朱一貴攻陷了臺灣，逃走的官員和難民都聚集到澎湖，澎湖的守將也不知道怎麼辦才好，帶著自己的家人，想逃往廈門，百姓都驚惶得不得了。只有守備林亮決定固守，跑到海邊，攔住官民的家眷，不讓回內陸，人心這才稍微鎮定。水師提督施世驃從廈門趕到澎湖，南澳總兵藍廷珍奉了福建總督的命令，也趕到澎湖來會合。
於是就任命守備林亮、千總董芳為先鋒，率領艦隊八千人，直接攻打鹿耳門。恰逢朱一貴和杜君英爭老大的位子，自相殘殺。鄉民們痛恨朱一貴的搶劫行為，又各自結成民團，保護自己的村落。清兵聽說朱一貴發生內訌，老百姓也都不向著他們，頓時勇氣倍增。
到了鹿耳門，岸上大炮連發，林亮、董芳冒死直進，遠遠看見岸邊的炮臺上堆積了很多火藥，林亮就讓水兵用炮還擊，轟打岸上的火藥，炮聲過處，火藥上衝，震得天昏地暗，海水都被震起來。岸上的守兵，都被炸得不知去向。林亮、董芳立刻舍船登岸，率兵進攻。施世驃、藍廷珍也帶領大軍跟隨，節節進攻，隨剿隨撫。朱一貴、杜君英這類傢伙，哪裡打得過幾員虎將？連戰連敗，連敗連走。清兵乘勢追殺，漸漸逼近臺灣府城下。東西南北都佈滿了士兵，大炮的聲音一整天都不停。朱一貴束手無策，只好躲在偽宮內，對了一群搶來的老婆，暗自哭泣。
外面的軍師黃殿，想了一個劫營的計策，就在夜間悄悄開啟城門，襲擊清營，沒想到早就被藍廷珍料到了，擺了一個空城計，等李勇、吳外等人殺進來的時候，伏兵一齊掩殺過去，像砍瓜切菜一樣。林亮殺了李勇，董芳刺死了吳外。後隊的黃殿急忙往回逃，轉身一看，城門已經關上了，城上站著一員大將，不是別人，正是清朝游擊劉得紫。
原來劉得紫被楊泰抓去，獻給了朱一貴。朱一貴很看重劉得紫的名望，沒有殺他，只是把他囚禁了起來。劉得紫三天不吃不喝，情願餓死。林皋、劉化鯉暗地裡勸劉得紫吃飯，然後再慢慢想法子，劉得紫這才飲食如常。這次黃殿出城去劫營，把城裡的隊伍都帶去了，林皋、劉化鯉二人就邀集老百姓，把劉得紫放出來，關上了城門，請劉得紫上城領導防禦。
黃殿進退無路，跳進護城河自盡了。施世驃下令，降者免死，於是叛眾都投降了。劉得紫開城把他們迎進去，把之前的情況說了一遍。施世驃就讓人領著進了偽宮，抓到朱一貴，審問明白，關進了監獄。搶來的這些假王妃，也都讓老百姓給認領回去了。
清兵從開始攻打鹿耳門，到收復臺灣府城，總共只用了七天。施世驃又分兵去搜剿南北兩路，抓到杜君英等人，和朱一貴監押到了北京，一律凌遲處死。又把棄臺逃走的各級官員也都給處理了。因為王珍已經懼罪自盡，就讓人把他的墳給掘了。施世驃等人則獲得了不少獎勵。
康熙帝因為臺灣再次被平定，天下無事，自己也已經年近七旬，估計活不了多久了，索性開了一個盛會，凡是滿、漢在職的官員，以及告老還鄉或因罪被制裁的舊官，年紀在六十五以上的，都召進乾清宮，一一賜宴。
這時，正是康熙六十一年春，天氣晴和，不寒不暖，一班老頭兒，團坐在周圍，差不多有一千個，圍住這個老皇帝，喝起酒來，皇帝又特別加恩，叫他們不要拘謹，開懷暢飲。酒喝到一半，老皇帝動了詩興，做成一首七律詩，讓一塊兒吃飯的這幫老頭也跟著寫一首。
這幫老頭兒，早把這些玩意兒給扔了，滿族的官更是白扯，現在突然要他們作詩，那簡直就是要他們的命。不過，畢竟薑是老的辣，人也是老的精，這幫傢伙早就猜到這老皇帝叫他們去喝酒，免不了要咬文嚼字，因此早就打通關節，先請了幾個能詩作賦的老朋友給他們當槍手，又賄賂宮裡的太監幫忙給送，所以當場都吟成了一詩，雖然好歹不一，總算沒有丟臉。詩中意思，千首一律，全都是歌功頌德的。等到詩寫完了，已經到了傍晚了，大家散了席，謝了聖恩，出宮回去了。這場盛宴，叫作千叟宴，康熙帝倒也非常得意。
