國不可一日無君，崇禎殉國後，南京六部諸臣議立新君。依皇家血親，潞王朱常淓、福王朱由崧、桂王朱常灜成為候選。桂王朱常灜因為一樁轟動全國的陳年舊事，難以服眾。

原來桂王好養鬥犬，用於宮中賭博娛樂。為了增強惡犬的戰鬥力，王府的家僕常常牽出鬥犬，放狗咬人，以此取樂。一天一秀才路過王府，奔跑不及，被撲倒在地，鬥犬騎在秀才身上任意撕咬，血肉橫飛。眼看秀才就要命喪狗口，路邊衝出一屠夫，手起刀落，狗頭搬家。王府護衛一擁而上，屠夫當即被綁了起來，連同死狗一起送到官府，要殺狗者償命。

正好大才子曹學佺被起用為廣西右參議，審理此案件。曹學佺判屠夫無罪，桂王賠償秀才醫藥費。桂王大怒，要求重審此案。秀才當庭改口，說自己和鬥犬是好友，沒事就喜歡趴在地上和鬥犬嬉戲玩鬧。屠夫心生妒忌，惡從膽邊生，殺了自己的摯友，必須償命。

曹學佺勃然大怒，拍案而起，罵道：「人證、物證皆在，況屠夫救了你一命，你恩將仇報，還與狗相好，認狗為友。」說完下令大刑伺候。

要說讀書人還真是沒用，幾棍子下去秀才就招了桂王威逼他做假口供。曹學佺再判屠夫無罪，秀才與狗相好、認狗做友、恩將仇報，革去功名，入桂王府為狗。為防止桂王陷害，曹學佺在卷宗上寫下一聯，公之天下：

仗義每屬屠狗輩，

負心多是讀書人。

東林黨曾阻止老福王在萬曆過世後即位，故錢謙益主張立賢，擁素來支援東林黨的潞王朱常淓。馬士英不屑地說道：「潞王指甲長可六七寸，每日以竹管護之，何賢之有？」

萬曆十年，為籌備潞王婚禮，費黃金三千八百六十九兩，銀十萬兩，青紅寶石八千七百餘顆，珊瑚珍珠兩萬四千餘顆，挪用軍費九十多萬兩。為了替兒子湊齊婚禮費用，李太后下旨抄了首輔張居正家，得銀數萬兩銀。大婚之後，萬曆皇傳旨為弟弟建造王府，耗銀六十七萬七千八百兩。萬曆十七年，潞王就藩，著戶部籌辦安家費三十萬兩。戶部尚書當即辭職。萬曆無奈，減三分之一。潞王離京，五百多艘船隻裝運奇珍異寶，沿途官員迎接，天津官倉支米一萬七千石、臨清支米一萬一千石。就藩後，凡貌美的新婚女子，送到王府，享受初夜。百姓皆殺初子，以防雜種。潞王府設有公堂，活釘棺、死帶套、折脛骨，不一而足。

馬士英當機立斷，擁立福王。朱由崧至南京浦口，魏國公徐弘基等渡江迎接。轉天，朱由崧的船停在觀音門燕子磯。

四月三十日，南京百官迎見朱由崧於龍江關舟中，請其為監國。朱由崧身穿角巾葛衣，坐於臥榻之上，說道：「我未攜宮眷一人，準備避難浙東，路過此地，無意停留。」

眾臣力勸，朱由崧再次推辭道：「太子生死未明，何故急於立監國？」

馬士英說道：「國事紛亂，不可一日耽誤，請福王監國。」

朱由崧又推辭道：「潞王素有賢明之稱，何不立潞王？」

馬士英進言道：「議賢則亂，議親則一，唯有福王。」

五月初一，朱由崧騎馬自三山門環城向東，拜謁孝陵和懿文太子（朱標）陵，隨後經朝陽門入東華門，謁奉先殿，出西華門，以南京內守備府為行宮。五月初二，群臣至行宮勸進。五月初三，朱由崧自大明門入大內，至武英殿行監國禮。

西元1644年，明崇禎十七年、清順治元年、大順永昌元年、大西大順元年。是年李自成太原登基，並在北京二次登基；崇禎帝北京殉國，朱由崧在南京即皇帝位；張獻忠成都稱帝；順治帝初登大寶，遷都北京。

南明開始大肆選拔官員。縣令張丁乾罷官回籍，遇賊削其耳鼻。朝廷憐之，補應天府教授，安裝木耳木鼻，朝會之時，用以飾觀。買官賣官者，多如牛毛。民謠唱道：

中書隨地有，都督滿街走。

監紀多如羊，職方賤如狗。

民以兵為賊，兵以民為仇。

世人但求福，福兮禍所憂。

光時亨逃出北京城，來到南京買官。光時亨攜重金拜見馬士英，馬士英當即將其交六部合議。

禮部尚書錢謙益問光時亨道：「大明內憂外患，兵部有意和關外清兵議和，與民休息，你卻慷慨激昂，力主決一死戰。如今無數人頭落地，你的頭為何仍在脖子上？」

光時亨慨然道：「自古以來，聖人教化萬民：國家興旺，未有不流血犧牲者，請自諸位始。可諸位可曾見過哪位聖人流血犧牲？他日南京城破，敢問在座諸位，人頭何在？」

肉體存在，還是精神存在，這原本是觸及靈魂的大問答。沒想到光時亨給出如此答案，錢謙益一時語塞，無言以對。

馬士英怒道：「先帝在世時即說過：君王死社稷。國家興旺，未有不流血犧牲者，已自先帝始。你力阻南遷，致先帝身殞社稷。當殺之。」

刑部官員互相看了看，半晌說道：「《大明律》無阻南一罪，如何殺之？」

馬士英冷笑道：「我大明有五大國賊：一者，如周廷儒之流，清談誤國賊；二者，如魏忠賢之類，諂媚害國賊；三者，如光時亨之屬，好戰誤國賊；四者，如陳演之輩，投敵叛國賊；五者，如李張種種，造反亂國賊。沽名釣譽，力阻南遷。我只問你們，他們有罪沒罪？」

