且說都中郊外李員外家中，有一處園林，稱畸園。園子不大，卻極詭僻。圍牆不規整，折彎極多，高矮不齊；裡頭樹木蓊鬱，任其生長，不甚修剪；不種花草，只放怪石；池塘頗大，其形若磬，池邊有一亭名曰「倒亭」，從池中倒影上看，恰是一攢尖頂在上、厚亭基在下的尋常亭子，但若正面望去，每每令人瞠目撟舌，幾疑是幻——攢尖頂倒栽在地下，亭柱伸上去，撐著個厚厚的平頂，且由那平頂上吊下一張腿兒朝上的圓桌，周遭還吊著四個反放的繡墩，並有一圈反置的圍欄。這畸園乃照陳也俊所繪圖樣造成。
陳家祖上，曾封君山伯，與妙玉——當時並無此法號，石頭且以此代稱——祖上交好，君山伯逝後，其子襲一等於，與妙玉祖父亦友善，那時兩家在蘇州所住官署相鄰，官署間有一園林，兩署側門均可通；彼時那一等子的孫子，名陳也俊，正與妙玉同齡，都是十來歲的樣子，常到那園子裡淘氣，而妙玉極受祖母溺愛，有時祖母亦縱他到園子裡嬉戲玩耍。陳也俊與當年的妙玉，在那園子中捉迷藏、掏促織、盪鞦韆、摸魚兒，漸漸鑄成青梅竹馬之情。後來兩家都督促孩子跟著西賓攻讀《四書》、《五經》，兩個人課餘仍得便溜入園中嬉戲，曾一起偷讀《莊子》，醉心於成為一個「畸於人而侔於天」的「畸人」。有一回妙玉望著池中亭子倒影道：「為何亭子在水鏡裡偏頂幹朝下？」陳也俊便拍胸起誓：「來日我一定讓你在水鏡裡看到亭頂子在上！」兩家都知二人的親密，也算得門當戶對，雙方祖母均有婚配之意；誰知祖輩們相繼去世，而因官場上的朋黨之爭，其父輩後來攀附不一，陳也俊父親未得襲封，成了白衣，棄仕經商，販運起太湖石，妙玉家便視其為異類，再不通往來。
有公爵家遣官媒婆來妙玉家，欲將妙玉指配到其府上作童養媳，來日可望成為誥命夫人，妙玉父母擬允，妙玉卻哭鬧抗拒，以致拒進飲食，直鬧到去了玄墓蟠香寺帶髮修行。後妙玉父母雙亡，他繼承了幾箱家財，並一個丫頭兩個嬤嬤共三名世僕，輾轉到了京城牟尼院，後賈府為元妃省親要行佛事，下帖子將他請進大觀園攏翠庵。妙玉進賈府大觀園後，為何格外厚待那賈寶玉？因他從寶玉的談吐作派中，設想出了離別後的陳也俊那應有之品格；且他從冷眼旁觀中，窺破了賈寶玉與林黛玉之間那悖於名教的徹腑情愛，他對之豔羨已極；表面上，他心在九重天上，視人間情愛請事如汙事穢行，其實，他常常忍不住將那賈寶玉當作陳也俊的影子，對之別有情愫；又以比如說斥責黛玉：「你這麼個人，竟是個大俗人，連水也嘗不出來……隔年蠲的雨水那有這樣輕浮，如何吃得！」心中想的是：寶玉對你那樣痴情，你也真是身在福中不知福，實在該敗一敗你的興頭！歲月推移，人事睽隔，他也並不指望這輩子與陳也俊怎麼樣了，便以極度的冷漠高傲，壓住心底的隱情。「相與於無相與，相為於無相為」，他把一切皆化為零，自己高倨於零之上。他活得冰雪般潔淨，亦冰雪般悽美。那陳也俊呢，父母雙亡後，子承父業，販運太湖石謀生。父母在世時，多次欲給他娶親，曾將那通判傅試之妹傅秋芳包辦給他，他以離家出走為威脅，拒不迎娶。後朋友們也曾為他張羅過婚事，均被他婉辭。他的心中，只存著妙玉一人。他很晚方知妙玉在大觀園攏翠庵中。男扮女裝投靠李員外時，他並不知道妙玉已移到畸園庵室。李員外將陳也俊安排在畸園一隅的侔於天齋里居住。
