這場壟斷官司以比爾·蓋茨在歐洲敗退而告終。雖然微軟表示將遵守歐盟的裁決，推出無媒體播放器版的視窗作業系統，但是微軟卻拒絕執行向競爭對手公開視窗系統的部分程式碼。2006年7月12日，因微軟沒有完全執行歐盟裁決，歐盟宣佈對微軟再次處罰2.8億歐元，並且警告微軟，如果在限期內拒不執行將繼續提高罰款額——將處以微軟公司每天500萬美元的罰款。
2007年10月22日，微軟公司宣佈同意遵守歐盟2004年的裁決，向競爭對手開放原始碼，為其他軟體開發者提供相容技術資訊，以便其軟體產品能夠與微軟視窗作業系統充分相容。至此，歐盟與微軟之間的反壟斷官司終於告一段落。
不久後，又有新的公司向歐盟委員會提交微軟反壟斷投訴。2007年12月17日，挪威歐普拉軟體公司投訴微軟瀏覽器繫結作業系統。歐盟接到投訴後，又開始對微軟進行新一輪的壟斷調查。2009年1月17日，歐盟對微軟的反壟斷調查有了初步的結果——歐盟委員指控微軟在視窗作業系統中非法搭售ie瀏覽器。2009年4月28日，微軟承諾將為windows7提供封閉ie的撥動開關，但是這個承諾很快就被歐盟委員會駁回了。2009年10月7日，微軟在歐洲市場為新的瀏覽器安裝選擇屏。同年12月18日，歐盟完成對此案的調查，歐洲的消費者將獲得視窗系統上應用瀏覽器的選擇權。微軟將在歐洲境內在其作業系統中提供一個瀏覽器選擇屏，而使用者則可以自行選擇自己喜歡的瀏覽器。
至2010年微軟公司已經打了大約20多個反壟斷官司，支付了數十億美元的費用。這些反壟斷官司雖然會對微軟的壟斷行為起到一定的遏制作用，但是它們從根本上卻動搖不了微軟在軟體行業的霸主地位。比爾·蓋茨在2009年仍然以400億美元的資產登上了《福布斯》全球富豪排行榜的首位。
1998年6月25日，微軟又推出了windows98。它是在windows95的基礎上編寫的，改進了對硬體標準的支援，首次加入了視窗元件，讓它可以通過網路對系統完成自動更新。並且在作業系統上加上了ie瀏覽器，成功打擊了網景公司的產品。由於這個版本的視窗作業系統受到了消費者的廣泛歡迎，所以又幫助微軟鞏固了在計算機軟體行業的霸主地位。h24．比爾·蓋茨的慈善活動/h22000年以後，比爾·蓋茨開始退居幕後工作——他任命史蒂夫·鮑爾默為微軟的執行長，自己則為首席設計師。很快，比爾·蓋茨完成了權力的平穩交接。在交接的過程中，比爾·蓋茨開始在微軟的各種會議上保留自己的意見，把精力和時間運用到微軟未來的戰略決策研究上，而鮑爾默也開始進入自己的角色——將決策權下放給下面的管理層，將懂得管理的人納入到微軟的核心管理團隊，逐漸改變了微軟以技術組建的管理構架。2006年，蓋茨和鮑爾默的權力交接基本完成。2006年6月15日，比爾·蓋茨宣佈在2008年7月將退出微軟公司，屆時將會辭去微軟首席軟體設計師一職，今後將不再參與微軟的管理事務。雖然比爾·蓋茨在宣佈這一訊息的時候顯得極為鎮定，但還是讓人覺得有些哀傷。一些員工聽到這個訊息後，都非常捨不得比爾·蓋茨離開，有的員工甚至因此而熱淚盈眶。2007年1月30日，比爾·蓋茨完成了他作為首席軟體設計師的最後一件大事——推出了windowsvista系統。2008年7月之後，比爾·蓋茨將微軟最為神聖的首席軟體設計師的職位交給了雷·奧茨。
接下來，蓋茨就投身到他的基金會和各種慈善活動中去了。不過蓋茨表示，即使他離開了微軟，也仍然會時刻關注著微軟的發展，而且當自己有好的想法或者建設性的意見時，會在適當的時候向微軟提出。
