達瓦齊被俘虜以後，清軍也奉旨凱旋，只留下班第、鄂容安二人，帶著五百名兵，和阿睦撤納一塊兒辦理伊犁善後的事情。阿睦撤納傳令給鄰部，不說自己投降了清朝，謊稱是清朝讓他來統治其他的部落。又暗地裡讓自己的手下去散佈流言蜚語，說如果想讓準部安定，就必須立阿睦撤納為大汗。
班第、鄂容安立刻派人秘密報告了乾隆帝。乾隆帝便秘密給他倆下了命令，讓他們誘殺阿睦撤納。阿睦撤納已經率眾西行，好比大魚回到海里，怎麼會輕易上鉤？況且班第、鄂容安手下只有五百名士兵，也不敢貿然行動，接到朝廷的命令，也只好按住不發，只是催促阿睦撤納去朝廷參拜。哪位阿睦撤納竟然號令手下來攻打班第、鄂容安。
班第、鄂容安只好邊打邊走，跑了三百多里，死的死，逃的逃，只剩下幾十人，番兵卻有數千人追來。班第知道肯定逃不掉，只好拔刀自刎，鄂容安也跟著抹了脖子。
這時定西將軍永常，已經按朝廷的命令駐守木壘，聽說番兵大舉來攻，連忙退兵巴里坤，移糧哈密，因此阿睦撤納聲勢更壯了。清政府把永常給逮回去，讓公爵策楞前去代替他，玉保、富德、達爾黨阿為參贊，去巴里坤進剿。玉保分軍先行，忽然有番兵來報告說，阿睦撤納已經被他的部下諾爾布抓住了，玉保大喜，急忙向策楞處報捷。策楞也不辨真偽，立刻把這個訊息報告了朝廷。沒想到過了幾天，仍然還是老樣子。
將軍、參贊先後趕到伊犁，這時阿睦撤納已經逃到哈薩克了。原來阿睦撤納聽說大兵前來攻打，害怕打不過，就特地派了自己的手下跑到清營，假報說自己被抓了，然後他往西逃跑了。策楞、玉保中了他的緩兵計，到了伊犁，你怨我，我怨你，相互埋怨個不停。
乾隆帝得到訊息，又把策楞、玉保給革職了。任命達爾黨阿為將軍，飛速追剿，又任命巴里坤辦事大臣兆惠為定邊右副將軍，出兵去支援，一心指望著能旗開得勝，馬到成功。
沒想到達爾黨阿到了哈薩克邊界，又被阿睦撤納給騙了一回，謊稱哈薩克汗願意把他抓起交出來。來回折騰了幾次，仍然還是原樣，反而連額魯特三部新封臺吉也跟阿睦撤納串通一氣了。
阿睦撤納從小路趕回去，會合其他部落。而達爾黨阿還在哈薩克邊境，索要罪人。定邊右副將軍兆惠已經率兵一千五百人趕到了伊犁，打聽到額爾特的各個部落都已經反叛，知道自己孤軍深入，不能久待，急忙帶兵往回走。結果沿途一帶都是敵人的堡壘，兆惠拼命衝突，走一路，殺一路，殺到烏魯木齊，刀也缺了，彈也完了，糧也盡了，可憐這些士兵，身上沒有完整的衣服，腳上沒有完整的襪子，每天連飯都吃不飽，只宰些瘦駱駝和馬，勉強充飢。正艱苦卓絕的時候，老天又起風下雪，非常寒冷。兆惠想派兵去求援，也不知道哪裡有清兵，驛站的訊息，到處都隔斷了。
忽然聽說番兵又來了，把烏魯木齊圍得跟鐵桶似的，兆惠哭著對手下說：「事已至此，看來我們都活不了了。就算死也要死得夠本，咱們狠狠地去殺一場，這才死得值。」
士兵說：「大帥的命令我們哪敢不聽，但現在糧食沒有了，馬也疲勞了，咱們怎麼辦？」
正在危急的時候，忽然東北角鼓聲喧天，有一支兵馬到來。兆惠登高一望，遠遠看見清軍的旗幟，忍不住大喜。番兵見援兵到了，不知有多少大兵，一聲吆喝，都跑掉了。
兆惠急忙出寨迎接，原來是侍衛圖倫楚。他因為很久沒有兆惠的訊息，所以才率兵二千來打探訊息，無意中竟然救了兆惠。兆惠和他拉著手進營，住了一天，就一起回到巴里坤，寫信告急。
乾隆帝下令逮捕達爾黨阿回京，任命超勇親王策凌的兒子成袞扎布為定邊左副將軍，出北路，仍然讓兆惠出西路剿匪。這次兆惠吸取教訓，挑選精兵，帶足糧草，誓師出發，決定掃平叛寇。恰好綽羅斯部噶爾藏汗被他哥哥的兒子噶爾布給篡位殺害了，噶爾布隨後又被部下達瓦殺死。輝特和碩特兩部中痘疫盛行，多半死亡，兆惠趁著這個機會殺過去，摧枯拉朽一般。
