四年初，不出所料，福建塘報八百里加急遞傳京師。海防游擊五虎大將軍鄭芝龍因與福建巡撫李貌不和，兵變。李貌畏罪，攜款逃亡南洋。
朝廷議策，急召正在湖南平息暴亂的戶部尚書畢自嚴回京。朝廷何以會召畢自嚴，是因他善水戰，並有經驗。
天啟元年，清兵打下遼陽，關內告急。朝廷令畢自嚴擔任天津巡撫，整備海防。熊廷弼經略遼東，建「三方佈置」之策，天津為其中重要一方，畢自嚴兼領京東防衛。他用戚繼光遺法，設定水軍，修造戰艦，沿海設定炮臺，親自主持水軍練習陸戰，使天津武備大大增強，成為遼東前線的可靠後方、北京堅固的屏障。不久，天津督餉侍郎出缺，朝廷進畢自嚴右都御史、戶部左侍郎，催督遼餉併兼領天津巡撫，直到天啟五年。
畢自嚴萬曆二十年弱冠時進士及第，授松江推官。他年少有大才，尤善於綜理複雜的經濟事務。先後任刑部主事、工部員外郎、淮徐道參議、河東副使、洮岷兵備參議、陝西右布政使，泰昌元年升為太僕寺卿，躋身九卿之列。
朱由檢登基之後，畢自嚴先後出任過兵部尚書，吏部尚書。三年，溫體仁借李林貴案，抓住首輔周延儒的把柄，將其趕出京師，溫體仁把持內閣，改武英殿，吏部尚書。畢自嚴改戶部尚書。
崇禎四年初春，京師無雪，人說「大雪兆豐年」，一個冬天沒有下雪，四年恐又有旱災，京師籠罩在陰霾之中。年開頭，福建又有兵獲，朱由檢氣得吐血，幾經調理才稍微康復。
畢自嚴風塵僕僕趕到紫禁城，卻聽說首輔欲對福建用兵，畢自嚴伏倒在大殿之上，嗷掏大哭，皇帝好言慰之，詢問計將安出。
不料畢自嚴指著溫體仁的鼻子大罵奸臣誤國，廟堂為之譁然，清流拍手稱快。[.la超多好]
「民日月告兇，旱潦存至，師旅所處，疫蔓為殃，上幹天地之和，下叢室家之怨。遼東兵兇，西北禍亂，湖南又起民變，今欲對福建用兵，兵餉兩缺，將從何出？」
畢自嚴認為應該重新起用鄒維漣，與鄭芝龍和談，促成南海穩定。溫體仁自然不會同意，他怕和談來和談去，捅出與李貌之間的交易。李貌是逃跑了，到時候牽連到溫體仁，福建的禍首還得溫體仁擔待。
再說用李貌出任福建巡撫，是溫體仁一力舉薦的，他不願意承認用李貌是個錯誤，只一味咬定是鄭芝龍心存反心，圖謀不軌，必須彈壓。
兵部尚書梁廷棟是溫體仁提拔的人，也響應溫體仁的號召，主張對福建用兵，請增天下田賦，在舊增五百二十萬兩之外，再增新餉一百六十五萬。
朱由檢對鄭芝龍造反憤怒異常，不願和賊人妥協。妥協不容易，我大明泱泱大國，太丟面子。故批准兵部尚書所請。
畢自嚴條上十事，提出補救措施，請崇禎注意百姓已到了家家懸釜的境地，請酌減天下賦稅，以使小民有升斗之蓄。當然，他的意見崇禎皇帝無法接受。
朱由檢召畢自嚴回來，是因為他善理財，要他想辦法籌錢。趙謙那樣殺雞取卵的幹法，朱由檢不覺得好，雖得了四百萬軍餉，卻使首輔換人，朝中牽連，幾乎血流成河。而且朱由檢感覺到，溫體仁做首輔之後，朝政情況更糟，但是他也沒有辦法。覺得畢自嚴靠得住些，就叫他回來主持財政，卻不料畢自嚴一回來卻挑起了另一輪黨爭，朱由檢心中非常不高興。
溫體仁與幕僚商議，認為畢自嚴擺出一副為民做主的樣子，是想拉攏清流，周延儒舊黨，窺欲首輔之位，必須剷除之。
下面的人充分領會了溫體仁的精神，於三月尋到了畢自嚴把柄，其門生青浦知縣鄭友元未完成稅收定額，畢自嚴卻袒護之，在戶部官吏考核上寫鄭友元完成了七成。
三月中旬，溫體仁通過籌備，伺機彈劾畢自嚴。
一日早朝，因陳琦瑜在山西敗績連連，卻月月上疏缺這缺那，朱由檢問畢自嚴戶部錢糧，畢自嚴報出數目捉襟見肘，朱由檢心情維和。
吏部給事中隨即彈劾畢自嚴袒護離任時沒有完成稅收任務的青浦知縣鄭友元。崇禎帝很是惱怒，問畢自嚴怎麼回事。畢自嚴回說鄭友元離任時已完成了七成。崇禎皇帝不信，派人查帳，結果發現一兩未交。
朱由檢對畢自嚴這種說謊不臉紅的行徑憤怒異常，大罵道：「官員欺上瞞下，天下官員儘可殺！」
「儘可殺」三個字在大殿之上久久迴盪，震得人心驚膽顫。
王承恩即傳旨：「摘去畢自嚴頭上烏紗，脫去圓領。著錦衣衛拿下！」畢自嚴被逮捕，投入了鎮撫司大獄。
四月，朝廷下旨，命西北總督孫傳庭為西北經略，統領西北五省軍務。將洪承疇召回京師，商討平定鄭芝龍事宜。