此臣與諸邊臣所能為。至用人之人，與為人用之人，皆至尊司其鑰。何以任而勿貳，信而勿疑？蓋馭邊臣與廷臣異。軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸有利於封疆者，皆不利於此身者也。況圖敵之急，敵亦從而間之，是以為邊臣甚難。陛下愛臣知臣，臣何必過疑懼？但中有所危，不敢不告。」
袁崇煥還沒有到任，寧遠已發生了兵變。兵變是因欠餉四個月而起，起事的是四川兵與湖南、湖北的湖廣兵。兵卒把巡撫畢自肅、總兵官朱梅等縛在譙樓上。兵備副使把官衙庫房中所有的二萬兩銀子都拿出來發餉，相差還是很多，又向寧遠商民借了五萬兩，兵士才不吵了。畢自肅自覺治軍不嚴有罪，上吊自殺。兵士的糧餉本就很少，拖欠四個月，叫他們如何過日子？這根本是中央政府財政部的事。連寧遠這樣的國防第一要地，欠餉都達四個月之久，可見當時政治的腐敗。畢自肅在二次寧遠大戰時是兵備副使，守城有功，因兵變而自殺，實在是死得很冤枉的。袁崇煥於八月初到達，懲罰了幾名軍官，其中之一是後來大大有名的左良玉，當時是都司；又殺了知道兵變預謀而不報的中軍，將兵變平定了。
但京裡的餉銀仍是不發來，錦州與薊鎮的兵士又譁變。如果這時清軍來攻，寧遠與錦州怎麼守得住？局勢實在危險之至。袁崇煥有甚麼法子？只有不斷的上奏章，向北京請餉。崇禎的性格之中，也有他祖父神宗的遺傳。他一方面接受財政部長的提議，增加賦稅，另一方面對於伸手來要錢之人大大的不高興。袁崇煥屢次上疏請餉，崇禎對諸臣說：「袁崇煥在朕前，以五年復遼、及清慎為己任，這缺餉事，須講求長策。」又說：「關兵動輒鼓譟，吝邊效尤，如何得了？」
禮部右侍郎周延儒奏道：「軍士要挾，不單單是為了少餉，一定另有隱情。古人雖羅雀掘鼠，而軍心不變。現在各處兵卒為甚麼動輒鼓譟，其中必有原故。」崇禎道：「正如此說。古人尚有羅雀掘鼠的。今雖缺餉，哪裡又會到這地步呢？」「羅雀掘鼠」這四字崇禎聽得十分入耳。周延儒由於這四個字，向著首輔的位子邁進了一步。周延儒是江蘇宜興人，相貌十分漂亮，二十歲連中會元狀元，這個江南才子小白臉，真是小說與戲劇中的標準小生，可惜人品太差，在《明史》中被列入《奸臣傳》。本來這人也不算真的十分奸惡，他後來做首輔，也做了些好事的，只不過他事事迎合崇禎的心意。周延儒之奸，主要是崇禎性格的反映。但「逢主之惡」當然也就是奸。這個人和袁崇煥恰是兩個極端。袁崇煥考進士考了許多次才取，相貌相當不漂亮，性格則是十分的鯁直剛強。「羅雀掘鼠」是唐張巡的典故。張巡在睢陽被安祿山圍困，苦守日久，軍中無食，只得張網捉雀、掘穴捕鼠來充飢，但仍是死守不屈。羅雀掘鼠是不得已時的苦法子，受到敵人包圍，只得苦挨，但怎能期望兵士在平時都有這種精神？周延儒乘機中傷，崇禎在這時已開始對袁崇煥信心動遙他提到袁崇煥以「清慎為己任」，似乎對他的「清」也有了懷疑。崇禎心中似乎這樣想：「他自稱是清官，為甚麼卻不斷的向我要錢？」袁崇煥又到錦州去安撫兵變，連疏請餉。十月初二，崇禎在文華殿叢集臣商議，說道：「崇煥先前說道‘安撫錦州，兵變可彌’，現在卻說‘軍欲鼓譟，求發內帑’，為甚麼與前疏這樣矛盾？卿等奏來。」「內帑」是皇帝私家庫房的錢。因為戶部答覆袁崇煥說，國庫裡實在沒有錢，所以袁崇煥請皇帝掏私人腰包來發欠餉。再加上說兵士鼓譟而提出要求，似乎隱含威脅，崇禎自然更加生氣。
哪知百官眾口一辭，都請皇上發內帑。新任的戶部尚書極言戶部無錢，只有陸續籌措發給。崇禎說：「將兵者果能待部屬如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛；不敢叛者畏其威，不忍叛者懷其德，如何有鼓譟之事？」
「羅雀掘鼠」和「家人父子」這兩句話，充分表現了崇禎完全不顧旁人死活的自私性格。兵士有四個月領不到糧餉，吵了起來。崇禎不怪自己不發餉，卻怪帶兵的將帥對待士兵的態度不如家人父子。他似乎認為，主帥若能待士兵如家人父子，沒有糧餉，士兵餓死也是不會吵的。俗語都說：「皇帝不差餓兵。」崇禎卻認為餓兵可以自己捉老鼠吃。周延儒揣摩到了崇禎心意，又乘機中傷，說道：「臣不敢阻止皇上發內帑。現在安危在呼吸之間，急則治標，只好發給他。然而決非長策，還請皇上與廷臣定一經久的方策。」崇禎大為贊成：「此說良是。若是動不動就來請發內帑，各處邊防軍都學樣，這內帑豈有不幹涸的？」崇禎越說越怒，又是憂形於色，所有大臣個個嚇得戰戰兢兢，誰也不敢說話。袁崇煥請發內帑，其實正是他不愛惜自己、不怕開罪皇帝、而待士兵如家人父子。本來，他只須申請發餉，至於錢從何處來，根本不是他的責任。國庫無錢，自有別的大臣會提出請發內帑，崇禎憎恨的物件就會是那個請發內帑之人。以袁崇煥的才智，決不會不明白其中的關鍵，但他愛惜兵士，得罪皇帝也不管了。說不定朝中大臣人人不敢得罪皇帝，餉銀就始終發不下來，那麼就由我開口好了。