番兵打一仗，敗一仗，各部的酋長也都先後死去，阿睦撤納被弄得倉皇失措，如喪家之犬，漏網之魚，又逃到了哈薩克。兆惠率兵窮追，到了哈薩克邊界。哈薩克汗阿布賚，派使者到了部隊，說願意捉拿阿睦撤納。
兆惠對使者說：「你們大汗既然願意交出反賊，那麼就三天之內送來，過了三天，我就派人攻打，咱們玉石俱焚，到時候你們可別後悔。」使者連忙點頭答應。
到了第二天，哈薩克又派人到了部隊，報告說：「阿睦撤納非常狡猾，正打算逮捕他的時候，被他給逃了，現在已經逃到了俄國去。我現在奉了大汗的命令，帶著禮物，請元帥原諒。」兆惠一看他惶恐不安，知道說的不是假話，只是批評了幾句，就讓他回去了。然後，兆惠報告清政府，由理藩院給俄國寫了信，索要阿睦撤納。
等到俄國派人搜捕的時候，阿睦撤納已經患痘身亡，只好把屍體交給清朝官員。然後讓成袞扎布回來鎮守烏里雅蘇臺，留下兆惠繼續搜剿餘孽。從乾隆二十二年到二十五年，清兵先後追剿，從山谷僻壤到川河流域，各處都搜遍了，統計額魯特二十餘萬戶，出痘死的約有四成，逃到俄國、哈薩克的約有二成，被清兵剿滅的約有三成，還有一成編入蒙古籍，不過二萬戶，而且婦女充賞，丁壯為奴，額魯特的遺民從此就衰落了。阿睦撤納簡直就是大掃帚星轉世。
準部平定以後，乾隆帝又派人去駐守，從此天山以北併入清朝版圖。搞了一番儀式，又弄了一個石碑。他得隴望蜀，又想去征服回疆。回疆就在天山南路，和準部只隔著一山。起初是元太祖次子察哈臺的領土，傳了幾代。後來回教的遠祖摩訶末的子孫從西到東，一直爭到天山南路，漸漸成了實力派，察哈臺的後裔反沒有主權了。因此，天山南路變作回疆。康熙時，噶爾丹強盛，舉兵南侵，把元朝後裔都遷到伊犁，並把回教頭目阿布都實特也抓去囚禁起來。噶爾丹敗亡後，阿布都實特投降清朝，聖祖賞他衣冠銀幣，派官員送到哈密，讓他回到以前的居住地。
阿布都實特死後，他的兒子瑪罕木特想自立一部，不受準噶爾約束。策妄又派兵攻打，把瑪罕木特和他兩個兒子都抓到伊犁，囚禁起來。等清將軍班第到了伊犁後，瑪罕木特已經死了，他的長子布那敦、次子霍集佔仍然還被囚禁。班第把情況報告了朝廷，奉命把布那放歸葉爾羌，讓他仍然管理舊部；留下霍集佔居住伊犁，掌管教務。
不到幾個月，阿睦撤納謀反，準部又亂了，霍集佔反而帶領部隊幫助叛逆。等到清副將軍兆惠攻到伊犁，阿睦撤納逃走，霍集佔也逃回了回疆。兆惠剿平準部，又報告說讓副都統阿敏圖去南部招撫。
那布敦膽子挺小，本來願意接受清朝指揮，後來他的親兄弟霍集佔從北路逃回去，勸他說：「咱們的祖宗摩訶末，以前聲勢顯赫，天下聞名，傳到我們這輩兒，反而受人家管制，整天活得恐慌萬分。現在準部已經滅亡了，咱們的強鄰已經沒有了，正是咱們獨立的好時機，現在不獨立，要等到什麼時候？」
那布敦說：「如果清兵來攻打我們，咱們怎麼抵當？」
霍集佔說：「清軍現在剛剛收復準部，局勢還沒有穩定下來，猜想他們這時候也沒時間進兵，就算他們率軍南來，我們也可以佔據有利的地形防守，等到他們兵疲糧絕，到時候逃跑都來不及，怕他幹什麼？」
那布敦仍然遲疑，霍集佔又說：「哥哥如果要投降清朝，恐怕從今以後，咱們世世代代就給人家當奴隸了，他要我們的金銀，我們也只好把自己的金銀給他；他要我們的妻子，我們也只好把自己的妻子送過去；他要我們的腦袋，咱們也得把腦袋送過去。我們兄弟兩人，以後還有安穩的日子嗎？」
