李純也沒有討到多少便宜，得知九江被討袁軍控制後，急電駐孝感的北洋軍第2師師長王佔元，要他迅速將該師駐湖北的各部開赴九江。先取九江。再攻湖口。王佔元立即派駐漢口附近的兩個團開赴九江。第2師其餘部隊，擬等援軍開到湖北接防後。再向九江集中。
由於前線初戰不利，袁世凱任命段芝貴為第1軍軍長兼江西宣撫使，統一指揮前線作戰部隊，第一軍、第二軍統受段祺瑞節制。
林虎在進攻沙河鎮失敗後，聯絡上了右翼軍司令方聲濤，決定由第9團和機關槍兩連，以及新從湖口前來增援的伍輔瑞團的兩個營，共計5000餘人，分左右兩路，由姑塘向九江東南地金雞坡炮臺發起進攻，準備奪取炮臺，解九江之危。
在這場相當激烈地戰鬥中，援軍第9團團長周壁階身先士卒奮力衝殺，不幸陣亡。周壁階陣亡後，軍心有些動搖，已被戈克安、陳廷訓收買的第9團營長龔星勝，於撤退途中，帶領兩個營及炮隊、機關槍隊，轉過六把橋、琵琶湖地贛軍前哨繞道金雞坡，向北洋軍投降。方聲濤的右翼軍兵力大減，失去了進攻能力。討袁軍的第二次作戰，又以失敗告終……
南方激戰正酣，北方也是風聲日緊。從六月開始，在東北地國防軍部隊陸陸續續到錦州、瀋陽一線集結。袁世凱聽得訊息後，分外緊張，軍事會議上都可以看出手都在發抖。幸好段祺瑞報告說國防軍別無他意，只是既定計劃的演習而已，這個計劃早在兩個月前局勢尚未明朗之時就已上報陸軍部備案，並邀請陸軍部派人前去觀摩。聽得此話，袁世凱方才放心下來，一方面指示繼續加強監視，另一面也要求多派人手前去觀摩。
正在此時，陸徵祥興沖沖地前來報告中、俄談判已經全部結束，雙方締結了草案准備簽字，他來提請袁世凱過目的。
袁世凱拿起草案一看，上面除了一些虛文外，主要的實質性意見有六條：
一、俄國撤退中東路沿線駐軍，治安交由鐵路巡警負責；
二、鑑於哈爾濱地特殊地位，允許俄國駐兵保護，人數以不超過必要程度為宜；
三、新成立之巡警隊規模從50到200人不等，警察全由中國警察充任，每50人聘請俄國警官一名作為顧問，同時酌情聘請精通中、俄兩國語言的翻譯，以上人員，薪水一律由中方支付，裝備由中方提供；
四、自條約締結之日起，中方釋放俄國被俘官兵，並協助俄方遣返；
五、中方放棄對俄軍被俘士兵關押期間的費用要求，俄方也放棄要求中國返還裝備要求，但俄軍個人物品不在此列，多餘裝備應優先撥付護路巡警；
六、中、俄雙方彼此放棄對對方的賠款要求，一律放棄對彼此損失的償付要求。
袁世凱一邊看，一邊只聽得陸徵祥眉飛色舞地說道：「此番交涉，有三大重大成果，第一，俄國承認外蒙是我固有領土，表示尊重我方主權，除商業利益外不謀求非法利益；第二，俄國撤退中東路沿線駐軍，雖然哈爾濱一地允許保留，但畢竟大部分軍隊都將撤退，對東北局勢之安定，對南滿鐵路與日方之交涉打下了好的基礎；第三，雖然要我方支付薪水組織護路巡警保護中東鐵路，但由於我方得到了俄軍的裝備，從整體交易上來說並不吃虧……」
「啪」的一聲，袁世凱將草案重重地扔在桌子上，陸徵祥有些納悶，這上面的條款雖不是十全十美，但基本上本方的要求都實現了，袁世凱為什麼還如此不悅？
他很想開口問問，但一看袁世凱陰沉的臉色，話到嘴邊又縮了回去，這總統也太難琢磨了，自己寧可面對俄國人，也不願面對這樣的總統。
袁世凱沒有多說什麼，只是淡淡說了一句：「我知道了，明天我會簽字的，你和芝泉副署後提交國會正式通過吧……」
「是！」陸徵祥猜不透袁世凱到底是怎麼想的，反正簽字就好，自己就算功德圓滿。不過他也不怕袁世凱不簽字，後面還有各國公使呢，大家達成了統一意見，一旦中、俄條約簽署後，立即簽署關於商務開發，尤其是鐵路借款的合同。袁世凱要是敢不籤，這些公使非找他麻煩不可。只是這一次沒有在喪權辱國地條約上簽字，陸徵祥覺得自己也對得起國人了，當然他心裡最感謝地還是北疆國防軍和秦時竹派來的唐紹儀。