龐迪我對南京充滿了思念，他壯年時曾在那裡傳教十年。長江從城市西側經過，城牆之內遍佈雄偉的建築和優美的園林，騎一匹快馬要一天的時間才能圍繞南京城轉上一圈。內城周長十八里，有十二道城門，每一座城門都有大炮鎮守。內城之中是華麗的皇宮，儘管皇帝已遷居北京，但南京的宮殿依然顯示著國王的威嚴。龐迪我喜歡城中的秦淮河、夫子廟、雞鳴寺，喜歡那裡美好的世俗生活。他堅信，富足的百姓要是信奉了天主，那就是天堂一般的地方。當時南京有一富翁，人送外號叫「徐半城」，信了天主，受了洗禮，城中的富裕階層很是轟動，有不少人也跟著信了教。徐半城成了基督徒，又請龐迪我做私塾教師。徐家公子天資聰慧，不願意讀什麼四書五經，走科舉之路，受洗之後，教名為「約瑟」。徐約瑟跟著龐迪我念拉丁文，學數學，學地理，龐迪我傾囊相授，不過七八年時間，這位徐公子就能讀《幾何原本》。這套書一共十五卷，頭六卷早就由利瑪竇等人翻譯成中文，後九卷卻從未翻譯。徐公子問龐迪我，為什麼利瑪竇不譯後九卷？龐迪我回答，前六卷乃是數學理論，後九卷多是應用，學了理論也就差不多了。徐公子不以為然，他說利瑪竇恐怕沒弄明白後九卷的道理，待有了閒暇，要和龐迪我一起把後九卷給翻譯出來。龐迪我一週講兩次課，講了《天學概要》，又講《泰西水法》，慢慢就把自己的學問講光了。他後來南下福建，跟徐半城告別，說天下沒幾個人能教得了你家公子了，你家公子要想接著學，就要稍微等一等。徐半城問，等什麼呢？龐迪我說，要等人類再有什麼進步，再有什麼新的科學認識，你家公子才有的學。龐迪我在福建傳教，與徐公子書信來往，討論學問，沒幾年，徐半城去世，徐約瑟繼承龐大的家業，俗務繁忙，信也就寫得少了。後來龐迪我回歐洲述職，中斷了音訊。此番重返南京，想著能見到自己的學生，龐迪我甚感欣慰。
茫茫海路六萬裡，旅途頗為兇險，此前六十年，共有三百二十條商船由威尼斯開往印度果阿，其中七十條船遭遇海難。意志的考驗由上船之日就開始。陸亞烈跟著龐迪我學習漢語。龐迪我時常提到天資聰慧的徐約瑟，誇讚徐約瑟是天下少見的聰明人，言談之中卻又有些失意，感嘆南京城上流社會的大多數人，只是對西方文明有一些好奇，卻未能理解其中的理性精神。陸亞烈對中國充滿渴望，在船上捧著一本馬可·波羅的遊記看，龐迪我告誡他，這本遊記多有不實之詞，馬可·波羅去往東方，對他所不理解的事情，未詳細辯解，就一味鼓吹其神奇，演繹得如萬花筒一般。相比之下，利瑪竇的《中國札記》更為平實可信。此去中國，我們勢必會碰到許多奇妙的事物，我們不要為表象所迷惑，而要探求其中的道理。陸亞烈在船上也研究了鄭和航海圖，不禁讚歎鄭和艦隊的高妙，龐迪我對鄭和也很是敬佩，但他說，鄭和之後，中國的航海、天文觀測都裹足不前，而西方有天文學家探究天體，有航海家環行世界，有醫生探明血液迴圈。老教士自以為真理在握，對世界有了清晰的判斷，東方是一個黑暗矇昧之地，要引來一束上帝的光芒。
