過了一段時間，達那厄生下一子，取名珀耳修斯。阿克瑞斯發現自己的預防措施無濟於事，卻又不忍殺死親生女兒與年幼的外孫，於是將母子倆裝進一個箱子裡，扔進大海任其自生自滅。箱子隨波逐流，漂浮了很遠，最後被塞普勒斯島一個名叫迪克特的漁夫打撈上來。他將兩人帶回家，並且熱情地款待他們。就在迪克特的家中，珀耳修斯漸漸長大。當他長大成人後，該國的國王迪克提斯一心想珀耳修斯置於死地，於是派他去取美杜莎的頭顱。美杜莎本是一位漂亮的少女，一頭亮麗的秀髮是她最大的驕傲，可是她竟敢與密涅瓦比美，因此被女神剝奪了美麗，如雲的秀髮變成了一條條嘶嘶亂叫的毒蛇。如花似玉的女孩不見了，取而代之的是一個殘暴的怪物，面目猙獰，任何生物見了她都會變成石頭。在她居住的洞穴周圍，到處可見人或野獸的石像，他們都是因為看了她一眼而瞬間石化。珀耳修斯向密涅瓦借來盾牌，又向墨丘利借了飛鞋和一把彎月形的神劍。他來到洞穴，避免與美杜莎直接對視，而是藉助盾牌上反射的影子。他小心翼翼地走上前，揮舞神劍砍下美杜莎的頭。當兩個姐姐被蛇發的嘶嘶聲吵醒時，珀耳修斯已經將戰利品放進袋中逃走了。
珀耳修斯與阿特拉斯
殺死美杜莎之後，珀耳修斯帶著蛇發女怪的頭跋山涉水，飛越大地海洋。夜幕降臨時，他到達了大地的最西端、太陽落下的地方，打算在此休息一晚。這裡是阿特拉斯國王統治的國土。阿特拉斯身材高大，如同一位巨人，友邦或敵人都不敢侵犯。他擁有大批牛羊，不過最令他驕傲的當屬他的果園，黃金的樹枝上結著黃金的果實，掩映在黃金的樹葉下。珀耳修斯對他說道：「我是來做客的。如果你看重高貴的血統，我的父親是朱庇特；如果你欣賞英勇的功績，我殺死了蛇發女怪。我來此想飽餐一頓，借宿一晚。」可是阿特拉斯卻想起了一個古老的預言：有朝一日，育芙的兒子將奪走他的金蘋果。於是他回答道：「走開！否則你自吹自擂的榮譽與家世也保護不了你。」說著他動手將珀耳修斯推了出去。明知力不如人的珀耳修斯說道：「既然你無視我的友誼，那麼就請屈尊接受一件禮物吧。」他轉過臉去，高高地舉起了美杜莎的頭顱。於是阿特拉斯龐大的身軀變成了一塊巨石，鬍鬚和頭髮變成了森林，手臂和肩膀變成了懸崖，頭變成了山峰，骨骼變成了岩石。身體的每一部分都在不斷膨脹增大，最後整個人變成了一座大山，天空與群星都依靠在他的肩頭，由他來揹負。
珀耳修斯與安德洛墨達
珀耳修斯穿上飛鞋繼續飛行，來到了衣索比亞。國王克普斯的妻子、皇后卡西歐佩亞四處誇耀自己過人的姿色，甚至敢與海里的仙女比美。這下惹惱了眾仙女，於是她們吩咐一個巨大的海怪前去攪亂衣索比亞的海岸。為了平息神靈的怒氣，克普斯遵照神諭，將女兒安德洛墨達作為祭品獻給海怪。珀耳修斯從空中俯視，發現少女被鎖鏈綁在岩石上，等待海怪的到來。她臉色蒼白，一動不動，若不是劃過臉頰的眼淚和被微風吹拂的頭髮，他差點將她誤認為一尊石像。見此景象，珀耳修斯十分驚訝，同時也被她的年輕美貌打動，幾乎忘記揮動翅膀。他盤旋在她的上空，說道：「哦，少女，綁住你的不應是冷冰的鐵鏈，而是愛情的紐帶。我懇求你告訴我，你叫什麼，來自哪個國家，為什麼被綁？」起初她害羞得不敢言語，恨不得用雙手捂住臉，可是手被綁住了；珀耳修斯一再追問，她擔心如果再不開口，他會以為自己犯了什麼難以啟齒的罪行，於是她說出了自己的姓名，國家，以及母親對美貌的自負。話還沒說完，水裡響起了一個聲音，是海怪來了。只見他將頭揚出水面，用寬闊的胸膛劈開海浪。少女嚇得連連尖叫，此時父母也趕到了現場，兩人一臉愁雲，卻束手無措。母親更是因為內疚而悲傷不已，抱著女兒嚎啕大哭。這時珀耳修斯開口了：「現在不是哭的時候；眼下的當務之急是救人。身為育芙之子、殺死蛇發女怪而聲名遠揚的勇士，我或許有資格向這位少女求婚；我會以實際行動贏得她的芳心，願神靈保佑我。如果我挺身而出，拯救了她，我要求你們把她許配給我，作為對我的獎勵。」父母同意了（危急關頭，他們怎能猶豫？）並且答應給她一份豐厚的皇室嫁妝。
