從澳門駛來的商船帶來了全新的發條和零件，龐教士和陸教士得以修復白山教堂的自鳴鐘，每逢整點，自鳴鐘叮噹作響，引來眾人圍觀，稱讚一番，而後散去。四百年前，歲月悠長而緩慢，這個叮噹作響的計時器卻提醒世人，末日臨近，在他們可以抵達的未來，南京城將迎來新的統治者，每個人都要改變服飾和髮型，剃光腦門，留起一個小辮子，變得非常滑稽。有些人忍受不了自身的滑稽，想著自己的卑微，鬱鬱寡歡，結束了自己的性命，更多的人看到他人的滑稽，也能忍受自己的滑稽，接受了命運的安排。
教堂的自鳴鐘引來了竊賊，他們看到那個神奇的鐘表，認定教堂裡面還有更多神奇的寶貝。竊賊在深夜進入教堂，偷走了一架天球儀，也偷走了那個來自未來的地球儀。龐迪我研究地圖的手稿還在，但失去了那個地球儀，就失去了最重要的證據，手稿上的記錄很像是一篇瘋狂的囈語。老教士被這個沉重的打擊擊倒，臥床不起，陸亞烈悉心照料，早上煮一鍋白粥，醃幾樣鹹菜，中午來一碗麵條加兩個雞蛋，晚上做一鍋湯，他掌握了中華料理的方法，給龐教士吃的都是好消化的食物。
年輕教士還要登臺佈道，他緊張，講起話來磕磕絆絆。閒暇的時候，他還會去大有堂學琴，他學到了最後兩段，「曙景」和「雞唱」。黑夜已然過去，白晝來臨，鬼魂消散。這一日陸亞烈終於把《孤館遇仙》全曲彈奏完畢，孫大有坐在羅漢床上，燃起了一支菸，煙霧與餘音嫋嫋的琴聲纏繞，孫大有說：「我就是一個孤魂野鬼，這首曲子就是安慰我自己的。」
陸教士無言以對，這些日子，他和孫大有守護著他們之間的秘密，只偶爾會談及未來。陸亞烈相信現在與未來之間有一個神秘的通道，偉大的藝術品長存於世，就是其間的通道。他來到了一個神話的國度，見到了神話般的人物。讓他略感遺憾的是，孫大有不能給予他智慧上的指引，在三百六十年後，孫大有的職業是個廚師，他不懂得「圓方等積」的問題，也不能理解笛卡爾的著作。他穿越回來，能傳授給教士的是廚藝和彈琴。
孫大有手捧著宣德爐，彈著菸灰，緩緩說道：「教士，我本來想去揚州走一趟，幾個月後，揚州就會有一場滅頂之災，清兵在那裡燒殺搶掠，我想去那裡拜訪一些紳士，給他們指點逃命的路線，他們肯定會給我一些古董作為報酬。我到這裡十多年，就靠這個法子積累下我的家當。我聽了你們講道，知道整天嚼舌頭根子，洩露天機，實在是天大的罪過。你們還說，人不可貪婪，我也想收斂自己的貪婪之心，可想著有無數寶貝要被毀掉，要被人搶走，還是於心不忍，還是想去出手挽救。」
陸教士手還放在琴身之上：「能挽救一些古物當然是好事，可孫先生為何不能解救更多的人呢？讓更多的人逃命呢？」
孫大有掐滅了煙，把宣德爐放下，拿起一個瓶子：「教士你看這瓶子燒得多好，這上面的顏色濃淡均勻，藍如深海，這是霽藍釉，看著就讓人高興，忍不住多看兩眼。」說著話，手一鬆，瓶子掉到地上，摔了個粉碎，陸亞烈一驚，孫大有哈哈笑道：「這瓶子碎了，可你剛才看到的瓶子，卻記在了心底，越想越覺得它美。這東西之所以美，就因為它毀起來容易，說碎了就碎了，說沒了就沒了。人不一樣，人生生不息，死一個，死一萬個，轉過頭來，還會有千千萬萬的人。你這些日子總免不了問我未來是什麼樣子。未來是什麼樣子？我也不知從何說起。大體而言，未來的人會更聰明，不僅能航海，還能飛上天，但大多數人還是渾渾噩噩，和現在沒什麼兩樣。還是會貪婪，還是愚蠢、自私、精於算計、自以為是。人各有命，我救不了人，救不了世。你看徐公子種了幾年的土豆，到明年，那種植園會是一片荒蕪，要過上一百年，世人才能吃上更多的土豆，更多的番薯。」
