神宗死後，兒子光宗常洛只做了一個月皇帝就因誤服藥物而死。光宗的兒子朱由校接位，歷史上稱為熹宗，年號天啟。
光宗做皇帝的時間極短，留下的麻煩卻極大，明末三大案梃擊、紅丸、移宮，都和他的皇位及生死有關。眾大臣分成兩派，紛爭不已。紛爭牽涉到其他一切事情上，只要是對方一派之人所做的事，不論是對是錯，總是拿來激烈攻擊一番。
熹宗接位時虛歲十六歲，其實不滿十五歲，還是個小孩子，他對乳母客氏很依戀。這個客氏很喜歡弄權，在宮裡和太監魏忠賢有點古怪的性關係。宮裡太監和宮女很多，為了寂寞而互相安慰，大傢俬下戀愛，然而太監是閹割了性機能的陰陽人，所以這既不是異性戀愛，又不是同性戀，當時稱為「對食」，意思說不能同床，只不過相對吃飯，互慰孤寂而已。魏忠賢做了客氏的對食，漸漸掌握了大權。
熹宗是個天生的木匠，最喜歡做的事，莫過於鋸木、刨木、油漆而做木工，手藝高明得很。他做過一座宮殿的小模型，唯妙唯肖，精巧異常。魏忠賢總是乘他做木工做得全神貫注之時，拿重要奏章去請他批閱。熹宗怎肯放下心愛的木工不理？把手一揮，說道：「別來打擾，你瞧著辦去吧。」於是魏忠賢就去瞧著辦了，越來越無法無天。
朝裡自有一批諂諛無恥之徒去奉承他，到後來，魏忠賢成了實際上的皇帝。熹宗是「萬歲」，有些官員見了魏忠賢叫「九千歲」，表示他只比皇帝差了一點兒。到後來，個人崇拜更大張旗鼓，搞得如火如荼，全國各地為魏忠賢建生祠。本來，人死了才入祠堂，可是他「九千歲」老人家活著的時候就起祠堂，祠中的神像用真金裝身，派武官守祠，百官進祠要對他神像跪拜，那是貨真價實的個人崇拜。
魏忠賢本來是個無賴流氓，年輕時和人賭錢，大輸特輸，欠了賭帳還不出，給人侮辱追討，實在吃不消了，憤而自己閹割，進宮做了太監。他不識字，但記心很好，是個完全沒有受過教育的賭棍。當世第一大國的軍政大權卻落在這樣的人手裡。
熊廷弼在遼東練兵守城，招撫難民，整肅軍紀，修治器械，把局面穩定下來。他所接手的那個爛攤子，給他整頓得有些像樣了。滿清見對方有了準備，就不敢貿然來攻。但朝裡敵對一派的大臣卻來跟他過不去，不斷上奏章攻擊，說他膽小，不敢出戰；說他無能，不能盡復失地。於是朝廷革了熊廷弼的職，聽候查辦，改用袁應泰做統帥。
袁應泰是第一流的水利工程人才，一生修堤治水，救濟災民，大有功勞。他性格寬仁，辦事勤勉，打仗卻完全不會。滿清努爾哈赤得知熊廷弼去職，大喜過望，便領兵來攻。袁應泰率軍應戰，七萬兵大潰。清兵佔領瀋陽，又擊破了明軍的兩路援軍，再攻遼陽。明兵又大敗，滿兵取得軍事要塞遼陽。
軍事局勢糟糕之極，朝廷束手無策，只好再去請熊廷弼出來，懲罰了一批上次攻擊他的官員，算是給他平氣。可是兵部尚書張鶴鳴和熊廷弼意見不合，只喜歡馬屁大王巡撫王化貞，囑咐王化貞不必服從熊廷弼指揮。
王化貞向朝廷吹牛，只須六萬兵就可將滿清一舉蕩平。朝廷居然信了他的。熊廷弼極力認為準備不足，不可進攻。兵部尚書卻一味袒護王化貞。於是王化貞領兵十四萬出戰，一交鋒全軍潰沒。清兵攻佔堅城廣寧。總算熊廷弼領了五千兵殿後，保護難民和敗兵數十萬退入山海關。朝廷不分青紅皂白，將王化貞和熊廷弼一起逮捕。張鶴鳴免職。
到這時為止，明清交鋒，已打了三場大仗。每一仗明軍都是大敗。
明兵的戰鬥力固然不及清兵，但也不是不能打，不肯打。每一個大戰役，總兵官都陣亡，副將、參將也大都陣亡。明兵人數都超過清兵數倍，武器更先進得多，有火器。三個大戰役的失敗，主因都是在於軍隊沒有準備、缺乏訓練、軍紀不良，以及主帥戰略不當，指揮錯誤。軍務廢弛，士氣低落，當然也是由於統帥失責。
以中國之大，為什麼經常缺乏有才能的統帥？根本癥結是在明朝一個絕對荒謬的制度：由文官指揮戰役。
這個制度的根源，在於皇帝不信任武官。明朝皇帝不信任武將，怕他們手裡有了武力，就會搶奪皇帝的寶座，先是派文官去軍中監視，後來索性叫文官做總指揮，到後來連文官也不信任了，於是再加派太監作監軍。太監既是皇帝的心腹親信，另有一樣好處，太監沒有兒子，篡位的可能性就很小。做了皇帝而不能傳於子孫，做皇帝的興趣就大打折扣了。
明朝御史的權力很大，有權監察各行政部門。大學士代皇帝擬的聖旨、六部尚書所下的決定，御史都可放言批評，而且批評經常發生效力。皇帝派去監察武將的「總督」、「巡撫」，本來都是屬於「都察院」的監察官，並不是行政官。因為監察官權大，後來就變成了總司令、總指揮。好比部隊的政委或政治主任兼任司令員。
但要做到御史，通常非中進士不可。要中進士，必須讀熟四書五經，書法漂亮，會做合乎應制規範的八股文。明朝讀書人如何廢寢忘食的學八股文、考進士，讀一下《儒林外史》就很清楚了。明朝派去帶兵、指揮大軍，和清軍猛將銳卒對抗的，卻都是這批熟讀詩云子曰、書法漂亮、八股文做得很好的進士。
明末抗清有三位名將，功勳卓著：熊廷弼是萬曆二十五年的解元（全省考舉人第一名），萬曆二十六年的進士。孫承宗是萬曆三十二年的進士第二名（榜眼）。袁崇煥是萬曆四十七年進士。他們三個是文官，幸虧碰巧有用兵的才能。本來明末皇帝的運氣不壞，做八股文考中進士的文人之中居然出現了三個第一流的軍事家。然而文官會帶兵，那就是危險人物。明朝皇帝罷斥了其中一個（孫承宗），殺死了另外兩個。
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