當袁崇煥罷官家居之時，皇太極見勁敵既去，立刻肆無忌憚，不再稱汗而改稱皇帝。
袁崇煥回任之後，寧遠、錦州、薊州都因欠餉而發生兵變，當時自然不能與清兵開仗，於是與皇太極又開始了和談，用以拖延時間。皇太極對和談向來極有興趣，立即作出有利的反應。袁崇煥提出的先決條件，是要他先除去帝號，恢復稱「汗」。皇太極居然答允，但要求明朝皇帝賜一顆印給他，表示正式承認他「汗」的地位。這是自居為明朝藩邦，原是對明朝極有利的。但明朝朝廷不估計形勢，不研究雙方力量的對比，堅持非消滅滿清不可，當即拒絕了這個要求。皇太極一直到死，始終千方百計的在求和，不但自己不停的寫信給明朝邊界上的官員，又託朝鮮居間斡旋，要蒙古王公上書明朝提出勸告。每一個戰役的基本目標，都是「以戰求和」。他清楚的認識到，滿清決計不是明朝的敵手，明朝的政治只要稍上軌道，滿清就非亡國滅種不可。滿族的經濟力量很是薄弱，不會紡織，主要的收入是靠搶劫。皇太極寫給崇禎的信，可說謙卑到了極點。
然而崇禎的狂妄自大比他哥哥天啟更厲害得多，對滿清始終堅持「不承認政策」，不承認它有獨立自主的資格，決不與它打任何交道。為了與滿清作戰，萬曆末年已加重了對民間的蒐括，天啟時再加，到崇禎手裡更大加而特加，到末年時加派遼餉九百萬兩，練餉七百三十餘萬兩，一年之中單是軍費就達到二千萬兩（萬曆初年全國歲出不過四百萬兩左右），國家財政和全國經濟在這壓力下都已瀕於崩潰。明末民變四起，主要原因便在百姓負擔不起這沉重的軍費開支。
敵人提出和平建議，是不是可以接受，不能一概而論。我以為應當根據這樣的原則來加以考慮：敵人的和議不過是一種陰謀手段，目的在整個滅亡我們？還是敵人因經濟、政治、軍事、或社會的原因而確有和平誠意？必須假定締結和約只是暫時休戰，雙方隨時可以破壞和平而重啟戰端。目前一直打下去對我方比較有利？還是休戰一段時期再打比較有利？締結和約或進行和平談判，會削弱本國計程車氣民心、造成社會混亂、損害作戰努力、破壞聯盟關係、影響政府聲譽？還是並無重大不良後果？和約條款是片面對敵人有利？還是雙方平等，或利害參半，甚至對我方有利？如果是前者，當然應當斷然拒絕；若是後者，就可考慮接受，必要時甚至還須努力爭齲在當時的局勢下，成立和議顯然於明朝有重大利益。不論從政略、戰略、經濟、人民生活哪一方面來考慮，都應與滿清議和。
拒絕和滿清議和，是崇禎一生最大的愚蠢。他初即位時清除魏忠賢逆黨，處理得十分精明，於是臣下大捧他為「英主」。他從此就飄飄然了，真的以「英主」自居，認為「英主」決不能和叛逆的「建州衛」妥協。在明朝君臣的觀念中，「建州衛」始終是中國皇帝屬下一個小官的領地，皇帝決不能跟小官談和。至於使得全國億萬人民活不下去，那是另一回事，皇帝的尊嚴不能有絲毫損害。
他可以和察哈爾蒙古人談和，付給金銀以換取和平。因為明朝的江山是從蒙古人手裡奪來的，明朝承認蒙古是敵國。堅持政治原則，本來不錯。然而政治原則是要以正確的策略來貫徹的。完全忽視實際情形，把國家與人民的生死存亡置之不顧，和「英主」兩字可相差十萬八千里了。袁崇煥和皇太極一番交涉，使得皇太極自動除去了帝號，本來是外交上的重大勝利。但崇禎卻認為是和「叛徒」私自議和，有辱國體，心中極不滿意，當時對袁崇煥倚賴很重，隱忍不發，後來卻終於成為殺他的主要罪狀。
1《明史·錢龍錫傳》：「龍錫奏辯，言：‘崇煥陛見時，臣見其貌寢，退謂同官：此人恐不勝任。’」錢龍錫這話也是胡說八道，怎能見人家相貌難看，便說他不能擔當大事？
2《烈皇小識》：「時天威震迅，憂形於色。大小臣工皆戰懼不能仰對，而延儒由此荷聖眷矣。」
3關於這場交涉，因皇太極稱帝之後再自動除去，又嚮明朝要求發印而不得，在滿清方面是受到重大屈辱，所以清方官文書中都無記載，或有記載而後來都刪去了。但清內閣檔案中還留存皇太極天聰四年頒示的一道木刊諭文，其中公開承認這件事：「逮至朕躬，實欲罷兵戈，享太平，故屢屢差人講說。無奈天啟、崇禎二帝渺我益甚，逼令退地，且教削去帝（號），及停用國寶。朕以為天與土地，何敢輕與？其帝號國寶，一一遵依，易汗請印，委曲至此，仍復不允。」
4《明清史料》丙編，皇太極諭諸將士：「爾諸將士臨陣，各自奮勇前往，何必爭取衣物？縱得些破壞衣物，尚不能資一年之用。爾將士如果奮勇直前，敵人力不能支，非與我國講和，必是敗於我們。那時穿吃自然長遠，早早解盔卸甲，共享太平，豈不美哉？」
5《天聰實錄稿》，七年九月十四日，清太宗致朝鮮國王信：「貴國斷市，不過以我國無衣，因欲困我。我與貴國未市之前，豈曾赤身裸體耶？即飛禽走獸，亦自各有羽毛……滿洲、蒙古固以搶掠為生，貴國固以自守為素。」
6《天聰實錄稿》六年六月，清太宗致崇禎皇帝信：「滿洲國汗謹奏大明國皇帝：小國起兵，原非自不知足，希圖大位，而起此念也。
