且說水晶宮中，逃回的蝦兵蟹將三太子敖丙也被哪吒所殺，還被抽了龍筋的訊息帶回給東海龍王。東海龍王喪子心痛，更是勃然大怒，發誓一定要找李靖一家算賬。他請來了西海龍王、南海龍王、北海龍王，讓他們為自己做主，四海龍王一起興風作浪，水淹陳塘關，要李靖交出哪吒。
李靖正要前往東海向龍王請罪，誰知四海龍王已經找上門來。他們不肯聽李靖解釋，引發洪水將陳塘關圍困，天空陰雲密佈，不時傳來雷聲陣陣。
哪吒想要出城還擊，卻被李靖阻攔。李靖怕他再惹是生非，便收了他的乾坤圈與混天綾，還將哪吒綁起來命家人好好看守。哪吒沒有了武器，又見父親這樣對自己，他心裡滿是委屈。
他向父親大聲辯解：「是他們先動手打我的！爹爹，你讓我出去！打得過，我就一個人翻江倒海，保護陳塘關；打不過，我一個人拼了命也就算了，絕不連累陳塘關的無辜百姓，還有爹爹孃親。」
李靖要將哪吒交給四海龍王處置，可是殷氏每日都哭著求他不要交出哪吒。而他雖然憎恨哪吒闖下大禍，可也始終不忍心讓哪吒去死。就這樣一日一日過去，圍著陳塘關的洪水一直沒有褪去，滿城的百姓都日夜生活在恐懼與焦灼之中。
哪吒不忍心因為自己的過錯而牽連陳塘關所有百姓遭殃，更不願看母親終日以淚洗面。終於有一日趁家人看守不備，他提起李靖的寶劍就跑出城去。李靖和殷氏知道後也趕忙追了出去。
陳塘關外，四海龍王眼見哪吒出城，便祭出颶風將哪吒團團圍住，唯恐他逃走，更不讓李靖夫婦上前。只見哪吒以劍指天，大喊道：「老妖龍，你聽著！我一人做事一人當，不許你們禍害別人！既然我殺了你的兒子，如今我願一命抵一命，我死後你們便褪去洪水，不許再為難於陳塘關百姓和我爹爹！」
東海龍王隱在陰雲密佈處，聽到哪吒的話後，也現身答應道：「好！只要你死了我就再不追究！」
「哪吒！」身後傳來殷氏的大聲呼喚，哪吒舉起劍，回頭望了父母一眼，含淚說道：「爹爹孃親，你們的骨肉我還給你們，我不連累你們！」
說完他用劍割下自己胳膊上的一片肉，殷氏心疼地大呼不要，李靖也不忍再看下去，他拉住殷氏扭開頭不看哪吒。
哪吒又看向李靖，然後竟咬牙又剔下一段骨頭，殷氏再也看不下去，大叫一聲昏死過去。最後哪吒緩緩抬起頭，將寶劍舉起向著脖頸處劃下，頓時血流不止。他用盡最後的力氣，舉起手伸向高空，大喊著：「師父！」
哪吒已死，四海龍王見報了仇，便不再為難李靖，圍困陳塘關。他們將洪水褪去，大搖大擺地回到東海擺宴來慶祝哪吒之死。
可是哪吒雖死，他的魂魄卻還滯留人間。他的魂魄飄飄蕩蕩，最後來到了金光洞尋找他的師父太乙真人。
太乙真人早知哪吒會有此一劫。他讓哪吒給自己的母親託夢，讓她在陳塘關外翠屏山造一座哪吒神廟，受香火三載後哪吒便可再世為人。殷氏夢醒後與李靖說起卻被拒絕，她只好瞞著丈夫自己籌錢建起了哪吒神廟與哪吒神像一座。廟宇修好之後，哪吒魂魄便常在翠屏山哪吒神廟裡顯靈，無論祈福消災，只要百姓前來祈求，沒有不靈驗的。後來四方的百姓都得知哪吒神廟靈驗，便紛紛前來進香，香火絡繹不絕。
可是半年後李靖也知道了這件事情，不由得勃然大怒，帶人砸了哪吒神廟，損毀了哪吒金身，再不許百姓進香祭拜。哪吒魂魄得知，心中不快，只得又去找太乙真人想辦法。太乙真人得知李靖的所作所為後，也不禁感嘆李靖心胸太過狹隘。
他不忍哪吒自此化為孤魂，便從蓮池中取來蓮藕作為骨骼，荷葉作為肌肉，又將蓮花花瓣鋪下，擺成人型。最後將一粒金丹放置在中間，做法將哪吒魂魄推入蓮花做的身體之中，大喝一聲：「哪吒速速化身為人！」
只聽得一聲巨響，蓮藕做的哪吒活了過來。哪吒欣喜地看著自己的新身體，感激地跪下拜謝太乙真人再造之恩，太乙真人看到愛徒復生，心裡也為哪吒高興，於是他又將火尖槍、風火輪、乾坤圈、混天綾、金磚等一起傳給了哪吒，並細細教授他各種法寶的使用方法。不一會兒哪吒便學會了神通，他再一次叩謝師父，然後腳踩風火輪，手舞火尖槍，急匆匆往東海去了。
東海水晶宮中，東海龍王正在宴請其他三海龍王，宮殿中歌舞昇平好不熱鬧。突然一個蝦兵跑進來驚恐地大叫道：「不好啦！哪吒打進來了！」
只聽「砰」一聲，水晶宮的大門被人踹開。哪吒衝殺了進來，蝦兵蟹將皆不是對手。不知何時哪吒竟變出三頭六臂，越戰越勇，絲毫不懼。他祭起混天綾，揮動乾坤圈，火尖槍在手中游刃有餘，直殺得東海水軍落花流水，狼狽不堪。四海龍王起初還與哪吒頑抗，漸漸發現都不是哪吒對手，他們不想落得個被剝皮抽筋的下場，便紛紛求饒。
陳塘關百姓看到哪吒復活，而且變得如此驍勇善戰，打贏了四海龍王，紛紛跑出來為他歡呼慶祝。這時太乙真人和燃燈古佛也趕了來，在他們的協調下，哪吒與李靖終於重修於好，恢復了父子情分。燃燈古佛又送給李靖一座玲瓏寶塔，已防哪天哪吒不聽話了，便可將他關在塔中。哪吒忌憚李靖手中的寶塔，從此後再也不敢冒失衝撞。
後來武王伐紂，哪吒憑藉一身高強本領，做了姜子牙的先行官，屢建奇功。李靖的另外兩個兒子金吒、木吒也學成下山，同父親和弟弟一道幫助武王進行伐紂大業，他們立下不少豐功偉業，最後都被封神，成了神仙。