1959年3月28日。
山內從東京大學法學部（第二類公法課程）畢業，進入厚生省。
高階公務員考試的合格通知書上所寫的名次是99人中的第二名。他在法學部的學習成績，取得14個「優秀」。
對於立志成為官僚的東大法學部出身的精英們，即被稱為「高階公務員群體」的人來說，在法學部取得「優秀」成績的數量和高階公務員考試的名次，將在今後的官僚生涯中追隨其一生，意義重大。
當時，倘若「優秀」成績在兩位數，且高階公務員考試名列前茅，據說，即便進入官僚優秀人才集中的大藏省，將來坐上科長的位子也是有保證的。
山內獲得了第二名，大藏、外務、通產等大省當然會直接向他丟擲橄欖枝，他可以毫不費力地進入官僚們都十分憧憬的這三個大省。
然而，山內卻主動選擇了厚生省。
為什麼？
對於山內進入厚生省的經過，存在幾種版本的說法。1986年1月9日，當時擔任厚生省審議官的山內，參加了修猷館高中畢業生團體「二木會」的活動（每月第二週的週四舉行），並以「厚生行政的林林總總」為題發表了演講。演講中他在回顧自己進入厚生省的經歷時這樣談道：
去年9月前後，我收到來自某大學社會學課程的問卷調查，內容是：「本研究室正在開展官僚成為政府官員的理由這一社會學調查。山內先生您為什麼選擇厚生省，請在以下選項中選擇。」
總共有七個選項，實際上哪一項都不適合我，這讓我有些頭疼。有哪些選項呢？比如，成為政府官員可參與國家大事；政府官員生活安定，老年生活有保障；還有對該工作本身有興趣等。哪個選項都不符合我的情況……實際上，我上大學的時候，法語班裡有個我暗戀的女生，經過調查，據說她要進厚生省工作。我想如果能和她一起工作該有多幸福啊，所以進了厚生省。她被厚生省錄取了，我也被厚生省錄取了，但我們之間並沒有發展的餘地，因為第五年她就辭職了，好像早已有了未婚夫，我被徹底甩了。
那以後，我決定收心，把失戀的痛苦化作對厚生行政事業的熱情，一直幹到今天。（後略）
在會場上時不時發出的會心笑聲中，山內就這樣回顧了進入厚生省的經過。不清楚這個女生是不是他字寫得很亂的日記中提到的女生，不過，後來他也不經意地對知子提起過有一個進入厚生省工作的女生這件事。
此外，還有一些能想到的理由。據說山內上初中期間患了骨髓炎，高中時代也一直拖著腿走路。儘管他身高168釐米，體重60千克，屬於胖瘦適度型身材，但學生時代的山內不擅長體育運動，身體也不是很結實。
山內在經濟上確實很富裕，成績也出類拔萃，堪稱優等生中的優等生。然而，包括童年經歷在內，在成長過程中缺少家庭溫暖的山內，選擇以救助社會弱者為目的的厚生省也是十分自然的。
據說在剛進入厚生省時，遇到高中時代的友人伊藤正孝，山內十分高興地說：
「我找到了天職。」
1959年4月1日，從厚生省醫務局次官手裡接過任命書的山內等新職員，參加了4月15日為期兩週的研修。參加研修期間，山內在筆記上這樣寫道：
4月1日田邊事務次官午餐會
次官
確立自覺意識面對不斷擴大的厚生行政
午後
栗山科長感嘆缺乏人文關懷的厚生官吏的存在
熊崎人事科長訓話
不拘泥於形式，以備受期待的幹部預備生身份受到關注
努力不辜負期待
以拓寬厚生行政幅度為目的的外派工作
人事科長熊崎關於「幹部預備生」的這一說法，被認為是專門針對山內的。
4月1日，對於這些新人來說，這一天是走上厚生官僚道路的起點，同時也是厚生省內部的仕途競爭，即競爭事務次官這一獨一無二職位的開始。
山內入職的1959年，厚生省正面臨一個重大問題。
水俁病。
是年11月2日，熊本縣水俁村的漁民們闖入新日本窒素肥料公司的水俁工廠，造成多人受傷。該事件在全國報紙上披露後，水俁病的存在第一次受到廣泛關注。1959年這一年，也成了水俁病30餘年歷史上具有重要轉折意義的年份。
日本窒素肥料公司（1950年名為「新日本窒素肥料」，現名為「チッソb/b」），是明治末年由熊本縣水俁村為取代衰退的農業和製鹽業而引進的電氣化學工廠。窒素公司在第一次世界大戰後從歐洲引進氯的合成技術，初次在日本生產合成肥料大獲成功，從而作為日本代表性的化學企業之一得以成長。該企業的原動力是水俁工廠。之後，水俁市作為窒素公司的企業重鎮發展起來，這也是調查水俁病致病原因之所以會被耽誤的原因之一，只能說這是一個巨大諷刺。
該水俁工廠同時也開展技術研究和開發，1932年用乙炔合成乙醛，1941年同樣用乙炔合成氯乙烯，均獲成功。在這一合成過程中，用作催化劑的是水銀b/b。
與日本「發展」的步調一致，從戰後復興走向高速成長，窒素公司作為企業也取得了發展。這一發展的代價，便是催生了水俁病。用作催化劑的水銀在毫無處理的情況下排入海水中，積蓄在鱗介類生物體內，侵蝕食用鱗介類生物的漁民身體。
製造乙醛過程中出現的水銀，自戰前就開始持續地汙染不知火海b/b，漁民和工廠之間不斷發生衝突。這種衝突最初起因於魚產量減少，窒素公司只是支付給漁民少量的補償金作為代價。1956年，大量漁民開始出現手腳麻痺的「怪病」，問題變得日漸嚴峻b/b。
是年5月16日，熊本《日日新聞》報道了水俁灣的怪病，標題是：
「水俁兒童得怪病——出於相同原因嗎？貓也倖免於難」
這被認為是第一篇對水俁病的實質性報道。關於之後報刊報道的經過，《公害的政治學追蹤水俁病》（宇井純著，三省堂新書）中有詳細敘述。
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