可惜好景不長，轉眼到了冬天，大學士、九卿等，正想到皇上七十大壽的時候，弄一個盛大的慶典，沒想到天有不測風雲，人有旦夕禍福，康熙帝竟然生起病來。這場病非同小可，症狀是渾身火熱，上不來氣，太醫院裡的幾個醫生，輪流給治療，忙個不停。吃了幾服藥，症狀稍微有所緩解，氣也有點順了，只是仍然非常虛弱，起不來床。各個皇子也都早晚過來問安，四皇子胤禎，這次侍奉得卻不殷勤了，每天晚上都到理藩院尚書府裡密談一回。理藩院尚書名叫隆科多，是四皇子胤禎的親舅。
過了幾天，康熙帝的身體又好了一些，因為臥床多日，所以有些煩躁，想出去溜達溜達。四皇子胤禎過來說：「父皇要出去散心，不如到暢春園裡，地方寬敞，也近便，最利於休養。」
康熙帝說：「這主意不錯，只是冬至該到郊外祭天了，我不能親自去，你就替我去吧，到那裡預先齋戒一番。」
四皇子胤禎聽到這個命令，有些躊躇。康熙帝看他這個樣，就問他：「你不願意去啊？」
胤禎立刻跪下說：「兒臣怎麼敢抗旨不尊，只是皇上身體還沒好，我應該繼續在您身邊侍奉，所以接到命令才有些遲疑。」
康熙帝說：「你的兄弟這麼多，哪個不能侍奉？你只管出去齋戒就行了，一定要虔誠一點。」胤禎無奈，只好照說的去辦了。這天晚上，他又和自己的舅舅隆科多秘密商量了一晚上大事。
第二天，康熙帝到了暢春園，各位皇子也跟著一塊兒去了。隆科多原本是皇親，所以也跟著一塊兒照料。只有四皇子胤禎已經去了齋所，不在其中。
又過了幾天，康熙帝病症反而加重。御醫輪流診治，可康熙帝服了藥也全然無效，反而更加氣喘痰湧，有時甚至不省人事。各位皇子都很慌張，只有隆科多說不要緊。這天晚上，康熙帝把隆科多召進去，讓他傳旨，召回十四皇子，只是舌頭打不過彎來，說到「十」的時候，停了一下，接著說出四子二字。
隆科多出來，就讓宮裡的太監去召四皇子胤禎。第二天早上，胤禎到了暢春園，先見了隆科多，跟隆科多稍微聊了幾句，接著進去請安了。康熙帝看見他回來，痰又湧上來，喘得格外厲害。
各位皇子急忙站到兩邊伺候，就看見康熙帝指著胤禎說：「好！好！」只有這麼倆字，沒有其他的囑咐，就這麼兩眼一翻，歸天了。各位皇子齊聲痛哭，四皇子胤禎更加悲痛，比其他皇子哭得都大聲。
隆科多跟各位皇子說：「各位阿哥暫時別哭，請聽讀遺詔！」
這時各位皇子中，只有允禵還遠出未歸，允礽仍然被囚禁，沒能出來奔喪。允禩先前已經被釋放了，也在裡面，聽到遺詔二字，先嚷著說：「父皇已經有遺詔了嗎？」
隆科多說：「自然有遺詔，請各位阿哥恭敬聽著！」
於是就開啟來讀：「四皇子人品出眾，非常像我，一定能繼承我的遺志，所以特此讓他繼承皇帝位。」
允禩、允禟齊聲說：「這遺詔是真的嗎？」
隆科多嚴肅地說：「誰有幾個腦袋，敢偽造遺詔？」
於是皇位已定，四皇子跑到御榻前，又是一陣痛哭，親自為康熙帝換上衣服，這就是所謂的孝順。緊接著就是給康熙帝隆重地辦理喪事。後人有首滿清宮詞評價此事：
新月如鉤夜色闌，太醫直罷藥爐寒。斧聲燭影皆疑案，是是非非付史官。
康熙帝一共在位六十一年，守成之中，兼具創業，南征北討，建設江山，就是任命的各級官員，也算是清正的多，貪汙的少。
自從鰲拜伏罪後，後來只有大學士明珠，因為輔佐有功，得到康熙帝信任，稍微露出些驕狂的姿態，但也不像鰲拜那樣專橫。此外名臣如魏裔介、魏象樞、李光地、湯斌等人，都精通理學；于成龍、張伯行、熊賜履、張鵬翮、陸隴其等人，都恪守清操；彭孫遹、高士奇、朱彝尊、方苞等人，雖然沒有什麼功業，也算是治世文臣，有的通經，有的能文，肚子裡都有學問，跟一群酒囊飯袋，畢竟不一樣。