此時撤藩的命令已經下達，但吳三桂無暇等待結果。在1674年1月，吳三桂重新打起了「恢復明朝」的旗幟，將手下的數十萬精兵開向湖南和四川，沿途招降納叛，不少武將和地方官員向他投降。幾個月後，耿精忠在福建響應叛亂，鄭經也從臺灣派遣軍隊支援。但尚可喜大概因為得知俄羅斯、蒙古和西藏已經與清廷修好而拒絕出兵，令吳三桂大失所望。他的更大錯誤在於，聖祖沒有任何軟弱和妥協的跡象，他第一時間殺死了在北京的吳應熊，將他的頭顱懸在城門上，而軍隊也源源不斷地被派往南方戰場。

不過吳三桂還有一張王牌可以依賴。武術大師歸辛樹及其妻子在輕鬆擊殺吳六奇後，又按照他的指示前往北京，準備刺殺皇帝。如果這一圖謀得以成功。北京朝廷將陷入相當長時間的混亂和癱瘓中，而清軍計程車氣也必將大受影響，這樣他向北方進軍的道路就大可暢通無阻了。

歸辛樹和他的家人在北京附近被天地會所攔截和俘虜，並被帶到陳永華面前。這也給他們出了一道難題。三藩戰爭的爆發將中國武術世界拋入一個尷尬的境地，一方面，「反清復明」是以天地會為首的主流勢力所致力的目標，而現在吳三桂高舉起了這面旗幟。另一方面，吳三桂對於武術世界來說，是和清廷同樣可憎惡的敵人。對於陳永華來說，這實在是兩難的選擇。但他最終選擇了暫時和代表吳三桂的歸辛樹合作。如果清朝統治陷入崩潰，那麼固然對吳三桂有利，但臺灣方面也可以從中獲益，渡海攻佔華東和華南地區。當後者的力量壯大後，就可以在武術世界的配合下反制吳三桂了。

黔國公府反對這一計劃，不過最終被陳永華說服。但天地會也不願提供過多協助，只要求韋小寶利用他在宮廷內部的關係配合歸辛樹一行。韋小寶勉強同意了，但卻令歸家在禁宮中誤入歧途。這種三心二意的合作最終導致了歸辛樹家族的覆滅，他和他的妻子及兒子在禁宮中殺死了數十名武術侍衛後壯烈死去。263

韋小寶本人卻沒有能夠置身事外，聖祖終於發現整個事件和他最喜愛的寵臣有關，震怒之下將他軟禁在宮裡，並派遣火器部隊去圍剿正在他府第中集會的天地會和黔國公府。韋小寶緊急動用了他在宮廷中的關係，讓建寧公主幫助他逃走。建寧公主和他一起逃出了禁宮，而天地會也得以及時疏散，儲存了有生力量。

但聖祖開始迅速行動，他肅清了京畿的天地會勢力，弱小的黔國公府在出逃道路上被剿滅，沐劍聲被梟首示眾，從而基本解除了武術世界對自己的威脅。隨後陳永華被清軍驅趕到東海，正在大陸活動的鄭克塽及其親信馮錫範也和陳永華一起逃走。他們在臺灣北面的釣魚島上和韋小寶一行會合。但逃難者們之間並不團結，因為陳永華擁戴鄭克塽的兄長鄭克臧，而被鄭克塽和馮錫範藉機在島上藉機暗殺，鄭克塽和馮錫範隨後坐船逃回臺灣。

陳永華的被殺也深刻影響了此後的局勢。在臺灣方面，鄭經在1674年中應耿精忠的要求率軍渡過臺灣海峽，但卻另有打算。福建的天地會勢力全部發動起來，配合他奪取了泉州、漳州等福建重鎮。在原本的計劃中，北方的天地會組織也應當響應鄭經發起暴動，這樣就可以為鄭經開啟北伐的道路。但陳永華死後，這些行動無人主持，許多計劃被放棄，個別的起義者未能得到支援而被剿滅。另一方面，隨著陳永華的死，天地會和延平王府之間的融洽關係也不復存在，大陸最大的反清組織對於海外最大的反清基地已經沒有多少信任可言。

這一系列事變，導致了陳永華佈置十多年的藍圖化為烏有，如今鄭經的勢力只能止步於福建，而天地會也無法利用吳三桂反叛的契機聯合起義，反而它自身的組織對於清朝政府徹底暴露出來。這一胡逸之、吳六奇和顧炎武等漢族革命家等待多年的時機就這樣被白白錯失了。

