公文的篇章結構，表現為段落、層次的有機組合，簡而言之，由段而層，由層而篇。
段落是構成公文的基本單位，具有換行另起的明顯標誌（獨立成行的銜接語、轉折語、結尾用語不在此列），能獨立表達一箇中心意思，是作者思維程式中的轉折、間歇在公文結構上的體現。層次反映的是思維過程中的步驟，是文章思路的表現次序。一個層次由若干段落組成，常由序號、小標題引領，表達一個完整的思想意義。
內容簡單的公文，層、段是合一的，一個層次只有一個段落；而內容複雜的公文，一個層次由多個段落組成，一篇公文由多級層次組成，即：大層次下有中層次，中層次下有小層次。層級的多寡，由公文內容的需要而定。有人把公文篇章結構分為四個層級，稱為：結構段、層次段、意義段、語段，分別對應大層次、中層次、小層次、段落。這也是一種說法。
公文段落、層次的組合方式，最基本的是「橫式」和「縱式」兩種。「橫式」結構常以材料的歸類為線索來安排層次段落，各層次段落之間存在並列關係，通過對事物各個側面的分別論述，來揭示事物的本質。「縱式」結構常以事物的發展階段或時間的推移為順序來安排層次段落，各個層次段落之間表現為遞進、因果、承接關係，使文意由淺而深地逐層展開。
具體來說，橫式結構有條款式、總分式。條款式結構的層次非常清楚，各個層次之間的關係是平行的、互補的，猶如多枝鮮花整合一束，從事物的幾個方面說明一個主題。法規類公文多為條款式結構，如：
中華人民共和國海關事務擔保條例
第一條為了規範海關事務擔保，提高通關……（略）
第二條當事人向海關申請提供擔保，承諾……（略）
第三條海關事務擔保應當遵循合法、誠實……（略）
……
第二十六條本條例自2011年1月1日起施行。
總分式是最常見的、很有用的結構形式，公文中有總寫和分寫兩個部分，二者結合在一起。總寫，是概括地寫，整體地寫；分寫，是具體地寫，分開來寫。總寫和分寫之間是種屬關係，分寫的各個層次之間是並列關係。通知、報告、總結、調查報告、典型材料等公文，多用此種結構。如典型材料《實施「五好五有」，共建和諧專案》：
中鐵四局六公司廣州制梁場秉承「天下利利天下人」的發展思路，深化農民工「五同」管理，通過建好組織、提高待遇、真誠服務、強化教育、豐富生活，充分調動了農民工施工生產積極性，有力促進了制梁場的快速有序發展。……
一、組織好，讓農民工有了「家」
二、待遇好，讓農民工有了「權」
三、服務好，讓農民工有了「利」
四、教育好，讓農民工有了「技」
五、生活好，讓農民工有了「情」
以上結構中，前言部分是總寫，概括地闡述了廣州制梁場「五好五有」經驗及效果；主體部分的五條經驗是分寫，通過大量事例具體闡述了管理農民工的方法。這幾條經驗相互之間的關係是並列的，它們甚至調換順序也不影響內容的表達。
縱式結構有遞進式、因果式、時序式。遞進式結構中，各個段落之間是環環相扣、逐層深入的關係，前一層次是後一層次闡述的基礎，由淺入深、由表及裡，表現為承接關係，各層次的排列順序一般是不可調換的。例如北京市石景山區委《關於學習貫徹十六屆四中全會精神落實加強黨的執政能力建設各項任務的報告》，三個大層次為：
一、認真學習，統一思想，切實增強貫徹落實全會精神的自覺性和緊迫感
二、總結經驗，查詢不足，進一步明確地方黨委加強黨的執政能力建設的任務和目標
三、採取措施，狠抓落實，確保我區黨的執政能力建設取得實效
其中，第二層次「總結經驗，查詢不足」，是在第一層次「認真學習，統一思想」的基礎上實現的；第三層次「採取措施，狠抓落實」，是在第二層次「認真學習，統一思想」的基礎上實現的。這三個層次的排列順序是不能調換的。
因果式結構中，公文的層次由原因與結果兩項要素構成，排列順序為由因到果或由果溯因。在決定、意見、請示、函等文種中，這種結構方式的使用率很高，如「請示」的內容中，請示的理由與請示的事項構成因果關係。例如北京市委宣傳部《關於商請新華社提供首都國慶55週年遊園活動照片的函》，大意是：首都國慶55週年遊園活動受到中央領導的充分肯定和群眾熱烈歡迎，為總結成果、留下歷史資料，市裡準備製作電視專題片、編一本畫冊。由於遊園活動圖片是由新華社統一拍攝，現商請新華社提供中央領導參加遊園活動圖片。以上內容中，前面講的都是商請新華社提供圖片的緣由，最後一句是結果。
時序式結構是按照事情發生的時間順序安排層次段落，如《鐵道部關於193次旅客快車發生重大顛覆事故的報告》，先寫193次旅客快車發生重大顛覆事故的時間、地點和人員傷亡情況，接著寫事故發生後組織搶救、搶修情況，再寫對這次事故原因的調查分析，然後寫為了吸取教訓、堵塞漏洞，迅速採取的安全保證措施，最後寫對這次事故責任人的處理結果。可以看出，以上結構是按事情發生、發展的先後順序安排的。
在多層級結構的公文中，既有橫式結構也有縱式結構。橫式、縱式可以在一篇公文的不同層級中分別運用，但是不能夠在同一層級中交叉運用，後面將具體說明這一問題。
上面說的是公文結構的組合方式，下面說說層次段落組合的原則。在一個多層級結構的公文中，有大層次、中層次、小層次，如下圖：