陸亞烈望著地上破碎的瓷片，默然不語。此後幾天一直鬱鬱寡歡，茶飯不思。戰亂的訊息從四面八方湧入南京，城中不斷有人逃離。陸教士也不知該何去何從。龐迪我臥床兩個月，病情依然沒有好轉。他和陸亞烈商議，離開南京，去往澳門，那裡的葡萄牙醫生能治好他的病。陸亞烈擔心舟車勞頓，會加重老教士的病情，可龐教士去意已決。陸亞烈覺察出來，龐教士想回家了，這位老人預感到自己命不長久，聽到了故鄉的召喚。
孫大有聽聞兩位教士去意已定，到教堂和他們告別，將自己珍藏的一張古琴贈予陸亞烈，希望教士日後能時常拂動琴絃，告慰他這個遊蕩在錯落時間中的幽靈。龐迪我得到的禮物是一個釉色清亮的筆筒，老教士在病床上探起身，有氣無力地叮囑孫大有，那個失竊的地球儀也許還在古玩鋪子中流轉，要是碰到那個樣子的地球儀，一定要買回來，留待聰明人研究。孫大有潸然淚下，離開教堂之際，悄聲對陸教士說，我看龐教士命不長久，落葉歸根，你們還是早些動身回歐洲去吧。
當晚，陸教士在日記中寫道：「和孫大有先生告別的時候，我也不能肯定他到底來自何處。沒有什麼確切的證據，能表明他是從三百六十年後返回南京的。那個打火機，那個遺失的地球儀，看起來的確是未來的事物，但孫大有身上沒有什麼來自未來顯著的特徵，他談話風趣，有時還富有哲理，他說，我們將看到美麗的東西被毀滅，這樣的毀滅將一再重演，世間美麗的事物，在他們被毀滅之時，顯得最為美麗。我期待能從他身上看到更多的神奇，他向我傳授了彈琴和做飯的技藝，他的廚藝出神入化，他的音樂造詣也非常了不起。然而，這些技藝讓我更加思念餘八先生的繪畫，我未能和這位啞巴畫工進行更多的交流，恐怕將是我在南京留下的最大的遺憾。」
兩位教士收拾行囊，由燕子磯登船，前往太倉。孫大有一直將他們送到岸邊，看風帆遠去，在岸邊幽幽唱道：「世途擾擾復憧憧，真恐華夷事亦同。歲月自消寒暑內，榮枯盡在是非中。今朝猶作青襟子，明日還成白首翁。堪笑愚夫足紛競，不知流水去無窮。」陸亞烈在船中聽著歌聲，想著來南京不過一年多的時間，來的時候雄心壯志，如今卻意興闌珊，城中原本有六十個信徒，最近卻接連有三個亡故，戰亂將至，也不知誰能安頓他們的靈魂。
老教士日漸消瘦，在船上一日一日地煎熬。幾個月後到達澳門，老教士也到了彌留之際。他住進了葡萄牙人的醫院，臨終之前叮囑陸亞烈，一定要將所做的筆記帶回西班牙，呈交給教會。澳門的神父為這個偉大的傳教士舉辦了葬禮，他們向神禱告——主啊，我們向你禱告，求你在我們的禱告中向我們發言，我們將我們所缺乏的帶到你面前，我們將我們所尋求的帶到你面前。沒有一個我們的意念是你不知的，也沒有哪一個缺乏是你不顧念的。
陸亞烈在澳門逗留多日，乘船踏上返鄉的路程。船過馬六甲，遭遇荷蘭海盜。海盜劫掠財物，而後放火焚燒商船。龐教士研究地球儀的筆記、陸教士的日記、跟孫大有學廚記下的菜譜均毀於海上。陸亞烈跳海求生，抱著一塊木板在海中漂浮了三天，才被一條路過的葡萄牙商船救起。那條商船由馬六甲前往日本，陸亞烈就在船上當水手，在後廚幫著做飯，他烤制土豆，煎海魚，燉魚湯，這番手藝讓船員們大為驚歎。他發明了一種油炸蔬菜的料理方式，將蔬菜裹上面粉放到油鍋裡炸，這樣可以處理船上那些不新鮮的蔬菜，這種料理方式傳到日本，被日本人發揚光大，炸蔬菜炸蝦，這就是「天婦羅」的來歷。後來，他又用威尼斯產的玻璃瓶子裝肉醬，排出空氣，瓶子封口，放到沸水裡煮，這就是罐頭的由來。陸亞烈在這條船上度過了十來年，商船往返於馬六甲、日本和印度果阿之間。他在海上聽聞四川、廣州被清兵攻佔的訊息，知道那片大陸上正發生著改朝換代的故事，有戰爭，有屠殺，有千萬人流離失所，有文明遭塗炭，然而，看著幽暗無邊的海水，又覺得那些風雲變幻也會在瞬間消逝。