刑部尚書無奈說道：「馬閣老說有罪，那自然是有罪了。」

馬士英反問道：「老百姓又不識字，幾個人會讀《大明律》？你說是有阻南一條，那不就是有這條嗎？」

刑部右侍郎說道：「可是我大明自太祖就有規定，讀書人必須學《大明律》。」

馬士英冷笑道：「這也好辦，明天就讓刑部出一條《大明律》的解釋。看哪條靠得上，發揮一下不就行了嗎？都是一群死腦子，靠你們管理這個國家，唉！」

馬士英嘆著氣離開了。刑部官員們面面相覷。刑部尚書板著臉，說道：「楞在這裡作甚，還不趕緊回去翻《大明律》？」

光時亨隨即被問斬，光家子孫未敢收屍，棄於市，狗食之。

擁立之初，史可法實為中堂。馬士英擁兵入朝，史可法不欲內亂，請到前線，督師江北。史可法一去，天下皆斥馬士英為奸雄，唯有阮大鋮對馬士英說道：「中堂實為君子也，然我等非不願為君子，他人不許我為君子。當日袖中若是有刀，我也可以殉國。」

馬士英慨然說道：「昔日張溥病故，東林諸將都忙著讓剛上臺的周延儒分配官職，張溥的屍體竟然無人料理。這些人口口聲聲稱自己為君子，可還不是我在一月之內，奔波千里，讓張溥入土為安。」

阮大鋮是萬曆四十四年（1616）進士，列籍東林。魏忠賢在《東林點將錄》送阮大鋮外號「沒遮攔」，阮大鋮的同鄉左光斗外號「豹子頭」。《東林點將錄》本是天啟年間官方人手一本的必讀書，但其用語多江湖黑話，所取綽號多與造反的團團夥夥相似。

天啟四年春甲子，吏科都給事中出缺，左光斗通知大鋮來京遞補。等阮大鋮到北京時，趙南星等人卻使阮大鋮補工科。吏部是主管官員任命，居天字第一部，工部居最末，按資歷理當阮大鋮遞補吏部。魏忠賢果斷出手，為阮大鋮據理力爭，阮大鋮才得償所願，來到吏部就職。

阮大鋮一到吏部，魏忠賢就送來了好訊息，嚇得阮大鋮一身冷汗。工部拖欠工程款數十萬兩，又有數十萬款項被挪用，還有十餘萬兩不翼而飛。水利工程層層轉包，前任都給事中棄官而逃。長江、黃河年修堤，年年決堤，危如累卵。

阮大鋮正在慶幸，哪知道吏部更是如臨深淵。誰該提拔，誰該外放，誰都得罪不起。上任未及一月，阮大鋮便棄官南逃，從此與東林決裂。剛到南京不久，冒襄等一百四十二人就作了《留都防亂公揭》，痛斥阮大鋮。阮大鋮趕緊隱於南京郊外牛首山，不再外出見人。

庶吉士張溥與禮部員外郎吳昌時在深山之中找到阮大鋮。阮大鋮帶頭籌集到白銀六萬兩，終於使離朝的內閣周延儒出任首輔。周延儒上臺後卻言辭閃爍，顯得十分為難。

阮大鋮拿起一個崇禎通寶，在桌上一邊旋轉，一邊說道：「我哪裡有錢出一萬兩之多，還不是應承了別人？」

周延儒說道：「何必繞這麼大一個圈？我給他一個天大的禮就是了。」

阮大鋮沉吟良久，那崇禎通寶忽然停了下來。阮大鋮眼睛一亮，只見崇禎通寶上有一匹馬，當即推薦了馬士英。崇禎十五年，馬士英以兵部右侍郎兼都察院右僉都御史出任鳳陽總督。馬士英當時還帶罪流放，收到任命，猶如晴空霹靂，許久方知是好友阮大鋮推薦。

如今馬士英疏薦阮大鋮帶兵，舉朝大駭。戶部尚書高宏圖帶領姜曰廣、郭維經見馬士英，肯請九卿會商此事。

馬士英說道：「會商則大鋮必不得用，當由聖上直接內旨提拔。」

高宏圖答道：「我不是要阻止大鋮上位。提拔京城堂官必需會議協商，這是大明的制度。會商通過後再提拔，對大鋮而言，前途更光明。」

馬士英怒道：「我又沒有收受他的賄賂，有何不光明？」

高宏圖懟道：「何必言受賄！一付廷議，人皆曰賢，然後用之，有何不妥？」

詹事姜曰廣說道：「下官所守者，朝廷之典章，所畏者，千秋之公議而已！」

馬士英慨然說道：「阮大鋮通軍事，有何不可用？他不過是兩黨之爭的犧牲品而已。封殺阮大鋮就是你所說的千秋公議？」

河南道御史郭維經問道：「阮大鋮是先帝欽辦，如今我負責修先帝實錄，此案書還是不書？」

馬士英說道：「阮大鋮是因魏忠賢案被先帝罷了官。可你們想用的人，為了把他捧到天上，不都說先皇帝原無成心嗎。你們不想用的人，為了把他踩到地上，就說先皇帝定案不可翻了？」