聖祖對天地會加以殘酷的鎮壓，殺戮了數千人，清除了內部的第五縱隊，此後他嚴禁臣民們歃血為盟，組成社團，將這種行為作為政治上的謀叛加以嚴厲處分264這樣他就得以將精力集中到對吳三桂的戰爭中。h3三藩的覆滅、征服臺灣和對俄國的和約/h3在1674年下半年，清朝進入了建立對中國本部的統治以來最為危險的時刻。自從吳三桂的起兵，南中國的一大部分已經落入叛軍之手。而在當年12月，吳三桂的舊部下、陝西的王輔臣將軍也叛變了，令中國北部岌岌可危，而在北京背後的蒙古察哈爾部也有叛亂者蠢蠢欲動。西藏人開始向吳三桂方面靠攏，桑結嘉措以五世達賴的名義寫信給聖祖，建議他將長江以南的土地讓給吳三桂以換取和平。265

不過，吳三桂並沒有得到武術世界的多少支援，而陳永華之死和天地會的癱瘓也使得武術世界的抗清力量難以組織大規模行動。鄭經在福建和耿精忠纏鬥不休，消耗了自己的力量。聖祖調動他的二十萬八旗軍和四十萬漢族的綠營軍隊，在揚子江防線和吳三桂的叛軍對峙。經過清朝三十年來的統治，許多漢族軍人已經開始向清廷效忠，他們在西北擋住了王輔臣的攻勢，迫使其投降，並反攻入四川。在東部，南征的康親王傑書也於1676年擊破了耿精忠的防線，讓他向清朝投降。鄭經在廣東的戰役取得了一些成就，迫使尚可喜的兒子尚之信舉起反幟，不過並不能撼動大局，他自己在福建的基地也很快被清朝所奪取。

隨著時間的推移，吳三桂發現自己所佔據的一小片領土已經被清軍重重包圍起來。吳三桂的忠實軍隊抵擋了數年北方的進攻，但卻無力再突圍或反攻。北京的皇位離吳三桂已經遙不可及。

皇位本身並非遙不可及。在1678年3月，吳三桂放棄了恢復明朝的口號，在湖南衡陽登基，宣佈開創「大周」王朝。吳三桂在沮喪和焦慮中度過了半年的皇帝生涯，然後死去了。在他死後，他的孫子、吳應熊的兒子吳世璠繼位。湖南很快被清軍收復，周王朝退回雲南，又支撐了三年。在1681年底，清軍攻入了昆明，吳世璠自殺身亡，整個吳氏家族都被處死。只有陳沅不在昆明，據說她出家為尼，也有人說李自成帶著她悄悄離開了，此後他們的名字沒有再出現在任何歷史記載中。266

解決了西南的吳三桂，聖祖開始將目光轉向東南：臺灣人在三藩戰爭中帶給他很大的麻煩，現在是償還的時候了。1680年，清軍奪取了鄭經在福建的最後據點，迫使他再次退回臺灣島。第二年，鄭經在頹廢中死去。在他死後，劉國軒和馮錫範把持了政局，他們殺死了鄭經指定的繼承人鄭克臧，令鄭克塽成為臺灣的新主人，臺灣的政治局勢動盪不已。這給了聖祖以珍貴的插手機會。在1683年夏天，施琅率領有二百多艘艦的海軍向澎湖進發。劉國軒在那裡以大致相等的兵力迎擊他。7月16日兩支艦隊間爆發了海戰，最初對臺軍有利，但隨著風向的逆轉，清軍開始大舉反擊。幾小時後，臺灣的艦隊全盤崩潰。劉國軒逃回了臺灣，這場戰役令他喪失了對抗清軍的勇氣，在他的建議下，鄭克塽和馮錫範等人向施琅投降，剃去了頭髮，換上清朝的衣服，他們隨即被遷往北京。明朝皇室的後裔寧靖王朱術桂卻更為壯烈地自殺身亡。於是最後一塊漢人統治的土地也不復存在。

臺灣的征服令一個曾經在北京宮廷中的顯赫人物在多年後再次回到清朝宮廷。此即韋小寶，他在1673年逃往海外，流落到臺灣以北的釣魚島，此後一直居住在那裡。聖祖很快發現了他的行蹤，並派人前來，作為懲罰將他軟禁在此處。並戲謔地將這一荒島作為韋小寶的封地，後來這成為中國對釣魚列島主權要求的歷史依據。不過隨著臺灣的歸降，聖祖又將矛頭指向北方，打算解決和俄羅斯的邊界問題。他重新起用了這位唯一到過俄國的足智多謀的寵臣。在1685年韋小寶率領了15,000名士兵被派回到雅克薩，全力攻打這座被俄國人佔領多年的城市。已經投降清朝的林興珠也帶領福建地堂門的武術家來協助他，打造了一支藤牌軍，能夠有效地防禦火槍的攻勢，在清軍的大舉圍攻下，雅克薩被收復了。

韋小寶在其多年的政治生活中，已經蒐集齊了八本《四十二章經》並發現了所謂攝政王寶藏的下落，但當清軍攻下雅克薩後，他曾嘗試發掘，但卻一無所獲。這一寶藏在近一個世紀後，卻落入了另一個與之有異曲同工之妙的人物手中。