只因邊官作踐太甚，小國惱恨，又不得上達……今欲將惱恨備悉上聞，又恐以為小國不解舊怨，因而生疑，所以不敢詳陳也。小國下情，皇上若欲垂聽，差一好人來，俾小國盡為申奏。若謂業已講和，何必又提惱恨，惟任皇帝之命而已。夫小國之人，和好告成時，得些財物，打獵放鷹，便是快樂處。謹奏。」最後這句話甚是質樸動人。
7崇禎五年，宣府巡撫沈棨和清軍立約互不侵犯，崇禎便把兵部尚書熊明遇革職查辦，沈棨下獄。此後他更下旨給守邊的官員，任何人不得與滿清有片紙隻字的交通。
8《明史·食貨志》：「自古有一年而括二千萬以輸京師，又括京師二千萬以輸邊乎？」
崇禎對袁崇煥的猜忌，從「請發內帑事件」開始。帶兵的統帥追討欠餉，本是理所當然的事情，但債戶對於債主追討欠款，不論債主的理由如何充足，債戶自然而然的會對他十分憎恨，如果債主威名震於天下而又握有武力，十幾歲的少年債戶除了憎恨之外還會恐懼。崇禎又不敢懲罰袁崇煥和皇太極談和。這「不敢」兩字之中，自然隱伏了「將來和你算帳」的心理因素。該年閏四月，加袁崇煥太子太保的頭銜，那是從一品，比兵部尚書又高了一級。到了下個月，便發生了殺毛文龍事件，這又增加了崇禎內心對他的不滿和恐懼。
毛文龍是浙江杭州人。袁崇煥殺毛文龍在崇禎二年（西元一六二九），那是己巳年。早了一百八十年（一四四九），同樣是己巳年，我另一位同鄉杭州人于謙為明朝立了安邦定國的大功。那一年發生土木堡之變，皇帝被蒙古人擄去，于謙擊退外敵，安定了國家。于謙和袁崇煥都是兵部尚書，於做總督，袁做督師，地位相等。兩人後來都被皇帝處死，都是明朝出名的大忠臣。
杭州人在江南雖然有「杭鐵頭」之稱，然而那是與性格柔和的蘇州人「蘇空頭」相對而言，很少去當兵打仗的。戚繼光率領來平定倭寇、守禦北邊，後來在戚死後又去抗日援朝的浙江兵，都是浙東義烏一帶的人。
毛文龍所以投軍，主要由於他有個舅舅在兵部做官。毛文龍喜歡下圍棋，常通宵下棋，愛說：「殺得北斗歸南。」捧他場的人，說他的棋友中有一個道人，從圍棋中傳授了他兵法。如果真有這樣的事，毛文龍的棋力一定相當低，因為他的兵法實在並不高明。又有一個傳說：他上京去投靠舅舅的前夕，睡在於廟（于謙的廟，在杭州與岳廟並稱）裡祈夢，夢到于謙寫了十六個字給他：「欲效淮陰，老了一半。好個田橫，無人作伴。」這十六個字後來果然「應驗」了：韓信二十七歲為大將，毛文龍為大將時五十二歲；田橫在島上自殺時，有五百士自刎而殉，毛文龍在島上被殺，死的只他一人。這當然是好事之徒事後捏造出來的。于謙見識何等超卓，又怎會將他這個無聊同鄉去和韓信、田橫相比？
毛文龍到北京後，得他舅舅推薦，到遼東去投效總兵李成梁，後來在袁應泰、王化貞兩人手下，升到了大約相當於團長的職位。他的功績主要是造火藥超額完成任務和練兵，可見此人是一個能幹的後勤人員。遼東失陷後，他帶了一批部隊，在沿海各島和遼東、朝鮮邊區混來混去，打打游擊。他的根據地是在朝鮮，招納遼東潰散下來的中國敗兵和難民，勢力漸漸擴充，終於找到了一個機會，帶領了九十八人，渡鴨綠江襲擊鎮江城，俘虜了清軍守將。這是明軍打敗清兵的罕有事件，王化貞大為高興，極力推薦，升他的官，駐在鎮江城。但不久清兵大軍反攻，鎮江城就失去了。毛文龍將根據地遷到朝鮮的皮島，自己仍在遼東朝鮮邊區打游擊。皮島在鴨綠江口，與朝鮮本土只一水之隔，水面距離只不過相當於過一條長江而已，北岸便是朝鮮的宣川、鐵山。當時朝鮮的義州、安州、鐵山一帶，因為鄰近中國，從遼東逃出來的漢人難民和敗兵紛紛湧到，喧賓奪主，漢人佔了居民十分之七，朝鮮人只十分之三。皮島橫約八十里，逃到島上的漢人為數不少。毛文龍作為根據地後，再招納漢人，聲勢漸盛。明朝特別為他設立一個軍區，叫作東江鎮，升毛文龍為總兵。那時袁崇煥剛出山海關，還未建功。明朝唯一能與清兵打一下的，只有毛文龍一軍，所以他名氣相當大。當時董其昌曾上奏說：國家只要有兩個毛文龍，努爾哈赤可擒，遼地可復。他這道奏章，當然只有書法上的價值，但由此也可見到一般朝臣對毛文龍的觀感。
毛文龍不斷升官，升到左都督，掛將軍印，賜尚方劍。天啟皇帝提到他時稱為「毛帥」，不叫名字。天啟四年五月，毛文龍遣將沿鴨綠江、越長白山，攻入滿清東部，被守將擊敗，全軍覆沒；五年六月及六年五月，曾兩次派兵襲擊滿清城寨，兩次都喪師敗歸。毛文龍打仗是不行的，可是連年襲擊滿清腹地，不失為有牽制作用。那時候明軍一見清兵就望風而遁，毛文龍膽敢主動出擊，應當說勇氣可嘉。天啟七年正月，清兵徵朝鮮，因為毛文龍不斷在後方騷擾，於是分兵去攻他所駐守的鐵山。毛文龍大敗，逃上了皮島。他在中朝邊區打游擊時，雖然屢戰屢敗，卻也能屢敗屢戰。上了皮島之後，有了大海的阻隔，清軍沒有水師，安全感大增，加之又上了年紀，很快就腐化起來。他開始發揮後勤才能，在皮島大做生意，徵收商船通行稅，那便是海上買路錢，派人去遼東和朝鮮挖人參。一方面向朝廷要糧要餉，又向朝鮮要糧食，理由是幫朝鮮抵抗清兵，要收保護費。