文煥嚇了一跳。
「還有你，田烈武！」
「末將在！」
「文煥，你可知罪？」王厚不去看田烈武，只向文煥冷冷的喝道。
「末將、末將……」
「本官知道你是武狀元，武狀元又如何？」王厚冷笑道，「田烈武，你執杖重責文煥十五軍棍！」
田烈武一怔，早有親兵到小校場邊拿來一根大棍，遞到他手裡。田烈武無可奈何，只得應道：「得令！」走到被兩個親兵按倒的文煥身邊，「啪」的一棍打下去，便聽一聲清脆的響聲，文煥應聲「啊」的大叫。他把棍子舉得高高的，一連打了十五棍，文煥痛得哇哇真叫，王厚卻只是不住的冷笑。待他打完十五棍，王厚卻忽然走了過來，目光逼視著田烈武，沉聲問道：「聽說你是田瓊的侄子？」
「是。」田烈武不曾想王厚對他們每個人都如此熟悉。
「田瓊當年和我有袍澤之誼，他常說他有個侄子武藝出眾，可惜在開封府當差，那人是你不是？」
「是。」田烈武的冷汗已經冒出來了。
「衙門裡打犯人的把戲，你玩得挺熟是不是？」王厚這時才提高了聲音吼道。
「……」
「是不是？！回答我！」王厚的目光犀利得彷彿要撕開田烈武的皮膚，直刺入他的內心。
田烈武硬著頭皮高聲答道：「是！」
「很好。」王厚大步走到隊伍之前，厲聲喝道：「來人，給文煥重打二十軍棍，田烈武三十軍棍！」
「得令！」他的親兵厲聲應道，按下兩人，棍如雨下，頓時打得二人皮開肉綻。但這次二人卻是咬緊了牙連哼都不哼一聲。
王厚環視眾人，厲聲道：「今日就告訴你們第一課，我不管你們在禁軍裡面是什麼老爺，是上四軍的還什麼軍的，進了講武學堂，就要明白一件事，軍中紀律第一！」他輕輕一擊掌，一個親兵送上數張寫滿字的白紙。王厚指著紙說道：「這是講武學堂紀律，也是軍中紀律，我讓親兵念讀十遍，今日你們就站在這裡給我背熟了，記熟了，到講武臺來找我的親兵背完再回去休息，背不會，站在這裡背會為止！」說罷竟是頭也不回的走了。可憐這些禁軍軍官，平日裡薪俸優厚，最少也管著百來號人馬，這時卻被幾個小兵虎視眈眈的盯著，一遍一遍的聽著軍紀。稍有動彈，幾個親兵就衝上來，撲頭蓋臉就是一頓鞭子。
講武學堂的教官自然並非全如王厚一般嚴厲，但其中卻也還有更加殘酷的，比如軍中號稱「梟勇」的兩大名將張玉和林廣，竟然要求受訓的步軍軍官站在箭雨面前紋絲不動，保持佇列的整齊，若是稍露出些許怯意，就會受到極其嚴厲的體罰。於是講武學堂開學第一天，和田烈武、文煥一樣被打得幾乎站不起來的學員，竟多達數十名，至於捱過鞭子的學員，則數以百計。
當天晚上，田烈武與文煥從醫官那裡要了藥，掙扎著相互搽了，趴在簡陋的鋪蓋上睡了。誰知迷迷糊糊睡了兩個時辰不到，但聽得一陣刺耳的號角聲打破了夜空的寂靜，迴盪在整個學堂之中，隨即便聽到有人聲嘶力竭的大聲喊道：「劫營！劫營！」
文煥連眼睛都沒有睜開，只含含糊糊的嘟噥道：「太平盛世，劫的鬼營？」話音未落，頭一歪竟然又睡著了。田烈武本也是強睜睡眼，但看到他這神情，卻不禁又是好笑又是好氣，伸手重重拍了一下文煥屁股上的傷口，痛得文煥「哎喲」一聲大叫，幾乎跳了進來，正要埋怨，卻見田烈武已開始披掛，一邊道：「快起來，要不然小閻王饒不了你。」——不過一天功夫，王厚便已在學員中得了「小閻王」這樣的渾名。文煥這才醒悟過來，慌慌忙忙披掛——便在這時，校場結陣點兵的號角聲已經響了起來。吃過苦頭的學員們也顧不得身上的盔甲是不是穿齊整了，慌慌忙忙便往校場跑去。
到了校場，就發現各都教官都已經到齊，所有教官、親兵都穿得整整齊齊，手執長鞭，肅然站立。王厚冷冷的望著麾下的學員，見他們一個個披掛不整，有些人甚至連武器都沒有拿，眉間早已經鎖成了「井」字。
「明日每人去領一本《諸軍訓練條例》，自己看看若敵軍劫營，應當如何應對。」王厚忽然舉起鞭子，指著一座不知什麼時候搬來校場的座鐘，厲聲斥道：「從吹號到集合，竟花費整整三十分鐘！若真是契丹、党項的騎兵，你們早就去奈何橋報到了！」
