自從戚繼光那本《練兵紀要》刊印出來，發放全國軍隊將領之後，他自己也仔仔細細讀了好幾遍，直到能把書倒背如流為止，並且要求駐邊將領將自己在帶兵過程中的心得也寫成條陳，上呈御前。

每個武將帶兵的經驗都不一樣，但這裡頭也不乏對軍事一竅不通，純粹是紙上談兵的人，東西寫上來，是龍是蟲，是抄兵書的還是自己體會的，皇帝對照著看，又找來久經沙場的兵部尚書楊博一起研究，也能挖出不少渾水摸魚的蛀蟲。

熟悉軍事，瞭解軍事，是為了在戰爭一起的時候，作為國家的最高統治者，不至於被人欺瞞，兩眼一抹黑，很容易鬧出笑話，而且身為皇帝，也是軍隊最高統帥，理應擁有武將的擁戴，但如果你沒有本事，就算因為地位的緣故而不得不讓人屈服，也終究達不到打動人心，讓人心服口服的效果。

從小受趙肅薰陶的朱翊鈞很明白這一點，而且身體力行，每天起碼要花上兩個時辰親自參與京營禁軍的操練，有時甚至親自下場與將士一起訓練比劃。為此內閣不少人，包括張居正都強烈反對，認為天子不該和士兵廝混在一起，有失身份，但趙肅獨排眾議，與兵部尚書楊博一起，支援皇帝這樣的行為。

實際上，效果是顯著的，由於朱翊鈞不怕吃苦和一視同仁，得到了京營中不少將士的擁護，而皇帝通過這樣的親身實踐，也想出了不少辦法，用來提拔有才能的人，淘汰在軍隊裡混日子的。

為了讓皇帝能夠更加熟悉地形地貌和戰場上的情況，趙肅讓工部又做了薊州和宣大兩地的沙盤，而這個時期，在戚繼光手下當兵的賀子重，也會經常與朱翊鈞書信往來，跟他描述一些實際情況。

當然，要指望賀子重的書法和文筆是不可能的事情，所以皇帝經常會在信中看到不少令人啼笑皆非的別字和病句。

這就又讓朱翊鈞發現一件可以做的事情：提高軍隊士兵的文化水平。

在明朝當武將有幾種途徑，一是進士出身的文官外放，像譚綸。二是世襲武職，像戚繼光。三是通過武舉授職，一步步升上去，像毛文龍。四是雖然沒什麼文化水平，但是跟著老大打天下，後來老大成了皇帝，下面的人自然也就雞犬升天了。

如今第四種情況幾乎沒有可能，所以明朝武將一般都要識字的，但是對士兵就沒有那麼多的要求。在這個時代，好鐵不打釘，好男不當兵，明朝士兵的地位極其低下，加上國庫空虛，常常拿不出軍餉發放，一支連吃都吃不飽，也沒有任何信仰的軍隊，怎麼能指望他們打贏戰？

戚繼光之所以百戰百勝，就是因為他給了士兵足糧足餉，而且定下嚴格軍紀，這才有了名震天下的戚家軍。朱翊鈞想改革軍隊這種惡性迴圈的現狀，就要先從清點軍隊人數，和發放足額軍餉開始。

清點全國軍隊人數，是為了防止剋扣軍餉，吃空餉的情況，發放足額軍餉，則是讓士兵吃飽飯，才有力氣打仗。

再然後，就是對五品以上武將進行定期考核，考核內容包括軍事知識，對防地的瞭解，每月的操練規定，並派人實地驗收等，以免這些人時日一久，不思進取，敵人一來連打都不用打，就直接逃跑了。

最後則是對普通士兵文化水平的普及，朱翊鈞原先的想法是讓武將直接給士兵授課，但趙肅又想了一個辦法，那就是讓那些在考成法中不幸落馬的革職官員去教士兵識字，戴罪立功，一年之後考核士兵，如果全部考核通過了，說明這些人教得好，可以考慮讓他們重新為官，如果士兵考核沒通過，那不好意思，再派個人來，反正朝廷裡每年因為工作考核不合格而被罷官的人不知凡幾，永遠不必擔心沒有人選。

當然這些事情都是一步步來的，光是清點軍隊人數這件事情，就進行了大半年，一直到萬曆二年春天才基本完成，其中還包括淘汰一些老弱病殘，或者根本不存在，卻在軍隊裡佔空餉的名額。

這段時間內，人人忙得腳不沾地，內閣閣老們一天十二個時辰，幾乎有十個時辰是在內閣裡度過的，有時候困了就直接倒在內閣裡間的小屋子裡歇會。

為了提高效率，皇帝也索性把辦公場所暫時搬到內閣，不看不知道，一看嚇一跳，每天待在這裡，才發現內閣的環境是多麼簡陋，一想到趙肅，哦不，是所有閣老每天就在這種環境下辦公，朱翊鈞二話不說，下令擴充內閣，重新整修。