那日，陳也俊踱出齋外，恰遇妙玉在池畔閒步，二人心中都驚詫不置。面上卻猶如昨天還在一起閒話過一般，毫不動容。那妙玉停步，只望著那「倒亭」並那倒影，若有所思。陳也俊便踱到妙玉身邊，問他：「水鏡中的亭子，望去如何？」
那妙玉心內酥癢，臉上卻空無表情，淡淡的道：「未免膠柱鼓瑟了。」
陳也俊道：「這園子是我畫的樣子，那邊廂很有些怪石，你無妨用以破悶。」
妙玉道：「你們檻內人，時時有悶，須求化解。其實何用苦尋良方。只要細細參透：縱有千年鐵門檻，終須一個土饅頭’這兩句好詩，也就破悶而出；有大造化了。」
陳也俊便知，妙玉是難從檻外，回到檻內了。不過他仍心存痴想，指望憑藉著「水滴石穿，繩鋸木斷」的耐性，漸漸引動妙玉，邁回那個門檻。二人在園中款款而行。妙玉指點著那些怪石，道：「我曾有句：‘石奇神鬼搏，木怪虎狼蹲。’其實不過是憑空想來，沒曾想你這園子裡，觸目皆是如此。可見心中的神鬼虎狼，是很容易活跳到心外，倒讓人防不勝防的。」陳也俊聽在耳中，雖覺怪異難解，卻也品出了些潤心的味道。這妙玉拼力壓抑「不潔之慾」，以空靈高蹈極度超脫來令任何一個接近者尷尬無措、自覺形穢，求得心的勝利，可是，究竟有幾個人能知他、諒他，喜他、愛他呢？在那大觀園裡，李紈就當眾道出：「可厭妙玉為人，我不理他！」就是自稱跟他十年比鄰而居，乃貧賤之交，並以他為半師半友的邢岫煙，背地後也苛評他道：「僧不僧，俗不俗，男不男，女不女，成個什麼道理！」唯有賈寶玉說過，他乃「世人意外之人」，算是他的一個真知己；但那賈寶玉在妙玉心中，原只是心中的陳也俊之替代物；現在陳也俊真的活現於自己面前，究竟能否如賈寶玉似的，是個些微有知識的人，那還真是個謎哩！妙玉心中掙扎得厲害，尋思中不禁瞥了陳也俊一眼，陳也俊原一直盯住他看，二人目光短暫相接，擊出心中萬千火星。忙都閃開了。妙玉便轉身移步而去。
妙玉所居的庵室，在畸園另一角上，是一處另隔開的小小院落，裡面有五六間屋子，內中一應傢俱用器色色俱備；屋子只是原木青磚，不加粉飾，琴張等將其中正房佈置成禪堂，四個人安頓下來，倒也儼如攏翠庵再現。陳也俊有意不問妙玉怎的在此、住到幾時，妙玉也不問陳也俊何以飄然而至、欲住多久。畸園來畸人，倒也對榫。
兩日過去，傍晚時分，嬤嬤們在櫥下備齋，琴張出園去附近集上買線回來，徑到妙玉書房報信：當時妙玉正在給焦尾琴調絃，見琴張神色不對，且不理他；琴張報說：「集上的人議論紛紛……」
妙玉截斷他道：「攘攘市集，乃檻內最穢之地，你快莫在我面前提起。且你既買妥青線，快將琴囊破處補好，方是正理。」
琴張道：「實在是此事師傅不能不知——那賈寶玉，在運河碼頭被官府捉拿，說是要由忠順王親自押往南京，在那邊收監。聽說那邊監裡更其可怖，收監時脖子、手、腳九條鏈子鎖住，站在鐵蒺藜籠裡，稍一晃盪，立刻刺破皮肉……」
妙玉理弦之手，不禁木然，心如刀剜，卻不動聲色。琴張說到最後，忍不住議論說：「師傅莫又要嗔我妄聽多嘴，那賈寶玉也著實可憐可嘆！剛才我因心內慌張，進門險些撞到夫人身上，丫頭、婆子正圍著他，要出門給什麼人拜壽去，我忙跪下謝罪，夫人倒不介意，讓我起來告訴他為何慌神兒到這地步，還以為是你病了我去買藥，我就把剛才跟你說的事告訴了他，那夫人道，他聽員外說了，忠順王有話，那寶玉的罪名，可大可小，可收監可放行，若有人拿著成窯瓷去為寶玉說情，他可網開一面。夫人笑道，王爺自然是玩笑，卻也可見只要那寶玉從此虔誠敬服聖上，莫再胡塗亂寫，應可免再人牢獄之苦。又安慰我道：出家人沒怎麼聽見過世上的事，什麼九條鏈子云云，就把你唬成這樣！又囑我莫對你說……」