朝鮮也只得時時運糧給他。他升官發財之後，對打仗更加沒有興趣了。當時皮島駐軍有二萬八千，戰馬三千餘匹，皮島之東的身彌島駐兵千餘，作為皮島的外圍，寧錦大戰之時，毛文龍手擁重兵在旁，竟不發一兵一卒去支援，也不攻擊清兵後方作牽制。袁崇煥當然極不滿意，但因管他不著，無可奈何。天啟年間，毛文龍不斷以大量賄賂送給魏忠賢和其他太監、大臣，對朝中當權派的公共關係做得極好。天啟五年，御史麥之令彈劾毛文龍，認為他無用，遼東軍務不能依靠他。魏忠賢極力袒毛，說麥之令是熊廷弼的同黨，將他殺了。這樣一來，所有反對魏忠賢的東林黨清流派都恨上了毛文龍。崇禎接位後，毛文龍作風不改。朝廷覺得皮島耗費糧餉太多，要派人去核數查帳。毛文龍多方推託，總之是不歡迎御用會計師駕臨。
袁崇煥的新任命，理論上是有權管到皮島東江鎮的。朝中於是有人建議皮島的糧餉經由寧遠轉運，意思是交由袁崇煥控制。甚至有人主張撤退皮島守軍，全部調去寧遠。這些主張，都遭到毛文龍的抗拒，而兵部又對毛相當支援。袁崇煥寫信給首輔錢龍錫商量，要殺毛文龍。錢回信勸他一切慎重。袁在北京時，也曾和錢龍錫商議過殺毛的事，當時袁對錢龍錫說，要恢復遼東，必須從整肅東江鎮的軍紀開始。袁崇煥決心要解決這件事。崇禎二年五月二十二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍會談，約定了在旅順附近的一個小島上相會，這小島叫做島山。從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大致相等，所以旅順是一箇中間地點，也可說是中立地帶。那時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。袁崇煥除座船外，帶船三十八艘，出發前先試放西洋大炮，射程遠的五六里，近的三四里。二十六日到雙島，登州的軍官帶了兵船四十八艘來會。二十七日到島山停泊，旅順的軍官前來參見。袁崇煥帶眾將上山，到龍王廟去拜龍王，對眾將訓話：「本朝開國，中山王徐達、開平王常遇春諸君起初在鄱陽湖、採石磯大戰，後來一直打到漠北，水戰固然勝，馬步戰也勝，才能驅逐胡元，統一中國。現在你們的水師只能以紅船在水上自守，滿清韃子不下海，難道能趕他們入海打水戰麼？所以水師必須也能陸戰。」他的抱負是要將水師訓練成為海軍陸戰隊。六月初一，毛文龍率領將士到達島山，與袁互相交拜。毛文龍呈上禮帖三封和三桌筵席。在船中吃過，袁崇煥和他談話，說道：「遼東海外，只有我和貴鎮二人，務必同心共濟，方能成功。我歷險來此，旨在商議進齲軍國大事，在此一舉。我有一個良方，只不知生病的人肯不肯服這一帖藥。」當晚兩人直談到二更。初二袁崇煥上島，犒賞毛的部屬，和毛又密談到三更。初三日又再談，袁崇煥要求皮島設文官監軍，糧餉由寧遠轉發，改編部隊，連談三日三夜，毛文龍始終不同意，到這時談判終於破裂。袁崇煥給他最後一個機會，勸他辭職回鄉。毛文龍說：「辭職回鄉這件事，我一直是在盼望的。只不過我對遼東事務很熟悉，解決了滿洲之後，可順勢襲取朝鮮了。」袁崇煥聽他大言不慚，更是不滿。酒散後，袁傳副將汪翥上船密議，五更方畢。通宵部署，要殺毛文龍了。初四日，袁崇煥犒賞毛部兵將共三千五百七十五名，軍官每名三五兩不等，兵每名數錢，又將帶來的餉銀十萬兩交卸。同時和毛劃分職權，此後旅順以東由毛指揮，旅順以西由袁指揮。毛文龍收到大筆銀子，對指揮權的區劃又十分滿意，減少了提防警惕。初五日，袁崇煥邀毛文龍一起檢閱將士比賽射箭。相見後，袁崇煥說：「我明天要回寧遠了。貴鎮身當國家海外重寄，請受我一拜。」說著下拜，毛文龍跪下還禮。大家上山後，袁的親信參將謝尚政指揮各營士兵布成一個大圍。毛文龍和隨從官員百餘名在圍內，將毛部兵丁都隔在圍外。袁崇煥問起毛文龍手下將官的姓名，居然大多數姓毛。袁崇煥覺得奇怪。毛文龍說：「他們都是我的義孫。」袁崇煥笑了起來，跟著對毛部眾將說道：「你們在海外辛苦，兵士每個月只有五斗米的糧，甚至家中幾口人都分食此糧，想起來令人痛心。請大家受我一拜，感謝你們為國家盡力，以後大家不必擔心沒有糧餉。」當即下拜。眾將磕頭答禮，甚是感動。袁崇煥隨即提出幾件事來責問毛文龍，毛文龍抗辯。袁崇煥不客氣了，斥責道：「本部院披肝瀝膽，與你說了三日，只道你回頭是岸，也還不遲。哪曉得你狼子野心，總是一片欺誑到底。你目中沒有本部院，那也罷了。方今聖天子英武天縱，國法豈容得你？」命人除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態度仍是十分倔強，自稱無罪有功。
