12月1日，郭文將雙方即將停戰的訊息電告東北，焦急地提出，「餘才疏學淺，參加代表聯合會著實吃力，恐怕誤事，請都督速派遣得力人選前來接替」，臨行前秦時竹只告訴他到武昌象徵性地參加一下，和黎元洪見面，沒想到居然作為東北方面的代表參加會議，令他十分惶恐。
誰知秦時竹哈哈大笑，當即覆電：「再堅持兩天，然後返回瀋陽，其餘事情不必擔心。」
「都督，這樣能行嗎？」左雨農不放心。
「沒問題，吳議長來電，明天聯軍就能拿下江寧，到時候江浙方面肯定會要求把代表會議轉移到那裡開，並且作為臨時政府的政府所在地，那裡也只有吳議長他們能應付。」
12月2日，江浙聯軍攻克了南京，南京順利光復。南京光復是革命軍的一次重大軍事勝利，它使長江以南全部為革命軍所有，穩定了漢口、漢陽失守以後的戰局。不僅如此，這次勝利還因這座古都的歷史而帶上一層神聖的色彩。南京曾經是朱元璋、洪秀全的都城，這就使主張「革命排滿」的人們特別興奮。聯軍入城後，將士們絡繹不絕地到紫金山的明孝陵去祭奠，文人墨客也競相鼓吹，報紙上大做文章。代表會議當即決定南京為臨時政府所在地，代表會議也隨之轉移。
代表會之所以順利地做出了臨時政府設於南京的決議，主要就是因為戰局變化，漢陽失守使武昌集團喪失在這個議題上的發言權。而南京的光復，黃興及其追隨者從武昌返回上海，則增加了江浙集團的地位，上海成為了革命黨人活動的中心。宋教仁和陳其美出於維護同盟會革命領導權的目的，決定立即在南京成立臨時政府。於是，留滬代表選舉了黃興為假定大元帥，黎元洪為副元帥，作為全國統一的首腦，負責籌建臨時政府。黃興本人因為新敗於漢陽，倒有自知之明，一再推辭。黎元洪不甘心居於黃興之下，甚為不滿，通電要求取消，漢口代表會也認為上海方面的選舉無效（他們並不是不贊同選舉的內容，而是不願意由留滬代表取得決定權）。革命還沒勝利，內部的矛盾就日甚一日。
秦時竹做起了和事佬，提議：「無論漢口會議還是上海會議，都沒有權力單方面做出決定，既然江寧已下，不如兩家合併，召開全體會議。」這個提議不偏不倚，雙方都無話可說，由於時間的耽擱和彼此意見的衝突，真正要形成合議需要很長時間才能達成一致，東北方面在這段時間裡也不必受什麼束縛，反而還成為兩邊爭奪的主要物件。
袁世凱派人議和的訊息自然瞞不過朝中權貴，恭親王溥偉、肅親王善耆在御前會議上大聲質問：「龜山大捷，漢口收復，乘勝渡江，武昌指日可下，為何打了勝仗，反倒要議和？」
「漢陽雖勝，損失卻頗為慘重，眼下前線兵員不濟，糧餉兩缺，議和不失為好辦法，倘若能讓革命黨不戰而降，那就更妙了。」老袁狡辯道。
「兵力不濟，那就加派兵力，為什麼非要議和？」
「我看兵力不濟只是藉口罷了，議和才是袁總理真正的目的。」良弼晃動著腦袋，「我可是聽說革命黨給袁總理開了優厚的條件，只要就地反正，革命黨就推舉他為民國的大總統。袁大人，是不是這麼回事啊？」
袁世凱沒有正面回答，他眼光一轉，落到了載濤身上。載濤是禁衛軍的統帥，而禁衛軍是袁世凱開缺回籍後，一支完全由滿族親貴控制的武裝力量，全部由滿人組成，裝備和訓練都很好，戰鬥力也很強。這一部隊的存在使袁世凱如芒刺在背，他絕對不會容忍自己的臥榻之側有他人酣睡。
