福爾伯特很快聽說了發生的事情，他錯誤地斷定阿貝拉爾只是想擺脫埃洛伊絲。事實上，阿貝拉爾經常拜訪她，他對她的渴望有增無減。有一次，在不可抑制的激情中，他們竟然在奉獻給聖母馬利亞的修道院餐廳做愛。

返回巴黎後，福爾伯特策劃了簡單而又殘酷的報復。他賄賂阿貝拉爾的貼身男僕給他的追隨者開啟大門。夜深人靜的時候，這些受僱的刺客襲擊了阿貝拉爾，用他自己的話說，「用殘酷和可恥的手段……割下了阿貝拉爾的生殖器，做出了遭人譴責的行為」。11

哲學家被閹割的訊息傳播開來。到了早晨，似乎「整個城市」的人都聚集到他家外面為他身體的損毀而痛惜。「驚訝，普遍的不知所措，呻吟，哀號，哭泣——最重要的是他們的憐憫——這些對他的折磨超過他身體的疼痛。」「我會被所有的人指指點點，為人們的嚼舌所撕裂，變成一處怪異的景觀。」他感嘆道。12

這個受傷的人逃到了巴黎聖丹尼斯的本篤會修道院。他決不會寬恕福爾伯特和他的同夥，他通過法院追逼他們，直到所有人都受到可怕的懲罰。背叛他的男僕和福爾伯特的雙眼被挖，生殖器被割掉。福爾伯特的所有財產都被沒收。阿貝拉爾甚至還懲罰了埃洛伊絲，迫使她發聖誓，儘管她沒有受到召喚也沒有興趣這樣做。

埃洛伊絲的朋友和家人懇求她不要採取這種激進的措施。她還是一個年齡只有十幾歲的母親——怎麼能自絕於世呢？但是埃洛伊絲對她叔叔在閹割阿貝拉爾一事中所起的作用感到驚駭和憤怒，因此她承諾永遠愛阿貝拉爾。她宣稱愛阿貝拉爾甚於愛上帝，這讓她的家人很震驚。然後，因為阿貝拉爾希望她成為修女，她大步走向祭壇，動情地抽泣，背誦科尼莉婭準備在其丈夫龐培死後自殺的話：「我威嚴的夫君啊，我為我們的婚姻做得太少，是我導致了這一切嗎？我是個罪犯，因為我嫁給你導致了你的不幸!作為贖罪，我現在來接受處罰。」13為了彌補阿貝拉爾失去生殖器和尊嚴，埃洛伊絲犧牲了自己的自由和未來。

作為一個閹人，阿貝拉爾忽視埃洛伊絲長達10年之久。他再次轉向教學和哲學書籍寫作。但是這個傲慢的男人卻再次與教會里的敵人發生衝突，嚴重得罪了他的修道士同事，以致他不得不離開修道院，雖然他在學術上仍服從修道院長的規定。阿貝拉爾獨自一人住在香檳省的阿杜松(arduzon)河畔，過著隱士超然、禁慾的生活。但是慕名而來的學者們很快找到了他，他們建造了以石頭和木材為材料的禮拜堂，後來稱作聖靈教堂。

1125年，阿貝拉爾被任命為布列塔尼聖吉爾達斯修道院的院長。搬到那裡後，他發現一幫墮落的修道士保持著納妾的做法，並且將修道院視為他們的領地。修道士們鄙視並恐嚇新來的修道院院長，好幾次試圖殺害他。他們往聖餐期間給他喝的聖酒裡投毒。然後又在他的晚餐裡下毒，但阿貝拉爾「試食員」的當場死亡，提醒他面臨的危險。最後，只是因為一位有同情心的當地貴族的武裝干預才使他倖免於難。

在阿讓特伊修道院修行的埃洛伊絲是一個不情願的修女，她日夜思念著阿貝拉爾。隨著歲月的流逝，她在修女同事中逐漸變得引人注目，她們中的很多人和她一樣對宗教生活方式無動於衷。在她30歲之前，埃洛伊絲成了她所在的女修道院的院長。