袁崇煥厲聲道：「你道本部院是個書生，瞧我不起。本部院卻是能管將官之人。你說沒有罪麼？你犯了十二大罪，我數給你聽：「一、明朝的制度，大將在外，必由文臣監督，你專制一方，軍馬錢糧不肯受核。二、殺戮降人難民，謊報冒功，說殺的是清兵。三、宣稱如果南下，取登州和南京猶如反掌。四、每歲餉銀數十萬，但發給兵士的糧餉每月只有三鬥半，侵盜軍糧。五、在皮島開馬市，擅自與外國貿易。六、部將數千名都冒稱姓毛，擅自封官。七、敗退時剽掠商船。八、你自己強搶良家婦女，部下效尤。九、驅策難民到遼東去偷挖人參，不肯去的就不發糧食，讓他們大批在島上餓死。十、將大量金銀送去京師賄賂，拜魏忠賢為義父，在島上替魏忠賢塑像。十一、鐵山一仗，大敗喪師，卻報稱有功。十二、設立軍區已達八年，不能恢復寸土，觀望養敵。」這十二條罪狀數了出來，毛文龍魂不附體，只有叩頭求饒。袁崇煥問毛的部將：「毛文龍該斬麼？」諸將都嚇得不敢作聲。有人說毛文龍這些年來雖無功勞，但也辛苦出力。袁崇煥叱道：「毛文龍本來只不過是個尋常百姓，現今官居極品，滿門封蔭，已足夠酬答他的辛勞了，為甚麼他還這樣悖逆？」於是向著北京叩頭，宣稱：「臣今天誅毛文龍以整肅軍紀，諸將中若有行為如毛文龍的，也一概處決。臣如不能成功，請皇上也像誅毛文龍一樣的處決臣！」請出尚方劍來，命旗牌官將毛文龍在帳前斬決，向毛文龍部屬諭示：「只誅毛文龍一人，其餘各人一概無罪。」毛文龍麾下將士無一敢動。袁崇煥命人收殮毛文龍，次日開弔拜奠，說：「昨日斬你，是為了朝廷大法。今日祭你，是為了僚友私情。」
隨即將毛部分為四隊，派毛文龍的兒子毛承祿、副將陳繼盛等四人分領，犒賞軍士，盡除皮島毛文龍的虐政。回寧遠後上奏稟報，最後說：毛文龍是大將，不是臣有權可以擅自誅殺的。臣犯了死罪，謹候皇上懲處。
崇禎得訊，大吃一驚，非常不以為然。但想毛文龍已經死了，目前又正倚賴袁崇煥盡力，只得下旨嘉獎他一番，又下旨公佈毛文龍的罪狀，逮捕毛文龍的駐京辦事處主任，以安袁崇煥之心。袁崇煥擔心毛文龍的部下生變，奏請增加餉銀。但查核部隊實數，兵員比毛文龍虛報時少得多了。崇禎見兵員少了，餉銀反增，頗為懷疑，但都一一批准。以崇禎這樣剛強的性格，這時迫於形勢而不敢得罪袁崇煥，實已深深伏下了殺機。毛文龍在皮島，儼然是獨立為王的模樣，不接受朝廷派文官監察核數、濫殺難民冒功、侵吞軍糧、軍紀不肅，的確有罪。但袁崇煥以尚方劍斬他的方式，卻也未免太戲劇化了些。明朝賜尚方劍給主帥，用意是給主帥以絕對權威，部將如不聽指揮，立即可以誅殺。然而毛文龍的罪行都非緊急，也不是反叛作亂。何況毛文龍也是受賜尚方劍的。毛文龍在皮島，畢竟曾屢次出兵，騷擾滿清後方，是當時海上惟一的一支機動游擊隊，滿清對他也一直頗為重視忌憚。這十二條罪狀中，有幾條平心而論並不能成立。毛文龍說取登州、南京如反掌，只不過一時誇口，並非真的要造反；向外國買馬，當是軍中需要；擅自封官是得到朝廷授權的，部將喜歡姓毛，旨在拍主帥的馬屁，也沒有甚麼大不了；不能恢復寸土，只能說他無能，卻非有罪，要打敗清兵，恢復失地，談何容易？在島上為魏忠賢塑像，更難以加他罪名。
天啟年間，魏忠賢權勢熏天，各省督撫都為魏忠賢建生祠、塑像而向他跪拜。當時袁崇煥在寧遠也建了魏忠賢的生祠。時勢所然，人人難免。毛文龍死後，部將心中不服，頗有逐漸叛去的，其中重要的叛將有孔有德、耿仲明、尚可喜。這三人投降滿清，為清朝出了很大力氣，後來都封王。清初四大降王，除吳三桂外，其餘孔、耿、尚三人都是毛文龍的舊部。不過這也不能說是袁崇煥的過失。對於「殺毛事件」，當時輿論大都同情毛。一般朝臣認為，毛文龍即使有罪，他是一個大軍區司令，也只能由皇帝下旨誅殺。皇帝的統治手段，主要只是賞與罰。袁崇煥擅殺大將，是嚴重的侵犯了君權。我也覺得袁崇煥這件事做得不對，過分的橫蠻。將毛文龍逮捕，押解北京，交由皇帝去處置，才是合理的方式。當時小說盛行，有人做了小說來稱譽毛文龍。一部是四十回的《遼海丹忠錄》，是杭州人陸雲龍所作，大捧向鄉毛帥。另一部是作者不署名的《鐵冠圖》（不是講李自成事蹟的那一部），以毛文龍為主角。當時大名士陳眉公對「殺毛事件」抨擊甚烈。另一個大名士錢謙益是毛文龍的朋友，對朝野輿論當然也有影響。《明季北略》甚至說：袁崇煥捏造十二條罪名來害死了毛文龍，與秦檜以十二道金牌來害死了岳飛完全一樣。卻又是過分的批評了。推測袁崇煥所以用這樣的斷然手段殺毛，首先是出於他剛強果決的性格。其次，文人帶兵，一定熟讀孫子兵法，對於孫子殺吳王愛姬二人、因而使得宮中美女盡皆凜遵軍法的故事，對於「將在軍，君命有所不受」的軍法觀念，一定印象十分深刻。那時候寧遠、錦州、薊州各處軍事要地都曾發生兵變，如不整飭軍紀，根本不能打仗。袁崇煥明知這樣做不對，還是忍不住要殺毛，推想起來，也有自恃崇禎奈何他不得的成分。最後，毛文龍接近魏忠賢，袁崇煥接近東林清流，其中也難免有些黨派成見。
1督師本來比總督略高，但在於謙的時候還沒有設督師當時總督是地位最高的帶兵文官。見吳晗：《明代的軍兵》。
2即今遼寧省安東之北的九連城，與朝鮮的義州隔鴨綠江相對。