他立馬有了主意：「太后，大敵當前，為提高士氣，禁衛軍應起表率作用，各位王爺貝勒更應為臣民表率，既然武昌兵力不敷使用，臣斗膽請求貝勒爺親自率部分禁衛軍增援武昌前線，一來可以增加前線的兵力，二來也請貝勒爺做個人證，看我袁世凱是不是真的私通革命黨？」說完，意味深長地看了載濤一眼。
老袁的提議冠冕堂皇，但恰好擊中了載濤的軟肋，他不似載詢那麼貪財，但有個膽小的毛病，聽到袁世凱點名讓他出徵，大冬天急得滿頭大汗。
隆裕沒有注意到載濤的窘樣，不緊不慢地問：「禁衛軍能不能出動打仗啊？」
「回太后，臣這些年只知練兵，打仗……打仗……」載濤的聲音越來越輕，「打仗確實不會。」他話一齣口，別人就再也不好言語什麼，醇親王載灃望著這個不爭氣的弟弟，也只好嘆氣。
隆裕倒不是失望，載濤的毛病她略有耳聞，繼續問：「袁世凱，難道就不能調別處的兵嗎？」
「稟太后，現在兵力緊張，新兵還在招募之中，一時半會上不得前線，所以臣才打算和武昌方面談談，萬一成功，那最好；倘若不成，我們也拖延了時間，到時候就有足夠的兵力對付革命黨了。」
「這麼說來這和談還非談不可了？」
「臣以為這是目前最好的辦法。」
「那就不妨談談吧，不過也要抓緊做好打仗的準備。」
「臣謹遵懿旨，絕不讓太后失望！」
散會後，載濤還是處在讓他上前線打仗的擔驚受怕中，知道奕劻和袁世凱關係親近，馬上去找奕劻讓他去和袁世凱通融一下，一定要免了他的差事。載濤的請求早在袁世凱的意料中，他爽快地答應不派載濤出征。載濤慶幸之餘，立刻辭去軍諮府大臣的職務，袁世凱正中下懷，略施小計，就將禁衛軍的軍權抓到了自己的手裡，京畿地區重新成為北洋系的天下。
為切實控制禁衛軍，老袁很是費了一番腦筋。馮國璋成了當仁不讓的合適人選。一來，馮國璋和各權貴的關係一直比較好，老袁被罷官回鄉他都沒有受到影響，讓他出任禁衛軍軍統可以兼顧各方；二來，馮國璋急著拿下武昌立功，和自己意圖不合偏又不能明說，調任京城，兩人彼此間都不尷尬。至於武昌前線，可以交給段祺瑞打理。老袁還把跟隨自己進京的衛隊編為拱衛軍，由心腹段芝貴統領，把禁衛軍調到了城外，這樣，他在京城就可以隻手遮天了。
果然，面對親自上門傳達調令和接替自己的段祺瑞，馮國璋有些不滿：「芝泉，你怎麼來了？再多給我幾天，武昌城就能拿下來了，到時候朝廷說不定會給我封侯，你何苦來搶我的功勞？」
「華甫，京城位置更重要，再說，提拔你擔任禁衛軍軍統，本身就是朝廷對你的賞識，保衛京城功勞不是更大？」
「可是……」馮國璋還是心有不甘。
「別可是了，這也是袁大人的意思，希望你能回去協助他。」
聽到是袁世凱的意思，馮國璋頓時明白了幾分：「好好好，既然是袁公的意思，那我就遵命執行，芝泉啊，你好好幹，這封侯的機會就讓給你了。」
山海關炮擊大獲全勝和聯軍收復江寧的訊息很是讓東北方面振奮，但蒙古方面卻傳來了不利的訊息：11月30日，突然出兵蒙古，控制了局勢，辦事大臣三多被「禮送出境」。葛洪義把掌握的情報一說，會上就炸開了鍋，很多人義憤填膺，有些人害怕沙俄，建議軍政府不要插手，也有一些人懷疑情報的準確性。秦時竹靜靜地聽著，看眾人議論聲音漸漸地小了，問葛洪義：「訊息準確嗎？」
「訊息是一個在庫倫經商的客商告訴的，由於庫倫動亂，他逃到了黑龍江，馬占山通過電報彙報，絕對準確。」