1990年7月10日。
山內出任環境廳最高職位——企劃調整局長。從自然保護局長升為企劃調整局長，是通往事務次官的途徑，這意味著山內已經完全步入了次官的晉升通道。
當時，環境廳亟待解決石垣島白保的新機場建設問題、長良川河口堰問題、全球變暖等眾多課題。其中的任何一個，都面臨著在開發和保護自然中二選一的難題。這是眼下非常現實的問題，讓人深感棘手。
山內親自參與了防止全球變暖計劃。8月，他以「首席代表」的身份，帶領從通產省、運輸省等選拔的20人政府代表團，參加了聯合國政府間氣候變化專門委員會（ipcc）第四次全體會議，並訪問了瑞典的松茲瓦爾，每天日程安排得十分緊張。除了上述問題，一個更大的問題擺在了環境廳面前，那是山內擔任企劃調整局長兩個半月後的9月底。
9月28日下午2點。
東京地方法院713號法庭，審判長荒井真治在水俁病東京訴訟的辯論中，提出了以下主旨的庭外和解勸告。
諸如本案導致出現眾多受害者、規模堪稱歷史上絕無僅有的公害事件，在正式發現超過34個年頭後仍未得到解決，令人痛心疾首。為了儘早解決問題，我認為訴訟相關方在某個時點必須做出決斷。經本法院判斷，在當前時點上，所有當事人共同探索解決水俁病紛爭的途徑是妥當的，在此提出庭外和解勸告。
荒井審判長進而在這一庭外和解勸告的文中指出：「僅以現有的（認定）制度，謀求解決當下的水俁病紛爭，存在侷限性。」
這一庭外和解勸告給予環境廳重重一擊。由於並未考慮到這種庭外和解勸告會以文字形式發出，所以，無論是北川長官，還是安原事務次官，都去參加北海道的國立公園紀念儀式而不在東京。
留在局內的最高負責人山內，每天從早到晚，忙於與其他省廳、熊本縣，以及身在北海道的北川進行聯絡。
預定下午3點的記者見面會，最終也在傍晚過6點後才舉行。
參加記者見面會的是山內。
「沒想到會以文字的形式出現。」山內坦率地表明對此事的吃驚態度後接著說，「我們感受到了法院希望庭外和解的強烈願望。我們將會對此認真討論，在與其他省廳協商的基礎上，決定是否坐到和解的談判席上。」
山內的發言既慎重，又表明了積極的態度。
環境廳長官北川石松在北海道聽了有關庭外和解勸告的彙報。
「庭外和解勸告就是眼下的守護神，我們打算接受。」
他在講話中表示接受庭外和解勸告。
第24任環境廳長官北川石松，成長於貧困家庭，從大阪市議員幹到大阪府議員，之後進入政界，仕途上歷經千辛萬苦。在自民黨內部，他隸屬繼承三木派衣缽的少數派。北川與過去那些不求有功但求無過的長官不同，他在與通產省的對抗中制定了《防止全球變暖行動計劃》，在長良川河口堰問題上，越界向建設省提出中止意見。從1990年2月出任長官起，他的工作就受到人們的關注。儘管部分媒體和自民黨批評他譁眾取寵，但是，這是一位多年來未曾出現過的行動派長官。旨在接受庭外和解勸告的發言，也是充分體現北川石松風格的行為。
為此感到震驚的是山內等環境廳的事務官員們。環境廳在水俁病訴訟案中秉持的是國家方針，在對患者不負有賠償責任的認識方面達成了統一。山內在記者見面會上說「在與其他省廳協商的基礎上」，站在環境廳的立場而言，這一發言已經是極限了。
1987年3月30日，有關水俁病訴訟，熊本地方法院做出了原告方患者全面勝訴的判決，並認定國家的行政責任：「國家和熊本縣，預見窒素工廠所排甲基水銀危害人體，有采取停止工廠排水、控制水質等手段的義務，卻疏於採取對策，依據國家賠償法負有責任。」全國6個地區發生的水俁病訴訟案的原告總人數約2000人，要求賠償總額約360億日元。負擔比例假定為窒素公司6成、國家3成、熊本縣1成，國家的負擔金額約為100億日元。如果各省廳相互合作，並不是負擔不起。然而，國家未接受這一判決。本次的東京訴訟，應視為對熊本地方法院裁決的反擊，國家顯示了強硬的態度。換言之，國家竭力獲得對國家有利的判決，從患者手中奪回主導權。
