後來金人終於立張邦昌為帝，擄了秦檜北去。
秦檜被俘虜這段期間，到底遭遇如何，史無可考，但相信一定是大受虐待，終於抵抗不了威脅，屈膝投降。一般認為，他所以得能全家南歸，是金人暗中和他有了密約，放他回來做奸細的。金人當然掌握了他投降的證據和把柄，使他無法反悔，從此終身成為金國的大間諜。由於他以前所表現的氣節，所以一到朝廷，高宗就任他為禮部尚書。
秦檜當權時力主和議，但真正決定和議大計的，其實還是高宗自己。當時文臣武將，大都反對與金人講和。《宋史．秦檜傳》有這樣一段記載：紹興八年「十月，宰執入見，檜獨身留言：‘臣僚畏首尾，多持兩端，此不足與斷大事。若陛下決欲講和，乞專與臣議，勿許群臣預。’帝曰：‘朕獨委卿。’檜曰：‘臣亦恐未便，望陛下更思三日，容臣別奏。’又三日，檜復留身奏事。帝意欲和甚堅，檜猶以為未也，曰：‘臣恐別有未便，慾望陛下更思三日，容臣別奏。’帝曰：‘然。’又三日，檜復留身奏事如初，知上意確不移，乃出文字，乞決和議，勿許群臣預。」
這段文字記得清清楚楚，說明了誰是和議的真正主持人。一般所謂奸臣，是皇帝胡塗，奸臣弄權。但高宗一點也不胡塗，秦檜只是迎合上意，乘機攬權，至於殺岳飛等等，都不過是執行高宗的決策，而這樣做，也正配合了他作為金國大間諜的任務。
周密的《齊東野語》中，記述了兩個大官拍秦檜馬屁的手法，可看到當時官場的風氣：
方德帶兵駐在廣東，特製了一批蠟燭，燭裡藏以名貴香料，派人送給秦檜，厚賄相府管家，請他設法讓秦檜親自見到。管家叫使者在京等候機會。有一日，秦檜宴客，大張筵席之際，管家稟告：「府中蠟燭點完了，恰好廣東經略送了一盒蠟燭來，還未敢開。」秦檜吩咐開了來點，蠟燭一燃，異香滿堂，眾賓大悅。秦檜見此燭貴重，一點其數，共是四十九枝，心下奇怪為何不是整數，叫送禮的使者來問。使者道：「經略專門造了這批蠟燭獻給相爺，香料難得，共只造了五十枝，製成後恐怕不佳，點了一枝試驗，所以只剩了四十九枝。數目零碎，但不敢用別的蠟燭充數。」秦檜大喜，認為方德奉己甚專，又不敢相欺，不久便升他的官。
另有一個鄭仲，在四川做宣撫使。秦檜大起府第，高宗親題「一德格天」四字，作為樓閣的匾額。格天閣剛剛完工，鄭仲的書信恰好到來，呈上地毯一條，極盡華貴之能事。秦檜命將地毯鋪在格天閣中，不料大小尺寸竟絲毫不錯，剛好鋪滿。秦檜默然不語，心下大為不滿，過不多時，便藉故將鄭仲撤職查辦。鄭仲造這條地毯，當然是事先暗中查明瞭格天閣地板的大小尺寸。秦檜自己是大特務頭子，對於鄭仲這種調查窺察他私事的特務手段，自是十分憎惡。
秦檜一直到死，始終得高宗的信任寵愛，自然是深通做官之道。《鶴林玉露》中記載有一個小故事：秦檜夫人到宮內朝見，皇太后說起近來很少吃到大的子魚（當時是杭州最名貴的魚，今日在杭州仍極珍貴）。秦夫人說：「臣妾家裡倒有，明天呈奉一百條來給太后。」回家後告知了丈夫。秦檜大急，知道這一下可糟了，皇太后吃不到好魚，自己家裡卻隨隨便便就拿出一百條來，豈不是顯得自己的享受比皇帝、皇太后還好得多？