那布敦被他說動了心，於是就聽從了弟弟的計劃，招集回眾，自立為巴圖爾汗，傳令各城，嚴陣以待。
回戶數十萬眾，向來迷信宗教，因為那布敦兄弟是摩訶末的後裔，就稱他們為大小和卓木。和卓木是回語，翻譯成漢語就是聖裔的意思。這時候他們接到聖裔的命令，自然紛紛響應。只有庫車城主鄂對害怕勢力太懸殊，就率領自己的部下，打算投奔伊犁，半路上正好和阿敏圖相遇。阿敏圖讓他仍然回庫車，一塊兒去招撫。沒想到霍集佔聽說鄂對出走，立刻派部下阿布都趕到庫車，把鄂對的親族一一殺死，登城堅守。
鄂對聽到訊息，大哭了一場，然後就跟阿敏圖商議，請求趕快回伊犁，添兵報仇。阿敏圖說：「我是奉命來招撫的，現在沒有看見叛眾，就這麼回去，叫我怎麼跟將軍彙報？」
鄂對再三勸說，阿敏圖都不答應，還讓鄂對先回伊犁。阿敏圖只帶了一百多個人，趕到庫車，阿布都把他騙進城裡，一陣亂剁，阿敏圖就去跟閻王爺報到了。清政府因為兆惠剿撫準部還沒有完事，就另派都統雅爾哈善為靖逆將軍，率兵去征討。雅爾哈善從吐魯番進攻庫車，大小和卓木帶領幾千部隊穿越大戈壁來支援，跟清兵打了兩次，但都被打得落花流水，只好退回城裡。
清兵乘勢圍攻，因為城牆堅固，非常難攻。提督馬得勝組織了六百人的敢死隊，暗地裡挖地道，晝夜不停。當他們快到城裡的時候，守兵聽到地下隱隱有響聲，猜想是在挖地道，於是在城腳邊挖了一個洞，用草塞住，用火點著，火焰衝進地道，可憐這六百個清兵，既不能進，也不能退，都被燒焦了。雅爾哈善被這麼一折騰，不敢再輕舉妄動，大小和卓木乘機逃跑了，阿布都也帶領部隊逃跑了。
清兵只得了一座空城，乾隆帝聽說以後大怒，下令將雅爾哈善、馬得勝等人，全都給處死了，仍然讓兆惠帶兵南征。兆惠就下令調集各路兵，隊伍還沒有到齊，因為政府一再催促，只好率領步兵四千人先走，過了天山，收復了沙雅爾、阿克蘇、烏什等城，並在阿克蘇城住了幾天。後面的隊伍仍沒有來，兆惠性急如火，留下副將軍富德駐守阿克蘇，等待後軍，他自己則帶領著兩三千人冒險前行。
半路上打聽到大和卓木那布敦在葉爾羌，小和卓木霍集佔在喀什噶爾，就再分兵八百名，讓副都統愛隆阿守住喀什噶爾的援路，自己帶領一千多名士兵，趕往葉爾羌。
葉爾羌城東邊有條河，叫葉爾羌河，也叫黑水。兆惠兵少，不能進攻，就倚水立營。遠遠看見葉爾羌城南有駝馬往來，是個闊大的牧場，兆惠就想搶過來作為軍用，於是下令讓士兵渡河，河上本來有木橋，清兵從橋上過去。剛過去四百人，沒想到橋下竟然有伏兵，鐃鉤齊起，把木橋給鉤斷，城中跑出回兵五千人，上來攻打。隔河的清兵不能過來營救，河西的四百人哪裡擋得住回兵？急忙扔了馬，跳河游回去。回兵又搭好了橋，從橋上衝過來，後面又添了步兵一萬人，張開兩翼，來圍攻清兵。
兆惠左右衝突，馬中了槍，就換一匹馬，死了再換。總兵高天喜戰死，參贊明瑞也受了傷。清兵雖然殺了一千多名番兵，但畢竟眾寡懸殊，只好退回營裡，趕緊築壘，準備固守。
番兵也建起長圍，四面攻打，槍炮如雨。幸虧清營靠著叢林，槍彈多半都飛進林裡。清兵伐樹，弄到幾萬枚鉛彈，還擊回兵，又掘井得水，掘窖得粟，這才沒被困死。
兆惠派出五名士兵，分路趕赴阿克蘇告急，又傳令讓愛隆阿還軍阿克蘇，催促援軍一塊兒趕來。愛隆阿還沒趕到阿克蘇，富德就已經接到了警報，急忙帶領三千部隊，冒雪趕來救援，到了呼拉瑪，這時距離葉爾羌還有三百多里，忽然被喀什噶爾的回兵截住去路，打了四晝夜。回兵越來越多，將富德軍圍住。接連幾天，仍然沒有援兵，富德急得不得了。