因此，北川有關「我們打算接受庭外和解勸告」的發言，對於廳內的官員而言，完全不顧訴訟當事省廳——環境廳所面臨的事態和立場，是給人添亂的言論。
不出所料，在事務官員的勸說下，北川收回了之前的發言，表明「不接受庭外和解」的立場。
北川撤回之前言論的背後，很大可能是來自自民黨的壓力。
政府、自民黨對北川在長良川河口堰、水俁訴訟案問題上不斷站在自然保護和患者立場上的發言感到不滿。後來，北川自己說，有關長良川問題，金丸信直接打電話給北川施壓：「身為大臣，反對內閣會議決定的水壩建設，豈有此理。」
表面上，自民黨在環境部會設定的水俁問題小委員會上，指責拒絕和解的環境廳，然而沒人覺得這出自自民黨幹部的本意。背後，和長良川問題一樣，他們對北川和環境廳發動了連續攻擊，這並沒有什麼不可思議的。
10月1日下午7點過後，山內在環境廳再次舉行記者見面會，表明了拒絕庭外和解的態度。
「在現階段很難接受庭外和解勸告。對於已經審理結束的75名原告，我們希望儘快拿出判決結果。」
讀完上述意見後，山內闡明瞭拒絕庭外和解勸告的理由：
「圍繞國家之責任的論調，以及水俁病的病理學概念，我們與原告的主張存在巨大分歧，因而不具備坐到和解談判桌上的條件。」
自28日東京法院提出庭外和解勸告以來，山內奔走於厚生、通產、農林水產各省間進行協商，每個省均表示「我們沒有直接的責任」，對庭外和解表現出了非積極態度。
各類報刊，諸如「做人的良知值得懷疑」「難道讓人等死嗎？」等批評環境廳和國家的標題躍然紙上。
然而，環境廳原本就不是基於「做人的良知」來拒絕庭外和解的。他們不是站在人的角度做出的判斷，而是在遠離良心和良知的條件下對庭外和解加以拒絕。如果說在此有什麼是值得懷疑的話，那就是行政事業的職業良知，而絕非作為行政負責人的某一位官僚的良知。但是，山內與橋本道夫不同，他無法決然地認為，這些批判只是針對作為職業人的自己，而不是針對自己的良心。從做人的角度來說，山內的內心深受煎熬。
面對庭外和解勸告，山內的本意究竟如何？從他的性格和善良的品行而言，他對患者一定有著比其他人加倍的理解。作為他個人的意見，想要救助患者完全是在情理之中。然而，據有人證實，他個人對「庭外和解勸告」也不持贊成的態度。但是，他這一態度背後的真實想法，與國家拒絕救助患者而不接受庭外和解勸告的意圖截然相反——司法不認定國家的加害責任，放棄判斷而提出庭外和解這一灰色解決方案，難道不是不作為嗎？不是太不負責任了嗎？我們也可以推測，他十分清楚患者希望儘快得到救助的狀況，作為從事行政事業的人，並且作為一個有良知的人，山內無法原諒司法的這種態度。
做人的良知、站在環境廳官僚立場上的見解，以及司法的判斷，複雜地交織在他的內心，互相撞擊。然而，他選擇了堅持官僚的立場，甚至沒有在最親近的友人面前流露出一星半點真情。痛苦失去了發散的出口，給他造成了內傷。並且，這一痛苦令他的行為和發言變得含混不清，而周圍的人並沒有理解他的善意，只是認為他缺乏為官的能力。
10月4日和12日，熊本地方法院、福岡高等法院相繼發出了內容相同的庭外和解勸告。庭外和解勸告簡明扼要、毫無誠意，倘若是一個官僚作風嚴重的官僚，只要告訴記者俱樂部的那些傢伙，由於是內容相同的庭外和解勸告，環境廳的見解和上一次沒有不同，這麼做便能萬事大吉。然而，山內每次接到庭外和解勸告後，都會規規矩矩地站在媒體面前為拒絕庭外和解一事辯白。他的這一姿態，甚至讓人覺得，他將自己赤裸裸地暴露在得不到和解而痛苦的患者們面前，準備接受他們嚴厲的指責，從而求得原諒。