文煥心中大是不服，暗道：「你不安排哨探，是你主將無能。」但不服歸不服，這樣的話，那裡敢說將出來？
王厚凌厲的目光環視眾人，高聲道：「我知道你們不服！但兩個人配合披甲，快則五分鐘，最多十分鐘！從明天開始，連續十天，每天一個時辰練習解甲披甲。今晚凡拿了兵器的，回營睡覺。沒拿兵器的，換班守夜！」
眾人如蒙大赦，頓時散去。那些沒有拿兵器的學員雖然愁眉苦臉，卻也不敢讓「小閻王」聽見了。王厚待所有人全部走了，才吩咐親兵道：「待會給捱過打的人，悄悄送點傷藥過去。」親兵連忙應著去了。卻聽一人笑道：「恩威並施，處道將門之子，果然深明治軍之道。」
王厚循聲望去，卻見是講武學堂大祭酒章楶，連忙欠身行禮，道：「末將見過大祭酒。」原來講武學堂之設，除了五年整編期內半年一期速訓軍官外，以後每個軍官升遷，都要到講武學堂速訓半年。其長期的目標，更是直接向各州學、縣學招收士子，培養科班武官。擔負這樣的重負，兵部侍郎事務煩多，是不可能奔波於開封與朱仙鎮兩地來管理校務的。因此，講武學堂在山長之外，設有「大祭酒」一職，負責處理日常校務。第一任大祭酒章楶，是禮部試第一名，省元出身，暢曉軍事，文材武略，皆是大宋少有的人物。因此石越特意向皇帝推薦，以章楶為講武學堂大祭酒兼武經閣侍講。
章楶這一日來四處巡視，檢查各都教官訓練之法。他與衛尉寺卿章惇同宗，又得石越青眼，自是知道不少內情——為了防止某一派系軍官對講武學堂影響太大，皇帝與吳充、石越、韓維四人精心挑選了數十名教官，名義上的山長郭逵與他這個大祭酒，並沒有影響第一批教官任命的能力。這些被精心挑選出來的教官，來自武學、王韶軍、蔡挺軍中，還有些則是以前狄青的舊部。所有的教官都必須是有過戰功，武藝好，通文墨，懂兵法，可以說放在任何一處，都是軍中翹楚。皇帝與石越，就指望著以這些人來打造一個精幹的軍官階層。因此章楶絲毫不敢怠慢，他知道這些教官雖然都是軍中英傑，但是各軍風格不同，作風自然不一。似王韶舊部，如王厚便深受乃父影響，雖然講究恩威並施，卻是為人嚴肅；而張玉、林廣，訓練雖然嚴酷，但是一旦解散，就和部下喝酒賭錢，無所不為；還有些教官，則多恩少威，或者有威無恩……雖然頒佈了《諸軍訓練條例》，明確提出了各種訓練指標與操練規程，但是要打造一隻真正強大的軍隊，還需要有真正精幹的軍官與公正的獎懲監督。這些東西的養成，絕非一部《條例》的頒佈就可以解決的。所以，章楶知道自己的責任，就是約束好這些教官們。
但是章楶這次來找王厚，卻是為了別的事情。他走到王厚身邊，笑道：「處道，剛剛接到兵部行文，衛尉寺想派一批軍法官來講武學堂，一同參加訓練。」王厚不明其意，便不介面，只是默默的看著章楶，知道他必然會繼續解說明白。果然章楶頓了頓，又道：「但學堂教官人手略嫌不夠，而且……」
王厚心中頓時雪亮，笑道：「而且沒有人敢接收軍法官，這些人將來是要配備軍中，負責執行軍法，監督將領的，而我們這些第一批教官，卻沒有幾個人會在講武學堂呆一輩子，遲早要編入禁軍之中，到時候難免不碰上這些冤家。此時訓練起來，輕不得，重不得……」
章楶苦笑著點了點頭，道：「正是如此。」他倒不料得王厚如此坦率。
王厚嘴角忽然露出一絲嘲諷的笑容，他掂了掂手中的軟鞭，淡淡道：「既然他們想來，就讓他們歸我管好了。我倒要先看看，這些所謂的隨軍軍法官，究竟長了幾顆卵子？」
章楶見王厚一口答應，不由鬆了口氣，一面笑道：「這些人也只來受訓半年，然後還要回衛尉寺受訓半年，主要是成為衛尉寺軍法官的教官，派到軍中的機率也是很小的……」
王厚注視章楶，臉上肌肉一跳，笑道：「大祭酒太小看我了！我王厚對朝廷忠心耿耿，怕什麼軍法官！」
章楶哂然一笑，道：「那就好。我還要去看看神衛營的教官，兵器研究院的慘案，對他們的打擊太大了。」
王厚連忙欠身抱拳，道：「末將恭送大祭酒。」