秦檜的妻子王氏生性陰險，傳說她參與殺岳飛之謀，以「捉虎易，放虎難」六字，促使秦檜下定決心，終於害死岳飛，然而講到做官的法門，究竟不及老奸巨猾的丈夫了。秦檜仔細思量一番之後，終於想出了一條妙計，第二天送了一百條青魚進宮去。青魚是普通的賤魚。皇太后哈哈大笑，說道：「我早說這秦老太婆是鄉下人，沒見過世面，果然不錯。青魚和子魚形狀有些相似，味道可大不相同，只不過魚身大而已。」這件趣事自必傳入皇帝耳中，母子兩人取笑秦檜是鄉下人之餘，覺得他忠厚老實，生活樸素，對他自又多了幾分好感。倘若送進宮去的真是一百條子魚，秦檜的相位不免有些危險了。
秦檜當國凡十九年，他任內自然是壞事做盡。據《宋史．秦檜傳》所載，有不少作為是很具典型性的。《宋史》是元朝右丞相脫脫等所修，以異族人的觀點寫史，不至於故意捏造事實來毀謗秦檜。下面是〈秦檜傳〉中所記錄的一些事例。
高宗和金人媾和，割地稱臣，民間大憤。太學生張伯麟在壁上題詞：「夫差，爾忘越王殺爾父乎？」有人告發，張伯麟給捉去打板子，面上刺字，發配充軍。夫差之父與越王戰，受傷而死，夫差為了報仇，派人日夜向他說這句話，以提高復仇的決心。張伯麟在壁上題這句話，當然是借古諷今，譏刺高宗忘了父親徽宗為金人所擄而死的奇恥大辱。
秦檜下令禁止士人撰作史書，於是無恥文人紛紛迎合。司馬光的不肖曾孫司馬攸上書，宣稱《涑水紀聞》一書，不是他曾祖的著作（其實確是司馬光的史學著作）。吏部尚書李光的子孫，將李光的藏書萬卷都燒了，以免惹禍。可是有一個名叫曹泳的人，還是告發李光的兒子李孟堅，說他讀過父親所作的私史，卻不自首坦白。於是李孟堅被罰充軍，朝中大官有八人受到牽累。曹泳卻升了官。
「察事之卒，佈滿京城，小涉譏議，即捕治，中以深文。」所謂「中以深文」，即以胡亂羅織的重罪罪名，加在亂說亂講之人的身上。有一個名叫何溥的人，迎合秦檜，上書說程頤、張載這些大理學家的著作是「曲學」，須「力加禁絕」，「人無敢以為非」。
許多文人學士紛紛撰文作詩，歌頌秦檜的功德，稱為「聖相」。若是拿他來和前朝賢相相比，便認為不夠，必須稱之為「元聖」。秦檜「晚年殘忍尤甚，數興大獄，而又喜諛佞，不避形跡。」不論贊他如何如何偉大英明，他都毫不怕醜，坦然而受，視為當然。「凡一時獻言者，非誦檜功德，則訐人語言，以中傷善類。欲有言者，恐觸忌諱，畏言國事。」
「一時忠臣良將，誅鋤略盡。其頑鈍無恥者率為檜用，爭以誣陷善類為功。其矯誣也，無罪可狀，不過曰‘謗訕’、曰‘指斥’、曰‘立黨沽名’、甚則曰‘有無君心’。」說人內心不尊敬皇帝，也算是罪狀。
《續資治通鑑》中說秦檜「初見財用不足，密諭江浙監司暗增民稅七八，故民力重困，飢死者眾。又命察事卒數百遊市間，聞言其奸惡者，即捕送大理獄殺之；上書言朝政者，例貶萬里外。日使士人歌誦太平中興之美。士人稍有政聲名譽者，必斥逐之。」又說他「喜贓吏，惡廉士⋯⋯貪墨無厭⋯⋯故贓吏恣橫，百姓愈困。」
善政有「道統」，惡政也有「道統」。
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