多年後，陸亞烈返回家鄉。回到塞哥維亞大教堂中的廚房，用中國的烹飪方法做出來美味的燒鴨子、滷肉、黃豆燉豬蹄。他的時間感出現了錯亂，海上幫廚的十幾年彷彿被壓縮了，而在南京逗留的一年卻拉長了。他想念那裡的牛皮糖、橘餅、山楂糖、河蟹、江珧柱、桃門棗，他憑藉記憶畫了幾幅南京的風景畫，每一幅都耗用大半年的時間，畫成之後，懸掛在牆上，他向畫中走去，每一次都碰壁而回，撞得頭破血流。
新任的主教大人依舊喜歡陸亞烈的菜，他特批了一筆經費，在塞哥維亞城中辦了一個小型養豬場。陸亞烈整日與豬作伴，將十來頭豬養得肥肥胖胖，他用大豆做醬油，用醬油做豬蹄子、做豬頭肉，教士們吃過陸亞烈的殺豬菜，都不住叫好。豬場裡的豬對這位主人心生恐懼，每次見到他，都將蹄子收到身體下面去，把腦袋縮起來。陸亞烈看到這番場景，不由得大怒，有一日，挑了一頭剛出生不久的小豬，做了一道烤乳豬。大豬見主人以如此殘酷的方式對待小豬，不免更加驚恐，但轉念一想，不滿月的小豬就被殺掉，它們能活兩年三年，已然是得享天年了。每隔一段時間，它們產下小豬，就會有一頭被挑了去做烤乳豬，僥倖活下去的豬都會感謝上帝的厚待。
四百年前，歲月悠長而緩慢，但也免不了末日將近，陸亞烈到了暮年。主教大人派來一位小教士幫他養豬，跟著他學習廚藝，小教士閒來也向他詢問東方的見聞，陸亞烈總是閉口不談。有一日，小教士拿來一冊拉丁文的圖書，說是英國出了一位大哲人，寫了這本書叫《原理》，論述世間萬物乃至日月星辰，彼此都有引力。廚房中爐火旺盛，映得小教士臉蛋通紅，陸亞烈想起當年在南京時，啞巴餘八曾在草紙上寫下牛頓的名字，孫大有也曾告訴他，大天才牛頓將引領世人走出黑暗年代，未來將有越來越多的光明。陸教士心中激盪，問那小教士：「牛頓這本書都說了些什麼呢？」
小教士頗為興奮，說：「我看了之後講給你聽。」
陸亞烈咧嘴一笑，說：「我怕我聽不懂了。未來的人們，總把過往的歲月看作是黑暗年代。我就生活在黑暗年代中，再也見不到光明。」
年老的陸亞烈遭遇了一場意外，他用一口大鍋給豬熬飼料，水剛煮開，陸教士不慎跌倒，正好掉到鍋裡，這位曾經在海上航行多年、在海浪中漂泊求生的教士，用最後的力氣爬出大鍋，他全身燙傷。教堂竭力搶救，也未能救回陸亞烈的性命。陸亞烈被安葬於塞哥維亞城外，教士們為他禱告——人活著不是單靠食物，乃是靠神口中所出的一切話。主啊，惟有你所賜的，叫我們喜悅，愛慕，甘甜，滿足。吃了這屬地的食物還要再餓，喝了這屬地的飲料還要再渴，這屬地一點不能解人的乾渴，也一點不能叫我們飽足。
悠長而緩慢的歲月中，一些偉大的藝術品留存下來，今日我們還能看到《茅屋話舊圖》，看到《山水圖》，看到止園的畫冊，看到霽藍釉的瓶子。塞哥維亞的引水渠和大教堂也如四百年前一樣聳立著，不斷有遊客來到此間，撫慰心中的倉皇。某年某日，一隊中國遊客來到塞哥維亞，導遊舉著一面小紅旗引領大家遊覽，拿著小喇叭講解大教堂的建築。迴廊中有一頭豬，懶洋洋曬著太陽，引得一位遊客駐足觀看，那頭豬嗡嗡地發出聲響，那位中國遊客咿咿呀呀地作答，雙手不斷比畫。導遊招呼遊客前行，說參觀完教堂，就可以去吃午餐，要嘗一嘗塞哥維亞特產烤乳豬。隊伍中有一中年男子，滿面愁容，回頭招呼那位與豬交談的啞巴：「餘八，咱們該走了。」