在17世紀50年代，對新帝國來說唯一的危險似乎只在於南方的明朝殘部，並且也在日益萎縮。世祖沉浸在個人的幸福生活中，沒有注意到眼皮底下的危險，一種新的地下宗教逐漸在京畿地區蔓延，此即神龍教（holydragoncult）。

神龍教大約締造於1645至1650年間，其創始人洪安通，被約翰·史密斯推斷為渤海派的洪勝海，這一看法不能不說很有道理。225渤海派是少林在東方的分支，本來是一個籍籍無名的小門派，在遼東戰爭時期許多關東難民加入了渤海派，使之迅速壯大。在洪勝海的推動下，渤海派參與了袁承志的反清集團，但最終被挫敗。此後渤海派退縮到海上，清政府由於海軍的弱小而對它無可奈何。

在追隨袁承志的時期，洪勝海曾經和來自雲南的五毒教接觸，學到了其中一些教義和教規，並且由於對袁承志的效忠，而被傳授了一位「金蛇先生」的武術，在離開袁承志後，他自己在隨後許多年中也成為一位武術大師。洪勝海將五毒教的內容和日月教以來山東的各種秘密宗教儀軌相結合，以殘存的渤海派為基礎，在隨後幾年締造了神龍教，定居在渤海中的蛇島，該島被改名為神龍島。洪勝海也抹去了自己平凡的出身，改名為洪安通。在清朝初年的混亂中，神龍教得以迅速坐大並吸引了數千名信眾，但仍然保持高度機密狀態。

毛文龍的遺腹女毛東珠（1629年—1674年）在皮島覆沒後被渤海派救出，後來成為了神龍教的重要成員，她在17世紀50年代進入清朝宮廷成為侍女，最初只是為了傳教。因為容貌和皇后博爾濟吉特氏相似，毛東珠在洪安通的安排下開始了一項匪夷所思的計劃。她大約在1657年秘密囚禁了孝惠皇后，自己則在精心化妝後以皇后的身份出現。這一計劃險些露出破綻，在同年孝莊太后病重，毛東珠不敢去看望，而受到世祖的嚴厲責罰，一度被打入冷宮。226此後孝莊也疏遠了這位侄孫女，這一點反而便於她爭取時間掩飾自己的本來面目。

問題在於，擁有既無權力也無寵愛的皇后身份並沒有太大的幫助，毛東珠的唯一成就是得知了《四十二章經》的秘密，但一時無法拿到所有經書。洪安通指示她伺機取得經書，但假皇后的牌還可以有更大的用處。洪安通制定了一項更駭人聽聞的計劃。他潛入皇宮，讓毛東珠受孕之後設法和皇帝親近，這樣可以將自己的孩子拿來冒充皇嗣。在毛東珠的哀求下，世祖最後勉強和她圓房，這樣她的受孕就有了合理的理由。她在1658年成功地生下一個女兒，封號為建寧公主。

但女兒沒有繼位的可能，毛東珠現在必須牢牢抓住皇帝才能繼續執行洪安通的計劃。但經過幾年的努力後，世祖卻仍然疏遠她，而將全部的感情都傾注在董鄂妃身上。在1660年，董鄂妃甚至成功地為世祖生下了一個兒子，皇帝異常歡喜，顯然想立這個兒子為嗣，而董鄂妃也可以以兒子的名義成為真正的皇后。毛東珠決不允許這種可能發生，用一種「使骨頭融化的柔軟掌法」，她不留痕跡地殺死了董鄂妃剛剛出生的兒子，這個孩子死後被悲慟的皇帝封為榮親王。當年9月，她又設法用同一種武術給董鄂妃以致命的內傷，讓她在幾天後去世，人們普遍認為這是因為過於悲傷導致的，只有精通武術的海大富發現了一些痕跡。227