索菲婭公主對於雅克薩的失陷十分惱火，她一直存有徵服遠東的野心。但她治下的俄國此時正忙於和瑞典爭奪芬蘭，無力顧及東方，並且因為害怕中國軍隊攻佔西伯利亞更多的地方，莫斯科不得不屈尊和北京和談。在1689年，清朝和俄國的使臣在尼布楚碰面。清朝方面是韋小寶和索額圖，俄國方面是費耀多羅∙亞歷克塞耶維奇∙戈洛文伯爵（ФeдоpАлekcahдpовичГоловиh，1650年—1706年）。最初俄國人堅持以黑龍江為界，但韋小寶讓雙兒再次展示了「穴位點選」的技術，告訴戈洛文伯爵這是「成吉思汗的魔法」，並揚言再次開戰。戈洛文伯爵最終不得不表示屈服，將俄國的疆界縮回到外興安嶺以北。267中俄之間由此簽訂了《尼布楚條約》，迄今人們還可以在臺灣故宮博物院裡看到條約上韋小寶歪歪扭扭的塗抹和索額圖秀麗的筆跡。

韋小寶再次建立功勳，回到北京後，受封為一等鹿鼎公爵。認為已經重新獲得皇帝的寵愛，韋小寶又開始故態復萌。為了為自己的師尊陳永華復仇，他在1689年底謀殺了已投降清朝的馮錫範，放走了被捕的反叛分子茅十八，還和剛剛有所恢復的天地會建立了聯絡。自陳永華死後，天地會的第二代領導人，胡德帝、馬超興等「少林五祖」也都已經先後死去，原青木堂的倖存力量主張推舉韋小寶為新的總舵主，利用掌握的兵權給清廷致命的一擊。

但此時聖祖也發現鹿鼎公爵的行為可疑。聖祖召見了公爵並加以申斥。現在韋小寶發現自己的衛兵中也布有皇帝的密探，他在恐慌中再次籌備逃亡。他在1690年初南下，在江蘇的泗陽縣，韋小寶和顧炎武、黃宗羲及其他一些知識分子碰面，他們鼓動他說，武術世界的抗清運動仍然相當強盛，並且他在清軍中有相當大的影響力，他們勸他以明朝皇室之子的身份稱帝，反正沒有人知道他的父親是誰。對這一瘋狂的計劃韋小寶認為是異想天開，他謝絕了顧炎武的邀約，令他們失望而歸。

沒有人知道在此之後發生了什麼，據說在韋小寶拒絕協助反叛分子後，就被他們殺死了。但多年後一名叫舒化龍（？—1699年）的天地會骨幹被逮捕，他堅決否認了這一點，並說韋小寶當時承諾和天地會合作，他們才釋放了他，但此後便再沒有聽說過他的訊息。查良鏞在多年的研究後，根據雲南出土的一個韋姓家族的墓碑，認為他和妻妾們後來在雲南隱居。268這可能是對這位傳奇人物的幸運過於誇張了，對於這位堪稱東方埃塞克斯伯爵的重臣的下場，269薩繆爾·約翰生認為：

玄燁雖然多次容忍這位青年時代玩伴的囂張行徑，但不會允許他逃出自己的掌控，畢竟他知道了自己太多的秘密。面對帝國的追緝，如今鹿鼎公爵唯一可以依靠的力量是天地會，但天地會卻要求他當首領，這是公爵所不敢接受的，而實際上也沒有鹿鼎公爵返回天地會的記錄。那麼他有什麼能力在舉國的監視下帶著八個女人穿過半個中國到達雲南呢？實際上，鹿鼎公爵很可能在不久後就被皇帝秘密逮捕和賜死了。只是對這件醜聞，朝廷方面自然會秘而不宣。270

一個佐證的是，跟隨韋小寶一起逃走的建寧公主不久後又蹊蹺地回到北京，受到聖祖的撫慰，說她「被叛賊（韋小寶）所累」。建寧公主在舊日的公主府中又度過了十多年的歲月，在1704年悄無聲息地去世了。

顧炎武在勸說韋小寶失敗後又被清廷追緝。他在晚年依附於馮難敵的華山派，定居陝西華陰，在看到清朝統治的日益鞏固後，他在1692年失望地死去。黃宗羲死於三年後，他在晚年很明顯地轉變了對清朝的態度，稱聖祖為「聖明的上天之子」。271這一轉變的根由或許是因為韋小寶在會面時告訴他，皇帝正在閱讀，並且十分欣賞他的思想著作《明夷待訪錄》。272黃宗羲啼笑皆非地發現他心目中的野蠻人竟然是他罕見的知音。這讓他開始痛苦地反思，是否滿洲統治者能夠接受中華文明，並且建立一個更好的政治秩序。他的答案越來越肯定。許多遺民仍然不接受這一點，不過，不論答案是什麼，到17世紀90年代為止，半個世紀的騷亂已經遠去，清朝的統治已經從動盪而鞏固，這是無可爭議的事實。