2008年6月27日，比爾·蓋茨正式退出微軟公司，走出了自己近乎完美的商業道路。
退出後蓋茨表示：「巨大的財富意味著巨大的責任，現在是時候把這些資源回報給社會了。而回報社會的最好方式就是幫助那些處在困境中的人們。」於是，比爾·蓋茨決定把價值580億美元的個人財產全部捐給比爾與梅琳達·蓋茨基金會。在此之前，比爾·蓋茨就已經做了長達七年的慈善活動，在慈善活動中投入了超過300億美元的資金，建立起了全球最大的慈善事業。
在比爾·蓋茨的影響下，世界第二首富巴菲特也宣佈將其財產的85%——370億美元捐給蓋茨的基金會，做慈善事業。巴菲特說，自己把錢交給蓋茨很放心。據相關資料顯示，比爾與梅琳達基金會在成立之後至少已經拯救了70萬條生命。
不過，蓋茨在創立微軟並獲得成功成為億萬富豪時，並不像現在這樣慷慨。當時有很多要求捐款的信件寄到微軟公司，向比爾·蓋茨請求援助，而且蓋茨的父母也要求他做些慈善工作，但是蓋茨卻並不理會。他認為，自己的首要任務是管理好自己的公司。因為在他看來，能為社會做的最好的事，就是讓自己的企業成功。所以那時蓋茨一心撲在自己的事業上，根本沒有精力關注慈善事業。
正因為如此，比爾·蓋茨曾經一度被著名雜誌《經濟學人》批評為坐擁金山，但卻極為吝嗇的人。而且，當時在資本主義高度發達的美國，對於像比爾·蓋茨這樣的富人是有很多限制的——在美國是不允許富人將財產長期存放起來的，要麼進行投資，要麼做慈善活動。
讓蓋茨思想上發生根本改變的是1993年秋天的一次非洲之旅，當時還只是蓋茨女友的梅琳達和蓋茨第一次踏上了非洲的土地——到非洲的扎伊爾旅遊。本來他們是打算到非洲好好遊玩一番，欣賞一下當地的風光，體驗一下非洲的風土人情。可是沒想到他們沿途看到的是一座座死氣沉沉的城鎮、一片片淒涼荒蕪的景象，而且他們還看到很多人光著腳，頭頂著水罐，懷抱著孩子，不得不走幾英里的路到市場上去，而在市場上，只有少得可憐的蔬菜在賣。
在非洲的旅行途中他們在路上看到了無數餓得皮包骨的孩子，這些孩子沒有孩子本該有的朝氣，有的盡是呆滯的目光。而梅琳達在路上曾經想注意一下哪些走路的婦女是穿著鞋的，結果她沒有發現一個穿鞋的，也就是說她們全都是赤裸著雙腳在地上走。此外，他們還看到很多非洲婦女眼睜睜看著自己的孩子—個個餓死或者是病死，都哭得非常傷心。這一切都讓蓋茨和梅琳達感到心煩意亂——非洲當地人民的極度貧困讓比爾·蓋茨受到了深深的震撼。從非洲回來以後，蓋茨就對好友說：「非洲徹底地改變了我。」可以說，這次非洲之旅對比爾·蓋茨後來做慈善事業產生了非常重要的影響。
比爾·蓋茨回到美國後於1994年和梅琳達舉行了婚禮，而就在蓋茨結婚之後不到一年的時間，蓋茨的母親就被癌症奪去了生命。在失去母親的巨大悲痛中，蓋茨開始重新思考自己的事業和人生，思考生命的意義，而這時蓋茨的父親則進一步推動蓋茨進入到慈善事業當中。
比爾·蓋茨的父母很早就熱心於公益事業和慈善活動。蓋茨的父親在蓋茨小的時候就經常參加一些社會服務活動，做一些義務工作，為西雅圖的慈善機構積極籌集資金，並參與了當地多項捐助活動。而蓋茨的母親也是經常參加一些社會服務活動，是一個慈善活動的積極分子，而且蓋茨的母親還是一家慈善協會的會長。因此，在家中蓋茨的父母經常討論這方面的問題，給蓋茨留下了深刻的印象。也就是說，父母的言傳身教對蓋茨做慈善也產生了一定的影響。