毛東珠沒有想到的是，世祖因為董鄂妃的死而極為悲痛，甚至想要輕生，在周圍人的晝夜看護下才阻止了他這麼做。人們本來以為皇帝的悲傷可以隨著時間而漸漸減輕。但世祖用剩下的時間為董鄂妃撰寫了傳記並編撰了她的語錄，命令發行天下。此時他開始越來越頻繁地和玉林琇、茚溪森及木陳忞等著名禪宗僧侶接觸。在佛教的影響下，世祖打算放棄一切，成為僧侶。有一次甚至已經在寺院裡剃光了頭髮，但被玉林琇勸回了皇宮。228不過世祖已經決意徹底告別帝王生涯，最終在1661年年初，也就是董鄂妃死後四個月，世祖留下了一封訣別信，在侍衛總管赫巴察的護送下跟隨玉林琇離開北京，再也沒有回來。事後人們知道，他已經在五臺山清涼寺秘密出家。229由此突兀地結束了清朝入關後第一個皇帝的統治時代。

世祖失蹤的頭幾天被宣佈為染病，以解釋他無法再接見大臣。在多日遍尋不獲後，孝莊太后不得不於1661年2月2日宣佈世祖被天花感染而突然死亡。這是一個很好的理由，在當時這種疾病正在北京的滿洲人中肆虐，多鐸即死於天花。一個身材相似的侍衛被處死，他的屍體被用來冒充皇帝。因為天花的傳言，沒有人敢接近皇帝的遺體，這一謊言在當時未引起懷疑。但是董鄂妃的妹妹貞妃可能發現了某些蛛絲馬跡，被毛東珠殺死後，宣佈為自願殉葬。

在世祖被宣佈死亡後，在其不多的幼子中，第三子玄燁被立為皇帝。玄燁的生母是一位有漢人血統的低階妃嬪佟佳氏，她被尊為聖母皇太后，這樣對母后皇太后，亦即假冒太后的毛東珠就具有了相當的地位。有望獨攬大權的毛東珠當然不會容許有人和她分享地位，她在1663年如法炮製地暗殺了這位不幸的新皇后，從而成為唯一的太后。此時仍然享有比她更高權位的唯有太皇太后孝莊。毛東珠本來也打算對這位德高望重的老婦人下手。但海大富已經察覺到了宮廷中一連串不尋常的謀殺案而對太皇太后加以嚴密保護，最終讓毛東珠放棄了這個計劃。h3鄭成功的海上戰爭/h3在北方海域上，皮島、渤海派和神龍教先後稱雄，其影響甚至延伸到了北京宮廷之中。但較之南方的海上力量仍然不免相形見絀，後者是真正的海上霸權。在十六世紀末，隨著世界性貿易體系的形成，在中國東南沿海、日本及東南亞之間建立起了繁榮的海上貿易網路，因而也出現了合海商與海盜為一體的海上武裝集團。這可以視為江湖空間向海洋空間的拓展。在十六世紀上半葉，這一網路被鄭起雲的家族所壟斷。在鄭起雲向清朝投降後，他的兒子鄭森或鄭成功接替了他的地位，並壓服了族中的幾名實權人物，鄭成功對於其海商集團的治理十分出色，鄭氏的武裝力量在此後多年中不僅沒有被清朝消滅，而且更加壯大了。

鄭成功在1650年佔領了廈門和金門兩個島嶼作為根據地，並一度控制了從浙江到廣東的多個沿海州縣，和西南的永曆政權配合，對其他沿海地區也反覆騷擾，令匱乏強大海軍的清政府苦惱不堪，鄭成功也被永曆帝封為延平郡王，成為南明勢力在東南部的中心。鄭成功海軍的財政來源依賴於在中國內地和海外之間的走私貿易，這意味著有一個龐大的江湖網路為他服務。事實上鄭成功和武術世界之間也有千絲萬縷的聯絡。他的主要將領劉國軒（1629年—1693年），是出身自福建少林寺的武術家，另一名將領馮錫範，是崑崙派張心一的弟子，而後來背叛他的施琅（1621年—1696年），則出身在福建有相當大影響力的武夷派。230福建地堂門的林興珠在當時也是他麾下的一名低階軍官。231