兩位教士由威尼斯至果阿，在果阿逗留半載，等到夏日的季風，又搭船前往澳門，由澳門再搭一條中國帆船前往南京。這條中國帆船長十一丈，寬兩丈八，深一丈六。啟航之後，船長站到船頭，將一塊木頭扔進大海，而後疾步走向船尾，檢視海中那塊木頭是否同時漂到了船尾，陸亞烈從未見過這種校正航速的方法。他看到了駕駛艙中的羅盤、海圖、觀星板和沙漏，也見識了船尾的「將臺」，那裡供奉著一座天妃神像。龐迪我告訴陸亞烈，這是中國的「海神」，保佑水手的平安。天妃像前有一隻白瓷盤子，上面焚著一炷香。龐迪我說，這炷香既是對海神的禮讚，也是一種記錄時間的方式，中國水手將一晝夜分為十更，三炷香為一更，繼而說道：「子在川上雲，逝者如斯夫，中國人的時間觀念與我們西方人不太一樣，他坐在河邊，面對奔湧而去的河流，過去在他面前，在他能夠審視的地方，未來在目力所不及之處。而我們背對往昔，面向未來。時間永逝，我們不能浪費。」
龐迪我和陸亞烈從澳門前往南京的時候，正是崇禎這個年號的尾聲，也是順治這個年號的起始，先前到達中國的教士試圖推行格里高利曆法，想讓世人明白，西元一千六百年是什麼樣的概念，而許多的中國文人寧願採用甲子紀年，想著世間事不過六十年一輪迴，活過一個甲子已然是幸福。陸亞烈在航海途中時常畫幾張速寫，記錄下他看到的場景，他當然可以不顧時間的切分，作一幅畫，將印度洋的海岸線和南海的波濤並置，但是，按照科學的透視法則，他只能記下某一瞬間看到的畫面，這些畫面並不能完整地表達空間變化帶給他的刺激。在這種錯亂的時空感中，兩位教士將在南京遇到一些錯亂的事情。
船過南澳島，過福建東山島，過烏丘山，過東沙山，過觀唐山，過五虎山，過浙江象山港，過孝順洋，不一日，到了南匯口的寶山縣。海路至此結束，海船沿江而上。陸亞烈見江中有無數的商船往來，交通便捷，貿易興盛，心中暗暗驚歎。這一日船泊太倉劉家港，陸亞烈上岸遊玩了一番，又去參觀了停泊在港口的一條漁船，回來後跟龐迪我說，那漁船非常古怪，船艙中滿是黃魚，用鹽醃了，要運到南京城去販賣，這裡醃魚的方法和巴斯克人醃製鱈魚的方法大同小異，海船捕魚，為防止魚肉變質，大多會醃製。那條船神奇之處在於他們有一個「冰艙」，艙內是巨大的冰塊，冰塊中鎮著一條五米長的章魚，說到了南京城，這條巨大的章魚能賣出好價錢。
龐迪我道：「用硝石製冰，這法子在中國已有數百年的歷史。皇室有專門的冰窖，富貴人家也用冰塊運輸海鮮江鮮，長江流域中的刀魚鰣魚，都是美味，到了捕魚的季節，就有商人冰鎮刀魚鰣魚，販賣到北方城市。不過，你說的這樣大的冰艙，我也沒見過。」
陸亞烈說：「中國人真會享受，我們塞哥維亞的主教大人，從來沒吃過冰鎮的食品，有時候魚肉、豬肉都臭了，我只能多加香料，壓制住那些異味，如果我們的廚房能配備一個冰窖，那我做起飯來會更得心應手。」
龐迪我哈哈一笑，想這位青年，跋涉萬里，還惦記著故鄉的廚房和美味，就寬慰他：「南京城裡有不少好吃的，單說這冰塊的用途，夏天就有小販做烏梅湯，加入冰塊，又涼又酸又甜，還能解暑。有的商家將果肉、牛奶和冰塊攪在一起，盛上一小碗，吃起來甜滋滋的。」
陸亞烈嚥了口吐沫：「這食品叫什麼名字？」
龐迪我道：「這叫冰激靈，就是吃了冰，打一個激靈的意思。」
陸亞烈暗暗記下，到南京一定要嚐嚐烏梅湯和冰激靈。船在劉家港停留一夜，早上起錨直奔南京。到南京港口，龐迪我上岸去僱搬運工和馬車，將兩千冊圖書裝車，他們在一個陰雲密佈的午後進入南京城。這樣的鬼天氣已經持續三個月，每天早上，烏雲在郊外的皇陵上空聚集，而後將整個城市籠罩。每一個居民都知道，這是凶兆，王朝的氣象已然衰竭，但他們對無從逃脫的宿命有一種聽之任之的樂觀。陸亞烈對南京城的宏偉一再讚歎，龐迪我背誦了一首詩——山河千里國，城闕九重門。不睹皇居壯，安知天子尊。經過海上的漢語學習，年輕教士陸亞烈已經能理解這樣簡單的古詩。