在蓋茨成為世界上最富有的人後，他的父母感到非常自豪。那時蓋茨的父親已經退休，又加之蓋茨當時根本無暇顧及慈善事業，所以父親恐怕兒子受到社會的道德譴責，在徵得蓋茨的同意後，開始幫兒子處理那些求助信件，並以蓋茨的名義開始進行一些慈善活動，作一些小數額的慈善捐款。
一天下午，蓋茨的父親突然來到了他的辦公室，手裡拿著一張圖表，蓋茨看到上面的內容是每年非洲有好幾百萬兒童都死於輪狀病毒，而這種病早已經在美國絕跡了。這讓蓋茨感到很震驚，瞬間他意識到世界上還有很多慈善活動需要他去做。
於是，蓋茨的父親建議蓋茨成立一個基金會，專門負責慈善活動，這樣就可以有計劃有組織地展開慈善工作了。對此，蓋茨的妻子梅琳達也非常支援，而蓋茨也想起母親生前曾經希望他能從事慈善事業。於是，蓋茨決定投身慈善事業。
在父親的建議下蓋茨拿出了9400萬美元，建立了蓋茨基金會，專門從事慈善事業。在這個基金會中，蓋茨的父親負責基金會的一些管理工作，梅琳達擔任基金會的總經理，而蓋茨則擔任基金會的執行長。在一些發達國家，基金會不僅僅只是從事一些單純的捐助和各種公益活動，它也會利用自身的基金進行一些投資活動，產生一定的經濟效益，從而使基金會不用單純地依靠募捐活動，自身就可以進行可持續發展。因此，蓋茨還聘請了理財專家為基金會進行多項可增值的投資。h25．比爾·蓋茨基金會的建立/h2在基金會建立後，梅琳達就全身心地投入到基金會的工作當中去了。在蓋茨的母親去世一週年時，比爾·蓋茨和梅琳達以母親的名義向華盛頓大學捐助了1000萬美元，建立起了瑪麗·蓋茨獎學金。因為蓋茨的母親死於癌症，所以蓋茨在生物科技領域作了大量的捐助和投資。他曾經向西雅圖的癌症研究中心捐助了100萬美元，用以推動他們的醫學研究，希望他們能夠研究出攻克癌症的方法，以挽救像蓋茨母親這樣的癌症患者的生命。此外，比爾和梅琳達基金會還投入了大量資金用來研究疫苗、艾滋病和其他疾病的治療方法。
1999年，比爾·蓋茨已經擁有850億美元的家產，相當於匈牙利、冰島和盧森堡三個國家當年的國民生產總值。這時候，比爾·蓋茨的財富達到了富可敵國的程度。比爾·蓋茨在那時就公開表示，他和梅琳達不會給自己的三個子女留下很多的錢，在他們死後，只給自己的孩子留下幾百萬美元的遺產，其餘部分，都將捐贈給慈善機構。
雖然蓋茨與妻子都很疼愛自己的孩子，但是他們從來不會隨意滿足孩子們的要求，或者給孩子一大筆零用錢。在這方面，他們絕對算是一對吝嗇鬼。蓋茨的兒子菲比在小的時候就經常抱怨父母不給自己買他最想要的玩具車。蓋茨認為，最明智的父母就是不要將錢留給子女，而是應該捐給那些最需要錢的人。在蓋茨看來，這是作為公民應有的責任。
梅琳達希望自己做的慈善事業能影響孩子。梅琳達說：「我的孩子們很清楚我們去非洲做什麼，他們知道我們是去給當地的孩子送藥品和毯子。」
2000年，比爾·蓋茨和梅琳達將他們原來建立的兩個基金會合並在一起，成立了「比爾·蓋茨和梅琳達·蓋茨基金會」，合併後蓋茨又向基金會捐助了60億美元，使得這個基金會成為了世界上最大的慈善基金會。這個基金會的總部設在西雅圖，一共有大約200名工作人員，其捐資主要集中在兩個領域——衛生保健和教育領域。因為蓋茨和梅琳達認為這是縮短世界貧富差距的關鍵。
2002年蓋茨到印度進行訪問，受到了印度總理傑帕伊的接見，他們在一起還商談了有關在印度控制艾滋病蔓延的問題。隨後在11月11日，蓋茨在印度的新德里宣佈，他們的基金會將向印度捐助1億美元，用來預防和治療艾滋病，從而控制艾滋病在印度的蔓延。