埃洛伊絲的修道院不是模範修道院。1125年，她和她姐姐因屢次的放蕩行為而被指控有罪。在教廷派駐大使、當地主教和法國國王的命令下，埃洛伊絲和她的修女們被從修道院驅逐出來。但阿貝拉爾的突然出現挽救了她，如今空置的聖靈教堂，給這個無家可歸的流浪者提供了一個家。經過10年的沉寂之後，這對戀人重又團聚。

埃洛伊絲仍然不開心地從事著她的職業。時間沒有冷卻反而燒旺了她的性慾，包括她對阿貝拉爾的性興趣，儘管他已被閹割。在她安頓好後，阿貝拉爾開始以教堂精神顧問的身份訪問聖靈教堂。也許埃洛伊絲無法隱藏對她丈夫的激情，儘管他只對她顯出聖愛。也許阿貝拉爾的恃才傲物激怒了那些墮落的修道士。幾年後，他們和另外的教士們一起，包括一個很有權力的主教，竟提出不太可能的指控：閹割並沒有消除阿貝拉爾的性慾。阿貝拉爾不堪這一指控的羞辱，於是停止訪問聖靈教堂。取而代之的是，他和埃洛伊絲迂迴曲折地用書信剖析他們的關係、他們愛情的本質和意義。

埃洛伊絲，儘管「被關在一個憂鬱的地方」十幾年14，但她仍堅決主張自由戀愛，鄙棄唯利是圖的婚姻安排，這種婚姻導致女人而不是其丈夫墮落。

阿貝拉爾對他們愛情的後悔折磨著她。「我鄙視妻子的名稱，以情婦之名我可能生活得更快樂，」她宣稱道。15他是她的上帝、父親、丈夫和兄弟，如果沒有他的愛，生活好像就不值得持續下去。

阿貝拉爾拒絕再次提供保證。相反，他認為自己以前的激情純粹出於肉體的衝動，他讚美他的被閹割是神賜的禮物，因為它把他從以前摧毀他們倆的熊熊肉慾中釋放出來。埃洛伊絲是幸運的，他寫道，因為他強迫她進了修道院，她在那裡已將「夏娃的詛咒轉變成馬利亞的祝福」16。當埃洛伊絲得意地回憶他們狂熱的性關係時，他寫道：「滿足你的只是我卑下的慾望，這就是我所有的愛。」17

阿貝拉爾的勸誡信未被理睬。但是在得了一場重病後，埃洛伊絲決定與他斷絕關係。「最後，阿貝拉爾，你已永遠失去了埃洛伊絲，」她寫道，「我不再想你了，我已忘記了你。」18然後，她用一如既往的戲劇性語言，描述她永遠不會再看到對女人來說如此性感的阿貝拉爾的富有美感的嘴巴和偉岸的身軀。

在與阿貝拉爾斷絕關係後，埃洛伊絲把相當多的精力投入到女修道院院長的工作中。她將聖靈教堂變成了一個模範團體，樂善好施，吸引著全法國敬虔的婦女。隨著其學術聲望的傳播，聖靈教堂還建立了修道院分院。

沒有埃洛伊絲的打擾或羞辱，阿貝拉爾試圖恢復其神學哲學家的地位。這再一次引發了最終毀了他職業生涯的敵意。1142年4月，彼得·阿貝拉爾去世，大約63或64歲。埃洛伊絲按照他的願望，將他的遺體送回聖靈教堂，並說服莊重者彼得(peterthevenerable)——一個有同情心的主教，赦免了阿貝拉爾所有的罪。她還用此機會為她的兒子亞斯托雷比安排了教職，亞斯托雷比曾由阿貝拉爾的家人撫養。

埃洛伊絲於1163年或1164年去世。人們把她和阿貝拉爾葬在一起，這也是自他去世以來她最大的願望。多年來一直有一個傳說，是說當她下葬時，他伸出只剩下骸骨的手臂擁抱她。這個傳說今天仍能引起人們的共鳴，曾經美麗的埃洛伊絲死後得到了她生前無法得到的東西：永遠長眠在她付出太多犧牲的愛人的懷抱中。