琴張說時，隨時預備讓妙玉截斷，這回卻居然容他一口氣道出瞭如許多的話來，不禁微微詫異，自己停住，只望著妙玉。那妙玉調琴絃的手指微微顫動著，一根弦繃得越來越緊，忽然妙玉指下的一根琴絃猛的斷了，倒把琴張嚇了一跳；妙玉定了定神，吩咐琴張：「你且縫補琴囊。我且去蒲團上坐一會兒，莫來擾我。」
琴張縫補琴囊時，漸漸消退了在集上所聽訊息的刺戟。齋飯熟了，飄來麵筋的香味。嬤嬤來請師傅和他用齋，似乎與昨日相似的一天就此快要過去，而明日又會與今日相似。
然第二日，妙玉、琴張等的生活大變。那日大運河渡門，碼頭邊舟船雲集，航道中的大小船隻，有揚帆下行的，有收帆待靠的，一派繁忙景象。只見妙玉、琴張從一輛兩隻騾子馱著的騾轎上下來，兩位嬤嬤從一輛驢車上下來，早有兩位騎馬的男子先到，等候在碼頭的一位男子，系李員外家管事的，迎上來，告訴妙玉船已備妥，且行李已都運人艙內。另一位穿長衣系玉佩的，便是陳也俊。妙玉忽然決定買舟南下，歸於江南，李員外夫婦聞之，心知他是畸人，必行畸事，勸阻兩句，見妙玉志堅，也就隨他，李員外夫人道：「若那邊不舒服，再回畸園就是，庵堂給你留著，裡面一應物品，皆保留不動。」
那陳也俊聞妙玉忽要回南，初甚驚詫，然自己一旦愛上畸人，也只能是愛畸隨畸，雖愣了一陣，卻也不去打探所以然，那日竟冒險去往碼頭送行。因官府早已出告示，道他已被正法，當年那緝拿他的畫影圖形，早被俗人遺忘，故也並無人在碼頭認出他來。
妙玉臨上船前，見他來送，便道：「魚相忘於江湖，人相忘於道術。」
陳也俊應道：「天與人不相勝也，是之謂真人。」
二人不禁相視一笑。這淡淡一笑，在妙玉來說是多年壓抑心底的真情一現；在陳也俊來說，是對他多年苦苦期待的一個不小的回報。妙玉，乃奇妙之玉；陳也俊，雖系陳年故人，然而也是一塊美玉——他們都是世人意外之人。妙玉不再多說，轉過身，琴張便扶持他上船，兩位嬤嬤手提細軟包袱，跟在後面。妙玉到得船上，從袖中抖出常日自己吃茶的那隻綠玉斗來，遞與琴張，命他再上岸交與陳也俊，琴張將那綠玉斗給了陳也俊，他接過揣人懷內，默默無言。船離岸邊，妙玉並不朝窗外張望，陳也俊亦不久留，扭頭勒馬與那李府管事人，徑回員外府去了。
當日可喜順風，船行迅速。幾日後，船至中途，靠攏碼頭，補充給養。妙玉讓琴張打聽一下，忠順王爺的船隊經過了多久？琴張納悶，打聽這個作甚？但對師傅的吩咐，他從來不打折扣依命執行，便問船主，船主道：「快別提那欽差！他們二十來只大小船隻，昨天才走，把這岸上的雞鴨魚肉、時鮮菜蔬撿好的挑走了也罷，竟把那麵筋、腐竹、粉皮、豆芽、鮮蘑、竹蓀……凡好的也蒐羅一空，你們耍上好的齋飯，只怕只有到蘇州上了岸，自己想辦法去了！我給你們好不容易弄了點青菜豆腐，將就著吧！到了瓜州，他們怕要停泊多日，好的自然他們佔先，只怕那時連像樣的豆腐也弄不到幾塊了——他們那差役拿走東西向來不給錢，你想就是有東西，誰願意擺出來賣呢？」這樣總算弄清楚，忠順王爺的船隊且走且停，並未遠去，或許就在前面一站。