先前的傳教士在南京建了一所白山教堂，起初，教堂只有一處會客廳，供信眾集會，而後才有了禮拜堂和鐘樓。陸亞烈看這教堂，和塞哥維亞大教堂的氣勢不可同日而語，不免心中失落。龐教士告訴他，前輩教士篳路藍縷，多年努力，才有了白山教堂這樣一個根基，需格外珍惜。在南京傳教要謹言慎行，這裡的百姓對教堂還不太接受，早年間他們總以為會客廳是個舉辦宴會的地方，想租用會客廳喝酒吃肉。鐘樓外有一座自鳴鐘，教士們要展現他們在機械和天文學上的造詣。城中市民並不理解，沒人去敲這座鐘，它為什麼會響，也不理解一個白晝一個夜晚為什麼要分解成那麼多細小的刻度。這座鐘表和南京傳統的計時法有所衝突，但依舊被當作一個神奇的裝飾物。教堂會客廳的牆壁上繪有一幅巨大的地圖，用中文密密麻麻標註著許多地名，南京的知識分子都曾來觀看這幅地圖，瞭解世界的面貌。後來參觀的人就少了許多，偶爾有人來看看，嬉笑著說「世界原來是這個樣子」，就走出門去，過自己的日子。此番龐迪我重返白山教堂，發現自鳴鐘出了問題，停在了正午十二點，損壞的擒縱部件要從義大利進口。會客廳中的地圖也已經褪色，需加以整飭。
兩位教士在白山教堂安頓下來，教堂邊上就有個集市，集市上有牛肉、羊肉、豬肉、雞、鴨和各種水產品，蔬菜的品種更為豐富，有大白菜、芥藍、油菜、胡蘿蔔、萵筍、水芹。陸亞烈知道，漫長的航海旅行之後，要進食大量的蔬菜，他在集市上發現了西紅柿，還有從太湖運來的蓴菜，從九江採摘的藜蒿，從高郵運來的菱角。這些食材及產地雖然陌生，可陸亞烈畢竟廚藝高明，見了食材就知道該如何料理，他用蓴菜做湯，綠色的湯，散發著濃郁的香氣。他學會了炒藜蒿，煮菱角，還在集市上發現了一種奇異的蔬菜，乃是彎彎的豆芽。菜農將綠豆浸入水中，泡上一宿，第二天撈出來，控幹，找一塊蘆蓆鋪在溼地上，把綠豆放上去，蓋上一層青草，再一天的工夫，就長出來一大堆的豆芽菜。陸亞烈買了許多豆芽回教堂做菜，龐迪我告訴他，當年鄭和下西洋，就在船上發豆芽菜吃，中國水手靠豆芽菜戰勝了敗血症。鄭和艦隊還曾在船上種菜、養豬，陸亞烈聽了更是驚歎不已。
集市上還有許多野菜，陸亞烈辨別清楚什麼叫麥藍菜、毛連菜，什麼是地錦苗、柳葉菜、狗掉尾苗，他用石墨筆畫下各種蔬菜和野菜的樣子，記下豆腐及各種蔬菜的烹製方法。每天，兩位教士吃著青菜豆腐，整理帶來的書籍和科學儀器。陸亞烈在日記中記述，南京的商業街上有川流不息的人群，寺廟中香火旺盛，集市上有較為充足的食品，但市民還需要挖野菜來彌補蔬菜供應的不足。南京城裡的百姓沉醉於世俗生活，且享有一種很高的文明，日記中有一段這樣說：「我在太倉停留時，參觀一條漁船，船上配備了冰艙，用以儲存海鮮，這種保護食物的方式在西方還非常罕見。中國人在製冰工藝上有悠久的歷史，他們能降低製作冰塊的成本。他們生產的鹽和糖，也比西方更白更細。那條漁船上的冰艙中儲存了一條大章魚，漁船和我們的商船一起離開太倉，幾乎同時抵達南京，港口上就有幾位商人等候，競相出價購買那條章魚。幾天後，我在南京城中發現了一座海鮮酒樓，那裡供應烤章魚，我不知道這個飯館裡出售的章魚是否就是我在太倉看見的那一條，它在冰艙中還保持鮮活的狀態，運到南京就變成了盤中餐。那座海鮮酒樓供應產自長江的河魚，還有許多來自浙江近海的海魚，這說明冰塊在水產品的運輸上得到了廣泛運用。」