3皮島在朝鮮寫作椴島。這個「椴」字，漢文音「駕」，但朝鮮人讀作pi音，所以中國人就簡稱為皮島。有一本相當流行的講清史的通俗著作說皮島即海洋島，地理弄錯了。海洋島在皮島和大連之間，離皮島約一百海里。皮島是朝鮮地方，海洋島是中國地方。
4據朝鮮派去皮島的使者記載：毛文龍每天吃五餐，其中三餐有菜餚五六十品，寵妾八九人，珠翠滿身，侍女甚多。
5一般書籍（包括《明史》）上記載，都說袁毛的會晤地是在雙島。《荊駝逸史》中輯有《袁督師計斬毛文龍始末記》一文，採用的是日記體，從五月二十二日袁崇煥出發到六月十一日回寧遠，逐日記錄海程、所經島嶼、風勢、船隻、兵員、官員姓名等等，十分詳盡，作者顯然是袁崇煥隨行的幕僚或部屬。他寫作態度異常忠實，對於袁毛密談三日三夜，只記兩人「二更後方散」、「密語三更方散」，記錄兩人密談後的神色，卻不記密語內容，全天憑空推測的言辭，合於現代要求最嚴格的報導體。該書記載袁毛相會的地點是在島山，離旅順陸路十八里，水路四十里，距雙島有半日水程，中間隔了松木島、豬島、蛇島、蝦蟆島等許多島嶼。我比較各種資料，覺得島山的說法更為可信。
6《始末記》記載當時情形說：「酒敘至終，（袁）方有傲狀，毛帥有不悅意態。」
7後來大大有名的孔有德、耿精忠、尚可喜都是毛文龍的義孫，那時叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
8梁啟超在《袁崇煥傳》中說：「吾以為此亦存乎其人耳。毛文龍不死，安知其不執□為諸降王長？」意思說，毛文龍如果不死，說不定他反而是第一大降王呢。然而這也是揣測之辭了。
這時候朝廷又欠餉不發了。袁崇煥再上奏章，深深憂慮又會發生兵變，更憂慮兵卒譁變後不再接受安撫，從此變為「大盜」。他說一定要發生一次兵變，才發一次欠餉，而發了欠餉之後，又一定將負責官員捉去殺了一批，這樣下去，永遠是「欠餉——兵變——發餉——殺官——欠餉」的迴圈。這道奏章，當然只有再度加深崇禎對他的憎恨。崇禎二年春，袁崇煥上奏，說山海關一帶防務鞏固，已不足慮，但薊門單弱，須防敵人從西路進攻。這時薊遼總督是劉策，懦弱而不懂軍事。袁崇煥看到了防務弱點的所在，第一道奏章上去，朝廷沒有多加理會，他再上第二道、第三道。崇禎下旨交由部科商議辦理，但始終遷延不行。拖到十月，清兵果然大舉從西路入犯，正在袁崇煥料中。首當其衝的，正是剛剛發生過索餉兵變的遵化。
明朝初年為了防備蒙古人，對北方邊防是全力注意的，好好修築了長城，設立遼東、薊州、宣府、大同、太原（統偏頭、寧武、雁門三關）、陝西、延綏、寧夏、甘肅九大邊防軍區，那便是所謂「九邊」。東起鴨綠江，西至酒泉，綿延數千裡中，一堡一寨都分兵駐守。但後來注意力集中於遼東，其他八鎮的防務就廢弛了。明太祖本來建都南京，成祖因為在北京起家，將都城遷了過去。在中國整個地形上，北京偏於東北，和財賦來源的東南相距甚遠。最不利的是，北京離國防第一線的長城只有一百多里，敵軍一攻破長城，快馬賓士半天，就兵臨北京城下。金元兩朝以北京為首都，因為它們是來自北方的游牧民族，不敢深入中原，一旦有變，可以立刻轉身逃回本土。明朝的情況卻根本不同。成祖對蒙古採取攻勢，建都北京便於進攻，後來兵力衰弱，北京地勢上的弱點立刻暴露無遺。本來，兩個互相敵對的社會是不可能長期對峙的，僵持一段時期之後，終究是非進則退。明朝既堅決不肯和滿清議和，形勢上又無力進攻，再將京城暴露在敵人大兵團朝發夕至的極近距離之內，根本戰略完全錯誤。以漢人為主的中華民族所以偉大，主要是在文治教化，征戰本非所長，如果基本戰略一錯，局勢就難以收拾了。
這次進軍皇太極親自帶兵，集兵十餘萬，知道袁崇煥守在東路，攻打不進，於是由蒙古兵作先導，繞道西路進攻。出發前對王公大臣說：「明朝若是肯和，我們採參開礦，與他們交易，換來布匹，大家共享太平，豈不極好？但我幾次三番的求和，明朝總是不允，這次非狠狠打一仗不可。」十月初五，抵達喀喇沁的青城。這條路很遠，行軍不便，諸將見到了前途的艱難，不少人便主張退兵，其中以代善及莽古爾泰兩大貝勒主張最力，認為：深入敵境，勞師襲遠，如果糧匱馬疲，又怎麼回得去？縱使攻進了長城，明人勢必聚集各路兵馬圍攻，我們便眾寡不敵，要是後路遭到堵截，恐無歸路。金人的根本是在遼寧、吉林一帶。從山海關進攻北京，那是安全的進軍路線，如果打不勝，退回去就是了。現在遠遠的繞道蒙古，當時運輸工具簡陋，糧草很容易接濟不上。那時代善四十九歲，是皇太極的二哥，莽古爾泰四十三歲，是皇太極的五哥，兩人比較老成持重。
少壯派大將嶽託與濟爾哈朗等人則支援皇太極（當時三十八歲，排行第八）的進軍主張。嶽託是代善的兒子，當時年齡不詳，相信最多三十歲，濟爾哈朗是皇太極的堂弟，三十四歲，都是勇氣十足。那日開軍事會議密商，直開到深夜，在皇太極的堅持下決定繼續進攻。但皇太極也知道此行極險，第二日早晨重申軍令，不準吃明人的熟食，以防下毒，不準酗酒，採取柴草時必須眾人同行，不可落單，充分顯露了戰戰兢兢的心情。皇太極愛讀《三國演義》，這次出師，很有鄧艾伐蜀、深入險地的意味。