在太湖和附近水系的水上盜匪，是鄭成功依賴的主要力量之一，和富庶的江南地區的走私貿易可能就是通過這一關係進行的。其首領錢應被鄭成功任命為南明總兵。鄭成功一直打算奪取這一地區，作為向北方進攻的基地，他原本計劃在錢應的武裝配合下發動攻擊。不過錢應的游擊隊過於膨脹，以至於在1658年和清朝的地方武裝發生衝突，最終被清朝的兩江總督郎廷佐所剿滅。鄭成功在江南失去了一枚精心埋伏的棋子。232

鄭成功奪取江南的計劃並未因此改變。在1659年，在其參謀陳永華的建議下，鄭成功決意進行一場偉大的軍事冒險。他親率一支由數千艘大小船隻組成、超過二十五萬人的軍隊，從廈門北上，駛入長江口，沿岸諸多州縣紛紛投誠。許多平民看到穿著明朝服色，梳著明式頭髮的軍隊，紛紛痛哭流涕。

鄭成功在1659年8月抵達南京城下，開始圍城。他過於想保全自己的實力，所以寧願等待對方投降，不願進行勢在必得的進攻，儘管陳永華勸說他這麼做。這一戰略失誤使得他的對手郎廷佐有機會調動精銳的滿洲騎兵。在9月8日清軍開始了反撲，鄭成功的陸軍被擊潰，他的艦隊匆匆退出長江，返回海上並向南方駛去。南明勢力對中國大陸的最後一次重點進攻就這樣被粉碎了。

不過南京戰役失敗並非鄭成功軍事生涯的結束。鄭成功不得不面對清王朝將長期統治中國大陸的現實，而下決心另謀根據地。出於陳永華的建議，奪取臺灣島的計劃被提上議程。

臺灣自1624年以後就被荷蘭的殖民者所佔領，但荷蘭人在這一東方大島上只有約兩千軍隊，並傲慢地認為這部分兵力對付東方人已經足夠。在1661年春，鄭成功帶領約2.5萬人的艦隊從澎湖抵達臺灣，向臺南荷蘭人的普羅民遮城堡（provintia）進攻。荷蘭人以優勢的火槍隊在其登陸時阻擊，一度將鄭成功的軍隊壓制。荷蘭人指望依靠火槍能夠彌補人數上的劣勢，但鄭成功採納了林興珠的建議，命令士兵用地堂門的滾地武術靈活作戰，他們用藤牌擋住了大部分火槍射擊，然後用刀從下方砍斷了許多荷蘭士兵的腿。233於是該城堡被攻下。

對於荷蘭人的統治中樞熱蘭遮城（zeelandia）的進攻更為艱難。這是一座堅固的堡壘，鄭成功再次採取了圍攻的戰術。在長達九個月的圍攻後，荷蘭人派來的援軍被擊潰，熱蘭遮城的城防也被鄭成功的炮火摧毀。在1662年2月1日，荷蘭人當局向鄭成功投降。這樣臺灣就成為了大明王朝名義上最後的領土。

鄭成功的名聲永遠和奪得臺灣的事業聯絡在了一起。但他未能看到自己的事業在臺灣的延續。佔領臺灣後四個月，鄭成功就死去了。他的兒子鄭經承襲了他的基業和爵位，在廈門和金門於1663年淪陷後，鄭氏艦隊全面退往臺灣。明朝宗室、寧靖王朱術桂（1617年—1683年）也隨他前往臺灣。雖然得知永曆帝已經死去，但鄭經沒有再試圖擁戴朱元璋的子孫為帝，而致力於將臺灣建為海外的漢人獨立王國。他的主要協助者包括劉國軒、馮錫範等將領，而最重要的就是後來深刻改變武術世界格局的謀略家陳永華（1634年—1680年）。