在基金會成立之初，梅琳達與蓋茨曾經向非洲資助過電腦。但是後來他來到南非一個貧困地區考察時發現，他資助的電腦在當地根本派不上用場。因為對於當地居民來說，飢餓和疾病使他們的生存都成為問題，根本沒有心情關注電腦。
當蓋茨和梅琳達檢視了1993年《世界發展報告》的內容後，更令他們震驚。梅琳達說：「很多非洲的孩子是死於腹瀉或其他非常普通的疾病，憑藉簡單的接種疫苗完全可以避免這些悲劇。我們意識到這方面的資訊還了解得太少，然而，我們知道得越多就越覺得不能再等了。」於是，蓋茨就把對非洲援助的方向轉為了關注消除飢餓、防治疾病等專案。梅琳達曾經說過：「我們為了把錢用於效果最顯著的專案上，經常研究世界最欠缺平等地區的列表。」
2003年，蓋茨夫婦再次進入非洲。其間，他們參觀和訪問了非洲當地的多家醫院，並與當地的醫護人員及患者進行了親切的交談。蓋茨和梅琳達希望通過他們的捐助能夠使那些貧困地區被疾病困擾的人們從中受益。在蓋茨夫婦的捐助下，非洲的兒童在疫苗的接種率方面有了大幅度的提高，取得了很大成效。在非洲的一些國家裡，兒童接種疫苗的費用已經從以前的每人不足1美元提高到了現在的10美元。這些疫苗據估計已經挽救了大約30萬人的生命，在未來10年，預計挽救的生命將達到上百萬人。
2005年1月27日，比爾·蓋茨在瑞士舉行的世界經濟論壇上承諾，他將捐助7.5億美元用來幫助第三世界國家購買急需的疫苗。
比爾·蓋茨夫婦不僅關注疫苗方面的問題，他們對那些無家可歸的艾滋病患者和貧困地區的孩子和青年人的生存問題也非常關注。蓋茨夫婦除了在經濟上和醫療上援助一些貧困的艾滋病患者外，還在當地宣傳一些傳染病的防治方法，以及讓他們認識到艾滋病的危害並瞭解如何預防艾滋病的傳染。他們建立的「青年自立計劃」，讓當地的青年人學會了如何謀生，並且還免費對他們進行一些技能方面的培訓，使無數青年人從中受益。
2003年，比爾·蓋茨曾經帶著十幾名媒體記者和攝影師到辛巴威考察當地農村的醫療情況。在當地的一個診所裡，蓋茨抱著一個嬰兒與媽媽們圍坐在蘆葦蓆上聊天，詢問當地的醫療情況。他為了解當地的性病傳播狀況甚至還到波札那探訪了一些妓女，以確定自己將要資助的專案。隨行的媒體在報道了當地的情況後引起了有關政府對此類問題的關注。蓋茨在辛巴威訪問時還宣佈要捐資1.68億美元用來幫助非洲大陸防治瘧疾的肆虐。在比爾·蓋茨宣佈為非洲捐資後，一些歐洲國家的政府也紛紛響應，決定捐資參與有關非洲瘧疾的防治專案。
到2005年，蓋茨為了幫助非洲等貧困國家防治疾病和提高當地醫療保健水平已經捐出了60億美元。在南非的波札那這個國家竟然有超過1/3的人口都感染了艾滋病，為此蓋茨夫婦立即拿出5000萬美元幫助他們國家建立了基礎的保健體系。比爾·蓋茨之所以選擇捐資瘧疾和艾滋病領域，是因為在眾多疾病中瘧疾和艾滋病是最致命的。在非洲每30秒就有一個兒童因為瘧疾而失去生命，每7秒就有一個人感染艾滋病。而且，在非洲的貧困國家中每年會有數百萬人因瘧疾而失去生命。蓋茨認為在社會和政府共同的努力下，這一切將會得以改變。而且，蓋茨相信在醫學技術的發展下，瘧疾這一疾病在世界範圍內將會被徹底消除。