尚書省，政事堂。
政事堂會議。
左僕射韓絳、右僕射呂惠卿並排坐在上首。六部尚書中，吏部尚書馮京、戶部尚書司馬光、禮部尚書王珪在左，兵部尚書吳充、刑部尚書陳繹、工部尚書蘇轍在右；六部尚書之次，則是大理寺卿張景憲、司農寺卿安燾、太府寺卿石越；壓班的兩個座位，左面坐著尚書左丞王安禮，右面坐著尚書右丞呂大防。此外，太常寺卿常秩與新任軍器監兼知兵器研究院蘇頌則坐在了最下首，他們二人均不帶參知政事銜，是奉命前來旁聽並作證的。按舊制，太常寺卿為九卿之首，如今卻事權多削，反而遠遠比不上九卿之末的太府寺，看著正襟危坐的張景憲、安燾、石越，常秩不由感到一陣彆扭，不安地扭了扭身子。這一切都落在了呂惠卿眼中。他淡淡一笑，旋即正容，緩緩說道：「子明關於建忠烈祠與先賢祠供奉殉國將士與逝世賢者的建議，門下後省通過了忠烈祠，卻駁回了先賢祠，理由是凡國之賢者，或可入孔廟陪祠，或可入宗廟配享，設先賢祠多此一舉，虛耗國帑。」他說到這裡，有意無意的望了石越一眼，見石越面色沉靜如水，竟是看不出深淺，心中一凜，繼續說道：「今日要討論的第一件事，便是政事堂是否決定堅持設立先賢祠？」
韓絳輕輕咳了一聲，望著石越，道：「子明是倡議者，你以為如何？」
石越的目光依次掃了眾人一眼，才緩緩說道：「我依然認為有必要設立先賢祠，因為孔廟、宗廟非常人所能配享。」
「賢者自然不是常人。」呂惠卿笑道，「某以為給事中們擔心的，是先賢祠供奉的人是什麼人，是不是要把楊朱墨翟之流，全部請進去供奉？誰有資格入先賢祠又當由誰來決定？若這些不說清楚，只怕還會被駁……」
「雖不必楊朱墨翟皆入祠，但是如算學名家入祠，卻是可以的。此前以算學家配享孔廟，爭議甚大，若設先賢祠，便可無爭議。」石越的聲音微微抬高了些，似乎要以此表明他的決定，他心裡也知道以這樣的理由是很難說服眾人的。先賢祠對在座的人來說，除了蘇頌以外，沒有任何吸引力可言。這些人死後，既便是進不了孔廟，也是有機會宗廟配享的。
果然，王珪息事寧人的說道：「子明，這個先賢祠若專為祭祠算學家似無必要。這次兵器研究院不幸死難的人可以進忠烈祠祭奠，那也是罕見的殊榮了。為何非要偏執於一個先賢祠？」
「諸公，」石越抱拳環顧，慨聲道：「設立先賢祠是功在千秋之事，它可以鼓勵一代一代的人去追求真知，瞭解天地間的奧秘，甚至於不惜為此獻身，因為他們會知道，自己死後，英靈能得到祭奠，自己的努力會得到天下的認可！當然，先賢祠也是慰藉軍器監事件中死去的二十五名研究員和八名工匠的地方，他們不僅是為國捐軀，也是為追求真理而死！在一個個教訓中吸取經驗，是前進所必須付出的代價！他們必須被我們用一種特殊的形式來紀念！」
但是沒有人聽得懂他的話。司馬光蹙眉道：「死去的人誠然值得悼念，但是有英烈祠足矣。我總以為，若創立先賢祠，不利於淳化風氣，且會破壞董仲舒以來儒術獨尊的地位……」
石越愕然道：「君實相公何出此言？」
「朝廷為鑽研奇技淫巧的人如此鄭重的大開先例，必會影響天下風氣。若只是入祠英烈祠，倒還算合情合理。」
「君實，這是偏見！」
「偏見？儒學自是正統。」
「儒學不僅僅只有九經！天地之間，存在大道，要了解道是什麼，就需要我們格物致知。僅憑九經，是不能瞭解天地的真理，聖人的本意的！」
呂惠卿心裡其實是非常同意石越的意見的，但同時他也十分懷疑石越是不是別有用心。在他看來，石越的七書已經開了奇技淫巧之例，這先賢祠不過石越欲借朝廷威信來鞏固他的學術地位而已。不過呂惠卿更明白這件事背後有著什麼樣的含義——白水潭學院集體悼念死者英靈的事情，他早已聽說，《汴京新聞》、《新義報》甚至《諫聞報》都有詳盡的報道，他一點也不想得罪白水潭學院上萬師生，倒是樂得看石越和司馬光打擂臺。
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