自青城行了四天，到老河，兵分三路，皇太極命嶽託、濟爾哈朗率右翼四旗和右翼諸部蒙古兵攻大安口；七哥阿巴泰、十二弟阿濟格率左翼四旗及左翼諸部蒙古兵攻龍井關；他自己親率中軍攻洪山口。三路先後攻克，進入長城，進迫遵化。袁崇煥於十月二十八日得訊，立即兵分兩路，北路派鎮守山海關的趙率教帶騎兵四千西上堵截。他自己率同祖大壽、何可綱等大將從南路西去保衛北京。沿途所經撫寧、永平、遷安、豐潤、玉田諸地，都留兵佈防，準備截斷清兵的歸路。崇禎正在惶急萬狀之際，聽得袁崇煥來援，自然是喜從天降，大大嘉獎，發內帑勞軍（這次是心甘情願了），發表袁崇煥作各路援軍總司令。
袁崇煥部十一月初趕到薊州，十一、十二、十三，三天中與清兵在馬升橋等要隘接仗，每一仗都勝。清軍半夜裡退兵。但北路援軍卻遭到了重大挫敗。趙率教急馳西援，到達三屯營時，總兵朱國彥竟緊閉城門，不讓他部隊進城。趙率教無奈，只得領兵向西迎敵，在遵化城外大戰，被清軍阿濟格所部的左路軍包圍殲滅，趙率教中箭陣亡。遵化陷落，巡撫王元雅自殺。清軍越三河，略順義，至通州，渡河，進軍牧馬廠，兵勢如風，攻向北京。大同總兵滿桂、宣府總兵侯世祿中途堵截，都被擊潰。滿、侯兩部兵馬退保北京。
袁崇煥得到趙率教陣亡、遵化陷落的訊息，既傷心愛將之死，又知局面嚴重，於是兩日兩夜急行軍三百餘里，比清軍早到了二天，駐軍於北京廣渠門外。
袁崇煥一到，崇禎立即召見，大加慰勞，要他奏明對付清兵的方略，賜御饌和貂裘。
同時召見的還有滿桂。他解去衣服，將全身累累傷疤給皇帝看，崇禎大為讚歎。袁崇煥以士馬疲勞，要求入城休息。但崇禎心中頗有疑忌，不許他部隊入城。袁崇煥要求屯兵外城，崇禎也不準，一定要他們在城外野戰。清兵東攻，一路上勢如破竹，在高密店偵知袁軍已到，都是大驚失色，萬萬想不到袁崇煥會來得這樣快。二十日，兩軍在廣渠門外大戰。
袁崇煥這時候不能再輕袍緩帶、談笑用兵了，他穿了甲冑，親自上陣督戰。從上午八時打到下午四時，惡鬥八小時，勝負不決。滿桂率兵五千守德勝門。當時北京軍民在城頭觀戰，但見清兵衝突而西，從城上望下來，如黑雲萬朵，挾迅風而馳，須臾已過。一場激戰，滿桂受傷，血染徵袍，五千兵只剩下了三千人。清兵威猛如此，北京人自然看得心驚膽裂。北京城頭守軍放大炮支援滿桂，但炮術奇差，炮彈打入滿桂軍中，殺傷了不少士卒。主戰場是在廣渠門。袁崇煥和清兵打到傍晚（幸好城頭守軍沒有放炮支援袁軍），清兵終於不支敗退，退了十餘里。袁軍直追殺到運河邊上。這場血戰，清軍勁旅阿巴泰、阿濟格、思格爾三部都被擊潰。袁崇煥也中箭受傷。這一役之後，清兵眾貝勒開會檢討。皇太極的七哥阿巴泰按軍律要削爵。皇太極說：「阿巴泰在戰陣和他兩個兒子相失，為了救兒子，才沒有按照預定的計劃作戰，然而並不是膽怯。我怎麼可以定我親哥哥的罪？」便寬宥了他。可見這一仗清軍敗得很狼狽。皇太極與諸貝勒都說：「十五年來，從未遇到過袁崇煥這樣的勁敵。」於是不敢再逼近北京，駐兵在海子、採囿之間。袁崇煥來援北京時，因十萬火急，只帶了馬軍五千作先頭部隊，其後又到了騎兵四千，廣渠們這場大戰，是以九千兵當十餘萬大軍，其實是勝得十分僥倖的。當時一來袁軍一鼓作氣，奮勇抗敵，二來清軍突然遇到袁軍，心中先已怯了，鬥志不堅。袁崇煥知道這一仗僥倖獲勝，在軍事上並不可取，尤其在京城外打仗，更不能貪圖僥倖。他對部屬說：「按照兵法，僥倖得勝，比打敗仗還要不好。」因為碰運氣而打勝，也可因運氣不好而敗，一敗就不可收拾。但如謀定而後戰，事先籌劃好第二個步驟，即使敗了一仗，也無大患。可是崇禎見清兵沒有遠退，不斷的催促袁崇煥出戰。袁崇煥說，估計關寧步兵全軍於十二月初三、初四可到。一等大軍到達，就可和清兵決戰。這時清軍中的大將見到袁崇煥兵少，主張立刻攻城。皇太極終是忌憚袁崇煥，不肯攻城，推託說是怕損失良將。其實即使在袁崇煥步軍大隊開到之後，還是不應和清兵決戰。明軍的戰鬥力遠不如清兵，雙方人數如約略相等，明軍勝少敗多。在京城外決戰，在明方是太過冒險，萬一（其實不是萬一，而是極有可能）袁軍潰敗，甚至全軍覆沒，北京立刻失陷，崇禎就得提前十五年上吊了。決不能拿京師和皇帝來孤注一擲，作為賭注。但多過得一天，明軍從四面八方趕來的勤王之師便多到一批。任何平庸的將才也看得到：應當大軍在城外堅守不戰，派遊軍去截斷清兵的糧道，焚燒清兵糧草，再派兵去佔領長城各處要隘，使清兵完全沒有退路，然後與清兵持久對抗。簡單說來，就是「堅壁清野」。在任何地方打仗，都須設法立於不敗之地。在京城抗敵，更是絕對要立於不敗之地。除非先將皇帝與統帥部先行撤出京城。時間一久，清軍身在險地，軍心必然動搖，困在北京郊外，進是進不得，退又退不了，變成了甕中之鱉。這時袁崇煥兵權統一，只待援軍雲集，就可對清軍四面重重圍困。兩軍交戰，勝敗之分全在乎一股氣勢。明軍戰鬥力雖然不行，但眼見必勝，兵將都想立功，自然不會一觸即潰。三個月、四個月的打下來，清兵非覆沒不可。