蓋茨和梅琳達在為基金會選擇一個新的捐資方向和地點時，他們討論了兩個問題：一個是，在哪方面捐資會影響最多的人？另一個是，在過去他們曾經忽略過哪些問題？比爾·蓋茨夫婦在捐款方面非常嚴格，梅琳達曾經說過：「對所有的不公平我們都會認真審視，並希望在我們的努力下能夠通過捐款給他們帶來最大的變化。」所以，蓋茨對他們投資和捐資的每一分錢都精打細算，物盡其用。有一次，一個南美的申請人曾經建議蓋茨為一個村莊的豬和人同時注射疫苗，這讓蓋茨非常惱火。蓋茨認為，在死亡線上掙扎的還有很多窮人，竟然還有人想把錢花在豬身上，這簡直是太浪費了。
為了尋找解決人類的疾病問題的方法，蓋茨從基金會中拿出了2億美元，通過藉助美國國家衛生研究所的科研能力，來共同尋求解決的辦法。為了召集全球最出色的科學家來共同研究人類如何戰勝疾病，蓋茨基金會與美國衛生研究所將共同啟動名為「全球健康挑戰」的運動。他們研究的主要方向是，確定哪些疾病是全球面臨的最嚴重的疾病，然後科學家們再進入實質性的研究和開發階段，尋找攻克的最佳方法。
蓋茨夫婦捐款的金額與世界衛生組織的年度開銷基本不相上下。其中，大部分的資金都用於預防和治療人類的疾病，以及援助世界貧窮地區，提升當地的教育水平。曾批評過比爾·蓋茨是一毛不拔的鐵公雞的《經濟學人》雜誌，也因此改變了態度，讚揚比爾·蓋茨是慈善事業的新典範。而且比爾·蓋茨和梅琳達還被美國的《商業週刊》評選為最受歡迎的慈善家。在慈善事業方面，蓋茨通常更注重有關疫苗研究和解決未來問題的科學方案，而梅琳達則更為關注如何幫助病人立即減輕病痛。
比爾·蓋茨的基金會對中國也非常關注。2004年，比爾·蓋茨與梅琳達基金會被中國批准為合格的境外機構投資者，向中國投資了1億美元。2004年，基金會還派出專家來到深圳，考察了深圳有關艾滋病的防治能力，並與深圳有關方面進行了探討。比爾·蓋茨認為中國是個有趣的國家，因為中國一方面在接受其他國家的援助，另一方面還援助其他更為貧困的國家。
2007年蓋茨基金會在北京開設了一個辦事處，並投入了5000萬美元用於解決中國的艾滋病問題。蓋茨還表示，基金會在防治艾滋病這一計劃上將會和中國衛生部保持密切合作。此外，蓋茨基金會在農業方面也啟動了一些相關計劃。因為全球兩大水稻研究中心分別在中國和菲律賓，蓋茨基金會將通過與亞洲水稻研究人員的合作，研究出適合於非洲的水稻品種，並且想把中國的農業技術引入非洲，幫助非洲提高當地的農作物產量。
比爾·蓋茨在2008年曾經表示蓋茨基金會將再推出一項新計劃來幫助中國人戒菸和對中國乙肝疫苗接種方面進行援助。在2008年中國的四川發生特大地震後，蓋茨基金將130萬美元捐贈給了中國衛生部，用於地震災區的疾病控制和水源安全方面的工作。
蓋茨也非常注重教育方面的慈善活動，他認為教育對人類來說是非常重要的事情。為了能改善低收入人群的學習條件，比爾·蓋茨迄今為止已經投入了十多億美元，單單向美國的一千多所中學，蓋茨的基金會就投入了7億多美元。在蓋茨第九次來到中國時，他代表微軟和中國教育部合作啟動「攜手助學」計劃，在中國的中西部欠發達地區建設了一百多間計算機教室。根據微軟和教育部的協議計劃，微軟將在未來五年內投入1000萬美元，用以改善中國農村和偏遠地區的基礎教育。按照計劃，微軟將首先從農村中小學現代遠端教育、師資培訓等方面與中國教育部展開合作。
2009年比爾·蓋茨以400億美元的資產再次榮登《福布斯》全球富豪榜首位。比爾·蓋茨在近年來的慈善活動中出手闊綽，曾經出資5000多萬美元為當地貧困階層和少數族裔建立了67座中學。在2010年1月29日，比爾·蓋茨在達沃斯論壇的釋出會上表示，蓋茨基金會在未來十年內將會捐贈100億美元，用於世界最貧窮地區的疫苗研究、開發與應用工作。