10月29日，第12次水俁病相關內閣會議上，討論瞭如何回應庭外和解勸告的問題。
結果，會議決定在國家層面上堅持拒絕，等待法律裁決，併為此發表了以下國家層面的統一見解：
「原告方主張，因管轄的行政廳疏於行使恰當的規制許可權，依據國家賠償法負有賠償責任。然而，從國家立場而言，當時缺少相關的法律依據，且在水俁病致病物質尚不明確的條件下，以行政指導為主，已採取了儘可能的對應措施。對於水俁病的發生、擴大的防止，我們認為，不負有賠償責任。」
然而，國家真的「以行政指導為主，已採取了儘可能的對應措施」嗎？
這裡的「致病物質尚不明確」究竟指的是什麼時候？
從歷史事實的角度而言，國家以通產省為核心，為隱瞞已經弄清的致病物質而機關算盡，有預謀地暗地裡埋葬有機水銀論。為此，動員了御用學者，通過媒體等大肆宣揚非水銀論，這不正是「採取了儘可能的對應措施」嗎？在此，他們所負的不是疏於行政指導的消極責任，而是作為經濟增長的代價，對水俁病的發生視而不見，從而導致受害範圍擴大的結局這一有意而為之的犯罪責任。
至少，只要是在厚生省工作、目睹查明水俁病致病原因過程的人，必然瞭解當時的通產省以及經濟企劃廳都幹了什麼，而厚生省又幹不了什麼。當然，作為公害科科長助理的山內，可以說就是其中的一員。
「這段時間工作開展得不順利。」山內罕見地對知子抱怨。知子以為山內和患者的交涉進展不順，便詢問山內。山內向知子流露道：
「難辦的不是外部，是內部。」
知子聽了這話，並不清楚到底發生了什麼，山內也沒有再多說。
11月1日，「水俁病問題儘快解決祈願會」的患者們前來環境廳拜訪北川長官，直接遞交了申訴狀，希望儘早解決問題。
即便在這種時候，北川在患者面前還是表示：「大家痛苦的心情我能理解，但是在現階段，行政方面等待判決的態度沒有變。」
在這次的見面會上，「祈願會」的川本輝夫委員長對北川說：「長官，請您來一次水俁。我們不需要見面禮。」川本的這番話，之後成了北川前往水俁視察的契機。
20分鐘後，北川退席。山內面對患者對拒絕庭外和解勸告的內容進行了解釋：
「原則上我們打算在收到東京地方法院的判決書之後，參照我們的主張，對今後的應對措施做出判斷。」
聽了山內的話，「祈願會」成員們的斥責聲響成一片。
「你們不以解決問題的態度接受庭外和解勸告，今後不知又要等多少年。」
「在三權分立的原則下，行政無視司法勸告，是傲慢的行為。」
「你現在還想說國家沒有責任嗎？」
「國家的態度，只能讓人覺得要讓我們等死。」
申訴結束後，川本輝夫剛走出辦公室，山內就追了出來，他叫住川本。
「川本先生，請您理解。」
據說，山內說完鞠了一躬。
11月2日，上午10點30分，參議院環境特別委員會召開。環境廳有北川長官和森官房長、山內等七人出席。委員會上，提問集中在與上個月29日提起的水俁訴訟有關的「國家見解」上。
提問人（筱崎年子）：接下來我想進入有關責任的話題。你們在剛才的發言中說，國家的見解是，由於這一狀況下的國家責任，與努力提高國民福祉的國家行政上的責任和義務不同，所以沒有規制許可權方面的依據，認為對本案不負有賠償責任，您真的認為這能讓原告接受嗎？