在這其間，明軍應當再派兵進攻遼陽、瀋陽。清兵傾巢而出，本部全然空虛。明軍要攻佔遼瀋決非難事。取得遼瀋後，將一些清軍的家屬送去清軍營中，清兵哪裡還有鬥志？
事實上當然不能這樣順利。皇太極和眾貝勒善於用兵，立刻就會全軍急退，衝出長城，如果退得早，退得快，明軍尚未合圍，相信袁崇煥攔他們不祝但西路沿途追擊，東路另出大軍去攻遼瀋而作牽制，清兵大軍雖能退回本部，卻非輸得一敗塗地不可。皇太極這次偷襲實在十分冒險。孫子兵法的重要原則是：設法引敵人進入於我有利的陣地；讓敵人辛辛苦苦的遠道來攻，我以逸待勞；敵人初來時兵勢鋒銳，應當持重不戰，待得敵人困頓怠懈而想退兵之時，便乘機進擊。這些求之不得的良機，突然之間都出現了。袁崇煥熟讀孫子兵法，以他的大才，當然能善於利用，就算不能一舉而滅了滿清，至少也可以令清兵十餘年不敢再來進犯。
二次世界大戰時德軍猛攻斯大林格勒。蘇軍一面扼守堅城，一面另遣大軍抄德軍後路，終於聚殲德軍三十三萬人。經此役後，德軍就此一蹶不振。蘇軍元帥朱可夫的戰略，基本原則也不過是「守堅城，抄後路，聚殲之」九字而已。然而崇禎是個十分急躁、毫無韌力的青年，那時還沒滿十九歲，一見袁崇煥按兵不動，登時便不耐煩起來，不住的催他出戰。袁崇煥一再說，要等步兵全軍到達才可進攻，現在只有九千騎兵，和敵兵十餘萬決戰，難求必勝。料想崇禎就懷疑起來了：「你不肯出戰，到底是甚麼居心？想篡位麼？想脅迫我答應議和麼？你從前不斷和皇太極書信往來，到底有甚麼密謀？你為甚麼一早就料到金兵要從西路來攻北京？」他的性格本來就十分多疑，敵軍兵臨城下，又驚又怕之際，想象力定然十分豐富。這時又有尤世威一路援兵到達，另有侯世祿部一軍，兩路部隊人數不多，戰鬥力也不強，如派去和清兵交鋒，一戰即潰，反而擾亂全軍軍心，影響京師城防。
袁崇煥派尤世威部去守昌平，那是明成祖以來歷代皇帝的陵寢所在，如果給清兵攻佔，掘了皇帝祖宗的墳墓，此事非同小可。他派侯世祿部去守三河，以作薊州的後應，目的是牽制清軍，乘機可截斷清兵歸路。北京的衛戍部隊本來有所謂「京營」，在明太祖時是全國諸軍之冠，精銳之極，可是這時久未訓練，早已無用，所以袁崇煥派滿桂和自己所帶的九千騎兵守北京。崇禎見他並不將所有援兵都調來守北京，更加憂慮重重。總之，他見清兵來攻，已嚇得魂飛魄散，只盼望所有援軍的一兵一卒，都在北京城外保衛他皇上萬歲一個人。他完全不明白打仗的道理。一支部隊如果派出去攻擊敵軍後路，所發生的作用，往往比守在北京城外要大得多。
清兵於十一月二十七日退到南海子，潰敗之後，心中不忿，便在北京郊外大舉燒殺出氣。北京城裡居民的心理是和皇帝一樣的，顧到的只是自己身家性命，大家聽信了謠言，說袁崇煥不肯出戰，別有用心。許多人說清兵是他引來的，目的在「脅和」，使皇帝不得不接受他一向所主張的和議。於是有人在城頭向城下的袁部騎兵拋擲石頭，罵他們是「漢奸兵」。石頭砸死了幾名兵士。
這種盲目的群眾心理，實在是很可怕的，近代的群眾心理學書籍中常有提到。第一次寧遠大戰，清兵猛攻，眼見城破在即，百姓就大罵袁崇煥害人，清兵退後，便即大哭拜謝。據動物學家的調查報告，合群的動物（如老鼠）在遇到危難時，往往會撕殺同類，或許是出於同一心理。就在這時候，清兵捉到了兩名明官派在城外負責養馬的太監，一個叫楊春，一個叫王成德。皇太極心生一計，派了副將高鴻中、參將鮑承先、寧完我、巴克甚、達海等人監守。俘虜了兩名小小太監，何必要派五名將領來監守？其中當然有計。高、鮑、寧三人是投降滿清的漢人。到得晚上，鮑承先與寧完我二人依照皇太極所授的密計，大聲「耳語」，互相說道：「這次撤兵，並不是我們打了敗仗，那是皇上的妙計。你不見到麼？皇上單獨騎了馬逼近敵人，敵人軍中有兩名軍官過來，參見皇上，商量了好久，那兩名軍官就回去了。皇上和袁督師已有密約，大事不久就可成功。」
這兩名太監睡在旁邊，將兩人的話都聽得清清楚楚。十一月三十日，皇太極命守者假意疏忽，讓楊春逃回北京。楊春將聽到的話一五一十的稟報了崇禎。
第二天，十二月初一，崇禎召袁崇煥和祖太壽進宮，問不了幾句，就喝令將袁崇煥逮捕，囚入御牢。祖大壽眼見之下，嚇得手足無措，出北京城後等了三天，見袁崇煥始終沒有獲釋。崇禎派太監向城外袁部宣讀聖旨，說袁崇煥謀叛，只罪一人，與眾將士無涉。眾兵將在城下大哭。祖大壽與何可綱驚怒交集，立即帶了部隊回錦州去了。正在兼程南下赴援的袁部主力部隊，在途中得悉主帥無罪被捕，北京城中皇帝和百姓都說他們是「漢奸兵」，當然也就掉頭而回。中國歷史上甚麼千奇百怪的事都有，但敵軍兵臨城下而將城防總司令下獄，卻是第一次發生。