苗傅、劉正彥不敢答話，當即跪倒在地，再三懇求趙構恕罪，然後吞吞吐吐地請趙構降御札以緩城外勤王之師。

趙構搖頭笑道：「兩位愛卿真是健忘。君主的親筆御札，之所以能取信於天下，是因為上面蓋有御寶。兩位愛卿已請朕退處別宮，不預國事，你們讓朕用什麼符璽以為信？自古廢君都只應閉門思過，朕自己的過失還沒想清楚呢，豈敢再幹預軍事！」

苗傅與劉正彥忙請人取出備好的玉璽，恭恭敬敬地伏在殿內地板上叩頭，再請趙構降御札。

趙構冷眼一瞧玉璽，依然淺笑道：「不妥。玉璽是當今聖上專用之物，朕已是退位的太上皇，豈能擅用。你們還是去禁中請朕的皇兒降旨罷。」言罷拿起案上一卷書慵然閒看，須臾閉目打了個呵欠。

苗劉二人面色時青時紅，既尷尬又惶恐，不得已只好拼命叩頭反覆自責，道：「是臣等一時糊塗犯下大錯，的確罪不可恕，雖死難辭其咎。但現下各路軍隊若進攻杭州必會生靈塗炭、累及平民。何況外患未除之時若大宋再起內訌，豈不給金人可乘之機？」

「這話怎的如此耳熟。」趙構把書一拋，直身冷笑道：「兩位愛卿兵諫之時也有人如此勸過你們罷，當時你們毫不聽從，而現在倒拿來勸朕了。」

苗劉二人冷汗頓生，齊齊伏首道：「臣罪該萬死。」

趙構唇銜鄙夷冷視他們許久，這才命人取來筆墨，親筆寫下賜韓世忠的手詔：「知卿已到秀州，遠來不易。朕居此極安寧。苗傅、劉正彥本為宗社，始終可嘉。卿宜知此意，遍諭諸將，務為協和以安國家。」

寫完命人遞給苗傅。二人退出後展開一看，發現趙構在詔書中未說他們一字壞話，反而稱他們「本為宗社，始終可嘉」，不禁一陣欣喜，以手加額感嘆道：「現在才知聖上度量如此之大呀！」

然後遣杭州兵馬鈐轄張永載持趙構手詔傳給韓世忠。韓世忠看了說：「若皇上馬上覆位，事才可緩。不然，我必以死相爭。」

苗傅、劉正彥只得率百官到睿聖宮朝見趙構，以示請其復位之心。四月戊申朔，太后下詔還政，百官趕往睿聖宮請趙構回禁中，趙構微微擺首未肯答應，朱勝非再三懇請，趙構最後才乘馬回行宮。杭州城中百姓得知後都夾道焚香以慶，眾情大悅。

趙構復位後立即升張浚為中大夫、知樞密院事。張浚時年僅三十三，如此年輕即任執政大臣之位，縱觀歷朝都十分罕見。而朱勝非因自己執政之時發生苗劉叛亂之事，自覺慚愧而請辭相位，趙構挽留，朱勝非始終堅持，趙構便問他覺得誰可以接任相位，朱勝非答說：「以時事言，還須呂頤浩、張浚這兩人。」趙構遂從他所請，將他由尚書右僕射兼中書侍郎兼御營使罷為觀文殿大學士、知洪州，又將呂頤浩升為宣奉大夫、守尚書右僕射兼中書侍郎兼御營使，其餘勤王有功的人也都逐步論功行賞升了官。

張浚升為知樞密院事之時尚未入朝。當時苗劉二人仍擁有重兵，趙構亦隱而未發，未追究他們之罪，升張浚官後即分別任命兩人為淮西制置正、副使。張浚對趙構之意心領神會，明白他是鼓勵自己繼續率兵攻城以打擊兩位叛臣，於是與呂頤浩、韓世忠等人一路過關斬將、迅速攻入了杭州。苗傅等人忙棄城而逃，向福建逃竄。幾位大臣隨即入宮覲見趙構，趙構大喜，再三慰問嘉獎，然後私下握著韓世忠的手說：「御營中軍統制官吳湛與兩位叛臣勾結一氣、狼狽為奸，而今尚留在朕肘腋之下，卿能為朕除掉他麼？」韓世忠馬上答應：「此事易辦！」

當時吳湛已自知自己難保平安，躲在家中閉門不出，並派許多士兵守護在外。韓世忠以拜訪吳湛為名叩開了他的門，與他握手笑談間忽然猛地振腕一折，只聽一聲脆響，竟硬生生地把吳湛的中指折斷了。然後韓世忠一手挾持著吳湛，一手執著那根折斷的中指出門，門外兵衛見了立即驚擾喧鬧起來，紛紛拔刀相向。韓世忠把吳湛交與自己所帶兵將，隨即按劍怒叱：「吳湛助逆賊謀反，其罪當誅。有誰與他合謀的只管上來，讓我領教領教逆賊的功夫！」

所有人立即噤聲，不敢再動。趙構遂下詔斬吳湛於市，再將統制官辛永宗提為御營使司中軍統制。

此後趙構繼續追查苗劉二人的黨羽，將他們非殺即貶。到建炎三年七月，苗傅與劉正彥也先後就擒，被解送杭州斬首示眾，一場叛亂至此告終。