政府委員（山內豐德）：剛才您朗讀的是站在國家立場上，為儘可能簡明扼要地讓大家理解目前訴訟案中產生爭議的國家責任是什麼而寫的文章。一般談到國家責任，不單單指國家的賠償責任，國家還負有推進各種行政事業的政策這一責任。因此，本次訴訟案的焦點是，將具有這一努力提高國民福祉之特徵的行政職責視為責任。不是我們怎麼解釋的問題，我們在這裡說的是國家賠償法上的賠償、支付賠償金這樣的法律責任。我想應該已經簡明扼要地解釋清楚了。我想盡可能得到更多人的理解，因而寫成了文字。
（中略）
提問人（清水澄子）：例如，昭和32年，也就是發生水俁病後的第二年，熊本縣設立的水俁病對策聯絡會提出，水俁灣中的鱗介類符合食品衛生法四條二號條文，即有毒或含有有毒物質，或有有毒物質附著，因此著手禁止鱗介類的捕撈和銷售。當時，厚生省針對此事表示，沒有明確根據表明該地區的所有鱗介類是有毒的。
（中略）
當時，如果能果斷採取我前面提到的法律上的措施，不是可以更好地阻止今天這樣的災害發生嗎？請問各位，是否應該這麼考慮？
政府委員（野村瞭厚生省生活衛生局食品保健科長）：我來回答您的問題。
您認為如果當時採取了那樣的措施，受害的情況也不至於擴大，從現在這一時點回頭看，也許會出現您說的狀況，但從當時的狀況出發，不是沒有想到這一點嗎？
提問人（清水澄子）：我希望各位多點人性。各位的臉在抽搐啊。該怎麼說呢，我聽得懂真的發自內心覺得「如果那麼做就好了」，和「我做不到」這兩者之間的差別。但是，在這裡我還是希望聽到「如果當時認真處理就好了」這種有點人性的回答。（中略）
我聽說長官至今沒有去水俁，我希望您務必去一下當地，建議您再次對水俁病的發生、擴大、救助對策的落後狀況進行調查。直接接觸一下受害者和當地居民，即便站在您的立場上會十分難堪，但還是希望您能直接傾聽他們的心聲，在這一過程中儘快做出解決問題的決斷。我萬分懇切地希望長官去事發現場，請給我一個回答。
政府委員（北川石松）：清水委員建議我去水俁地區，去事發現場。我也想去水俁，而且去的心情十分迫切。昨天我還和水俁問題的各有關方面代表見了面，也收到了去水俁的邀請。我想確認一下時間，儘快安排出日程。
北川發言之後，安原次官、山內等事務官員頓時忙碌起來。事務方面的官員考慮的是，倘若環境廳長官拿不出任何新的對策和救助政策前往水俁的話，事情將變得十分糟糕。視察當地，不僅僅是視察，還意味著帶去具體救助政策，即所謂「禮物」前往，這無論在當地還是在環境廳，均被理解為視察的大前提。職員們力圖說服北川，收回視察的成命。
「我要去慰問。難道說沒有禮物能帶去，十多年了就都不用去嗎？」
北川堅持自己去當地視察的決定。
北川的這一發言，受到熊本縣知事細川護熙言行的影響。細川說，熊本縣和窒素公司都願意坐到和解席上，只有國家拒絕和解，蠻不講理。他還考慮歸還代替國家行使的患者認定義務。進而，他逼迫北川，如果這樣下去的話，他打算停止代替窒素公司賠償金而對患者發行的「縣債」。北川從自身的立場考慮，也至少需要表現出一些積極的姿態，而不只是拒絕庭外和解。最終他所選擇的做法，就是環境廳長官在11年後視察水俁當地，這其中也包含來自熊本縣方面力邀的因素在內。
在國會上討論水俁訴訟案問題和北川視察水俁當地之事的11月，山內在赤坂見到了福岡春吉小學時代的同學們。事情源於當時在四國工業寫真株式會社擔任社長的森部正義出差要來東京，他希望見一下山內。見面的成員中有森部夫婦、石井洋子、藤木淳次、戶倉鐵良以及山內。
石井洋子是山內小學時代擔任班長時的搭檔——副班長，兩人相互配合，關係很好。在同學中，石井是難得的一個和山內無話不談的人。她總是對日常生活中一心撲在工作上的山內說：
「放鬆下來，去玩吧。」
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