說時遲那時快，海怪離他們只有一個投擲手能擲出的距離了。珀耳修斯見狀雙腳一蹬，騰空而起。彷彿老鷹看見一條正在曬日光浴的蛇而俯衝直下，抓住蛇的脖子，令它無法回頭噴射毒液一樣，年輕人也朝著海怪的背部猛撲下來，將神劍狠狠地刺進它的肩膀。因受傷而狂怒的海怪高昂著頭，又沉入大海深處，接著像一隻被咆哮的獵犬四面包圍的野豬一樣，飛快地左右擺動，年輕人腳踏飛鞋，躲避它的攻擊，同時伺機用劍在鱗片之間猛刺，一會兒刺向腹部，一會兒扎向兩側。海怪從鼻中噴出血水，濺在飛鞋上。擔心飛鞋失效的珀耳修斯不敢在空中久留，只好降落在露出水面的一塊岩石上，牢牢地抓住凸起的部分，待海怪接近時，給了它致命的一擊。見此情景，聚集在海岸上的人們歡呼雀躍，聲音迴盪在群山之間。欣喜若狂的父母一下子抱住未來的女婿，稱他為家族的救星。少女—這場較量的起因與獎勵—也從岩石上走了下來。
卡西歐佩亞死後升入天空，成為星座，並且以她的名字命名，即仙后座。雖然她獲得瞭如此榮耀，她的宿敵、海中的仙女們依然不忘舊仇。她們迫使她只能停留在北極附近，每晚的一半時間裡她還必須低垂著頭，學習謙虛。
婚宴
興高采烈的父母帶著珀耳修斯與安德洛墨達回到皇宮，為兩人舉辦了盛大的婚宴，好不熱鬧。就在這時，突然傳來一陣騷亂聲。原來是安德洛墨達的未婚夫菲尼亞斯帶著一幫人闖了進來，口口聲聲說少女是他的人。克普斯怒斥道：「當她被綁在岩石上，淪為海怪的犧牲品時，你應該宣稱她是你的未婚妻。神對於她命運的判決解除了所有的約定與承諾，如同死後一切消失一樣。」可是不管克普斯如何反對，菲尼亞斯卻不予回答，反而拿起標槍向珀耳修斯擲去，不料卻擲偏了。珀耳修斯正打算以牙還牙，這個膽怯的攻擊者卻一溜煙地跑到祭壇後面尋求庇護。同時他的行為也是一種暗號，示意隨從們對克普斯的賓客下手。於是雙方打作一團，現場一片混亂。眼看勸解無效，老國王只好退出大廳。他呼喚眾神前來作證，在這場擾亂婚宴的暴行之中，自己是無辜的。
珀耳修斯和朋友們堅持了一段時間，然而對方人數實在太多，在這場力量懸殊的戰鬥中，他們漸漸招架不住，看來傷亡不可避免。就在這時，珀耳修斯的腦海中閃過一個念頭：「何不讓過去的仇敵來助我一臂之力。」於是他大喊道：「凡是我的朋友，統統把臉轉過去！」說著，他高高舉起蛇發女怪的頭顱。「休想耍花招嚇唬我們。」菲尼亞斯的同伴之一泰斯克魯斯一邊說，一邊舉起標槍，卻在這時變成了一尊石像，依然保持著投擲的姿勢。安皮克斯正要揮劍刺向一個倒地的對手，卻突然手臂僵硬，既不能向前刺，又無法向後縮。另外一個大聲挑釁的人也在剎那間安靜下來，依然張著嘴，卻怎麼也發不出聲音。珀耳修斯的一個朋友阿空透斯看了蛇發女怪一眼，也全身僵直。阿斯提亞吉用劍刺了刺他，不見受傷流血，相反劍彈了回來，發出清脆的聲音。
看著因自己無理取鬧的侵犯而導致的悲劇，菲尼亞斯驚恐萬分，不知所措，大聲呼喊著朋友的名字，卻無人應答；他摸摸他們，發現他們的身體如石頭一般冷凍而堅硬。撲通一聲，他跪倒在地，舉起雙手，向珀耳修斯求饒，卻也轉過頭去，不敢看那可怕的頭顱。「統統拿去吧，」他說道，「只求你留下我一條性命。」「卑鄙的懦夫，」珀耳修斯說道，「我答應你；不會對你使用武器；我要讓你永遠留在我的房內，以此紀念今天發生的一切。」他一邊說，一邊朝菲尼亞斯目光的方向舉起蛇發女怪的頭顱。就這樣，菲尼亞斯變成了石頭，依舊保持著跪地的姿勢，雙手伸展，臉轉向一邊，一動不動。
珀耳修斯回到塞普勒斯，去見國王迪克提斯、母親達那厄、以及漁夫迪克特。他走進皇宮大廳，此時迪克提斯正在設宴款待賓客。「你拿到美杜莎的頭顱了嗎？」迪克提斯問道。「在這裡。」珀耳修斯將戰利品呈現在國王與眾賓客面前。
令阿克瑞斯膽戰心驚的古老預言最終應驗了。經過一個叫做拉利沙的國家時，珀耳修斯參加了該國舉行的一場投擲比賽。阿克瑞斯國王就坐在看臺上。拉利沙的年輕人首先出場，然後輪到珀耳修斯。鐵餅被扔出很遠，超過了其他人。誰知就在這時，從海上刮來一陣風，鐵餅隨風砸到了阿克瑞斯的腳上。老國王疼得當場昏了過去，被抬出賽場，一命嗚呼。從母親那裡得知自己身世的珀耳修斯這才知道，原來阿克瑞斯竟是自己的外祖父。他悲痛萬分，追悔莫及，來到特爾斐城請求神諭，洗刷謀殺的罪孽。