又過了幾日，入夜時分，只聽見船下浪聲要比往日激昂，從船艙的窗戶望出去，依稀可辨的只有浩淼的江水，不見兩岸輪廓，知是運河已匯人大江，妙玉便又憶起牟尼院師傅圓寂時留給他的遺言，道他「衣食起居不宜還鄉」，此刻一人大江，便人他祖籍範圍，他竟違背師傅之囑，公然還鄉了！他知前途不妙，然為捨己救人，義無反顧！船行漸緩，再細往遠處看，兩三星火，閃爍不定，搖櫓的船伕高聲道：「瓜州到了！」
天亮前，他們一行的船已靠攏碼頭。所泊靠處，已在碼頭的邊角上，因為碼頭正中，泊著忠順王爺的船隊。那王爺作為奉旨出巡的欽差，沿途各站的官員竭力奉承；船隊的每隻舡上都插著旗幟告牌，停泊時周遭有小艇巡邏，不許民船靠近。
天色大亮。早餐畢．妙玉讓琴張和嬤嬤們上岸走走，自己正欲打坐，忽聽船艙外傳來打罵聲與哭辯聲，那後一種聲音裡頗有相熟之韻，不禁側耳細聽，越發覺得非同尋常；將窗簾掀開細觀，只見是一隻在江中兜生意的花船，只有棚頂，周遭井無遮攔，露出船上所載之人，是一個鴇母和幾個樂女，那鴇母正在打罵那抱琵琶的樂女，道：「你那舌頭就該剪下一截！‘二月梅’三個字都咬不準，什麼‘愛月梅’‘愛月梅’的……本以為你是棵搖錢樹，誰知道是白費我的嚼用！」
那抱琵琶的只是不服，爭辯道：「我改好了多少的唱詞兒，你怎的就不算這個賬了？……」
妙玉心下判定，顧不得許多，忙到艙門邊，掀開門簾，招呼船伕，命他將那花船喚過來，告訴那船上媽媽，只要那昆琶女過這船來，銀子多給些無妨；船伕不願意，妙玉遞過一兩紋銀，船伕掖進懷裡，方將船划過去，挨進那船，朝那鴇母喊話；那鴇母以為這邊船上有男人慾取樂，便伸手要了個大數目，妙玉讓船伕將兩錠銀子交鴨母手上，那鴇母才放琵琶女過了船，妙玉又讓船伕傳話，言明兩個時辰後再來接走，那鴇母喜之不盡，花船暫去了。
那花船上的琵琶女，不是別人，便是史湘雲。衛若蘭犧牲後，他家被抄的稀巴爛，他被輾轉賣過幾次，期間也曾逃跑，卻終於還是陷在火坑，這時流落在瓜州渡口，每日被遣在花船上，由鴇母監督和另幾位姐妹兜攬生意；他因有些咬舌，唱工自然不如其他姐妹，只能以演奏琵琶、吹笛、吹簫等取悅客官，而那些客官卻是愛聽小曲的為多，為此湘雲被鴨母打罵也非止一日。被妙玉喚上船後，兩個人呆在船艙裡，妙玉關攏了門窗，也不曾有琵琶彈奏及吟唱之聲，移時，只有幽幽的哭泣之聲逸出，究竟兩個人都說了些什麼，別人何以得知？就是石頭知道，亦不願詳細道出，實在那嬌豔海棠，不該遭那般刀風劍雨！
且說琴張回到船上，進到妙玉的艙房時，艙房面貌已恢復如初。琴張本想報告些岸上的見聞，卻見妙玉已命船工將他事先作了記號的三隻箱子，擺放在那裡，琴張頗覺詫異，未及開口問，妙玉便對他道：「琴張，我們就此要別過了。」
琴張幾不相信自己的耳朵，且連為什麼也問不出來了。妙玉沉靜的說：「這些年來，你跟著我，真難為你了。也不是謝你，也不是補償你，這隻最重的箱子，你拿去。裡頭有什麼，開啟自然明白。兩位嬤嬤，也很不容易，那兩隻箱子是給他們的。這三隻箱子的鎖，我都給你們換了尋常的，鑰匙都在鎖眼裡，你們各自管好吧。」
琴張這才急著問：「師傅要到那兒去？這裡才是瓜州，還沒過得大江，離蘇州還遠呢？出京的時候，不是說，我們興許還要走得更遠，指不定要去杭州麼？我還當要帶我們去靈隱寺呢！」
妙玉道：「我要帶上五隻箱子，在這裡下船了。」琴張急得哭了，因問為何要在這瓜州下船，且為何棄他不要？併發誓要追隨妙玉，不願自去。妙玉道：「我去一架枯骨那裡，往爛泥潭裡跳，比如下地獄了。這是我的運數。你為何要白賠在裡面？」
琴張聽不懂他的話，但知師傅從來是主意既定，駟馬難追，九牛難拗，哀哀的哭個不停。妙玉竟由他哭個痛快。終於，琴張、兩位嬤嬤，與妙玉跪別後，帶著妙玉贈予的箱子，各奔前程。
那時，賈寶玉已往忠順王面前自首，要他當面放出甄寶玉，讓甄寶玉自去。那王爺見賈寶玉自己來了，只得放出甄寶玉，但警告他：「你們兩個愛紅的寶玉，都克我府太妃，神仙在太妃夢裡留言，你們必須在京城千里之外，方不礙他事。甄寶玉聽著：你若私下北上，越過千里界限，我定將你捉拿問罪！你知聖上以孝治國，我對太妃盡孝，聖上必定褒獎，你若壞我孝道，報知聖上，莫說將你監禁，就是正法，亦順理成章！」
兩個寶玉都不信鬼神，心中皆不服，然賈寶玉只欲甄寶玉得釋，甄寶玉知與王爺爭辯只是徒勞，就都不作聲。王爺對甄寶玉一拍驚堂木：「你敢不敢私下北上？」
甄寶玉便道：「金陵乃我故鄉，甚愛此地，留此無憾。」
王爺便喝：「還不快滾！」
甄寶玉就起身朝賈寶玉一揖，一溜煙跑下船，遠遁藏匿起來。賈寶玉自首，換出甄寶玉一事，頓時轟動瓜州，人人傳誦，妙玉亦知。那王爺將賈寶玉扣下，放言其有忤逆文字新案，尚須細審，恐須定讞再次監禁。
琴張等分別離去後，妙玉便帶著五隻箱子，徑到忠順王爺大船前求見。先那軍牢快手並副官還轟他，後報與王爺，王爺忙令將那尼姑帶到他面前。妙玉到來，王爺驚豔。
妙玉對王爺道：「聞知你在京城就放言，那賈寶玉逆文一案，本可大可小，可輕放可重判，生殺予奪，全在你一言定鼎。若有人帶成瓷來為賈寶玉說情，你可從輕放他自去。此話可是真的？」
王爺便道：「我奉聖上之命，全依王法辦事，豈有貪財枉法之理？你何處聽來此種荒誕不經之說？」
妙玉道：「你已知我是誰，亦知我帶來的箱子裡，就有許多成瓷，我看你此時眼都綠了。且不去說那聖上，也莫論什麼王法，我也不罵你貪贓，你也無須枉判，只當是你我作筆交易，我將五箱寶貝給你，你將那賈寶玉放出，再不許追蹤威逼，如何？」
忠順王拈鬚道：「你倒爽快。也好。咱們法外交易，與行賄受賄無關。只那些箱子裡，真有成瓷？」
妙玉道：「諒你眼孔窄淺，何嘗真見過大世面？你或許知道從榮國府流出去一個成瓷五彩小蓋鍾，你當那是他們府裡自己的？不過是他們讓個鄉下老太婆沾過，我嫌醃腆，扔了不要的！那寧、榮二府的浮財都歸了你，你都過了目，請問可有珍藏成瓷？若不是我家祖上將世代蒐羅的珍瓷奇寶傳給了我，我也不能有這許多！不是我說狂話，我這些箱子裡任一樣東西，只怕你把寧、榮二府用篦子篦過，再掘地一丈，也未必找得出一樣旗鼓相當的！光成瓷小蓋鍾，就還有許多，更不消說還有比那珍奇百倍的稀罕物兒，也不光是宋朝的柴窯、汝窯、官窯、哥窯、成窯的名瓷，舉凡元朝的青花五彩瓷，明朝的永樂窯、宣德窯、成化窯出的瓷……我這些箱子裡都有！也不光是名瓷，其餘的寶貝多得很，像晉朝王愷先珍玩過、後來宋朝蘇東坡又鐫過字的葫蘆飲器，整隻遏羅犀牛角精雕出山水樓閣的缽杯……王爺雖一大把年紀，怕也未必見識過吧！」